genome.fa.s9117.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009117.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112604_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  576650

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 277 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10905--10952	10	4.8	10	80	10	62	83	0	16	0	0.65
10906--10953	11	4.4	11	80	17	55	81	0	18	0	0.70
11261--11300	16	2.5	16	88	8	55	32	7	7	52	1.58
12048--12470	84	5.2	84	92	5	701	28	13	21	35	1.92
12048--12470	166	2.6	161	92	5	685	28	13	21	35	1.92
13223--13267	23	2.0	22	86	4	63	53	8	24	13	1.68
13097--14160	225	4.8	224	87	7	1456	37	12	20	28	1.90
13097--14160	109	9.7	110	85	7	1277	37	12	20	28	1.90
14477--14542	3	22.7	3	79	14	68	36	3	0	60	1.12
14481--14572	44	2.0	46	85	12	125	42	3	0	54	1.16
18823--18908	28	3.1	28	86	0	109	41	11	6	39	1.68
19001--19080	29	2.7	29	92	3	124	42	13	6	37	1.70
22754--22790	12	2.7	14	84	15	51	27	27	29	16	1.97
23384--23428	21	2.1	21	95	0	81	28	26	15	28	1.96
24254--24304	23	2.1	26	85	10	72	43	3	1	50	1.31
33379--33411	17	1.9	17	93	0	57	45	12	9	33	1.73
35824--35925	2	51.5	2	73	5	73	51	1	5	40	1.37
37123--37178	26	2.1	27	96	3	105	32	14	7	46	1.71
51321--51473	77	2.0	78	81	10	179	42	4	8	44	1.55
60499--60537	21	1.9	21	89	5	62	56	0	38	5	1.22
62022--62053	15	2.1	15	100	0	64	31	6	12	50	1.65
62284--62343	22	2.7	22	94	0	102	21	41	25	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67710--67749	20	2.0	20	90	0	62	20	35	25	20	1.96
69564--69594	15	2.1	15	100	0	62	32	6	12	48	1.67
78669--78761	32	2.9	32	83	3	107	36	16	15	32	1.89
95830--95872	16	2.7	16	100	0	86	67	0	6	25	1.15
95878--95913	18	2.0	18	88	0	54	30	0	11	58	1.33
96444--96513	32	2.2	32	84	7	88	61	7	0	31	1.23
96652--96691	13	3.0	13	85	3	53	50	10	2	37	1.50
96720--96788	25	2.8	25	75	0	75	39	8	10	42	1.70
96873--96921	25	1.9	26	87	4	73	46	10	8	34	1.67
97131--97209	16	4.6	18	68	21	53	32	1	1	64	1.09
97174--97228	23	2.4	21	78	21	58	36	1	1	60	1.18
100661--100699	12	3.0	13	85	11	53	20	17	7	53	1.68
101525--101558	18	1.9	18	88	5	52	58	11	0	29	1.33
102142--102270	66	2.0	66	87	3	188	34	19	23	23	1.97
105470--105670	107	1.9	107	83	4	262	38	11	15	33	1.85
106164--106299	25	5.4	25	80	9	145	35	21	1	41	1.62
106172--106271	51	2.0	50	90	2	155	34	23	1	42	1.61
106692--106750	31	1.9	31	92	0	100	44	18	18	18	1.88
106894--106949	24	2.3	24	100	0	112	41	17	12	28	1.86
107014--107487	231	2.1	231	84	0	617	36	22	16	25	1.94
108227--108287	3	20.0	3	96	3	113	32	0	0	67	0.91
111607--111667	26	2.4	24	76	10	59	44	14	4	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113126--113171	21	2.2	21	84	7	58	21	0	34	43	1.53
113277--113438	7	23.3	7	78	1	119	48	29	0	22	1.51
113516--113545	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
116499--116537	20	1.9	21	85	15	55	64	2	7	25	1.33
117054--117084	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
118844--118896	20	2.7	20	90	0	79	18	26	24	30	1.98
118952--119005	21	2.6	21	93	0	99	27	27	24	20	1.99
119030--119069	20	1.9	22	90	10	66	37	37	10	15	1.80
122246--122365	22	5.7	21	78	15	117	24	35	20	20	1.96
122246--122361	42	2.7	42	94	1	196	24	34	19	21	1.96
122385--122437	20	2.7	20	93	0	88	20	24	24	30	1.99
122394--122432	12	3.6	12	74	25	50	17	28	23	30	1.97
122550--122589	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
122802--122870	33	2.1	32	83	2	84	34	11	28	24	1.91
123822--123859	20	1.9	20	84	10	51	31	7	10	50	1.66
