genome.fa.s9118.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009118.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112605_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  353132

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 220 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10729--10753	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
10798--10840	21	2.1	20	83	12	52	72	2	6	18	1.19
12827--12853	14	1.9	14	100	0	54	22	18	22	37	1.95
12621--13019	198	2.0	199	93	0	674	26	17	17	38	1.92
24222--24291	6	10.3	7	86	13	69	57	1	0	41	1.08
24222--24291	16	5.2	13	76	21	56	57	1	0	41	1.08
24240--24284	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
24395--24433	21	1.9	21	89	5	62	71	0	5	23	1.05
27314--27349	19	1.9	18	88	5	54	8	44	0	47	1.33
28462--28622	13	12.9	13	81	9	192	23	17	17	41	1.90
28723--28791	35	2.0	35	88	0	102	36	17	13	33	1.88
34936--34997	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
34979--35023	20	2.2	21	84	4	56	26	33	28	11	1.91
40541--40574	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
40916--41010	13	7.3	13	86	0	127	22	18	16	42	1.89
41166--41233	35	1.9	35	90	0	109	33	17	13	35	1.89
44278--44342	24	2.6	24	87	4	85	24	15	15	44	1.85
44278--44348	13	5.6	13	80	6	83	22	15	16	45	1.85
46281--46333	24	2.2	24	83	3	63	43	20	15	20	1.88
48596--48686	23	4.0	22	75	11	67	20	24	23	31	1.98
48596--48689	46	2.0	46	82	8	111	20	23	22	34	1.97
48686--48740	24	2.3	24	87	0	83	23	14	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50466--50531	16	3.9	16	81	13	78	78	4	15	1	0.98
50475--50530	17	3.1	19	75	15	64	78	3	16	1	0.97
50520--50553	15	2.1	17	89	10	54	64	8	11	14	1.49
50486--50539	16	3.3	16	81	2	63	77	3	12	5	1.07
53956--53994	20	1.9	20	84	5	51	17	12	2	66	1.35
63250--63321	6	12.0	6	98	0	126	33	13	0	52	1.41
76880--76995	23	5.0	23	76	10	112	31	25	19	24	1.98
76853--76993	46	3.1	45	78	11	141	31	26	18	24	1.98
77503--77546	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
79199--79252	22	2.7	19	88	8	72	35	14	16	33	1.90
79590--79942	54	6.5	54	85	2	467	33	17	16	32	1.92
79589--79942	162	2.2	162	89	0	528	34	17	16	31	1.92
82639--82683	19	2.3	20	81	14	58	51	0	0	48	1.00
84031--84079	3	16.0	3	91	4	80	63	0	0	36	0.95
84429--84495	22	3.1	22	69	16	68	32	20	13	32	1.92
84390--84688	42	7.0	42	69	13	173	32	20	18	28	1.96
84473--84776	88	3.5	87	70	15	268	33	19	18	28	1.95
84351--84802	172	2.6	172	92	0	724	32	20	18	29	1.96
84603--85044	130	3.3	130	87	5	607	33	20	17	28	1.95
84733--84818	42	2.0	42	93	0	145	30	20	22	26	1.98
84903--84931	14	2.1	14	100	0	58	27	27	6	37	1.82
84773--85056	144	2.0	144	92	2	482	33	20	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85718--85799	22	3.7	22	87	9	105	36	10	15	36	1.83
86151--86357	54	3.9	54	87	1	283	24	26	13	35	1.92
88192--88249	8	7.6	8	71	24	54	1	17	0	81	0.78
94985--95035	3	17.0	3	95	0	93	64	0	0	35	0.94
95823--95975	69	2.1	74	82	5	181	50	3	5	39	1.43
103621--104023	135	3.0	136	84	3	506	26	16	28	28	1.97
104062--104159	30	3.3	29	70	9	99	34	14	17	33	1.90
104151--104277	36	3.7	34	69	12	98	42	16	14	26	1.86
104187--104299	31	3.5	31	71	11	109	40	14	15	30	1.86
104110--104346	67	3.5	68	91	1	372	40	15	14	29	1.87
104036--104352	134	2.5	127	85	6	426	39	15	15	29	1.89
104253--104451	106	1.9	105	83	5	258	37	12	15	35	1.84
107418--107457	13	2.7	16	85	14	59	5	20	0	75	0.99
107454--107511	16	3.7	16	73	15	50	6	13	5	74	1.20
110106--110142	16	2.3	17	90	9	60	62	10	5	21	1.48
110901--110931	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
