genome.fa.s9120.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009120.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112609_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  584398

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 353 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9170--9508	118	2.8	122	85	7	464	33	14	11	40	1.82
9780--9833	26	2.1	26	100	0	108	37	7	14	40	1.74
16025--16053	10	2.9	10	100	0	58	20	17	10	51	1.74
22480--22539	21	2.8	22	80	12	70	28	15	26	30	1.96
22498--22537	21	2.0	21	95	5	73	30	17	27	25	1.97
23080--23112	11	2.8	12	86	9	50	81	0	15	3	0.80
24077--24109	3	11.3	3	87	6	50	36	0	0	63	0.95
27356--27392	13	2.8	14	84	12	51	43	5	32	18	1.73
28432--28500	6	10.6	7	79	16	53	82	0	13	4	0.81
28453--28506	13	4.2	13	86	11	76	81	0	18	0	0.69
28454--28502	17	2.7	18	87	9	73	81	0	18	0	0.69
28454--28502	6	8.2	6	88	8	73	81	0	18	0	0.69
29443--29695	44	5.8	44	75	0	166	32	19	16	31	1.94
29600--29828	120	1.9	121	83	0	298	32	18	19	29	1.95
43220--43264	18	2.6	17	83	13	56	11	13	0	75	1.05
54628--54667	21	2.0	21	85	5	55	27	15	20	37	1.92
62996--63046	23	2.3	23	89	3	77	21	31	21	25	1.98
62987--63067	23	3.7	22	80	4	67	25	28	22	23	1.99
64638--64672	18	1.9	18	88	0	52	45	31	20	2	1.65
70146--70185	14	2.9	14	88	0	62	17	10	27	45	1.80
70987--71017	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
73246--73288	21	2.0	23	81	9	54	41	0	6	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73847--73871	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
81388--81451	31	2.1	31	100	0	128	45	20	21	12	1.84
85737--85809	23	3.1	23	80	3	83	23	12	15	49	1.78
85749--85818	23	3.0	22	72	14	52	25	12	15	45	1.82
85815--85865	22	2.3	22	82	0	57	21	7	11	58	1.58
91659--92069	182	2.3	183	91	3	659	28	15	13	42	1.85
91941--92401	112	4.1	113	90	1	696	25	14	14	46	1.82
93315--93458	60	2.4	60	81	2	164	31	22	6	39	1.79
114536--114576	17	2.4	18	80	15	52	46	4	0	48	1.23
119839--120326	105	4.8	105	85	7	642	19	27	15	37	1.92
119743--120326	198	2.9	205	85	7	720	18	27	15	37	1.92
120076--120261	93	2.0	94	90	3	295	17	29	16	37	1.91
119743--120326	303	1.9	304	85	2	816	18	27	15	37	1.92
121376--121478	52	2.0	52	88	3	154	41	10	7	39	1.69
125941--125970	13	2.3	13	100	0	60	23	20	16	40	1.91
127013--127166	71	2.2	71	80	4	188	45	0	37	16	1.48
128191--128233	21	2.0	21	100	0	86	27	27	16	27	1.97
135785--135832	26	2.0	23	84	12	60	47	4	2	45	1.33
145181--145216	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
145859--146005	74	2.0	73	94	4	260	26	13	25	34	1.93
146299--146331	17	1.9	17	88	11	50	21	0	6	72	1.05
147094--147478	149	2.5	153	80	9	457	40	7	7	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149436--149520	42	2.0	43	88	2	127	29	9	24	36	1.87
152477--152520	21	2.1	21	91	0	70	31	25	25	18	1.97
153944--154260	151	2.1	149	92	2	519	27	16	21	34	1.94
154228--154272	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
157544--157588	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
158449--158473	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
159026--159329	149	2.0	149	96	0	554	28	16	21	34	1.94
159307--159352	23	2.0	23	86	0	65	23	23	23	28	2.00
163399--163653	75	3.4	74	79	4	269	32	16	21	29	1.95
164918--165041	22	5.7	22	88	1	169	31	16	11	40	1.84
164916--165021	43	2.4	44	95	3	196	31	17	10	40	1.84
164918--165041	65	1.9	66	89	1	196	31	16	11	40	1.84
165719--165860	75	1.9	74	82	7	180	23	21	21	33	1.97
165795--165897	45	2.3	44	85	5	127	26	23	21	29	1.99
165915--166028	45	2.5	45	89	2	165	24	21	21	33	1.97
