genome.fa.s9121.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009121.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112611_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  272059

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 175 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4445--4543	10	10.3	9	76	12	90	15	27	28	29	1.96
4445--4543	19	5.2	19	80	13	89	15	27	28	29	1.96
4444--4543	29	3.4	30	85	9	127	16	27	28	29	1.97
4540--4592	5	9.8	5	76	15	52	18	50	22	7	1.72
4557--4599	22	2.0	22	100	0	86	18	48	23	9	1.76
4539--4587	17	2.9	17	100	0	98	18	48	22	10	1.77
4589--4619	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
5490--5561	31	2.3	31	83	4	92	15	26	31	26	1.95
5486--5619	31	4.3	31	74	8	85	17	27	27	27	1.97
5485--5619	62	2.2	63	81	8	159	17	28	27	27	1.97
7264--7301	18	2.1	18	90	9	60	73	2	7	15	1.17
7832--7867	19	1.9	19	88	5	56	58	5	2	33	1.36
9562--9603	16	2.7	15	82	13	50	30	2	2	64	1.19
10005--10060	17	3.3	17	94	0	94	30	26	17	25	1.97
10982--11027	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
11964--11996	17	1.9	17	88	11	50	15	12	15	57	1.65
14166--14213	25	1.9	25	83	8	62	62	4	4	29	1.32
14509--14555	7	6.9	7	80	4	51	44	21	0	34	1.52
14509--14562	14	3.9	14	80	4	65	46	20	0	33	1.51
14645--14674	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
17556--17587	16	2.0	16	93	0	55	56	21	12	9	1.64
17552--17609	25	2.3	26	90	3	91	55	20	13	10	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23751--23824	36	2.0	37	89	2	114	28	12	13	45	1.79
23993--24087	2	46.5	2	78	4	82	38	1	11	48	1.47
24001--24099	24	4.1	24	85	7	121	36	1	14	48	1.50
23993--24099	18	6.2	18	73	8	96	37	0	13	48	1.48
24015--24116	4	26.0	4	83	4	73	33	2	16	47	1.62
23999--24104	12	8.7	12	75	8	88	35	0	15	48	1.51
30585--30625	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
31562--31602	21	2.0	21	90	9	66	39	0	4	56	1.21
38088--38169	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
38517--38546	10	3.0	10	100	0	60	20	60	20	0	1.37
42867--42948	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
43723--43764	20	2.1	20	100	0	84	26	9	16	47	1.77
44100--44153	22	2.5	22	96	0	99	12	31	25	29	1.93
44742--44784	15	2.9	15	86	3	61	55	0	0	44	0.99
52625--52651	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
52964--53026	16	3.9	16	91	0	99	38	1	17	42	1.59
53066--53130	27	2.4	27	84	2	87	30	16	13	38	1.88
57609--57651	20	2.2	20	83	8	52	32	13	20	32	1.92
66914--66956	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
72569--72602	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
74555--74591	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
74769--74827	28	2.1	28	100	0	118	47	10	6	35	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76050--76088	20	2.0	20	90	10	62	41	5	10	43	1.61
76756--76815	7	8.7	7	72	3	50	23	0	30	46	1.52
80712--80738	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
81324--81363	19	2.1	19	100	0	80	30	25	7	37	1.83
81793--81891	53	1.9	51	92	8	166	34	19	1	45	1.57
82682--82720	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
83331--83392	3	21.7	3	80	9	76	38	0	0	61	0.96
86920--86974	12	4.3	13	78	21	55	74	0	1	23	0.91
86918--86969	9	5.9	9	80	10	63	75	0	1	23	0.91
87687--87883	76	2.6	76	94	0	351	58	12	2	26	1.45
87781--87842	32	1.9	32	84	12	83	62	11	0	25	1.28
93762--94071	79	4.0	79	78	13	338	24	19	24	31	1.98
93831--93945	37	3.1	37	94	0	203	22	18	22	36	1.95
93713--94023	153	2.0	153	91	1	507	23	18	23	34	1.96
