genome.fa.s8999.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112380_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  605736

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1142--1209	31	2.2	31	94	0	118	19	14	14	51	1.76
1369--1399	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1386--1460	26	2.9	26	86	11	109	46	2	6	44	1.43
1426--1905	36	13.8	36	74	17	335	43	4	8	44	1.54
1402--1726	98	3.3	96	91	4	494	45	4	8	41	1.55
1499--1661	25	6.6	25	72	10	120	43	4	9	42	1.58
1474--1598	63	2.0	62	93	4	216	44	4	8	41	1.56
1892--1946	24	2.3	23	76	14	58	25	1	3	69	1.15
2388--2429	22	1.9	22	85	0	57	64	21	2	11	1.38
4578--4642	33	2.0	33	90	0	103	26	18	20	35	1.95
5936--6010	18	4.3	18	83	5	82	45	13	9	32	1.75
11751--11826	37	2.1	37	97	0	143	30	22	14	32	1.94
11891--11938	22	2.2	22	84	0	60	39	22	8	29	1.83
13053--13138	18	4.8	18	76	7	86	41	11	10	36	1.76
13453--13493	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
13954--14030	35	2.2	35	90	2	118	36	19	7	36	1.81
20973--21167	22	8.9	21	78	13	162	42	9	3	45	1.53
21008--21159	44	3.5	43	86	10	220	41	9	3	45	1.54
21009--21184	87	2.0	88	93	4	302	41	9	3	46	1.52
26030--26424	44	8.9	44	83	6	435	42	11	20	24	1.86
26057--26424	132	2.8	132	86	6	494	42	11	21	24	1.86
31621--31660	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31643--31703	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
37904--38025	45	2.7	46	86	5	169	28	22	8	40	1.83
44620--44939	44	7.3	44	86	4	378	41	11	21	26	1.86
44620--44939	132	2.4	132	89	4	459	41	11	21	26	1.86
44620--44939	88	3.6	87	88	2	426	41	11	21	26	1.86
49238--49268	12	2.6	12	100	0	62	6	45	6	41	1.55
50528--50587	22	2.7	22	80	10	68	45	5	1	48	1.34
50526--50581	23	2.4	23	88	8	78	50	3	0	46	1.19
50547--50648	21	5.0	21	67	18	72	41	3	4	50	1.42
50660--50719	17	3.5	17	68	14	52	40	11	3	45	1.57
50763--50813	22	2.5	20	81	12	50	43	5	1	49	1.38
51627--52104	55	8.7	55	88	3	676	33	20	11	34	1.88
51627--52120	221	2.2	221	90	1	783	33	20	11	34	1.89
52460--52514	19	2.7	19	86	8	74	30	25	16	27	1.96
52443--52514	22	3.5	20	81	9	83	29	27	15	27	1.96
58511--58983	55	8.5	55	88	2	671	34	19	10	35	1.87
59315--59386	22	3.5	20	78	15	76	29	26	15	29	1.96
63748--63808	26	2.3	27	86	5	81	49	3	0	47	1.18
63868--63940	37	1.9	38	88	2	112	38	9	4	47	1.55
63916--64047	22	5.9	21	71	18	97	42	9	3	44	1.54
63888--63950	17	3.5	17	70	17	56	41	12	1	44	1.52
63921--64073	24	6.4	24	69	16	95	41	7	3	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67935--68292	191	1.9	193	80	4	420	39	11	10	37	1.76
69430--69523	41	2.3	41	96	0	170	40	17	23	19	1.91
73205--73237	15	2.2	15	100	0	66	30	18	15	36	1.91
74778--74831	2	27.0	2	96	0	99	48	0	1	50	1.11
76230--76287	29	2.0	29	100	0	116	48	10	6	34	1.64
76964--77057	38	2.4	39	82	5	111	35	9	11	43	1.74
80009--80061	21	2.5	21	87	3	70	47	20	18	13	1.82
86447--86479	16	2.0	17	88	5	50	33	30	6	30	1.82
94654--94689	18	2.0	18	88	0	54	5	5	11	77	1.10
99503--99649	60	2.5	60	78	10	158	33	12	17	36	1.88
114028--114061	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
114263--114592	132	2.5	132	83	4	396	29	15	23	31	1.95
115832--115859	11	2.5	11	100	0	56	14	10	7	67	1.40
135208--135253	20	2.3	20	85	14	60	28	13	8	50	1.70
148355--148449	3	31.3	3	91	6	156	63	0	2	34	1.07
149890--149922	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
