genome.fa.s9056.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009056.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112471_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  907955

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 360 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2925--2958	17	2.1	17	88	5	52	58	8	5	26	1.51
17471--17505	15	2.3	15	100	0	70	25	28	11	34	1.91
21603--21644	20	2.0	21	86	4	59	26	33	9	30	1.88
22711--23086	121	3.0	128	92	3	604	31	12	21	34	1.91
27138--27184	14	3.4	14	74	11	51	46	4	19	29	1.68
32967--33004	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
34302--34336	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
35402--35439	19	2.0	20	84	5	51	52	7	7	31	1.59
36098--36175	38	2.1	38	92	0	129	7	29	29	33	1.85
36337--36370	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
38279--38313	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
45731--45776	24	2.0	23	83	12	58	45	4	6	43	1.49
55555--55630	35	2.2	35	87	0	107	38	23	1	36	1.64
56027--56274	130	1.9	130	92	0	415	36	15	12	35	1.85
56201--56247	23	2.1	21	84	7	58	36	14	14	34	1.88
56598--56660	28	2.3	27	81	8	72	44	1	3	50	1.27
56737--56769	17	1.9	17	88	11	50	63	6	3	27	1.32
57385--57449	29	2.2	30	97	2	123	29	0	27	43	1.56
80580--80722	21	7.0	21	71	7	123	18	20	24	36	1.95
80606--80719	20	5.6	20	77	8	131	14	22	24	38	1.91
80584--80722	41	3.4	41	92	4	235	16	20	25	37	1.93
80584--80741	82	1.9	83	96	1	291	16	20	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80711--80763	22	2.4	22	96	0	97	16	16	28	37	1.91
80816--80847	6	5.5	6	96	3	57	31	53	15	0	1.43
81342--81385	5	8.6	5	97	2	79	0	20	56	22	1.42
81498--81645	48	3.3	48	69	21	167	30	23	23	22	1.99
81498--81680	84	2.1	86	93	5	316	31	24	22	21	1.98
81621--81726	20	5.2	20	64	12	54	35	25	19	18	1.95
81628--81730	41	2.5	41	93	0	170	37	25	19	17	1.93
81628--81734	21	5.2	21	67	4	83	38	26	18	16	1.92
81694--81839	72	2.0	72	98	0	283	33	20	23	21	1.97
82807--82853	23	2.0	24	84	12	62	42	17	10	29	1.82
82807--82853	24	2.0	24	83	8	60	42	17	10	29	1.82
84995--85036	22	1.9	22	95	0	75	35	23	11	28	1.91
84994--85042	22	2.2	22	85	0	71	40	22	10	26	1.86
88607--88655	25	1.9	26	87	4	73	42	16	4	36	1.67
88621--88765	71	2.0	71	90	0	227	40	15	8	36	1.77
105336--105379	17	2.6	16	86	10	61	70	0	0	29	0.88
106252--106315	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
106250--106314	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
106356--106409	14	3.5	14	73	22	54	7	25	24	42	1.80
106340--106428	33	2.7	33	91	1	133	6	22	23	47	1.75
106367--106472	21	5.6	20	74	15	100	12	21	19	46	1.83
106552--106622	33	2.2	33	89	0	106	49	15	22	12	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107002--107194	20	9.6	20	84	5	237	19	19	26	34	1.95
107188--107241	21	2.7	20	75	11	56	29	16	18	35	1.93
108576--108630	3	18.0	3	81	10	67	65	0	0	34	0.93
118662--118696	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
120037--120190	82	1.9	79	85	6	213	44	15	9	30	1.79
124483--124548	29	2.3	30	86	5	91	27	10	10	51	1.69
133851--133876	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
143246--143286	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
143678--143726	16	2.9	16	84	6	62	36	0	6	57	1.24
143697--143732	16	2.2	16	90	0	54	41	0	5	52	1.24
145539--145632	37	2.6	35	81	8	109	31	4	19	44	1.70
147277--147317	19	2.0	22	86	13	61	43	7	9	39	1.65
147410--147444	8	4.5	8	96	3	63	51	22	11	14	1.74
