genome.fa.s9028.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009028.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112428_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  486293

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9696--9765	25	2.9	23	78	21	72	78	0	18	2	0.87
9703--9754	27	1.9	27	85	14	72	80	0	15	3	0.85
9697--9770	12	6.2	11	77	14	67	79	0	17	2	0.84
10893--11315	81	5.2	82	91	4	669	28	13	21	35	1.92
11924--12464	112	4.8	112	94	2	804	38	14	20	27	1.91
12711--12807	3	32.7	3	81	6	117	35	5	0	59	1.19
15888--15934	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
16614--16843	20	11.5	20	82	3	221	19	17	24	37	1.93
16830--16912	21	4.0	21	75	6	78	25	15	24	34	1.95
16810--16908	42	2.4	43	77	11	100	21	17	23	38	1.93
17609--17643	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
20289--20335	8	6.0	8	87	5	69	10	17	12	59	1.60
20289--20335	15	3.1	15	87	6	67	10	17	12	59	1.60
21472--21543	8	9.0	8	76	8	67	79	6	13	0	0.93
21490--21573	23	3.7	23	74	6	64	76	8	14	1	1.07
23165--23212	25	1.9	25	83	8	62	27	2	2	68	1.11
28625--29029	194	2.1	192	80	3	438	27	22	17	32	1.96
30868--31157	120	2.4	122	86	6	394	44	10	13	31	1.78
31528--31585	28	2.1	28	90	0	89	44	5	12	37	1.64
34750--34863	60	1.9	60	84	8	153	34	29	4	31	1.77
34990--35170	60	3.0	59	77	9	179	39	3	24	32	1.73
35383--35413	3	10.0	3	93	6	53	64	3	0	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35902--35965	29	2.2	29	83	5	76	37	17	12	32	1.87
37367--37398	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
39489--39539	25	2.0	25	92	7	86	23	11	15	49	1.78
42284--42314	7	4.4	7	100	0	62	29	29	12	29	1.94
43041--43087	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
64752--64779	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
69665--69718	20	2.6	21	76	5	56	20	24	16	38	1.92
69667--69727	21	3.0	21	75	4	61	22	22	18	36	1.95
69766--69945	41	4.4	41	81	4	222	23	18	17	40	1.92
70089--70231	21	6.8	22	71	7	95	33	20	21	24	1.97
70082--70222	63	2.2	63	91	0	219	33	19	21	25	1.97
70160--70342	41	4.7	41	68	16	111	33	18	23	24	1.97
70271--70348	21	3.8	21	82	3	104	34	20	24	20	1.96
71449--71569	51	2.4	49	76	10	129	25	9	10	53	1.66
74148--74179	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
80058--80114	30	1.9	30	96	0	105	49	14	3	33	1.60
82405--82450	20	2.3	21	92	7	78	50	4	0	45	1.21
84031--84077	20	2.2	21	81	7	60	57	4	4	34	1.38
84038--84076	20	1.9	21	89	5	62	66	2	5	25	1.25
87151--87201	2	26.5	2	76	7	52	49	0	0	50	1.00
92872--92896	4	6.2	4	100	0	50	72	0	0	28	0.86
93026--93058	16	1.9	17	88	11	50	60	3	0	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93013--93086	24	3.3	23	73	25	61	67	1	0	31	0.99
93020--93078	17	3.8	16	72	18	52	64	1	0	33	1.04
93181--93208	5	5.6	5	100	0	56	17	0	82	0	0.68
96286--96320	16	2.3	15	90	5	52	60	0	0	40	0.97
96368--96397	12	2.6	11	90	10	51	40	0	0	60	0.97
96371--96396	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
96257--96478	118	1.9	118	90	1	356	52	4	1	40	1.32
96371--96445	26	2.8	27	75	20	84	52	0	0	48	1.00
96408--96439	17	1.9	16	93	6	55	59	0	0	40	0.97
96584--96615	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
98127--98184	26	2.2	26	100	0	116	37	6	18	36	1.78
99003--99109	31	3.4	31	65	14	92	38	26	14	21	1.91
98996--99133	64	2.2	64	100	0	276	36	26	13	23	1.92
100264--100306	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
100627--100674	16	2.9	16	78	6	51	54	2	0	43	1.12
