genome.fa.s9056.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009056.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112471_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  907955

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 360 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622057--622110	23	2.3	23	96	0	99	18	11	24	46	1.81
623965--623996	15	2.0	17	88	11	50	43	6	12	37	1.68
624402--624586	32	5.9	31	86	5	230	28	18	18	34	1.94
627379--627434	18	3.1	17	73	17	51	57	1	0	41	1.09
637128--637246	59	2.0	59	91	3	195	28	16	20	34	1.94
639698--639781	41	2.0	41	86	0	114	36	20	17	25	1.94
647690--647883	84	2.3	84	78	7	196	25	21	27	25	1.99
647729--647883	42	3.7	41	77	5	148	24	21	29	25	1.99
647922--648305	84	4.7	83	77	9	374	21	18	26	34	1.96
647922--648376	42	10.9	42	77	5	323	21	18	26	33	1.96
648008--648120	36	2.9	38	74	12	106	24	17	26	30	1.97
647924--648305	162	2.3	165	80	5	398	21	18	26	34	1.96
650241--650328	36	2.4	36	92	0	140	43	14	17	25	1.87
651025--651220	102	1.9	102	84	2	259	32	17	19	30	1.96
655537--655870	169	2.0	165	97	2	632	38	20	16	24	1.92
675754--675808	23	2.4	23	87	0	74	52	20	14	12	1.73
677720--677771	23	2.3	23	86	0	68	19	11	23	46	1.82
681316--681395	39	2.1	39	97	0	151	27	17	10	45	1.80
681347--681864	175	3.0	174	92	3	857	33	11	16	38	1.85
685168--685254	31	2.8	30	81	10	95	54	3	1	41	1.25
693705--693730	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
697996--698033	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698125--698251	4	31.8	4	100	0	254	49	25	0	25	1.50
704024--704085	26	2.4	25	75	17	65	24	1	4	69	1.17
704367--704423	22	2.5	22	76	23	57	61	1	3	33	1.23
705510--705566	25	2.3	26	79	14	66	35	10	5	49	1.60
706157--706195	4	9.8	4	94	0	69	51	20	0	28	1.48
706153--706195	16	2.7	16	96	0	77	51	18	0	30	1.47
706161--706199	12	3.2	12	92	0	69	51	17	0	30	1.46
707407--707446	17	2.2	19	86	8	57	47	7	5	40	1.54
707879--708085	104	2.0	105	94	0	362	37	15	23	23	1.93
711008--711045	18	2.1	18	100	0	76	26	21	21	31	1.98
723531--723569	21	1.9	20	89	5	60	25	0	2	71	0.98
724429--724465	14	2.6	15	83	12	51	54	2	0	43	1.14
724897--724934	20	2.0	20	89	5	60	65	5	10	18	1.41
727629--727713	43	2.0	44	95	2	154	34	21	11	32	1.89
728337--728372	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
733160--733365	103	2.0	103	100	0	412	22	12	29	35	1.91
733694--733733	16	2.5	16	91	0	62	50	30	12	7	1.68
733693--733756	16	4.0	16	76	6	58	50	26	10	12	1.73
733846--733897	18	2.8	19	75	16	56	51	0	0	48	1.00
734471--734543	32	2.3	31	79	11	76	41	26	9	23	1.85
739317--739423	41	2.6	40	94	2	178	20	15	25	38	1.92
739493--739536	19	2.3	19	96	0	79	20	18	18	43	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739317--739518	107	1.9	107	85	6	284	19	17	24	38	1.93
739637--739672	10	3.3	11	92	7	56	27	55	16	0	1.42
739641--739675	5	6.6	5	96	3	52	25	54	20	0	1.45
740261--740307	19	2.5	19	100	0	94	40	19	21	19	1.92
740292--740376	41	2.0	41	84	6	109	38	22	21	17	1.93
740317--740380	21	3.1	21	70	4	67	39	25	18	17	1.92
749671--749768	30	3.4	28	72	19	76	57	1	3	38	1.21
750755--750803	20	2.5	20	96	0	89	10	44	12	32	1.75
751039--751091	24	2.2	25	87	9	76	24	3	3	67	1.23
751834--751864	14	2.2	14	94	0	53	12	9	0	77	0.99
752759--752805	8	5.9	8	80	9	51	8	2	6	82	0.90
755419--755498	39	2.1	39	88	4	117	30	27	21	21	1.98
763115--763389	80	3.3	80	64	27	194	33	25	17	24	1.96
763018--763607	170	3.5	170	97	0	1108	33	24	17	23	1.96
764228--764275	20	2.5	20	96	3	89	10	43	12	33	1.77
