genome.fa.s9018.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009018.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112408_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  522392

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6873--6912	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
6913--6966	12	4.6	12	86	4	65	25	48	14	11	1.77
10507--10545	17	2.2	18	90	4	62	46	12	2	38	1.56
13620--13692	29	2.5	28	80	12	76	36	2	2	57	1.27
14862--14892	15	2.1	15	93	0	53	51	0	48	0	1.00
17126--17188	28	2.2	30	83	11	78	57	3	1	38	1.24
19533--19617	31	2.7	31	91	7	145	22	17	24	35	1.95
21168--21209	22	1.9	22	95	0	75	26	23	21	28	1.99
22280--22412	31	3.9	35	88	9	202	41	15	16	26	1.88
24781--24821	17	2.4	17	100	0	82	39	26	4	29	1.77
30076--30128	21	2.5	21	78	3	52	60	5	13	20	1.53
33855--33934	24	3.5	23	72	17	78	22	23	22	31	1.99
36536--36695	65	2.5	65	90	3	252	31	21	18	28	1.97
40408--40449	22	1.9	22	100	0	84	26	23	19	30	1.98
44337--44395	20	3.0	20	80	12	77	16	23	32	27	1.96
46517--46643	61	2.2	58	81	7	141	40	16	13	29	1.87
46933--47006	14	5.1	14	85	3	94	50	14	18	16	1.79
46939--46993	28	2.0	28	100	0	110	50	14	20	14	1.77
47790--47815	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
50359--50480	51	2.4	48	77	12	120	50	4	3	40	1.40
76053--76199	61	2.3	64	84	5	201	27	17	27	27	1.98
84034--84089	21	2.7	21	83	5	69	39	17	39	3	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84448--84566	44	2.7	43	74	5	114	29	21	20	29	1.98
84554--84662	43	2.5	44	83	5	125	36	24	17	21	1.94
84960--85015	25	2.2	25	74	0	58	41	17	5	35	1.73
86423--86547	31	4.0	31	94	2	207	37	23	19	20	1.94
88586--88668	41	2.0	41	85	0	112	51	4	6	37	1.48
91837--91904	25	2.8	25	97	2	129	36	7	0	55	1.28
99433--99472	21	2.0	20	90	5	62	42	17	12	27	1.85
99917--99953	15	2.5	15	95	0	65	18	56	5	18	1.60
110725--110781	18	3.2	18	92	0	96	31	7	36	24	1.82
122807--122861	21	2.6	21	77	11	67	32	16	16	34	1.91
128958--129061	31	3.3	31	70	12	102	39	14	6	39	1.72
128944--129095	65	2.4	65	92	2	263	40	15	5	39	1.69
128989--129093	31	3.2	33	71	15	103	40	16	4	38	1.69
128944--129112	65	2.6	64	86	7	191	40	15	5	37	1.72
135788--135836	18	2.9	16	80	20	55	57	4	0	38	1.18
137846--138327	239	2.0	239	97	0	912	29	18	5	46	1.72
156212--156325	26	4.4	25	78	12	115	48	0	14	36	1.50
156212--156324	27	4.4	26	78	14	110	48	0	14	36	1.50
156194--156325	51	2.6	51	82	10	137	49	0	14	35	1.49
156240--156285	14	3.4	14	82	11	60	54	0	15	30	1.41
156237--156329	13	7.2	12	70	21	55	48	0	11	39	1.40
159379--159421	19	2.3	19	91	0	68	23	23	37	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165366--165524	63	2.5	62	86	2	201	30	19	22	27	1.98
167047--167091	23	2.0	23	86	0	63	24	26	24	24	2.00
170454--170612	63	2.5	62	85	2	192	31	19	22	27	1.98
172143--172187	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
175546--175704	63	2.5	62	86	2	201	30	19	22	27	1.98
177235--177279	23	2.0	23	86	8	65	20	24	26	28	1.99
180277--180310	12	2.8	12	90	4	50	44	8	11	35	1.72
186844--187058	115	1.9	115	83	1	279	29	16	14	40	1.88
194648--194672	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
195450--195518	24	2.7	25	72	16	70	4	14	7	73	1.20
197187--197224	20	1.9	20	94	0	67	39	10	26	23	1.87
197422--197448	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
198942--199014	35	2.0	37	84	10	98	49	2	1	46	1.24
199344--199377	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
