genome.fa.s9099.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009099.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112553_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  322120

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9222--9344	63	2.0	63	87	6	178	44	4	5	45	1.46
10872--10916	16	2.8	16	79	0	54	51	31	11	6	1.63
10887--10996	16	6.9	16	69	4	60	48	29	8	14	1.73
11569--11605	20	2.0	19	85	15	51	59	0	2	37	1.12
12433--12463	16	1.9	16	100	0	62	32	45	12	9	1.75
13835--13898	24	2.6	23	85	9	74	32	10	7	48	1.67
29297--29422	57	2.2	58	85	1	164	53	0	7	37	1.36
29297--29434	30	4.7	29	76	9	138	52	0	8	37	1.37
30220--30290	25	2.8	23	78	16	70	47	15	1	35	1.54
44335--44409	35	2.1	35	85	0	96	44	21	0	34	1.53
44405--44481	35	2.2	35	88	0	118	41	0	15	42	1.47
47462--47536	35	2.1	35	85	0	96	44	24	0	32	1.54
47533--47601	35	2.0	35	91	0	111	39	0	15	44	1.47
51034--51142	54	2.0	54	90	0	173	33	22	21	23	1.98
51598--51663	31	2.2	28	84	7	78	43	10	15	30	1.80
52310--52363	24	2.3	23	81	9	63	40	9	20	29	1.83
52324--52380	24	2.3	25	90	3	89	42	10	19	28	1.84
62477--62506	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
62477--62535	16	3.9	15	74	10	57	35	3	0	61	1.13
65611--65654	23	1.9	23	85	0	61	81	4	2	11	0.92
65606--65657	11	4.6	11	78	4	59	84	3	1	9	0.82
67405--67462	28	2.1	28	90	0	89	29	15	8	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71135--71200	34	1.9	34	90	0	105	42	13	7	36	1.73
79821--79851	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
82998--83188	96	2.0	96	85	0	256	40	18	14	25	1.89
83896--83929	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
84389--84446	27	2.1	27	80	0	62	25	12	17	44	1.83
86870--86936	12	5.6	12	70	0	53	44	13	13	28	1.81
86871--86969	36	2.6	38	87	9	139	43	15	13	28	1.83
86903--86970	20	3.3	20	66	10	57	41	14	13	30	1.84
88962--89001	16	2.5	17	80	19	50	32	2	5	60	1.32
92386--92416	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
92472--92497	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
92696--92758	19	3.0	23	68	23	59	34	0	3	61	1.12
93216--93253	18	2.1	18	90	0	58	28	5	10	55	1.56
94731--96064	228	5.9	228	83	2	1238	29	21	26	22	1.99
94730--96097	456	3.0	452	80	3	1465	28	21	26	23	1.99
98524--98566	21	2.1	21	91	4	70	30	27	2	39	1.69
106042--106073	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
106031--106087	23	2.5	23	70	0	60	52	0	5	42	1.24
114818--114893	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
115033--115089	20	2.9	19	90	10	89	19	22	10	47	1.80
115039--115089	20	2.5	20	96	0	93	19	21	11	47	1.81
115644--115728	34	2.5	35	92	7	149	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115964--115990	8	3.4	8	100	0	54	25	0	37	37	1.57
122059--122084	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
122581--122629	23	2.1	23	88	0	71	48	6	12	32	1.65
122588--122635	23	2.1	23	88	0	69	50	6	10	33	1.62
124117--124193	2	38.5	2	100	0	154	49	0	0	50	1.00
124533--124563	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
124629--124703	10	7.7	10	69	21	61	56	21	12	10	1.66
124633--124697	16	4.1	16	91	0	103	55	23	12	9	1.65
125770--125801	14	2.3	14	94	0	55	53	21	15	9	1.70
125750--125800	24	2.1	24	88	0	75	56	17	11	13	1.66
139000--139029	15	2.0	15	93	0	51	13	23	0	63	1.29
139092--139151	22	2.8	22	82	2	68	6	18	1	73	1.14
144005--144030	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
147131--147207	41	1.9	40	81	7	93	31	14	7	46	1.72
