genome.fa.s8994.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008994.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112370_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  399360

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 186 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810--894	30	2.8	30	87	1	125	41	9	15	34	1.79
2026--2065	21	1.9	21	89	0	62	67	2	15	15	1.34
2025--2072	21	2.3	21	81	0	60	68	4	12	14	1.34
4434--4467	8	4.2	8	84	0	50	23	11	26	38	1.89
4585--4664	4	21.0	4	85	10	105	25	3	25	46	1.69
4588--4663	22	3.6	21	79	17	86	25	3	25	46	1.70
4585--4667	30	2.8	28	78	10	94	25	3	25	45	1.69
4437--4813	196	1.9	193	85	6	517	27	11	23	37	1.89
24351--24400	23	2.2	23	85	0	64	58	14	14	14	1.65
24702--24731	16	1.9	15	93	6	51	66	0	0	33	0.92
29939--30121	60	3.1	59	82	7	165	32	15	7	45	1.73
30035--30122	29	3.0	28	66	19	70	34	20	5	39	1.76
29993--30122	60	2.2	60	84	8	167	33	18	5	43	1.73
32429--32467	21	1.9	21	89	5	62	53	5	5	35	1.45
36925--37044	43	2.8	43	98	0	231	40	15	11	32	1.84
38847--38943	50	1.9	50	82	0	122	38	1	5	55	1.29
44049--44127	31	2.5	33	72	17	76	32	1	8	56	1.38
44816--44874	25	2.3	25	85	5	82	33	0	8	57	1.29
46809--46853	23	2.0	23	86	0	63	44	8	13	33	1.75
46768--46930	87	1.9	87	93	0	281	40	10	15	33	1.81
50265--50835	183	3.1	183	94	1	975	33	16	14	35	1.89
52045--52083	3	13.0	3	88	0	60	28	33	2	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52049--52087	12	3.2	12	92	0	60	25	33	5	35	1.78
53598--54561	200	4.8	200	95	0	1705	30	18	14	36	1.91
54783--54841	18	3.3	17	88	4	55	52	11	0	35	1.38
56634--56698	33	2.0	32	87	3	94	21	49	0	29	1.50
56732--56795	21	3.1	20	86	6	83	17	29	10	42	1.83
56879--56907	15	1.9	15	100	0	58	17	55	6	20	1.65
60269--60321	22	2.5	22	87	3	72	39	13	28	18	1.88
60353--60416	32	2.0	32	87	0	92	29	0	48	21	1.51
62145--62193	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
62422--62778	194	1.8	195	94	0	635	36	15	17	29	1.91
66292--66441	80	1.8	81	90	4	239	32	15	11	41	1.82
69449--69484	6	6.0	6	90	0	54	33	0	0	66	0.92
69959--70019	21	2.9	21	82	0	68	49	19	0	31	1.49
70976--71133	21	7.8	20	70	7	77	39	25	16	18	1.91
71120--71253	20	6.7	20	83	6	164	35	27	17	18	1.94
71120--71254	40	3.3	40	82	5	182	36	27	17	18	1.94
71636--71706	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
71786--71893	21	5.7	20	73	15	95	45	18	24	12	1.83
71786--71862	21	3.8	20	82	5	100	45	16	24	12	1.83
71785--71862	41	1.9	41	97	0	147	44	16	25	12	1.83
71786--71904	19	6.3	19	74	16	95	45	20	22	11	1.83
71900--71964	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71922--71978	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
71905--71986	33	2.5	33	100	0	164	9	23	19	47	1.79
73684--74152	93	5.1	93	98	0	913	22	12	18	46	1.83
74200--74298	19	5.4	19	78	12	109	45	28	17	9	1.78
74237--74299	33	1.9	33	93	0	108	46	26	19	7	1.77
74311--74367	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
74297--74386	33	2.7	33	94	0	162	11	21	21	46	1.81
74297--74423	19	7.2	19	74	17	121	11	18	23	46	1.81
76343--76378	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
76485--76601	19	6.4	19	84	10	163	46	17	20	15	1.84
76503--76616	52	2.2	53	93	1	194	44	18	21	14	1.86
76485--76581	33	2.7	36	90	7	146	46	18	20	14	1.84
76503--76620	53	2.2	53	93	1	202	44	18	22	14	1.86
76610--76870	19	14.7	19	76	16	265	14	20	18	45	1.84
76610--76842	52	4.3	52	82	11	242	15	21	17	45	1.84
