genome.fa.s9055.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009055.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112470_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  451578

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 259 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--66	21	3.2	21	78	4	89	39	16	27	16	1.90
1--127	41	3.1	41	81	4	123	37	21	22	19	1.95
52--149	20	4.8	20	70	3	61	37	23	16	22	1.93
52--149	41	2.4	41	85	0	133	37	23	16	22	1.93
1923--1967	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2440--2485	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
2451--2495	20	2.3	20	84	3	65	40	20	24	15	1.91
2479--2574	19	5.6	19	65	25	70	46	22	19	10	1.80
2495--2552	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2479--2569	32	2.8	33	94	3	166	48	23	18	9	1.78
2586--2643	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2581--2659	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
2600--2717	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
4696--4782	19	4.8	19	86	10	130	48	17	20	13	1.81
4667--4782	33	3.4	33	84	11	151	44	19	21	13	1.85
4801--4858	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
5918--5971	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
6145--6169	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
8463--8521	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
8648--8684	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
10042--10108	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
10081--10164	42	2.0	42	83	0	105	23	16	38	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12189--12287	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
12164--12329	20	9.1	19	74	16	136	43	22	22	12	1.86
12325--12391	19	3.5	19	82	8	64	11	14	25	47	1.79
12336--12388	19	2.7	19	88	2	70	13	16	24	45	1.83
12956--13084	20	6.3	19	73	12	80	19	19	18	42	1.89
12910--13003	20	4.7	20	80	2	89	24	17	24	34	1.96
12931--13065	41	3.3	40	82	6	137	20	19	20	40	1.92
13011--13084	20	3.7	20	78	10	87	17	20	18	43	1.88
12992--13084	41	2.3	41	96	0	168	17	22	18	41	1.90
14302--14351	2	26.0	2	80	8	59	44	4	0	52	1.20
14293--14351	10	6.3	10	75	13	54	42	3	0	54	1.17
14292--14336	18	2.5	18	92	0	72	42	4	0	53	1.21
14377--14567	36	5.2	35	72	19	124	44	4	4	47	1.41
14383--14524	68	2.1	68	83	12	186	42	5	5	46	1.51
14383--14524	67	2.1	67	83	12	184	42	5	5	46	1.51
14528--14594	29	2.2	30	86	7	91	47	1	1	49	1.19
14538--14604	29	2.3	29	81	0	89	49	1	2	46	1.26
15582--15654	30	2.4	30	93	0	119	31	24	19	24	1.98
15641--15764	63	2.0	62	87	4	178	32	20	18	29	1.96
15640--15767	31	4.1	31	77	9	134	33	20	17	28	1.96
17135--17179	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
18857--18917	22	2.7	22	76	19	63	13	6	4	75	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22881--22925	15	3.0	15	80	0	54	60	11	15	13	1.60
23195--23236	21	2.0	21	100	0	84	28	19	19	33	1.96
25505--25558	24	2.2	25	87	9	76	57	1	9	31	1.41
25554--25599	14	3.3	14	82	11	67	84	2	0	13	0.71
25554--25600	7	6.6	7	81	13	60	85	2	0	12	0.70
26908--26965	31	1.9	30	89	3	89	39	3	3	53	1.35
30808--30909	39	2.6	38	89	3	150	9	28	34	27	1.89
31759--31840	27	3.5	22	74	20	69	30	15	14	39	1.88
36023--36184	63	2.5	64	83	4	186	33	22	17	26	1.96
43871--43904	7	4.7	7	85	7	50	58	2	0	38	1.13
47763--47833	11	7.3	10	71	23	53	47	2	0	49	1.16
47953--47998	19	2.4	19	85	7	58	45	0	2	52	1.13
48275--48355	30	2.7	30	82	3	101	35	16	7	40	1.76
48695--48746	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
