genome.fa.s9120.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009120.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112609_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  584398

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 353 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212696--212728	14	2.4	14	94	0	57	33	6	30	30	1.82
216543--216682	64	2.2	64	80	5	158	25	17	27	29	1.98
217355--217477	15	7.8	15	68	22	58	51	3	1	43	1.27
217351--217522	18	9.0	20	72	14	87	52	3	1	42	1.28
217356--217577	13	17.2	13	70	17	133	49	4	3	42	1.40
217397--217577	28	6.6	28	71	14	128	48	4	4	42	1.45
217380--217559	80	2.3	80	91	2	285	48	4	3	43	1.41
217433--217672	80	3.1	79	80	11	203	47	4	5	42	1.48
217552--217700	77	2.0	75	85	5	201	47	3	5	43	1.42
218031--218107	2	39.0	2	97	2	147	50	0	0	49	1.00
218209--218250	21	2.0	21	85	0	57	50	28	0	21	1.49
218304--218336	14	2.4	14	100	0	66	24	0	24	51	1.48
218403--218437	6	5.8	6	93	0	61	31	0	2	65	1.07
218445--218484	20	2.0	20	90	9	64	40	10	0	50	1.36
218469--218550	32	2.6	33	86	5	107	43	4	3	47	1.42
218456--218505	13	3.8	13	79	15	50	40	6	2	52	1.38
218516--218594	18	4.3	18	80	12	88	43	7	7	41	1.61
218507--218586	38	2.1	38	86	4	108	45	8	5	41	1.57
218594--218628	18	1.9	18	94	0	61	40	8	8	42	1.66
218607--218734	33	3.8	33	88	2	193	39	9	8	42	1.68
218607--218734	67	1.9	66	90	1	202	39	9	8	42	1.68
218725--218790	2	31.0	2	74	17	53	43	7	1	46	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218727--218790	9	6.7	9	71	25	51	43	7	1	46	1.42
218658--218859	51	3.9	52	73	19	165	41	8	6	43	1.62
218725--218923	20	10.3	19	69	18	92	46	7	3	42	1.47
218877--218923	18	2.6	18	93	0	85	51	4	0	44	1.21
219029--219060	13	2.4	14	94	5	57	46	28	0	25	1.53
219013--219066	20	2.8	20	80	5	58	48	31	0	20	1.50
219175--219215	19	2.1	19	86	4	55	43	4	7	43	1.53
220659--220688	13	2.3	13	94	0	51	33	10	26	30	1.89
221734--221808	10	7.1	10	73	11	60	0	17	29	53	1.44
221738--221826	20	4.6	20	76	15	89	0	16	29	53	1.43
221778--221826	24	2.0	24	84	0	62	0	14	30	55	1.40
222437--222461	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
222653--222696	16	2.8	16	89	0	61	50	11	18	20	1.77
227928--227985	28	2.1	27	84	12	75	44	8	18	27	1.79
230379--230418	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
230413--230511	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
230747--230803	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
236007--236052	20	2.3	20	81	7	58	52	0	2	45	1.13
236027--236098	31	2.3	31	85	0	99	50	0	2	47	1.15
237061--237289	2	121.0	2	67	24	97	40	1	5	51	1.36
237063--237268	5	41.0	5	70	17	108	40	1	4	52	1.34
237061--237303	27	8.9	29	71	16	137	39	1	6	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237063--237325	39	6.8	38	72	13	175	39	1	6	51	1.38
237191--237303	7	15.7	7	71	15	72	38	0	7	54	1.28
237061--237330	25	10.2	26	70	16	123	40	1	6	51	1.38
237234--237337	20	5.2	20	76	15	63	37	0	8	52	1.39
241358--241473	24	4.8	24	81	6	137	27	15	18	37	1.92
251632--251747	24	4.8	24	84	6	137	25	14	21	38	1.91
263365--263448	29	3.0	28	76	10	107	35	3	7	53	1.46
263359--263474	29	3.9	29	76	12	101	37	3	5	53	1.40
263416--263476	20	3.3	20	68	25	62	39	3	3	54	1.33
263556--263652	29	3.2	30	74	12	92	46	3	0	50	1.17
263517--263652	30	4.6	30	72	15	97	47	2	0	49	1.22
263517--263652	59	2.3	58	80	14	145	47	2	0	49	1.22
264793--264863	36	2.0	36	97	2	135	16	29	33	19	1.94
266215--266279	30	2.2	30	97	0	121	32	26	18	23	1.97