76648--76870	72	3.1	72	92	1	369	14	20	18	47	1.83
76667--76884	33	6.2	33	75	15	215	13	20	18	46	1.83
76730--76903	53	3.3	51	75	7	145	13	19	20	45	1.84
79296--79342	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
80025--80294	20	13.5	20	87	1	290	20	17	25	37	1.94
80281--80363	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
80261--80359	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80787--80915	31	4.2	31	94	0	222	29	18	11	40	1.86
80958--81194	118	2.0	118	98	0	456	26	19	25	27	1.99
83649--83673	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
83724--83758	17	2.1	17	94	5	63	51	25	0	22	1.48
92369--92414	19	2.5	18	82	3	56	30	6	0	63	1.20
96233--96267	18	1.9	18	88	0	52	17	25	22	34	1.96
97076--97113	19	2.0	19	100	0	76	21	36	15	26	1.93
98849--98939	42	2.2	43	84	7	116	32	16	4	46	1.67
99356--99395	21	1.9	21	84	0	53	27	12	20	40	1.88
104015--104048	16	2.1	17	88	5	52	64	2	0	32	1.08
104205--104284	40	2.0	40	100	0	160	45	12	17	25	1.83
113793--113842	18	2.8	18	90	6	75	56	0	0	44	0.99
116092--116214	31	4.0	31	95	2	212	38	22	19	19	1.94
118679--118720	20	2.2	20	87	12	61	9	26	45	19	1.80
119573--120026	228	2.0	226	98	1	874	26	28	13	31	1.94
125728--125758	7	4.4	7	91	0	53	29	29	25	16	1.96
131483--131554	30	2.4	30	97	0	135	9	38	13	37	1.78
131553--131596	19	2.3	19	84	0	61	18	34	22	25	1.96
132784--133012	114	2.0	114	100	0	458	26	11	23	38	1.88
135859--136074	110	2.0	110	92	0	360	20	14	22	42	1.88
145681--145941	130	2.0	130	100	0	522	39	15	7	37	1.76
145718--145982	130	2.0	130	86	1	370	39	16	7	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147099--147140	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
149365--149657	146	2.0	146	100	0	586	23	20	21	35	1.96
158407--158474	31	2.2	31	81	5	75	22	10	19	48	1.78
164017--164092	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
164238--164275	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
170358--170404	15	3.3	14	85	14	69	44	29	0	25	1.54
170401--170432	14	2.3	14	94	0	55	50	15	0	34	1.45
170393--170432	21	1.9	21	84	0	53	47	20	0	32	1.50
170471--170500	14	2.1	14	100	0	60	46	26	0	26	1.53
173739--173960	60	3.5	59	68	17	176	34	14	13	37	1.85
173738--173989	131	1.9	131	92	0	423	33	15	12	39	1.84
177718--177774	19	3.1	19	72	10	64	49	29	15	5	1.67
190370--190412	21	2.0	21	86	0	59	39	20	13	25	1.90
194650--194691	17	2.5	17	96	0	75	30	28	4	35	1.78
197178--197235	28	2.1	28	93	0	98	37	3	5	53	1.40
197178--197246	28	2.5	28	88	2	86	42	2	5	49	1.41
206260--206365	52	2.0	52	94	0	185	36	22	16	24	1.94
214419--214495	31	2.5	31	78	2	82	15	27	29	27	1.96
214419--214542	63	2.0	63	80	6	144	16	28	29	25	1.97
214854--214913	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
216971--217040	31	2.3	29	83	9	95	42	12	2	41	1.58
219282--219306	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219817--219871	27	2.0	27	82	0	65	30	16	9	43	1.79
220261--220315	20	2.8	19	86	5	83	29	18	14	38	1.90
220261--220332	19	3.7	20	80	10	78	27	16	13	41	1.87
228823--228879	20	2.8	19	82	17	71	52	0	0	47	1.00
231742--231784	22	2.0	22	85	0	59	20	18	16	44	1.87
240246--240577	170	2.0	170	83	4	402	47	10	11	30	1.73
243041--243076	17	2.2	16	90	5	54	66	0	5	27	1.13
244365--244430	32	2.0	33	82	8	82	27	9	22	40	1.84
245183--245232	2	25.5	2	79	4	57	48	0	0	52	1.00
245170--245229	29	2.1	29	87	0	84	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2