172824--172882	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
173510--173546	18	2.2	16	90	9	56	59	0	0	40	0.97
173517--173554	14	2.8	14	88	4	51	55	0	0	44	0.99
175259--175510	74	3.4	74	94	0	441	17	12	24	44	1.84
181616--181683	28	2.4	29	80	11	88	44	0	16	39	1.48
181629--181690	28	2.2	27	82	8	70	48	0	12	38	1.42
186969--187045	37	2.1	37	95	0	136	35	2	31	31	1.72
190864--191085	111	2.0	111	85	0	300	21	28	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193093--193143	21	2.2	22	80	16	59	56	7	0	35	1.28
193105--193145	21	2.0	20	95	4	73	58	4	0	36	1.20
199957--199986	15	1.9	15	93	6	51	53	0	0	46	1.00
201432--201572	50	2.9	49	80	6	160	47	14	12	25	1.79
208215--208249	18	1.9	18	88	11	54	48	0	45	5	1.26
214289--214349	31	1.9	32	90	3	97	32	9	1	55	1.42
217256--217288	11	3.0	11	95	0	57	63	6	0	30	1.18
217621--217665	6	7.5	6	89	0	54	48	0	0	51	1.00
217667--217693	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
217629--217709	12	6.3	12	75	13	56	56	0	0	43	0.99
219020--219073	23	2.3	25	75	18	62	29	1	1	66	1.12
223217--223248	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
230584--230636	1	53.0	1	76	0	52	88	0	11	0	0.51
230584--230636	7	7.4	7	82	17	65	88	0	11	0	0.51
230585--230630	10	4.6	10	84	10	67	89	0	10	0	0.50
230586--230636	16	3.3	16	83	10	79	88	0	11	0	0.52
231620--231924	115	2.7	115	95	1	558	33	14	20	31	1.92
232711--232882	73	2.4	73	80	5	179	36	16	16	30	1.91
232784--233512	113	6.4	113	83	7	704	37	14	18	29	1.90
232784--233389	229	2.7	228	83	5	691	37	14	18	30	1.90
233314--233597	124	2.4	119	85	7	378	42	16	18	22	1.89
233760--233810	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233760--233854	12	8.2	12	84	4	72	63	0	0	36	0.95
236252--236378	24	5.2	24	72	12	71	52	1	0	44	1.15
236257--236319	14	4.6	14	70	20	53	58	1	0	39	1.07
236466--236510	22	2.0	23	86	4	65	48	2	2	46	1.26
236317--236613	159	1.9	159	94	0	533	46	2	4	47	1.35
236450--236487	14	2.8	13	88	11	58	52	5	2	39	1.38
238071--238107	15	2.5	15	95	0	65	5	16	70	8	1.30
240349--240542	24	8.1	24	83	2	246	18	54	9	18	1.70
250209--250257	25	2.0	25	84	8	64	61	2	8	28	1.36
252480--252516	14	2.7	13	88	12	56	67	0	0	32	0.91
252619--252666	12	4.0	12	83	0	69	39	10	0	50	1.37
252617--252665	24	2.0	24	92	0	80	40	12	0	46	1.41
256747--256811	32	2.0	32	100	0	130	21	15	20	43	1.88
257454--257510	29	2.0	29	89	6	89	52	0	8	38	1.33
258932--258978	18	2.7	18	83	6	62	29	27	6	36	1.82
259452--259568	60	2.0	60	92	0	198	30	8	15	45	1.76
261367--262688	120	11.1	120	83	4	1510	28	15	28	27	1.96
262779--263159	189	2.0	186	95	1	690	27	14	27	30	1.95
266016--266064	21	2.3	21	96	0	89	38	28	24	8	1.84
267381--267431	26	2.0	26	84	7	68	43	5	25	25	1.77
267853--267878	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
268702--268774	35	2.1	35	100	0	146	28	26	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270782--270813	4	8.0	4	100	0	64	50	0	25	25	1.50
271504--271533	7	4.3	7	100	0	60	46	13	40	0	1.43
275964--276035	30	2.4	30	95	0	126	30	23	20	25	1.99
276022--276209	31	6.0	31	76	11	186	31	19	18	30	1.96
276047--276212	63	2.7	63	95	0	289	31	18	18	32	1.94
286105--286154	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
292611--292791	64	2.8	63	81	3	209	27	17	26	28	1.97
292739--292789	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
292632--292791	65	2.5	65	84	3	207	28	16	26	29	1.97
293008--293047	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54

Tables:   1   2