genome.fa.s908.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000908.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001802_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  480356

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6163--6197	18	1.9	18	88	0	52	34	48	0	17	1.47
6516--6553	15	2.5	15	91	8	60	5	15	31	47	1.68
9899--9939	18	2.3	18	91	0	64	14	36	14	34	1.87
11861--11906	20	2.3	20	100	0	92	34	15	15	34	1.89
12727--12756	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
13233--13286	10	5.0	10	77	16	54	16	11	12	59	1.61
13205--13281	24	3.1	24	84	3	100	19	11	11	57	1.65
13205--13274	14	5.4	14	67	19	53	20	11	11	57	1.64
13347--13393	21	2.2	21	85	7	60	44	14	4	36	1.65
13493--13565	34	2.1	34	87	0	101	13	12	13	60	1.60
15791--15971	60	3.0	60	79	6	188	34	17	4	44	1.68
16095--16251	60	2.6	59	76	11	142	40	3	17	38	1.66
16788--16848	30	2.0	30	93	0	104	29	9	18	42	1.82
19632--19748	21	5.4	21	76	8	65	31	26	17	24	1.97
20284--20407	54	2.3	54	90	0	185	27	19	20	33	1.96
20399--20446	20	2.5	20	86	3	62	29	18	12	39	1.88
27230--27353	54	2.3	54	88	0	176	31	22	16	29	1.96
32169--32201	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
38943--38994	23	2.3	23	100	0	104	23	19	21	36	1.95
39760--39809	25	2.0	25	100	0	100	44	20	4	32	1.70
40663--40710	21	2.3	20	79	10	51	22	0	29	47	1.51
42669--43363	340	2.0	340	93	0	1194	43	12	15	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43008--43494	182	2.7	181	86	5	689	43	12	16	27	1.84
43559--43605	24	2.0	24	86	0	67	31	2	17	48	1.58
43835--44723	200	4.5	197	86	5	1129	42	15	13	28	1.85
43837--44723	392	2.2	396	85	6	1154	42	15	13	28	1.85
48612--49004	178	2.2	180	85	5	519	42	15	14	27	1.85
48858--49131	132	2.1	132	88	4	401	45	14	13	26	1.82
49618--49780	87	1.9	87	93	2	283	31	12	12	42	1.80
49702--49746	23	2.0	23	90	0	72	37	20	6	35	1.79
53925--53984	23	2.6	22	82	7	66	25	20	33	21	1.97
59472--59561	45	2.0	46	88	2	137	28	16	24	30	1.97
64103--64134	15	2.1	15	94	0	55	6	25	15	53	1.65
66577--66633	27	2.1	27	83	9	71	24	7	0	68	1.14
69497--69567	33	2.2	33	84	5	90	9	11	25	53	1.67
74576--74703	20	6.3	20	75	7	98	35	22	15	26	1.94
74536--74687	61	2.5	61	77	2	164	34	25	14	25	1.94
74880--74927	22	2.2	22	96	0	87	18	41	16	22	1.90
75301--75353	20	2.7	20	82	2	63	16	13	18	50	1.77
77121--77178	20	2.8	21	86	5	91	22	13	25	37	1.91
77449--77552	21	5.0	21	82	3	102	22	34	17	25	1.95
77449--77567	42	2.8	42	84	5	125	21	35	18	24	1.96
77497--77567	21	3.4	20	80	3	79	19	36	22	21	1.95
78856--79003	64	2.3	64	94	1	253	29	2	16	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81453--81489	12	3.1	12	96	0	65	2	24	0	72	0.97
82677--82746	20	3.5	19	80	7	86	34	15	24	25	1.95
82668--82744	40	1.9	40	92	5	129	36	15	23	24	1.94
88637--88727	28	3.2	28	92	0	146	35	19	28	16	1.94
91175--91232	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
99076--99107	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
99625--99689	18	3.4	18	81	10	60	49	1	3	46	1.27
102381--102421	16	2.6	16	92	0	64	41	9	14	34	1.79
111323--111354	15	2.1	15	94	0	55	6	25	15	53	1.65
112102--112135	16	2.1	17	88	5	52	44	20	0	35	1.52
114991--115038	20	2.4	19	80	16	53	39	2	2	56	1.23
116007--116057	27	2.0	26	85	11	70	35	5	3	54	1.43
116190--116289	29	3.4	29	86	5	128	39	13	10	38	1.78
119189--119232	20	2.3	19	80	4	52	34	0	34	31	1.58
119342--119395	22	2.5	22	78	0	63	38	22	9	29	1.85
129277--129377	42	2.4	44	76	14	106	31	1	12	53	1.50