148338--148430	35	2.6	36	85	6	127	32	4	17	46	1.67
148338--148431	37	2.6	35	86	8	127	32	4	17	45	1.67
148249--150222	652	3.0	652	94	0	3452	30	16	16	35	1.92
159424--159452	14	2.1	14	100	0	58	0	0	41	58	0.98
162983--163031	3	16.3	3	95	0	89	67	2	0	30	1.02
164203--164483	131	2.1	131	89	0	418	38	18	3	39	1.67
166543--166596	27	2.0	27	100	0	108	33	3	25	37	1.74
170388--170429	22	1.9	22	100	0	84	23	19	23	33	1.97
171790--171859	31	2.2	32	84	2	88	55	2	2	38	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172712--172736	13	1.9	13	100	0	50	24	12	24	40	1.88
177679--177709	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
179764--179797	11	3.2	11	87	8	52	38	23	0	38	1.55
179825--179853	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
182021--182075	24	2.3	24	80	0	65	34	25	29	10	1.90
185907--186034	51	2.5	50	83	1	148	21	32	31	15	1.94
186994--187079	37	2.3	39	75	15	90	44	0	4	51	1.22
187220--187263	20	2.3	19	85	11	63	20	25	9	45	1.80
187226--187263	20	1.9	20	94	0	67	21	23	10	44	1.83
187545--187571	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
188157--188197	20	2.0	21	85	9	57	7	9	7	75	1.18
191484--191529	22	2.1	23	88	11	71	21	2	0	76	0.90
191743--191779	16	2.3	16	100	0	74	37	0	0	62	0.96
205064--205135	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
209565--209619	28	2.0	28	100	0	110	36	20	14	29	1.92
211533--211591	23	2.5	24	72	10	68	33	18	22	25	1.96
228601--228667	30	2.2	30	86	0	89	14	25	22	37	1.93
232043--232123	41	2.0	41	90	0	126	11	7	23	58	1.58
232146--232230	24	3.6	24	90	1	118	22	11	18	47	1.81
232486--232532	12	3.9	12	80	0	58	38	21	14	25	1.92
242196--242233	12	3.2	12	85	7	51	23	2	0	73	0.95
248751--248903	63	2.4	64	91	3	238	27	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255828--255927	49	2.0	49	92	3	166	29	13	16	42	1.85
257595--257619	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
269882--269933	25	2.0	26	82	10	63	55	3	3	36	1.36
273059--273091	16	2.1	16	94	0	57	60	24	9	6	1.49
273161--273209	24	1.9	26	84	12	66	61	26	8	4	1.42
273469--273519	26	2.0	26	84	7	68	56	15	13	13	1.67
278190--278416	104	2.2	105	87	4	327	29	21	15	33	1.94
294142--294294	31	5.0	31	95	3	265	19	19	22	37	1.94
298444--298593	30	5.0	30	92	6	227	19	20	24	36	1.95
299761--299840	33	2.5	32	79	6	90	38	1	3	56	1.25
299673--299822	74	2.0	73	88	1	219	38	2	6	52	1.42
300752--301305	276	2.0	277	97	2	1060	28	16	15	40	1.88
301994--302058	27	2.3	28	86	7	87	52	0	0	47	1.00
305735--305771	2	18.5	2	88	0	56	45	0	5	48	1.25
307611--307666	19	3.1	19	70	17	55	55	16	7	21	1.64
307603--307675	36	2.1	35	86	2	101	56	15	9	19	1.66
311830--311859	3	10.0	3	92	0	51	63	0	0	36	0.95
313465--313750	42	6.7	43	81	9	277	24	19	6	49	1.73
313481--313771	43	6.9	42	82	6	304	24	19	8	47	1.77
313465--313771	85	3.6	85	80	6	313	24	19	8	48	1.75
313508--313768	128	2.0	129	83	5	334	24	18	8	48	1.76
315905--315938	16	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317334--317413	21	3.9	21	76	1	81	35	27	20	17	1.95
317434--317506	21	3.5	20	83	3	83	34	24	17	23	1.96
331232--331469	119	2.0	119	99	0	467	32	11	22	33	1.90
333132--333165	15	2.3	15	100	0	68	5	47	11	35	1.65
339189--339240	19	2.7	19	90	3	77	50	19	19	11	1.77
339226--339327	40	2.5	42	87	8	163	41	23	19	15	1.90
339227--339336	20	5.3	20	81	11	116	42	21	19	16	1.89
339431--339472	6	7.0	6	100	0	84	33	50	16	0	1.46
339944--339984	5	7.6	5	97	2	55	0	19	53	26	1.45
339947--339988	6	7.5	6	97	2	63	0	16	54	28	1.42

Tables:   1   2   3