genome.fa.s8980.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008980.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112342_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184855

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139--482	82	4.3	79	80	5	402	24	22	25	27	2.00
185--483	163	1.8	165	90	2	487	24	21	25	28	1.99
684--1836	105	11.0	105	91	2	1807	23	18	25	32	1.97
684--1836	314	3.7	315	91	2	1825	23	18	25	32	1.97
5666--5701	14	2.6	14	90	0	54	75	2	0	22	0.94
5661--5707	8	5.8	8	82	9	51	74	2	0	23	0.93
5658--5707	11	4.6	11	78	11	50	74	2	0	24	0.93
5827--5862	4	9.0	4	87	0	54	69	0	2	27	1.02
7005--7064	7	8.9	7	83	10	63	75	3	1	20	1.04
7003--7064	18	3.4	18	78	10	65	75	3	1	19	1.02
7149--7223	33	2.3	33	86	8	102	42	8	8	41	1.63
7079--7406	35	9.3	37	71	14	119	44	6	5	43	1.53
7763--7805	11	3.6	11	80	17	50	76	0	4	18	0.95
7766--7808	17	2.5	17	85	14	54	76	0	4	18	0.95
12402--12474	10	7.7	9	76	11	74	17	24	28	28	1.98
12401--12490	19	4.7	19	85	9	103	21	25	26	26	1.99
12400--12490	38	2.4	39	85	9	125	21	25	26	26	2.00
12484--12542	17	3.4	17	93	4	100	16	44	23	15	1.86
12532--12568	7	5.4	7	93	6	67	16	29	29	24	1.96
12532--12564	13	2.5	13	95	5	57	15	30	30	24	1.95
13437--13560	63	2.0	63	82	9	155	16	27	29	26	1.97
13437--13560	31	4.0	32	72	12	80	16	27	29	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19777--19831	17	3.2	17	89	0	83	20	43	21	14	1.87
19821--19857	7	5.4	7	93	6	67	16	29	29	24	1.96
19821--19853	13	2.5	13	95	5	57	15	30	30	24	1.95
20727--20850	63	2.0	63	82	9	155	16	27	29	26	1.97
20727--20850	31	4.0	32	72	12	80	16	27	29	26	1.97
22281--22318	18	2.1	18	100	0	76	21	39	26	13	1.89
23238--23268	3	10.0	3	93	6	53	64	0	0	35	0.94
26894--26982	46	1.9	46	93	0	151	34	17	22	24	1.96
26893--26991	23	4.3	23	73	0	90	34	19	23	23	1.97
26890--26991	46	2.2	46	83	0	150	33	20	23	22	1.97
27310--27371	30	2.0	30	81	12	72	41	14	6	37	1.72
29431--29652	109	2.1	108	94	1	392	35	15	8	40	1.78
29748--30028	59	4.8	59	89	2	410	35	18	11	34	1.87
30359--30415	22	2.7	21	84	7	80	24	28	10	36	1.88
30359--30557	95	2.1	95	83	4	258	25	24	17	32	1.96
39002--39409	202	2.0	204	92	4	691	39	23	8	29	1.83
39479--39551	30	2.4	31	93	2	121	34	9	35	20	1.85
46602--46653	16	3.4	16	76	10	63	30	11	1	55	1.46
46617--46669	14	3.6	14	75	9	61	30	5	1	62	1.29
46602--46673	30	2.4	30	95	0	126	30	11	1	56	1.42
46602--46682	30	2.7	29	85	9	92	30	11	2	55	1.48
46878--46917	19	2.2	17	86	8	53	65	5	0	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47632--47785	50	3.1	50	99	0	299	44	9	13	32	1.77
48031--48137	15	7.0	15	80	8	126	44	0	2	52	1.15
48059--48155	47	2.1	47	100	0	194	41	0	6	52	1.26
48108--48242	32	4.4	32	76	22	146	38	0	9	51	1.35
48168--48210	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
48123--48564	54	8.2	54	82	9	555	35	0	12	52	1.40
48213--48260	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
48136--49070	134	6.8	137	76	16	793	34	0	13	52	1.41
48108--49070	80	11.6	80	74	18	660	34	0	12	52	1.41
48293--48340	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
48349--48990	32	21.7	32	68	25	400	35	0	12	52	1.41
48269--49182	112	8.2	110	73	18	588	34	0	13	52	1.41
48436--48478	22	2.0	22	90	0	68	39	0	9	51	1.34
48123--48710	108	5.3	109	78	16	586	35	0	12	51	1.42
48490--48532	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
