genome.fa.s9133.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009133.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112632_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  771734

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325--2351	13	2.1	13	100	0	54	14	40	7	37	1.74
2599--2643	21	2.1	21	84	8	56	40	4	0	55	1.20
5184--5294	35	3.2	35	88	5	145	43	23	0	32	1.60
6349--6426	35	2.2	35	88	4	122	38	0	19	42	1.51
9842--9882	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
10045--10085	20	2.0	20	86	9	57	43	0	0	56	0.99
10079--10131	17	3.1	17	97	2	97	60	0	0	39	0.97
12257--12372	60	1.9	60	80	0	133	41	10	8	39	1.70
13436--13475	21	1.9	21	85	10	55	35	0	0	65	0.93
16565--16670	35	3.0	35	85	9	137	45	16	5	33	1.70
21079--21166	35	2.5	36	90	3	135	44	19	4	31	1.71
26083--26162	42	1.9	41	94	2	142	32	12	25	30	1.92
39347--39392	21	2.2	21	88	0	65	41	28	6	23	1.79
48769--48832	28	2.3	28	83	0	74	12	25	28	34	1.92
50016--50063	14	3.4	14	91	0	78	29	39	12	18	1.88
51504--51532	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
53097--53123	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
56919--57030	60	1.9	59	85	5	154	38	15	6	40	1.72
71137--71166	14	2.1	14	100	0	60	26	6	23	43	1.78
73759--73833	31	2.4	31	88	0	105	26	22	13	37	1.91
74147--74222	30	2.5	30	93	0	125	23	27	17	31	1.97
86505--86586	30	2.8	30	72	9	78	31	9	6	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103872--104009	58	2.4	59	93	1	233	36	13	10	39	1.79
105906--105939	18	1.9	18	88	5	52	32	2	0	64	1.08
106932--107012	32	2.5	33	80	13	87	38	0	2	59	1.11
108708--108753	20	2.3	20	84	0	56	26	36	13	23	1.91
108757--108848	21	4.5	21	88	9	111	17	34	27	20	1.95
109361--109456	32	2.9	34	82	6	124	55	4	3	37	1.35
109851--110342	126	3.9	128	90	3	805	31	20	25	22	1.98
109851--110327	254	1.9	254	94	1	850	31	20	25	22	1.98
110777--110873	49	2.0	48	97	2	185	28	31	12	26	1.93
113025--113085	13	5.0	13	72	18	51	40	0	1	57	1.08
123626--123666	21	2.0	21	95	0	73	31	2	0	65	1.05
133169--133306	59	2.3	59	94	0	240	36	14	10	38	1.81
135259--135292	18	1.9	18	88	5	52	32	2	0	64	1.08
150874--151016	66	2.2	66	88	2	207	20	15	39	24	1.91
165705--166484	165	4.7	164	85	4	903	29	25	21	24	1.99
165668--166414	246	3.0	245	81	6	788	29	25	21	24	1.99
165705--166484	330	2.4	329	89	3	1158	29	25	21	24	1.99
165632--166484	81	10.4	81	82	6	878	29	24	21	24	1.99
169251--169417	85	2.0	84	87	1	244	28	12	15	43	1.83
175302--175470	83	2.0	83	90	1	268	46	14	17	21	1.84
176685--176930	125	2.0	125	88	1	368	50	10	10	29	1.70
177321--177369	21	2.3	22	93	6	84	14	28	30	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177374--177466	31	3.0	31	96	0	168	23	37	15	23	1.93
182898--183413	259	2.0	258	96	3	968	31	19	14	34	1.92
199496--199654	60	2.7	58	76	12	153	42	6	18	32	1.76
208936--209000	22	2.9	23	84	9	80	41	18	15	24	1.89
209789--209912	31	3.9	32	76	8	112	29	20	17	31	1.96
212804--212895	47	1.9	48	89	6	143	23	20	16	39	1.92
229612--229655	15	2.9	15	86	0	61	25	20	22	31	1.98
236882--236910	13	2.2	13	100	0	58	20	6	48	24	1.74
241773--241902	36	3.6	36	94	0	215	21	26	20	30	1.98