266292--266397	31	3.4	32	77	13	112	31	19	19	29	1.97
267952--267984	15	2.2	15	94	0	57	12	24	33	30	1.91
270029--270053	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
273385--273447	20	3.4	20	68	28	66	14	34	28	22	1.93
273377--273446	35	2.0	35	97	0	131	17	31	30	21	1.96
273854--273895	20	2.0	20	86	9	57	50	4	14	30	1.63
274054--274086	15	2.2	15	94	0	57	15	21	33	30	1.94
275474--275512	21	1.9	20	84	5	51	10	5	20	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276954--277045	38	2.5	37	80	16	109	48	6	0	44	1.28
276982--277045	19	3.4	19	93	6	105	46	6	0	46	1.27
277696--277740	21	2.1	21	84	15	58	0	35	0	64	0.94
277995--278325	147	2.2	149	88	2	479	23	14	35	26	1.93
279302--279334	17	1.9	17	93	0	57	45	0	3	51	1.16
283816--283878	27	2.3	27	100	0	126	38	14	19	28	1.90
285601--285640	18	2.2	18	100	0	80	10	12	32	45	1.75
286096--286150	25	2.2	26	87	12	80	50	0	1	47	1.11
289698--289731	3	11.7	3	93	6	61	67	0	0	32	0.91
290178--290275	45	2.2	45	86	0	133	32	17	22	27	1.96
289934--290324	210	1.9	205	87	4	570	34	19	18	27	1.95
290321--290383	21	2.9	23	68	15	62	17	22	23	36	1.95
290430--290715	45	6.3	45	95	0	500	34	19	22	23	1.96
290650--291095	76	5.9	76	92	1	657	36	18	20	24	1.95
291772--291828	22	2.6	22	97	0	105	36	14	15	33	1.88
292349--292415	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
293680--293732	27	1.9	28	85	11	74	35	3	1	58	1.27
293709--293755	24	2.0	23	87	4	67	31	4	0	63	1.13
293775--293822	2	24.0	2	86	0	69	52	0	2	45	1.12
301190--301409	114	1.9	114	91	0	359	33	15	20	30	1.93
302322--302386	34	1.9	34	87	6	96	30	13	23	32	1.93
302507--302677	76	2.3	74	82	3	189	30	13	23	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304011--304090	22	3.6	22	93	0	124	33	13	13	38	1.85
304967--305467	73	6.8	73	97	0	939	30	18	13	37	1.89
305800--305879	16	4.5	19	82	17	93	47	0	0	52	1.00
305789--305870	20	3.6	21	79	17	69	50	0	0	50	1.00
305814--305877	2	34.0	2	87	12	100	48	0	0	51	1.00
307195--307228	17	2.0	17	88	11	52	29	5	0	64	1.17
307238--307263	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
307346--307391	22	2.1	22	83	0	56	50	0	0	50	1.00
310808--311051	121	2.0	121	92	1	409	34	19	15	31	1.92
313055--313082	8	3.5	8	100	0	56	64	10	10	14	1.50
313055--313093	16	2.6	15	88	8	53	64	10	12	12	1.51
313109--313147	13	3.1	13	85	7	62	66	0	10	23	1.22
313109--313146	12	3.1	12	88	3	58	65	0	10	23	1.23
313100--313161	26	2.3	26	83	8	81	61	4	12	20	1.50
313125--313176	20	2.5	20	90	3	77	61	5	11	21	1.50
316389--316419	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
316337--316509	81	2.2	80	92	3	294	47	1	4	46	1.33
316470--316507	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
317813--317850	3	12.7	3	94	0	58	63	0	0	36	0.95
317807--317849	21	2.0	21	95	0	77	60	0	0	39	0.97
321126--321166	18	2.3	18	86	0	55	51	0	2	46	1.14
325588--325620	17	2.0	16	94	5	57	21	0	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327070--327134	33	2.0	33	81	6	78	44	1	3	50	1.26
328553--328588	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
330043--330079	20	1.9	19	89	10	58	18	21	10	48	1.78
330049--330086	20	1.9	20	88	0	58	21	23	10	44	1.83
332314--332468	81	1.9	81	80	10	183	28	20	14	36	1.92
337506--337566	26	2.4	26	83	8	72	54	6	18	21	1.66
337523--337572	26	1.9	26	100	0	100	48	6	18	28	1.71
339781--339811	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
344416--344453	20	1.9	20	94	0	67	73	10	2	13	1.19
345677--345734	29	2.0	29	96	0	107	62	15	5	17	1.50

Tables:   1   2   3