genome.fa.s9079.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009079.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112518_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  283420

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10111--10209	33	3.0	32	89	4	153	45	15	7	32	1.73
19394--19436	21	2.0	21	86	0	59	25	11	30	32	1.91
26745--26829	33	2.6	33	88	0	125	8	37	27	27	1.85
26811--26875	14	4.2	14	77	21	67	7	30	36	24	1.84
26830--26863	10	3.4	10	84	15	52	8	29	38	23	1.85
26793--26881	34	2.5	35	89	5	126	11	30	34	23	1.90
26920--26977	29	2.0	29	93	0	98	22	25	37	13	1.91
29645--29669	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
38123--38160	6	6.3	6	96	0	67	31	50	0	18	1.47
40293--40317	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
48999--49031	16	2.1	16	100	0	66	30	6	12	51	1.63
49686--49711	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
50867--50932	3	22.7	3	87	6	100	63	0	0	36	0.95
50869--50927	20	3.0	20	100	0	118	61	0	0	38	0.96
59217--59249	11	3.1	11	86	4	50	63	0	0	36	0.95
59863--59998	60	2.3	58	80	9	159	36	13	16	33	1.88
60242--60289	24	2.0	24	95	0	87	29	16	14	39	1.88
60259--60336	36	2.2	36	90	4	122	26	15	15	42	1.87
60980--61502	230	2.3	225	86	9	718	41	17	12	28	1.86
62747--62832	42	2.0	43	88	2	129	32	13	4	48	1.63
65563--65607	15	2.6	18	73	23	51	17	4	22	55	1.60
65602--65648	25	2.0	25	87	8	71	25	10	12	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66264--66301	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
66790--66889	23	4.3	23	79	2	101	34	22	21	23	1.97
69470--69583	24	4.8	24	85	2	131	41	21	12	25	1.87
69470--69583	48	2.4	48	86	0	156	41	21	12	25	1.87
74411--74453	20	2.1	20	86	4	59	60	20	9	9	1.55
74467--74533	23	3.0	22	70	10	57	50	16	20	11	1.76
75608--75786	87	2.1	87	100	0	358	36	5	5	52	1.48
77556--77621	30	2.2	30	83	0	78	34	19	28	16	1.94
78825--78862	20	1.9	20	94	0	67	55	13	15	15	1.70
82223--82335	35	3.2	34	83	5	136	42	20	1	35	1.63
83389--83501	35	3.2	35	85	1	154	34	0	22	42	1.60
83739--83795	15	4.0	14	82	17	73	54	0	0	45	0.99
83724--83788	21	3.1	21	75	18	55	52	1	0	46	1.10
83831--84015	31	5.8	30	73	20	126	49	3	4	41	1.42
83838--83884	24	1.9	25	82	4	60	55	4	2	38	1.31
83894--83955	14	4.4	14	76	15	56	45	1	6	46	1.38
84025--84079	21	2.7	20	77	8	65	49	3	9	38	1.52
84236--84267	16	1.9	17	93	6	57	40	15	6	37	1.73
84364--84552	2	96.5	2	64	19	69	44	6	3	46	1.45
84376--84639	79	3.2	82	76	17	285	43	6	3	46	1.47
84748--84829	6	15.0	6	71	25	58	51	1	1	46	1.16
84752--84804	28	1.9	27	88	3	79	52	0	1	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84748--84873	34	3.8	33	72	18	109	49	1	3	46	1.27
84748--84858	15	6.8	16	73	17	86	48	0	2	47	1.22
84847--84905	30	2.0	30	90	6	93	52	5	3	38	1.40
84855--84917	14	4.2	15	73	18	51	49	4	4	41	1.45
84886--84939	21	2.6	21	73	8	56	42	5	5	46	1.50
84938--85148	22	7.5	31	67	26	116	49	5	5	38	1.50
84974--85045	36	2.0	36	88	0	108	48	6	4	40	1.49
84849--85102	89	2.9	89	89	3	363	48	5	5	40	1.49
84996--85177	75	2.4	75	90	4	219	48	6	6	39	1.53
85245--85325	16	5.4	15	78	17	80	48	4	3	43	1.42
85218--85328	43	2.6	41	78	14	116	45	3	3	46	1.37
85204--85325	2	60.5	2	69	24	62	45	3	4	47	1.38
85332--85379	24	2.0	24	92	8	80	45	10	4	39	1.58
85358--85537	18	9.8	18	71	21	101	42	8	7	42	1.62
85368--85421	24	2.2	24	83	3	72	46	9	5	38	1.59
85356--85472	38	3.0	38	81	14	123	43	7	7	41	1.62