129337--129391	24	2.2	25	83	3	67	25	3	10	60	1.47
130026--130068	18	2.4	18	92	0	68	25	2	0	72	0.97
130108--130170	15	4.1	15	71	18	58	22	6	0	71	1.08
130108--130170	7	8.2	8	71	15	53	22	6	0	71	1.08
130136--130170	15	2.3	15	95	0	61	22	0	0	77	0.78
130147--130196	20	2.5	20	83	0	73	26	0	0	74	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131022--131072	20	2.5	20	90	0	84	27	19	15	37	1.92
133371--133407	19	1.9	19	94	0	65	24	0	24	51	1.49
134881--134924	21	2.1	21	95	0	79	25	25	25	25	2.00
134986--135014	6	4.8	6	100	0	58	34	17	0	48	1.47
138987--140324	6	225.0	6	97	1	2565	33	0	16	50	1.47
140933--140984	18	2.9	17	80	11	59	23	19	28	28	1.98
141303--141335	12	2.8	12	90	0	57	60	0	15	24	1.35
146886--147103	103	2.1	103	95	0	391	26	13	23	36	1.92
152748--152961	103	2.1	103	96	0	392	26	14	23	35	1.93
152968--153045	23	3.3	23	73	8	77	25	17	23	33	1.96
155118--156171	525	2.0	525	96	0	1964	30	19	20	29	1.97
161323--162313	4	250.0	4	93	1	1613	48	24	1	25	1.62
163126--163178	20	2.7	20	84	0	79	33	33	9	22	1.86
163167--163213	20	2.3	20	81	0	58	38	23	14	23	1.92
163207--163332	20	6.3	20	85	7	175	42	25	14	17	1.87
163184--163332	40	3.7	39	86	6	167	43	23	14	18	1.86
163321--163373	19	2.7	19	88	5	70	35	20	13	30	1.91
163207--163354	60	2.5	60	93	3	226	41	25	14	18	1.88
163533--163570	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
164165--164198	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
164324--164377	24	2.2	24	86	0	72	22	20	18	38	1.93
166989--167105	20	6.2	20	73	13	95	19	17	21	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167176--167225	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
167603--167655	24	2.2	24	86	0	70	35	5	11	47	1.63
168305--168335	16	1.9	16	93	0	53	29	3	0	67	1.06
168922--169024	20	5.5	19	74	13	81	20	22	19	37	1.94
169078--169249	66	2.6	65	86	10	240	51	16	2	29	1.57
170528--170606	21	3.8	21	75	6	79	18	17	37	25	1.93
170509--170607	42	2.4	42	79	6	119	23	18	33	25	1.97
170509--170614	21	5.0	21	73	11	74	22	17	33	25	1.96
172534--172577	20	2.2	20	95	0	79	47	22	18	11	1.80
173095--173178	20	4.2	20	78	6	89	16	11	26	45	1.82
173180--173239	21	2.9	21	71	11	61	31	15	18	35	1.91
186907--187129	76	3.0	76	83	8	266	31	0	10	56	1.40
187701--187740	18	2.2	19	95	4	73	25	2	0	72	0.97
192899--192968	28	2.5	28	90	2	104	15	20	21	42	1.88
192899--192976	28	2.8	27	84	7	77	19	17	21	41	1.91
192959--193242	84	3.4	83	77	4	261	25	18	23	32	1.97
193244--193323	33	2.4	33	97	0	151	33	8	18	38	1.82
193376--193658	36	7.8	36	71	17	183	43	13	19	23	1.86
194941--195195	95	2.7	95	87	3	338	31	18	17	32	1.94
198526--198563	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
198634--198658	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
198863--198959	20	4.8	20	87	5	142	41	18	18	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199155--199220	22	3.0	22	84	0	87	24	34	15	25	1.94
199542--199597	20	2.9	19	81	5	76	16	19	23	41	1.90
201505--201556	20	2.6	20	90	0	77	42	23	17	17	1.89
201532--201617	33	2.6	34	75	3	93	47	20	16	15	1.82
201606--201644	20	2.0	20	89	0	60	48	20	10	20	1.78
201712--201811	20	5.0	20	93	0	137	21	19	23	37	1.95
202295--202398	21	5.0	21	72	5	68	21	34	19	25	1.96
202293--202402	42	2.6	43	75	5	118	20	35	19	24	1.96
203786--203821	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
203912--203953	20	2.1	20	86	8	59	45	21	16	16	1.86

Tables:   1   2   3