genome.fa.s8977.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008977.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112334_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  220012

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4291--4318	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
7837--7868	10	3.2	10	95	0	55	87	0	9	3	0.64
7803--7890	34	2.4	36	83	12	110	75	0	18	6	1.02
8816--9446	53	11.7	53	87	2	857	30	14	27	27	1.95
8815--9476	161	4.1	161	95	0	1110	30	14	27	27	1.95
8816--9446	108	5.9	106	88	2	857	30	14	27	27	1.95
15547--15654	47	2.3	48	83	4	139	32	12	9	45	1.74
17173--17234	29	2.2	29	83	8	76	54	1	3	40	1.26
17188--17242	28	2.0	28	85	7	76	52	1	1	43	1.22
17439--17477	15	2.5	15	87	8	51	15	33	28	23	1.95
18163--18256	4	22.8	4	75	16	50	67	2	2	28	1.14
18162--18195	9	3.8	9	88	11	52	76	0	0	23	0.79
18329--18353	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18509--18535	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
18564--18626	32	1.9	34	84	12	87	66	1	4	26	1.20
19675--19712	19	2.0	20	89	5	60	7	23	0	68	1.16
23124--23157	17	1.9	18	88	5	52	82	2	11	2	0.89
23124--23165	18	2.3	18	84	12	50	80	4	9	4	0.99
23764--23818	22	2.5	22	91	5	85	41	25	9	23	1.83
24765--25212	106	4.2	105	90	3	666	34	24	17	23	1.96
24765--26028	212	6.1	212	87	4	1827	34	24	17	22	1.96
25123--25299	87	2.0	87	91	2	284	36	23	14	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25211--26021	106	7.7	106	92	0	1257	34	25	18	22	1.96
26771--26867	37	2.6	37	85	0	131	41	16	9	32	1.80
27351--27420	23	3.0	24	81	8	72	32	2	1	62	1.18
27370--27421	19	2.6	19	84	9	59	34	1	1	61	1.18
27592--27634	17	2.5	18	81	11	54	20	0	0	79	0.74
35420--35448	8	3.8	8	90	9	51	75	0	0	24	0.80
36259--36311	23	2.4	21	82	14	63	62	13	5	18	1.50
46882--46920	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
49636--49669	15	2.3	15	95	5	61	17	8	0	73	1.08
53344--53573	126	1.8	126	86	1	336	25	19	16	38	1.92
58245--58310	26	2.6	27	70	18	68	50	0	1	48	1.10
58232--58341	42	2.7	41	83	9	131	50	0	1	47	1.18
58550--58586	16	2.2	18	85	9	51	62	0	0	37	0.96
60456--60497	15	2.7	15	85	14	50	57	0	0	42	0.99
67647--67973	124	2.6	123	79	8	308	42	16	8	32	1.79
70408--70453	24	1.9	24	86	0	65	54	0	2	43	1.12
70417--70457	21	2.0	21	90	9	66	53	0	2	43	1.13
74834--75359	261	2.0	264	98	1	1022	29	13	20	36	1.91
76464--76511	22	2.2	22	100	0	96	37	16	12	33	1.86
77594--77682	21	4.4	20	75	21	87	38	1	3	57	1.23
77594--77675	11	8.0	11	66	24	54	36	1	3	58	1.24
79555--79610	20	2.7	21	78	18	71	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80084--80162	21	3.7	21	74	16	72	22	16	26	34	1.95
88142--88248	31	3.5	31	88	0	151	31	16	16	34	1.92
103182--103279	48	2.0	48	100	0	196	20	19	16	43	1.88
113869--113950	15	5.5	15	76	2	85	40	6	17	36	1.74
113869--113950	30	2.8	30	84	1	103	40	6	17	36	1.74
114296--114363	23	3.0	22	74	8	55	44	1	2	51	1.25
114333--114403	19	3.6	19	70	10	54	47	1	1	49	1.18
114327--114493	30	5.7	30	73	16	102	49	1	1	47	1.19
114334--114520	28	6.4	28	73	14	96	50	1	1	47	1.15
114477--114537	22	3.0	20	77	17	63	50	0	0	49	1.00
114406--114548	25	5.6	25	70	17	73	48	0	0	50	1.11
114333--114520	58	3.2	57	74	12	177	50	1	1	47	1.15
114477--114531	20	2.8	20	83	5	67	50	0	0	49	1.00
114732--114823	41	2.2	42	82	1	105	51	17	11	19	1.76
121603--121683	42	2.0	42	90	2	128	30	3	18	46	1.66
121797--121847	19	2.7	19	81	6	68	37	0	0	62	0.95