94035--94100	34	1.9	34	96	0	123	27	18	22	31	1.97
107613--107685	18	3.9	18	72	13	67	21	19	28	30	1.98
110128--110247	37	3.2	37	90	1	186	35	21	18	24	1.95
110392--110524	42	3.2	42	84	0	203	23	22	21	33	1.98
110387--110585	84	2.4	83	89	1	299	25	21	21	32	1.98
110392--110553	42	3.9	42	82	0	198	24	21	21	32	1.98
110703--110872	80	2.1	80	94	0	295	34	15	18	31	1.92
110904--110955	20	2.6	20	90	0	77	21	21	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111029--111285	42	5.9	42	72	11	196	28	17	22	32	1.96
111036--111103	22	3.2	22	64	16	52	26	16	22	35	1.94
110965--111241	135	2.1	135	90	0	428	30	17	21	30	1.96
114393--114509	5	22.8	5	73	17	98	73	1	4	20	1.09
120096--120148	16	3.4	15	82	7	61	73	0	3	22	0.99
120914--121013	18	5.4	19	70	21	61	60	12	0	28	1.32
120952--121012	31	1.9	32	87	9	90	63	9	0	26	1.25
120983--121022	19	2.0	20	85	4	55	55	15	0	30	1.41
120848--121053	74	2.8	74	91	3	326	59	12	0	26	1.39
121943--121989	6	7.5	6	81	11	51	14	19	12	53	1.73
121943--121982	21	2.0	20	90	5	62	15	20	15	50	1.79
123472--123548	34	2.2	35	84	9	95	74	10	12	2	1.18
124500--124562	32	2.0	32	87	0	90	26	15	26	30	1.96
124832--124863	15	2.1	15	94	0	55	25	28	15	31	1.96
124858--125343	133	3.7	128	78	9	419	25	31	17	25	1.97
124879--125347	134	3.6	131	79	7	377	25	31	17	26	1.97
125533--125579	17	2.9	17	80	20	57	44	0	0	55	0.99
125538--125581	22	2.0	22	86	8	63	40	0	0	59	0.98
126131--126171	22	2.0	20	90	9	64	73	4	19	2	1.13
130314--130372	29	2.0	29	90	0	91	40	5	10	44	1.60
131441--131472	4	8.0	4	92	0	55	71	3	0	25	1.00
131491--131522	16	2.0	16	100	0	64	37	0	6	56	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135707--135747	18	2.2	19	95	4	75	24	4	24	46	1.72
138816--138920	48	2.2	48	81	3	113	29	20	22	27	1.98
139048--139148	45	2.2	45	82	3	114	19	21	31	26	1.98
140933--140973	18	2.2	19	95	4	75	24	4	24	46	1.72
141520--141908	3	128.0	3	75	13	318	29	2	2	65	1.20
141648--141914	53	5.2	51	74	18	161	30	2	2	64	1.21
142577--142656	30	2.7	28	81	14	83	50	5	13	31	1.63
152531--152700	85	2.0	84	82	3	207	46	11	6	35	1.65
154256--154320	34	2.0	33	85	8	89	46	1	3	49	1.27
155358--155780	209	2.0	212	98	1	825	19	20	28	30	1.97
157083--157135	3	17.0	3	84	7	70	37	0	0	62	0.96
158202--158235	14	2.3	15	90	5	52	41	0	0	58	0.98
160692--160730	15	2.7	15	88	4	53	20	15	12	51	1.76
166248--166536	94	3.1	90	83	6	373	29	15	20	33	1.94
168761--168961	54	3.8	53	81	6	221	38	14	22	23	1.92
169306--169360	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
169761--171554	113	15.9	113	97	0	3426	39	15	17	27	1.90
170036--170080	24	1.9	23	82	13	56	53	6	24	15	1.66
171631--171664	14	2.3	15	90	5	52	41	0	0	58	0.98
187118--187239	40	3.0	40	98	0	235	22	16	27	33	1.95
187342--187465	47	2.6	44	78	15	122	41	8	19	30	1.80
191388--191509	40	3.0	40	98	0	235	22	16	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195592--195641	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
197978--198460	3	163.7	3	87	7	713	0	36	0	63	0.94
202064--202110	12	3.7	12	81	15	58	46	17	19	17	1.84
202539--202578	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
202573--202671	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
202657--202711	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
203108--203160	15	3.5	15	82	5	70	32	11	11	45	1.76
203110--203159	17	3.1	17	80	11	61	34	10	12	44	1.75
207569--207658	41	2.2	41	75	15	96	73	4	6	15	1.21
207852--207912	16	3.5	18	73	13	56	75	0	3	21	0.94

Tables:   1   2