genome.fa.s8986.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008986.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112350_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  401385

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3256--3321	31	2.1	31	88	0	96	42	4	7	45	1.53
8162--8210	19	2.6	19	80	0	62	40	8	14	36	1.75
14174--14239	3	22.0	3	87	6	98	34	0	1	63	1.04
16274--16325	7	6.9	7	79	16	59	26	0	0	73	0.84
16272--16327	16	3.2	16	79	20	60	25	0	0	75	0.81
16278--16330	13	4.1	14	85	9	69	26	0	0	73	0.83
16270--16330	20	3.2	20	76	21	67	26	0	0	73	0.83
16270--16325	23	2.5	23	80	13	80	26	0	0	73	0.84
17916--17966	14	3.8	13	85	10	66	23	13	9	52	1.70
17921--17963	21	2.0	22	86	4	61	25	13	9	51	1.71
21226--21264	14	2.8	13	88	11	60	89	0	10	0	0.48
21230--21264	11	3.2	11	92	8	54	91	0	8	0	0.42
23500--23681	83	2.2	83	92	2	303	28	13	20	37	1.90
25919--25998	40	2.0	40	97	0	151	33	15	21	30	1.94
26336--26390	22	2.5	22	84	0	83	36	12	12	38	1.82
26799--27922	113	9.9	113	96	0	2005	36	14	19	28	1.92
28219--28291	3	23.7	3	88	5	110	34	0	1	64	1.02
28219--28293	22	3.5	22	87	1	116	34	0	1	64	1.02
28220--28291	25	2.9	25	89	6	119	34	0	1	63	1.03
34251--34476	101	2.3	98	84	6	280	30	14	15	39	1.87
34501--34813	108	2.9	108	84	0	403	34	15	10	39	1.81
37839--37872	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38331--38450	59	2.0	59	93	0	204	45	10	20	24	1.83
50428--50515	9	10.4	8	72	19	54	57	0	0	42	0.98
50426--50509	33	2.5	34	98	1	161	59	0	0	40	0.97
56037--56162	31	4.1	31	91	2	200	37	23	19	19	1.94
59502--59626	31	4.0	31	92	2	198	36	23	20	20	1.95
61648--61680	15	2.2	15	94	0	57	9	69	15	6	1.34
63620--63654	18	1.9	18	100	0	70	25	17	11	45	1.81
65798--65860	30	2.1	30	87	0	90	46	4	25	23	1.72
71437--71461	13	1.9	13	100	0	50	16	8	0	76	1.02
72124--72180	26	2.3	25	82	11	64	52	3	8	35	1.50
72338--72403	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
86824--86862	19	2.0	20	85	5	53	46	2	0	51	1.14
87770--87845	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
87991--88028	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
89205--89320	20	5.7	21	69	7	78	36	30	16	17	1.92
89185--89340	61	2.6	60	91	3	269	39	28	16	16	1.90
89306--89359	20	2.7	19	91	5	81	44	24	18	12	1.85
89346--89500	20	7.7	20	84	4	213	32	25	20	21	1.97
89307--89501	60	3.2	60	80	2	230	35	25	19	19	1.95
89882--89952	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
90032--90127	21	4.8	20	82	6	122	45	17	23	12	1.83
90030--90126	41	2.4	40	87	1	140	46	17	24	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90146--90243	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
90168--90257	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
90151--90265	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
91962--92342	93	4.1	93	98	0	735	22	12	18	45	1.83
92386--92514	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
92422--92514	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
92386--92514	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
92510--92644	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
92532--92588	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
92515--92607	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
94568--94603	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
94710--94807	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
94710--94826	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
96918--96964	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