50003--50033	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
54080--54131	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
54120--54213	20	4.7	20	77	2	80	34	23	18	24	1.96
54117--54194	41	1.9	41	83	0	102	39	20	16	23	1.92
54790--54974	33	5.1	38	79	13	183	11	21	22	43	1.85
54790--54974	19	10.1	19	77	14	183	11	21	22	43	1.85
55867--55989	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
55923--55989	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57346--57381	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
57560--57690	19	7.7	19	65	23	85	14	22	19	43	1.87
57564--57690	33	3.9	32	86	8	184	14	22	19	43	1.88
57557--57689	66	2.0	66	95	0	239	16	21	19	42	1.89
59984--60008	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
60183--60236	24	2.2	24	86	0	72	38	18	16	25	1.92
61296--61353	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
61353--61486	19	7.8	19	76	23	163	14	21	17	45	1.85
61353--61496	33	4.4	33	98	0	270	14	21	18	45	1.85
61394--61496	52	2.1	47	74	18	77	14	21	18	45	1.85
61370--61467	14	6.3	14	78	21	106	14	21	18	45	1.84
61377--61496	14	7.5	14	66	24	51	14	20	19	45	1.84
63486--63552	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
63541--63603	14	4.3	14	79	16	74	50	25	15	7	1.71
63525--63599	32	2.3	33	95	2	134	45	25	18	10	1.82
63610--63673	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
63658--63712	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
64185--64229	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
65550--65587	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
65851--65894	22	2.0	22	91	8	72	18	13	45	22	1.84
66082--66134	20	2.7	20	91	5	81	26	18	28	26	1.98
66120--66220	20	4.9	21	71	12	59	18	19	18	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66062--66176	20	5.7	20	76	5	79	24	17	23	34	1.96
66104--66238	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
66165--66257	20	4.6	20	78	4	96	17	24	18	39	1.91
66165--66257	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
71224--71250	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
76848--76932	36	2.4	36	100	0	170	14	18	15	51	1.76
82423--82458	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
90621--90803	60	3.0	60	86	2	251	36	6	4	53	1.45
91831--92051	64	3.5	64	80	7	182	35	19	18	27	1.94
92788--93107	103	3.1	103	95	0	570	25	13	23	37	1.91
93114--93191	23	3.3	23	80	1	84	25	20	21	32	1.98
97524--97744	64	3.5	64	81	7	220	33	19	19	27	1.96
98481--98798	103	3.1	103	95	0	557	27	11	23	37	1.90
98808--98884	23	3.3	23	79	1	91	25	20	20	32	1.97
104291--104355	31	2.1	31	88	5	96	32	10	7	49	1.66
104768--104798	13	2.4	13	100	0	62	54	0	16	29	1.42
110313--110380	31	2.2	31	83	0	82	23	13	10	52	1.70
113938--113976	18	2.2	17	90	4	60	43	0	2	53	1.14
121492--121903	205	2.0	206	98	0	799	34	16	13	35	1.88
124109--124316	103	2.0	103	100	0	416	18	11	20	49	1.78
127684--127768	43	2.0	43	85	0	116	42	32	9	15	1.79
129015--129423	21	19.7	21	68	13	129	22	17	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129077--129423	42	8.4	38	78	11	185	22	17	23	36	1.95
129015--129271	102	2.5	100	86	8	347	22	16	24	36	1.94
129096--129416	63	5.1	63	85	7	390	22	17	23	37	1.94
130303--130376	21	3.5	21	75	14	80	37	24	17	20	1.93
130300--130446	42	3.8	42	73	20	147	36	21	19	23	1.95
130341--130408	33	2.1	33	88	0	100	39	20	17	22	1.92
130378--130443	19	3.3	19	74	15	60	33	16	21	28	1.95
130409--130500	19	4.5	19	77	15	76	33	17	21	27	1.96
130450--130508	19	2.8	20	80	10	66	37	16	22	23	1.94
130385--130508	63	2.0	63	88	0	185	36	16	20	25	1.94

Tables:   1   2   3