121797--121849	11	5.4	11	74	21	55	37	0	0	62	0.96
122225--122281	30	1.9	30	82	13	73	36	12	5	45	1.64
129362--129557	35	5.5	37	72	17	130	44	4	7	43	1.50
129364--129589	73	3.2	71	77	16	238	44	3	7	43	1.51
129313--129571	108	2.4	105	77	13	238	42	4	7	45	1.52
130893--131019	9	12.3	10	69	20	50	18	7	0	74	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130961--131011	15	3.3	15	81	10	59	15	7	0	76	1.00
136157--137128	84	11.7	83	83	5	1153	29	24	20	24	1.99
136157--137128	249	3.9	249	92	0	1579	29	24	20	24	1.99
137888--138110	73	3.2	69	76	13	222	44	4	7	43	1.51
137869--138085	35	5.9	39	76	16	141	45	4	7	42	1.52
137793--138110	38	8.8	36	74	17	191	44	4	7	44	1.51
139382--139418	15	2.7	13	88	12	56	21	0	5	72	1.04
139414--139484	3	23.7	3	100	0	142	32	0	0	67	0.91
139524--139589	33	2.0	34	85	8	91	13	9	1	75	1.10
141268--141399	52	2.6	49	77	10	122	42	12	6	39	1.67
141827--142240	199	2.1	198	91	0	668	35	16	9	38	1.81
144236--144260	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
144202--144240	17	2.4	17	87	12	55	51	0	2	46	1.14
148807--148831	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
149212--149246	16	2.1	17	89	5	54	14	0	2	82	0.77
153159--153340	95	1.9	94	86	4	258	30	17	19	32	1.95
154708--154910	110	1.8	110	89	0	316	35	22	18	23	1.95
157013--157055	19	2.3	19	92	8	70	18	23	25	32	1.97
157347--157424	29	2.8	29	72	14	74	25	10	1	62	1.34
157583--157641	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
157646--157704	24	2.5	24	79	15	63	15	10	0	74	1.06
157899--157933	16	2.1	17	89	5	54	14	0	2	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158449--158492	17	2.4	18	81	11	54	45	0	0	54	0.99
159412--159454	22	2.0	22	81	9	52	51	18	2	27	1.59
165787--165829	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
171644--171697	26	2.1	26	96	0	99	42	7	27	22	1.80
176670--176759	5	18.2	5	74	11	78	23	3	2	71	1.13
176676--176757	34	2.4	34	82	12	96	24	3	2	69	1.17
178815--179003	76	2.6	72	85	8	228	27	1	11	59	1.42
179618--179651	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
179705--179765	21	3.0	21	76	16	65	29	3	0	67	1.07
180606--180688	40	2.0	41	88	6	123	42	10	10	36	1.75
181028--181108	31	2.6	31	84	0	117	46	18	16	18	1.84
181506--181559	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
182454--182521	35	2.0	33	94	5	118	58	0	0	41	0.98
184500--184542	21	2.0	21	95	0	77	25	16	30	27	1.97
185484--185516	14	2.4	14	94	0	57	30	30	6	33	1.82
188786--188817	15	2.1	16	94	5	57	59	15	6	18	1.57
190390--190431	12	3.4	12	81	15	50	47	4	0	47	1.23
190620--190645	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
203988--204249	95	2.7	96	83	6	318	32	19	17	31	1.94
205065--205956	169	5.3	168	86	2	1079	33	23	19	23	1.97
205065--206007	84	11.1	85	84	3	1067	34	22	18	24	1.96
207415--207497	3	27.7	3	76	9	62	42	2	1	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207408--207495	30	3.1	28	76	12	92	43	2	1	53	1.20
207408--207501	27	3.4	27	72	11	82	43	2	1	53	1.19
215813--215923	8	13.5	8	73	21	61	83	0	8	7	0.84
215824--215923	7	13.6	7	75	17	53	84	1	8	7	0.84
215870--215923	1	54.0	1	81	0	63	90	1	5	1	0.57
217195--217585	55	7.2	55	87	2	565	29	14	27	28	1.96
217195--217585	109	3.6	109	91	2	635	29	14	27	28	1.96
217579--218182	103	5.8	104	89	4	902	29	16	25	28	1.97
217579--218128	52	10.6	52	91	2	876	28	16	25	29	1.97
218373--218447	14	5.5	14	78	15	77	42	2	0	54	1.14

Tables:   1   2