151702--151775	28	2.7	28	97	2	141	39	18	13	28	1.89
156819--156958	43	3.2	43	85	6	167	28	18	23	29	1.98
161293--161604	166	1.9	167	83	3	405	33	19	15	31	1.93
161737--161874	41	3.4	40	77	9	136	30	23	17	28	1.97
161737--161930	82	2.3	83	84	2	248	30	23	15	29	1.96
161747--161930	83	2.2	82	85	2	244	31	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161779--161936	41	3.8	42	72	15	139	29	23	16	30	1.96
180190--180255	28	2.4	28	97	2	125	34	19	15	30	1.93
185130--185174	23	2.0	23	86	0	63	46	22	11	20	1.81
185912--186069	77	2.1	77	92	0	262	23	24	9	43	1.83
199137--199276	71	2.0	71	84	2	183	33	20	16	29	1.95
202134--202186	20	2.6	20	85	8	63	30	16	22	30	1.96
210037--210079	9	4.7	9	80	5	50	83	9	4	2	0.87
210036--210079	20	2.3	19	84	4	52	84	9	4	2	0.85
219938--219974	19	1.9	19	94	0	65	37	13	5	43	1.67
220507--220570	13	4.8	13	77	12	60	17	20	0	62	1.33
221609--221634	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
224807--225152	173	2.0	175	98	1	678	35	19	20	23	1.96
225602--225644	19	2.3	19	87	0	59	37	2	0	60	1.10
229575--229640	26	2.5	26	100	0	132	24	24	22	28	1.99
235150--235232	24	3.6	24	66	18	59	24	28	20	26	1.99
253795--253858	11	6.2	11	68	26	50	65	0	32	1	1.02
253805--253858	19	2.7	19	76	15	56	66	0	31	1	1.02
254836--254869	4	8.5	4	86	0	50	47	2	0	50	1.16
254836--254869	6	5.7	6	92	0	50	47	2	0	50	1.16
254949--255017	35	2.0	35	88	11	106	43	5	4	46	1.47
254994--255032	12	3.3	12	92	7	71	41	7	7	43	1.62
254996--255032	11	3.3	11	96	3	65	40	8	8	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255007--255167	39	4.4	36	73	15	134	40	4	8	45	1.55
255006--255145	71	2.0	71	87	2	201	43	5	7	43	1.55
261437--262068	84	7.7	81	80	6	637	29	25	21	24	1.99
261437--262052	165	3.7	165	89	2	887	29	25	21	24	1.99
262768--262934	39	4.3	39	75	13	130	46	4	4	44	1.44
262813--262875	32	1.9	33	90	9	103	44	6	4	44	1.50
262854--262890	11	3.3	11	96	3	65	40	8	8	43	1.64
262789--262958	81	2.1	81	86	8	231	46	5	5	42	1.49
262864--263010	71	2.1	70	87	6	208	42	4	7	45	1.53
263032--263066	3	11.3	3	93	6	61	31	0	0	68	0.90
263021--263066	19	2.5	19	86	10	60	32	0	2	65	1.05
265653--265677	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
267011--267070	20	3.0	20	87	2	86	1	30	0	68	0.99
267011--267080	20	3.5	20	80	7	79	1	31	0	67	1.00
272426--272503	35	2.2	35	80	15	81	70	1	11	16	1.23
272426--272631	60	3.3	64	79	11	200	71	0	9	17	1.17
272499--272603	45	2.5	41	81	9	124	73	0	7	18	1.12
272547--272598	14	3.9	13	79	16	54	71	0	7	21	1.11
272414--272631	13	16.4	13	67	18	92	71	0	8	18	1.17
274656--274884	117	2.0	117	84	1	307	24	16	25	33	1.95
275836--275888	6	8.8	6	82	12	56	0	16	1	81	0.79
275835--275888	22	2.6	21	82	8	67	0	16	1	81	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286783--286841	30	2.0	30	86	6	84	20	18	33	27	1.96
290812--290849	11	3.5	11	79	13	51	36	5	0	57	1.21
290802--290852	22	2.3	22	96	0	93	41	3	0	54	1.19
293388--293430	21	2.0	21	82	8	52	37	20	16	25	1.93
293622--293664	19	2.3	19	91	0	68	20	20	20	37	1.95
305638--305684	20	2.3	20	96	0	85	23	8	19	48	1.75
317499--317579	26	3.1	25	82	7	99	39	28	8	23	1.84
337052--337122	17	4.2	17	75	5	63	40	7	14	38	1.73
337096--337171	33	2.3	33	83	2	98	43	11	14	30	1.81
340300--340343	20	2.1	21	91	4	72	34	29	13	22	1.93

Tables:   1   2   3