48576--48664	21	4.1	21	73	13	81	33	0	15	50	1.45
48581--48658	25	3.3	24	66	21	58	30	0	16	52	1.44
48718--49119	54	7.3	53	83	10	506	34	0	12	53	1.39
48270--49119	166	5.1	165	77	15	672	34	0	12	52	1.41
48907--48985	18	4.4	18	66	23	58	35	0	11	53	1.37
48916--48958	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
49012--49102	32	2.8	32	94	0	155	34	0	10	54	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49162--49204	22	2.0	22	90	0	68	34	0	13	51	1.42
48938--49234	112	2.7	112	85	5	280	32	0	13	53	1.43
49229--49287	31	1.9	31	89	0	91	42	8	6	42	1.61
50293--50352	30	2.0	30	83	6	77	55	8	5	31	1.51
56897--56947	20	2.5	21	81	9	61	29	27	7	35	1.85
58196--58369	73	2.4	74	81	4	210	41	9	14	34	1.77
58651--58755	52	2.0	52	98	0	201	42	14	23	19	1.87
63472--63503	16	2.0	16	100	0	64	25	37	12	25	1.91
67310--67414	52	2.0	52	94	0	183	42	14	22	20	1.88
67781--68753	100	9.8	98	75	9	613	42	16	9	31	1.80
67904--68666	199	3.9	196	78	6	629	42	15	10	31	1.81
67777--68666	294	3.0	289	83	7	1029	42	16	9	31	1.79
67782--68711	299	3.1	292	80	9	965	42	16	9	32	1.80
77228--77268	15	2.8	15	89	10	59	19	7	14	58	1.59
77316--77346	14	2.2	14	100	0	62	12	32	6	48	1.67
77429--77621	86	2.2	86	88	2	289	36	10	8	45	1.69
83012--83065	14	3.8	14	80	2	63	24	20	25	29	1.99
83089--83127	19	2.1	19	85	0	51	30	23	17	28	1.97
84084--84132	20	2.6	19	78	12	57	34	10	8	46	1.67
85276--85320	19	2.4	19	85	7	56	40	2	24	33	1.68
86648--86896	39	6.3	39	77	6	241	29	22	22	26	1.99
86644--86896	80	3.2	80	88	2	350	30	21	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87877--87910	18	1.9	17	94	5	59	35	2	0	61	1.11
91369--91430	32	1.9	32	84	12	83	53	0	3	43	1.17
91677--91723	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
91685--91728	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
92253--92318	17	3.8	17	91	2	105	28	30	7	33	1.85
92867--92993	39	3.3	39	78	0	137	35	19	17	27	1.94
92894--93027	39	3.4	39	80	2	124	32	17	21	27	1.96
101576--102203	54	11.8	54	82	7	681	31	10	18	39	1.84
109038--109203	39	4.2	39	81	4	190	32	24	21	21	1.98
109038--109203	78	2.1	79	86	2	226	32	24	21	21	1.98
109619--109649	15	2.1	15	100	0	62	48	0	6	45	1.28
110416--111264	55	15.5	55	83	2	976	36	16	16	30	1.91
117037--117066	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
117425--118186	55	13.9	55	87	1	985	34	17	17	30	1.93
118816--118859	20	2.1	21	83	4	54	45	29	2	22	1.65
128269--128323	28	2.0	28	86	6	78	50	0	3	45	1.19
128289--128522	37	6.5	38	82	11	282	47	3	5	43	1.44
128269--128556	65	4.3	66	77	14	257	47	2	5	44	1.41
128403--128460	28	2.1	28	93	6	102	43	0	6	50	1.29
128480--128551	29	2.4	29	84	6	83	45	1	6	45	1.38
128582--128630	15	3.5	14	82	17	50	22	0	0	77	0.77
128591--128630	6	6.2	6	88	11	53	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128606--128639	16	2.1	16	89	10	52	14	2	0	82	0.79
140470--140803	39	8.6	39	84	9	432	47	2	7	41	1.46
140635--140661	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
140768--140834	29	2.3	29	89	5	100	46	2	7	43	1.47
140645--140824	76	2.4	75	90	6	265	46	2	7	43	1.45
140867--140920	14	3.7	15	85	11	76	20	1	0	77	0.86
143675--143746	28	2.7	26	89	8	117	44	1	0	54	1.08
143781--143813	14	2.5	14	90	9	52	69	0	3	27	1.03
143884--143948	33	1.9	33	84	3	85	58	1	1	38	1.17
145170--145302	31	4.4	30	80	4	142	35	8	0	56	1.29

Tables:   1   2