85499--85544	18	2.6	17	79	3	56	41	6	8	43	1.61
85610--85634	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
85638--85854	20	10.7	20	69	15	115	43	5	5	46	1.47
85648--85685	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
85754--85857	2	51.5	2	74	14	81	45	2	2	49	1.32
85754--85862	22	4.9	22	76	15	109	44	2	3	49	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86090--86368	138	2.0	138	100	0	558	28	11	10	49	1.72
86228--86618	215	1.8	215	92	2	660	28	11	8	50	1.68
85882--86583	352	2.0	347	89	4	1074	29	12	9	49	1.71
104784--104823	21	1.9	21	94	0	71	35	10	12	42	1.76
109234--109294	23	2.7	23	94	0	104	27	27	24	19	1.99
109405--109440	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
109301--109543	121	2.0	121	95	0	432	35	24	15	25	1.94
109423--109648	103	2.2	103	99	0	443	34	23	15	26	1.94
110859--111017	63	2.5	63	87	2	212	26	22	19	32	1.97
110985--111022	19	2.0	20	94	5	69	26	28	15	28	1.96
117830--118706	438	2.0	438	99	0	1745	34	22	18	24	1.96
120878--120958	31	2.6	31	80	5	83	27	6	16	50	1.68
120921--121014	32	2.8	33	77	4	100	32	8	23	35	1.85
120998--121093	27	3.3	27	81	10	111	16	8	30	44	1.77
121009--121092	33	2.9	28	87	10	107	19	7	26	47	1.74
123414--123681	90	3.0	91	87	5	395	41	7	1	48	1.41
137759--137849	45	2.0	45	97	0	173	17	14	8	59	1.60
140192--140335	45	3.1	45	86	6	182	29	12	20	38	1.89
150005--150097	9	10.7	9	71	17	63	77	2	10	9	1.08
150052--150096	16	2.8	16	90	6	65	75	0	15	8	1.03
150060--150110	16	3.1	16	80	5	57	78	0	13	7	0.96
151413--151717	51	5.9	51	95	1	520	29	14	27	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152258--152342	43	2.0	44	95	2	154	17	14	9	58	1.61
152992--153020	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
160188--160269	32	2.6	32	92	5	132	25	47	13	13	1.79
160252--160334	29	2.9	29	90	0	121	21	39	24	14	1.91
160549--160600	26	2.0	26	96	0	95	19	19	36	25	1.95
161178--161302	10	11.1	10	65	21	52	57	16	13	12	1.65
161161--161288	24	5.4	24	76	2	116	57	16	13	12	1.65
161491--161550	24	2.5	24	86	5	86	60	15	10	15	1.60
161524--161556	14	2.4	14	94	0	57	57	18	12	12	1.64
168400--168449	26	1.9	26	91	0	82	32	16	10	42	1.81
169107--169165	30	1.9	31	89	3	93	52	15	13	18	1.74
169628--169675	15	3.3	15	80	8	55	41	0	0	58	0.98
169636--169674	20	1.9	21	89	5	62	46	0	0	53	1.00
169724--169788	27	2.4	28	84	7	89	43	0	3	53	1.16
169715--169788	26	2.8	26	80	12	87	40	0	2	56	1.13
169901--169958	29	2.0	29	83	12	75	55	0	0	44	0.99
172392--172448	30	1.9	30	96	0	105	35	12	15	36	1.85
173538--173584	12	3.9	12	88	5	51	36	0	4	59	1.17
173544--173584	12	3.3	12	89	3	55	36	0	4	58	1.20
184246--184692	224	2.0	221	94	4	792	34	13	16	36	1.88
197122--197196	30	2.7	27	75	6	69	32	9	6	52	1.60
197757--197846	41	2.2	41	86	2	119	37	20	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203720--203746	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
204285--204368	31	2.7	32	86	3	116	38	13	15	33	1.86
204666--204789	59	2.1	59	84	3	160	30	24	16	28	1.97
206555--206942	54	7.1	55	85	1	383	25	20	20	33	1.97
206567--206904	108	3.1	108	84	3	426	25	19	20	34	1.96
206555--207157	54	11.1	54	85	5	367	27	20	19	31	1.97
206892--207158	54	4.9	54	92	0	444	31	22	18	28	1.97
212156--212180	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
213238--213276	20	2.0	19	85	5	51	48	0	2	48	1.15
213912--214043	60	2.2	60	80	2	149	31	25	3	40	1.70

Tables:   1   2