111622--111659	19	2.0	20	89	5	60	47	0	18	34	1.49
115660--115734	39	1.9	39	83	2	98	46	12	16	25	1.81
117617--117656	16	2.5	16	95	0	71	37	5	30	27	1.78
118894--118920	10	2.7	10	100	0	54	25	0	11	62	1.28
125099--125125	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
125492--125605	47	2.4	47	92	2	194	43	2	12	41	1.56
125609--125684	31	2.6	29	82	14	77	50	3	1	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139695--139744	19	2.5	19	93	6	82	34	28	4	34	1.76
144063--144126	21	3.4	20	66	29	59	31	4	18	45	1.70
144055--144176	35	3.4	36	87	6	176	32	4	18	43	1.72
148684--148749	21	3.5	21	67	26	65	28	4	19	46	1.69
148677--148794	35	3.3	37	87	8	163	32	3	19	44	1.67
150134--150178	21	2.1	21	83	0	54	35	17	2	44	1.62
153151--153198	24	2.0	24	100	0	96	37	16	25	20	1.93
159081--159114	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
159447--159473	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
159691--159771	38	2.1	38	93	0	135	34	17	16	32	1.92
160866--160902	16	2.3	16	90	0	56	51	13	0	35	1.41
168651--168699	24	2.0	24	84	7	64	67	2	0	30	1.02
169486--169549	30	2.1	32	88	5	96	45	3	17	34	1.64
171259--171287	6	4.8	6	100	0	58	0	48	17	34	1.47
174391--174460	32	2.2	32	84	5	88	24	14	21	40	1.90
176042--176096	20	2.7	20	85	2	65	20	25	20	34	1.96
176040--176114	21	3.6	21	78	3	80	22	25	18	33	1.97
176104--176257	20	7.7	20	91	1	254	38	20	20	20	1.94
176453--176518	22	3.0	22	79	0	78	25	36	16	21	1.94
176867--176916	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
176884--176938	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
176903--176946	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178810--178990	20	9.7	20	78	16	165	40	20	19	18	1.92
179051--179099	20	2.5	20	93	0	89	14	20	24	40	1.89
179583--179687	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
179580--179690	42	2.6	42	78	5	118	20	37	18	22	1.94
181217--181292	33	2.3	34	90	2	118	44	18	22	14	1.86
181300--181363	33	1.9	34	87	3	94	12	25	21	40	1.88
181335--181423	20	4.4	20	91	2	144	16	22	25	34	1.95
184748--184794	20	2.3	20	92	0	76	21	19	27	31	1.97
184781--184935	20	7.7	20	84	2	211	20	20	20	39	1.93
184781--184935	41	3.8	41	92	0	249	20	20	20	39	1.93
184781--184935	61	2.5	60	82	3	211	20	20	20	39	1.93
184932--184977	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
194260--194292	16	2.1	16	88	11	50	48	0	0	51	1.00
195614--195640	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
200971--201453	241	2.0	241	100	0	966	26	16	19	37	1.93
203979--204096	31	3.7	31	80	2	128	14	14	13	57	1.65
205215--205350	4	34.0	4	100	0	272	25	0	25	50	1.50
208024--208394	184	2.0	184	93	1	627	46	8	3	41	1.50
209180--209256	21	3.8	20	76	11	75	40	22	19	18	1.92
209180--209275	20	4.7	19	76	15	77	40	23	18	16	1.91
209243--209452	20	10.5	20	84	5	237	35	26	17	20	1.95
210135--210181	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212608--212772	33	4.7	34	81	13	183	46	18	21	13	1.83
212622--212810	19	10.7	19	78	17	219	45	17	21	15	1.85
212608--212810	52	3.9	52	86	10	281	45	18	21	14	1.85
212819--212916	19	5.4	19	82	13	134	14	22	16	46	1.82
212800--212916	34	3.4	34	87	9	148	13	24	17	44	1.85
213023--213059	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
214991--215111	19	6.6	19	81	10	135	45	23	19	11	1.83
215107--215202	19	5.3	19	79	13	112	9	15	29	45	1.77
215250--215809	93	6.1	93	98	0	1072	46	19	12	22	1.83
217376--217429	25	2.2	26	80	12	69	53	18	9	18	1.70

Tables:   1   2