764473--764560	23	3.7	23	66	16	54	22	2	5	69	1.21
764509--764561	24	2.2	25	87	9	76	24	3	3	67	1.23
765299--765329	14	2.2	14	94	0	53	12	9	0	77	0.99
768212--768625	205	2.0	208	98	1	798	24	17	16	41	1.90
771517--771571	18	3.1	18	89	0	92	21	49	18	10	1.78
771588--771672	42	2.0	42	100	0	170	29	21	18	30	1.97
775098--775169	24	3.0	24	78	8	92	15	15	18	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775932--776172	120	2.0	119	94	0	419	27	15	20	36	1.93
786777--786833	24	2.3	24	93	3	96	29	14	26	29	1.95
787635--787695	21	2.9	21	97	2	113	21	24	14	39	1.91
787907--787931	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
790711--790741	13	2.5	12	90	10	53	80	0	0	19	0.71
795601--795636	3	12.0	3	87	0	54	63	5	0	30	1.17
795807--795838	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
805207--805234	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
805253--805335	27	3.1	27	91	0	139	48	12	1	38	1.48
806457--806585	65	2.0	65	96	3	242	22	17	17	42	1.89
812086--812146	33	1.9	32	83	9	81	54	4	4	36	1.44
812273--812320	20	2.4	19	86	6	60	25	22	6	45	1.75
821428--821463	18	1.9	19	88	5	56	50	0	0	50	1.00
821717--821749	15	2.1	17	88	11	52	45	6	15	33	1.70
821834--821871	17	2.4	17	86	8	53	50	5	7	36	1.54
821709--821925	117	1.9	114	89	3	337	36	5	8	48	1.59
821687--821937	117	2.2	119	84	6	336	33	5	8	51	1.57
821689--821939	116	2.2	117	83	8	341	33	5	8	52	1.57
822663--822732	19	3.6	19	77	12	79	61	0	4	34	1.16
829300--829340	20	2.0	20	95	0	73	21	31	21	24	1.98
830287--830313	14	1.9	14	100	0	54	44	29	18	7	1.77
832440--832707	140	1.9	140	95	0	482	29	12	14	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832693--832722	15	2.0	15	93	0	51	36	16	13	33	1.88
832707--832763	20	2.8	20	97	0	105	31	24	15	28	1.96
832803--832860	20	2.9	20	75	10	64	15	15	25	43	1.86
834389--834440	21	2.5	21	80	0	68	28	19	28	23	1.98
834389--834500	21	5.3	21	72	2	64	26	17	33	22	1.96
834389--834503	42	2.7	42	78	2	115	27	18	32	21	1.97
835014--835081	20	3.4	20	93	0	118	30	23	19	26	1.98
835126--835290	20	8.6	20	80	7	137	15	19	21	43	1.88
835143--835211	34	2.1	33	88	2	102	15	18	17	47	1.82
835130--835231	53	1.9	54	85	2	143	16	19	19	44	1.87
837575--837633	22	2.7	22	83	0	82	20	18	42	18	1.90
837774--837845	20	3.6	20	74	7	65	26	20	22	30	1.98
837860--837905	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
837871--837907	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
842993--843031	19	2.1	19	95	0	69	38	10	20	30	1.86
847845--847915	15	5.2	14	75	13	51	26	5	0	67	1.12
861598--861646	25	1.9	26	84	12	66	34	4	0	61	1.15
861598--861646	24	1.9	25	84	12	64	34	4	0	61	1.15
869137--869762	311	2.0	311	93	0	1056	25	22	18	34	1.96
870319--870361	17	2.5	17	96	0	77	16	4	30	48	1.66
872142--872178	18	2.1	18	89	0	56	43	16	27	13	1.85
875274--875333	25	2.4	25	81	10	70	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875897--875929	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
875984--876012	9	3.3	9	90	9	51	10	0	0	89	0.48
884031--884102	13	5.7	12	73	8	54	37	4	18	40	1.70
886745--886817	31	2.4	31	97	0	137	32	10	6	49	1.65
888143--888189	21	2.2	22	96	3	87	34	29	4	31	1.77
891744--891933	75	2.5	75	88	4	267	19	23	33	23	1.97
892540--892583	17	2.6	17	89	7	63	59	27	0	13	1.35
900296--900490	75	2.6	75	90	2	295	19	24	32	24	1.98
905319--905343	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
905924--906000	3	25.7	3	100	0	154	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3

The End!