97647--97896	20	12.5	20	85	1	259	20	18	24	37	1.94
97883--97965	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
97863--97961	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
99766--99790	10	2.5	10	100	0	50	20	40	20	20	1.92
102413--102440	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
102480--102545	33	2.0	33	94	5	116	45	3	19	31	1.66
105579--105608	4	7.8	4	92	7	53	23	0	0	76	0.78
118705--118744	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125587--126697	4	284.8	4	93	5	1942	49	24	0	24	1.52
127740--127895	31	5.0	31	92	1	242	39	23	17	20	1.92
129910--129970	30	2.0	30	96	0	113	34	18	3	44	1.66
132975--133031	30	1.9	30	89	3	89	42	19	1	36	1.62
134357--134450	44	2.1	44	78	0	98	35	12	9	42	1.76
136484--136581	33	3.0	33	95	0	169	30	9	55	5	1.53
141689--141846	80	2.0	80	93	0	271	11	24	20	43	1.85
152385--152418	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
156459--156485	5	5.4	5	100	0	54	0	18	37	44	1.50
156909--156975	14	4.8	14	94	0	116	29	25	0	44	1.54
157250--157412	15	10.5	15	83	9	202	47	0	1	50	1.13
157227--157412	45	4.1	45	85	7	218	47	0	1	50	1.14
157462--157929	32	15.7	32	70	23	303	34	0	12	52	1.42
157495--157537	22	2.0	22	95	0	77	34	2	13	48	1.56
157463--158041	54	10.6	54	77	10	412	34	0	12	52	1.42
157549--157591	22	2.0	22	95	0	77	37	0	9	53	1.33
157392--158026	188	3.3	188	84	8	815	34	0	12	52	1.43
157515--157899	86	4.7	84	73	18	285	35	0	11	52	1.41
157683--157725	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
157737--157779	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
157768--157821	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
157823--157865	22	2.0	22	95	0	77	34	2	13	48	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157854--157907	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
157709--158041	86	3.9	86	90	6	563	34	0	12	52	1.41
157989--158031	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
158056--158114	31	1.9	31	89	0	91	45	8	6	38	1.61
161190--161240	22	2.3	22	75	24	54	52	0	7	39	1.30
165663--165709	20	2.5	20	86	6	62	29	2	2	65	1.15
170822--170978	81	1.9	81	85	5	219	16	35	11	36	1.85
170823--170996	81	2.1	81	83	6	210	18	34	10	36	1.85
172934--173116	84	2.2	84	79	2	188	25	22	12	39	1.89
173251--173488	119	2.0	118	79	9	252	18	26	10	44	1.82
173373--173895	84	6.2	83	75	11	363	21	25	11	42	1.86
173374--173845	167	2.8	170	82	8	515	20	25	11	41	1.86
173373--173846	251	1.9	252	81	5	575	20	25	11	41	1.86
181020--181441	223	1.9	228	89	3	665	20	30	12	35	1.90
181363--181737	93	3.8	93	84	12	536	17	32	16	34	1.92
181456--181763	111	2.9	111	81	14	420	16	32	15	35	1.90
181567--181737	92	1.8	93	94	1	308	16	32	17	33	1.92
181249--181763	203	2.5	205	94	1	917	16	32	14	35	1.90
191936--191982	12	3.7	12	81	15	58	46	17	19	17	1.84
194263--194302	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
194297--194396	33	3.0	33	92	2	157	33	7	15	45	1.73
194382--194436	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194977--195008	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
196907--196949	4	10.8	4	94	0	59	44	23	6	25	1.78
199416--199496	23	3.5	23	77	9	101	22	28	37	12	1.90
199526--199601	29	2.6	29	97	0	143	21	28	36	13	1.91
208719--208876	21	7.7	21	75	12	148	34	23	18	22	1.96
208720--208891	41	4.2	41	91	0	281	33	24	18	23	1.97
212006--212040	18	1.9	18	88	0	52	51	25	5	17	1.67
212098--212516	140	3.0	140	96	1	756	28	12	15	43	1.83
212495--212635	74	1.9	74	88	0	210	35	21	17	25	1.95
212487--212637	20	7.8	20	75	8	161	35	21	17	26	1.95

Tables:   1   2