165697--166138	121	3.7	121	92	0	697	25	21	20	33	1.97
166036--166138	45	2.3	45	91	0	161	25	20	19	34	1.96
167939--168321	150	2.5	152	79	10	417	40	8	6	44	1.61
170135--170234	32	3.2	32	79	10	116	46	4	7	43	1.49
170149--170246	31	3.1	31	69	14	83	47	4	6	41	1.47
171256--171293	17	2.2	18	85	4	51	28	0	7	63	1.23
171679--171740	21	3.0	21	65	11	56	67	3	4	24	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175435--175470	13	2.8	13	95	0	63	16	19	0	63	1.30
177281--177322	21	2.0	21	86	9	59	57	0	4	38	1.20
177624--177674	24	2.1	24	100	0	102	49	7	7	35	1.61
177792--177840	22	2.2	24	78	14	59	51	0	2	46	1.12
180571--180620	21	2.4	21	80	6	66	22	26	18	34	1.96
180595--180724	41	3.2	41	69	12	113	31	20	20	27	1.97
180589--180740	82	1.9	81	88	1	232	31	21	20	26	1.98
180692--180781	41	2.2	40	86	2	117	40	20	20	20	1.92
180610--180803	20	9.6	20	73	8	142	36	19	20	24	1.95
181321--181391	19	3.7	19	81	9	81	47	23	16	11	1.79
181387--181499	20	6.1	19	72	13	92	14	21	17	46	1.83
183592--183680	42	2.1	42	80	0	106	21	38	16	23	1.93
184374--184412	19	2.1	19	90	0	60	23	38	12	25	1.90
184360--184520	65	2.5	65	86	3	209	31	25	16	27	1.96
190309--190364	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
191891--191934	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
192740--192778	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
192726--192886	65	2.5	65	84	3	209	30	25	16	27	1.96
192726--192906	64	2.8	64	82	2	211	29	25	17	27	1.97
194749--194807	19	3.4	19	73	22	74	45	18	20	15	1.85
194749--194828	33	2.4	33	95	0	142	45	18	21	15	1.86
194834--194951	19	6.7	19	66	19	67	16	22	18	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194838--194931	33	2.8	33	93	0	161	15	22	17	44	1.86
197260--197284	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
198297--198348	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
198337--198426	20	4.4	20	79	8	83	31	26	18	23	1.98
198379--198435	20	2.8	20	97	0	105	22	28	21	28	1.99
198717--198770	14	3.5	14	73	22	54	12	20	20	46	1.83
200209--200299	42	2.2	42	88	3	141	20	15	41	21	1.89
200235--200295	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
200636--200728	20	4.7	20	93	0	78	34	26	18	20	1.96
200642--200767	40	3.2	40	86	3	139	37	25	20	16	1.93
200662--200768	20	5.4	20	89	1	153	37	24	23	14	1.93
200757--200815	14	3.9	14	72	20	55	49	22	16	11	1.78
200741--200820	33	2.4	33	95	0	142	47	21	18	12	1.81
200884--200929	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
201464--201511	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
202831--202889	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
203145--203193	22	2.3	21	83	10	64	24	12	40	22	1.88
203152--203195	22	2.0	22	95	0	79	20	13	43	22	1.87
203362--203499	41	3.4	41	75	2	152	23	15	23	36	1.93
203382--203495	20	5.7	20	74	6	95	24	15	25	34	1.95
203485--203557	21	3.5	21	90	1	103	20	23	17	38	1.93
203436--203517	41	2.0	41	83	4	103	19	18	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203547--203599	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
204590--204624	16	2.2	16	90	5	54	17	11	17	54	1.71
205181--205228	23	2.1	23	92	0	78	37	6	16	39	1.74
205846--206297	182	2.5	183	90	1	694	28	15	13	43	1.84
206168--206629	112	4.1	112	92	0	739	26	14	14	45	1.83
207108--207220	60	1.9	60	87	3	165	36	21	3	38	1.71
207168--207271	29	3.6	29	72	10	86	32	21	5	40	1.77
207186--207275	29	3.1	29	76	6	92	35	21	5	37	1.77
207399--207553	60	2.6	59	81	4	184	36	3	25	33	1.75
207399--207573	60	2.9	57	77	9	161	37	4	25	32	1.76

Tables:   1   2   3