126869--126895	14	1.9	14	100	0	54	51	3	7	37	1.48
129657--129783	48	2.8	45	83	8	157	29	22	7	39	1.83
129884--130005	40	3.0	40	98	0	235	31	27	18	22	1.97
136700--136825	47	2.8	45	84	5	155	30	22	7	39	1.82
136930--137051	40	3.0	40	98	0	235	31	27	18	22	1.97
138341--138397	29	2.0	28	82	3	69	38	19	5	36	1.74
149018--149091	37	2.0	37	97	0	139	33	10	10	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149194--149243	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
150081--150286	104	2.0	99	85	8	272	35	16	15	33	1.89
152483--152607	65	1.9	64	83	6	162	51	6	2	40	1.41
152405--153185	196	4.0	196	83	6	909	46	10	5	37	1.60
152409--153204	391	2.0	397	82	6	987	46	10	5	37	1.61
167635--167684	24	2.1	24	100	0	100	42	8	26	24	1.82
177020--177072	24	2.2	24	96	0	97	37	20	26	15	1.92
186842--186870	4	7.5	4	92	7	51	79	0	0	20	0.74
189966--190061	3	31.7	3	97	2	183	1	66	0	32	0.99
190330--190630	151	2.0	151	96	0	557	33	26	11	28	1.91
191687--191839	80	1.9	81	84	1	209	38	13	29	18	1.89
192760--192838	10	7.9	10	75	13	65	21	7	13	56	1.62
192771--192838	20	3.4	20	93	0	118	22	8	11	57	1.61
192831--192876	24	1.9	24	86	0	65	8	10	19	60	1.55
192826--192879	24	2.2	24	80	0	63	9	12	20	57	1.63
193309--193348	21	2.0	20	85	14	55	57	2	15	25	1.50
193375--193852	256	1.9	256	87	1	717	39	11	16	32	1.84
193906--193948	19	2.3	19	87	0	59	39	11	18	30	1.86
194011--194219	73	2.9	72	80	5	224	45	6	11	37	1.65
194489--194791	100	3.0	100	90	1	446	36	13	13	36	1.84
199146--199188	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
207246--207502	73	3.5	75	83	9	339	36	18	10	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219386--219411	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
221245--221512	49	5.5	49	78	3	281	25	19	17	37	1.94
223874--224068	26	7.9	24	70	20	84	59	1	0	38	1.11
223901--224091	2	104.0	2	71	25	138	56	2	0	40	1.17
223917--224080	79	2.0	81	84	12	214	56	2	0	40	1.17
224506--224908	58	6.9	58	87	4	553	33	11	19	35	1.88
224506--224908	117	3.5	117	86	3	580	33	11	19	35	1.88
227137--227276	39	3.6	40	77	10	130	20	20	11	47	1.81
239253--239543	2	157.5	2	68	26	164	52	4	1	41	1.31
239235--239504	33	8.4	32	76	17	181	54	3	1	40	1.25
239253--239543	7	40.7	7	74	19	207	52	4	1	41	1.31
239251--239543	12	25.8	11	72	22	193	52	4	1	41	1.30
240084--240129	20	2.3	20	88	3	67	36	26	0	36	1.57
244396--244439	21	2.1	21	82	0	52	25	18	18	38	1.92
244445--244495	20	2.5	20	93	0	84	41	21	13	23	1.89
244425--244615	40	4.8	40	73	13	112	41	20	13	24	1.88
244465--244615	20	7.7	19	73	13	76	41	20	13	24	1.88
244580--244634	18	2.9	19	81	5	67	32	20	12	34	1.90
244771--244809	16	2.4	16	86	0	51	28	5	0	66	1.12
247791--247826	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
248208--248251	20	2.1	22	91	8	74	15	22	20	40	1.90
248313--248362	14	3.8	13	77	17	59	28	8	20	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248312--248361	25	2.0	25	96	0	91	30	8	18	44	1.78
248745--248781	18	2.1	18	89	0	56	27	5	16	51	1.66
249873--250016	66	2.2	64	93	2	243	50	17	1	30	1.54
251397--251495	42	2.4	42	79	6	119	22	18	34	25	1.96
251397--251495	21	4.7	21	77	8	94	22	18	34	25	1.96
253150--253190	14	2.9	14	92	0	64	7	12	31	48	1.68
253178--253217	20	2.0	20	85	0	53	15	12	22	50	1.77
253547--253604	22	2.6	22	83	5	64	13	18	41	25	1.88
253707--253865	20	7.9	20	81	8	180	20	16	23	40	1.91
253708--253889	60	3.0	60	87	4	226	20	15	23	40	1.90

Tables:   1   2   3