genome.fa.s8990.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008990.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112357_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  317955

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11619--11693	25	3.3	23	80	14	75	57	0	4	38	1.18
11942--12025	39	2.2	39	82	8	100	45	1	17	35	1.57
27494--27563	28	2.3	31	74	16	76	32	15	2	48	1.60
27846--27887	22	2.0	22	90	4	68	38	21	23	16	1.93
29533--29575	19	2.3	19	87	0	59	13	6	37	41	1.72
32542--32598	16	3.6	16	82	0	69	52	26	10	10	1.68
33053--33110	15	4.1	15	77	20	63	41	34	13	10	1.79
33073--33115	11	3.5	11	77	22	50	34	39	13	11	1.82
33062--33126	26	2.5	26	92	2	105	35	36	15	12	1.85
54279--54309	11	2.8	11	95	0	53	9	0	32	58	1.31
55967--56150	90	2.0	91	94	1	325	49	11	14	23	1.77
58403--58470	27	2.5	27	92	0	109	30	10	14	44	1.79
62166--62233	27	2.6	27	95	4	122	30	11	16	41	1.84
66284--66313	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
67822--67863	20	2.1	20	95	0	75	38	0	21	40	1.53
68052--68400	157	2.2	154	85	6	470	49	4	17	28	1.66
71427--71460	17	2.0	17	100	0	68	23	29	11	35	1.90
76105--76146	20	2.1	20	100	0	84	40	4	14	40	1.67
76960--77013	21	2.5	22	80	14	60	25	0	25	48	1.52
77436--77468	10	3.1	11	86	8	50	69	0	0	30	0.88
84009--84045	7	5.4	7	87	6	58	24	27	29	18	1.98
84009--84045	13	2.7	14	87	8	58	24	27	29	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84035--84092	17	3.4	17	92	0	98	17	24	39	18	1.92
84086--84156	19	3.7	19	92	1	106	26	29	25	18	1.98
84088--84156	9	7.1	10	76	12	72	27	30	23	18	1.98
91323--91359	7	5.4	7	93	6	67	24	29	29	16	1.96
91323--91359	13	2.7	14	91	8	67	24	29	29	16	1.96
91349--91389	17	2.4	17	95	0	73	17	24	41	17	1.89
99658--99717	32	1.9	32	87	12	90	43	0	15	41	1.46
100417--100510	20	4.7	20	80	7	91	31	25	19	23	1.98
101067--101108	19	2.2	19	86	0	57	50	28	16	4	1.66
101104--101195	19	5.1	19	72	15	77	14	21	19	44	1.86
101109--101171	33	1.9	33	90	0	99	12	22	22	42	1.87
102642--102772	63	2.1	63	98	0	253	21	18	36	23	1.95
103398--103464	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
103346--103464	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
104814--104849	13	2.6	14	86	4	56	27	0	25	47	1.52
104803--104850	13	3.7	14	76	13	50	27	0	22	50	1.50
104973--105029	14	3.7	14	72	20	51	45	22	24	7	1.77
104955--105044	33	2.7	33	92	0	144	44	21	22	12	1.85
104955--105015	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
105044--105136	33	2.8	33	95	1	161	13	24	18	43	1.87
107392--107416	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
108692--108749	20	2.9	20	94	0	98	37	24	20	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108773--108826	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
108755--108825	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
108768--108845	33	2.4	33	91	0	120	12	23	21	42	1.87
108933--108969	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
110778--110915	18	7.9	18	73	16	103	44	23	19	13	1.85
110799--110915	50	2.3	51	85	4	155	44	23	19	12	1.85
110819--110926	50	2.1	51	86	3	146	47	24	16	12	1.80
110944--111001	14	3.9	14	79	16	71	10	15	24	50	1.75
110927--111017	32	2.8	33	94	3	166	12	17	21	48	1.80
111002--111056	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
111538--111582	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
112899--112957	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
113220--113263	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
113451--113564	20	5.7	20	80	6	113	25	18	25	30	1.98
113554--113646	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