199409--199448	21	2.0	20	90	5	62	27	37	27	7	1.84
199481--199530	23	2.2	23	96	0	91	14	54	10	22	1.69
199945--199986	22	1.9	22	95	0	75	21	19	42	16	1.89
203118--203163	6	7.3	6	88	9	65	30	15	2	52	1.55
205948--205988	9	4.8	9	85	11	59	82	0	17	0	0.66
205946--205995	8	6.1	8	84	13	66	84	0	16	0	0.63
205946--205995	15	3.0	17	82	14	68	84	0	16	0	0.63
205950--205995	23	1.9	23	91	8	74	84	0	15	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206443--206509	32	2.1	32	91	0	107	46	20	13	19	1.83
208808--209007	75	2.7	74	79	6	172	34	15	22	28	1.94
208892--209050	75	2.2	71	82	7	178	33	13	22	30	1.92
210391--210475	22	3.9	22	90	0	116	37	14	11	36	1.82
210920--210983	20	3.2	20	63	20	53	42	7	23	26	1.81
210797--211229	122	3.6	123	91	1	671	39	14	19	26	1.90
211147--211503	137	2.6	136	88	2	506	38	15	18	28	1.91
211745--211778	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
211812--211893	21	4.0	21	93	1	139	29	35	26	8	1.86
215750--215798	25	1.9	25	84	12	64	61	10	0	28	1.29
217207--217251	3	15.7	3	86	9	67	66	0	2	31	1.04
217437--217926	134	3.7	134	89	1	700	25	18	30	26	1.98
217942--218023	29	2.8	29	96	0	146	47	15	17	19	1.83
218179--218216	15	2.5	15	95	0	67	47	18	13	21	1.82
218227--218511	29	9.6	28	75	16	184	43	13	13	29	1.82
218207--218374	91	1.9	89	87	2	246	45	13	13	27	1.81
218489--218697	64	3.2	65	80	7	217	42	11	11	33	1.79
218465--218697	64	3.6	63	76	13	204	40	12	12	34	1.81
218765--218823	31	1.9	31	93	3	102	42	15	13	28	1.85
218861--218950	36	2.5	35	83	3	117	35	13	20	31	1.91
218901--219248	103	3.3	102	78	10	350	38	11	16	32	1.85
219205--219276	36	2.0	37	88	2	110	40	9	19	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219642--219690	12	4.1	12	84	7	64	16	2	26	55	1.52
219642--219676	4	8.8	4	90	0	52	17	2	25	54	1.57
226934--226969	3	12.7	3	88	11	58	69	0	0	30	0.89
229008--229057	22	2.2	23	85	3	75	30	20	18	32	1.96
229411--229448	20	1.9	20	84	10	51	50	18	2	28	1.61
229961--229987	8	3.4	8	100	0	54	85	0	0	14	0.61
230786--230837	22	2.4	22	93	0	86	23	40	13	23	1.89
230786--230844	22	2.8	21	89	5	75	22	40	11	25	1.88
231207--231273	20	3.4	20	91	6	102	11	16	20	50	1.76
232928--232980	21	2.5	21	78	0	61	18	11	35	33	1.87
233050--233101	21	2.5	21	83	0	68	17	17	28	36	1.92
233389--233480	21	4.5	21	83	2	107	22	39	18	19	1.93
233391--233480	42	2.2	40	90	4	135	23	38	17	20	1.93
234944--235003	20	3.0	19	78	4	66	38	23	20	18	1.93
234944--235023	40	2.0	39	85	7	108	35	23	22	18	1.96
234992--235035	19	2.2	20	84	8	63	31	22	29	15	1.95
235027--235067	20	2.0	20	85	0	55	14	19	19	46	1.84
235031--235128	49	2.0	49	91	0	160	25	23	17	33	1.96
237635--237686	24	2.2	24	82	0	59	36	17	19	26	1.94
237795--237824	10	3.0	10	95	0	51	16	0	23	60	1.36
238603--238669	20	3.3	20	75	10	64	34	13	22	29	1.92
239548--239574	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240487--240808	162	2.0	162	98	1	630	28	16	20	33	1.95
247031--247076	18	2.5	18	89	3	65	23	6	2	67	1.25
250578--250651	34	2.2	34	92	0	121	51	10	12	25	1.71
258121--258175	25	2.2	26	86	3	76	45	3	10	40	1.57
259164--259198	16	2.1	17	89	5	54	65	5	5	22	1.36
259854--259904	23	2.2	24	80	16	63	58	5	3	31	1.40
267371--267429	23	2.6	23	88	0	91	27	28	25	18	1.98
269105--269149	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
271242--271300	25	2.3	24	83	11	57	47	1	10	40	1.47
277170--277251	21	3.7	23	84	7	91	18	24	34	23	1.96

Tables:   1   2