115222--115708	229	2.1	228	96	0	884	44	8	7	40	1.62
115986--116032	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
115775--116246	181	2.6	181	88	2	653	42	13	16	26	1.86
116167--116213	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
118330--118362	15	2.2	15	94	0	57	18	9	63	9	1.49
118445--118509	21	3.1	21	79	0	76	38	13	30	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118543--118608	33	2.0	33	87	0	96	30	0	48	21	1.50
120396--120444	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
120553--121904	198	6.8	199	96	1	2484	36	15	16	31	1.90
120553--121904	395	3.4	397	96	1	2457	36	15	16	31	1.90
123302--123363	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
123302--123393	6	15.3	6	79	0	67	36	7	34	20	1.81
123317--123397	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
123305--123381	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85
123305--123393	12	7.4	12	84	0	88	35	7	34	21	1.82
123302--123393	18	5.1	18	77	0	76	36	7	34	20	1.81
124857--125527	183	3.7	183	96	1	1197	33	15	17	33	1.91
124857--125527	365	1.8	365	94	1	1195	33	15	17	33	1.91
127996--128060	25	2.6	25	75	0	76	35	9	12	43	1.74
128341--128391	22	2.4	22	75	15	61	41	11	9	37	1.75
128406--128469	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
128406--128478	23	3.2	24	86	7	98	34	4	20	41	1.72
128906--128942	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
128898--128944	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
129215--129280	34	1.9	34	93	0	114	50	16	16	16	1.79
129703--129775	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
129921--129987	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
130192--130253	23	2.7	23	100	0	124	35	22	9	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131122--131157	9	4.1	9	85	7	56	33	0	2	63	1.08
131099--131174	17	4.0	21	76	20	78	32	0	1	65	1.01
133405--133451	13	3.6	13	82	0	58	17	2	12	68	1.31
136972--137000	13	2.2	13	100	0	58	31	0	55	13	1.39
144329--145050	138	5.2	138	86	2	939	24	19	23	31	1.98
145083--145115	13	2.5	13	95	0	57	27	3	15	54	1.55
145945--145996	21	2.5	21	83	0	77	19	28	32	19	1.96
145995--146056	21	3.0	21	71	17	65	25	12	35	25	1.92
145983--146116	42	3.2	41	80	6	144	23	19	32	23	1.97
147709--147755	25	1.9	24	87	12	69	61	0	0	38	0.96
147709--147804	30	3.2	30	78	16	92	59	0	0	40	0.97
147792--147844	19	2.5	21	82	11	65	64	3	0	32	1.12
156383--156513	47	2.7	49	79	10	137	29	21	6	41	1.79
161557--161601	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
161857--162007	75	2.0	75	94	0	266	44	2	23	29	1.67
162185--162267	23	3.7	23	82	6	91	25	15	26	32	1.96
167949--168301	56	6.4	55	85	1	447	26	17	19	36	1.93
168507--168531	7	3.6	7	100	0	50	48	0	52	0	1.00
168895--168941	20	2.3	20	100	0	94	23	6	19	51	1.70
169637--170381	59	12.7	59	88	0	1055	36	12	21	29	1.90
169636--170381	235	3.2	236	91	0	1147	36	12	21	29	1.90
170804--170891	46	1.9	46	82	11	110	42	7	22	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178215--178276	20	3.0	20	81	9	70	22	32	25	19	1.97
184879--185634	59	12.6	59	86	4	1014	37	11	20	30	1.88
185414--185443	11	2.7	11	94	0	51	56	6	16	20	1.62
185355--185557	70	3.1	69	80	14	273	38	10	21	29	1.87
185296--185557	129	2.0	129	93	0	452	38	11	20	29	1.88
185237--185619	188	2.0	187	90	0	595	38	10	19	30	1.87
188353--188924	55	10.3	55	85	0	694	27	15	18	37	1.92
188353--188924	277	2.1	276	87	1	804	27	15	18	37	1.92
190547--190691	54	2.7	54	83	4	177	29	15	23	31	1.96
192345--192712	54	6.8	54	83	6	406	32	17	16	33	1.92

Tables:   1   2