113554--113646	41	2.3	41	100	0	150	17	24	18	39	1.91
116491--116529	16	2.4	16	95	0	69	17	23	35	23	1.95
120913--120960	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
121342--121413	23	3.2	22	86	4	90	38	20	5	34	1.76
121814--121900	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
122426--122476	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
122745--122796	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122755--122817	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
123169--123220	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
123179--123241	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
125312--127042	199	8.8	198	95	2	3060	30	16	15	36	1.90
125312--127042	396	4.4	396	95	2	3067	30	16	15	36	1.90
127161--127209	19	2.6	19	90	0	71	59	8	2	30	1.38
128994--129059	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
131353--131395	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
131358--131404	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
131526--131571	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
139409--139916	254	2.0	253	85	3	691	25	15	20	38	1.91
142705--142836	63	2.1	64	97	1	248	43	15	9	31	1.78
144778--144945	59	2.8	58	78	9	171	41	2	20	35	1.66
144798--144983	59	3.1	57	76	9	158	40	3	23	32	1.71
145761--145801	16	2.4	18	76	19	52	46	2	4	46	1.37
146167--146223	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
146474--146504	15	2.1	15	93	0	53	51	6	3	38	1.44
151585--151630	22	2.2	22	84	7	60	30	0	10	58	1.32
154391--154454	20	3.4	19	75	14	69	34	4	0	60	1.17
155262--155375	60	1.9	60	83	0	147	41	7	9	42	1.65
158914--158986	36	2.0	36	97	0	137	36	19	16	27	1.93
161582--161675	28	3.4	28	98	0	179	39	22	15	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164913--164953	15	2.7	15	82	14	57	12	31	21	34	1.91
166295--166348	24	2.2	24	80	0	63	14	9	14	61	1.57
169792--169825	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
170814--170861	6	8.0	6	81	9	53	75	0	2	22	0.91
171740--171824	34	2.6	32	75	12	82	36	3	4	55	1.38
173561--173622	32	2.0	32	90	3	99	40	12	22	24	1.89
174475--174503	5	5.8	5	100	0	58	41	0	41	17	1.49
175938--175985	21	2.3	21	96	0	87	16	14	29	39	1.88
183712--183769	31	1.9	31	86	6	84	39	13	6	39	1.72
183887--183949	27	2.3	27	91	0	99	39	15	7	36	1.77
188847--188920	38	1.9	39	86	8	107	45	1	10	41	1.47
189514--189572	31	1.9	30	86	3	82	37	8	10	44	1.69
192552--193083	207	2.5	209	87	3	750	45	20	11	22	1.84
199142--199185	23	1.9	23	85	0	61	34	4	9	52	1.54
203809--203907	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
203874--204067	20	9.6	20	80	5	212	35	25	19	19	1.95
203874--204067	60	3.2	60	82	0	244	35	25	19	19	1.95
204449--204519	33	2.2	33	92	0	115	11	25	15	47	1.78
204599--204702	21	5.4	20	71	15	87	45	19	25	10	1.82
204597--204675	21	3.8	21	79	12	92	45	16	26	11	1.81
204598--204675	41	1.9	41	94	0	138	44	16	26	11	1.82
204651--204720	33	2.1	33	94	0	122	47	21	24	7	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204657--204731	33	2.3	33	90	0	114	46	25	21	6	1.75
204673--204731	19	3.4	18	71	22	54	45	27	18	8	1.78
204727--204824	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
204749--204838	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
204732--204846	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
206547--206922	184	2.0	184	95	1	691	22	12	18	46	1.83
206543--206920	93	4.1	93	96	1	699	22	12	18	46	1.83
206964--207091	19	7.3	19	72	17	107	45	28	17	9	1.79
207000--207091	33	2.8	32	88	6	132	45	27	18	8	1.78
207087--207221	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82

Tables:   1   2