249741--249795	23	2.4	23	93	0	92	56	14	10	18	1.67
254851--254977	43	2.9	45	89	4	195	21	25	14	38	1.91
256821--256882	31	2.2	28	83	13	74	29	29	24	17	1.97
265645--265713	2	37.0	2	81	18	78	46	1	1	50	1.19
271597--271716	42	2.9	42	93	0	213	15	19	19	45	1.85
271905--271996	22	3.8	23	75	19	73	51	0	0	48	1.00
271960--272005	18	2.6	19	83	10	53	54	0	2	43	1.12
271909--272040	54	2.5	52	78	16	148	46	0	0	52	1.05
272407--272476	20	3.5	20	100	0	140	34	15	10	40	1.81
272407--272485	40	2.0	40	92	0	131	34	16	8	40	1.80
272459--272540	30	2.8	29	90	1	119	37	19	6	36	1.77
272459--272540	15	5.5	15	82	2	103	37	19	6	36	1.77
273767--273814	22	2.2	22	85	3	62	35	8	2	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274198--274227	12	2.4	13	94	5	53	43	13	13	30	1.82
274284--274355	16	4.6	16	89	1	110	36	20	6	36	1.80
276840--276876	18	2.1	18	89	0	56	54	0	0	45	1.00
285833--285862	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
289162--289300	70	2.0	70	98	0	269	33	15	17	33	1.91
289563--289616	22	2.5	22	87	0	81	31	14	27	25	1.95
290712--290769	30	1.9	30	92	0	98	36	10	3	50	1.54
301589--301615	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
302770--302824	27	2.1	27	86	6	78	56	21	5	16	1.60
302759--302824	27	2.4	28	80	12	75	56	22	6	15	1.61
302771--302832	25	2.5	25	82	10	65	53	24	6	16	1.66
305885--305921	12	2.7	14	84	15	51	27	27	29	16	1.97
308239--308372	63	2.1	64	83	6	166	51	18	11	18	1.75
308239--308372	64	2.1	63	83	6	164	51	18	11	18	1.75
314849--315251	51	8.0	51	83	4	482	18	18	26	37	1.93
314853--315251	151	2.6	151	86	4	529	18	18	26	37	1.93
315911--315946	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
324673--324723	22	2.3	21	80	9	57	72	5	3	17	1.20
325447--325544	21	4.8	20	75	6	79	36	23	18	21	1.95
325512--325721	20	10.5	20	84	4	235	35	25	18	20	1.95
326403--326449	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
328890--329006	52	2.2	52	88	5	166	44	18	20	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328890--329006	19	6.7	19	73	20	112	44	18	20	16	1.87
329015--329112	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
328996--329112	53	2.2	53	96	1	218	13	24	17	43	1.86
329219--329255	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
330292--330348	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
330287--330356	33	2.1	33	100	0	140	8	24	20	47	1.78
330333--330408	21	3.7	21	80	3	100	13	25	17	44	1.84
330332--330409	41	1.9	41	97	0	147	14	25	16	43	1.85
330488--330558	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
330736--330790	22	2.5	22	84	0	83	20	14	40	25	1.90
330936--331089	20	7.7	20	81	7	168	18	18	26	37	1.93
330935--331089	40	3.8	40	82	4	186	18	18	26	37	1.93
331076--331158	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
331056--331154	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
332401--332494	36	2.6	37	80	14	106	48	0	0	51	1.00
332442--332493	2	27.0	2	76	7	54	48	0	0	51	1.00
332397--332493	42	2.4	41	88	8	146	50	0	0	49	1.00
332440--332490	17	3.1	17	77	11	61	49	0	0	50	1.00
336318--336350	13	2.4	14	90	5	50	27	0	27	45	1.54
349688--349770	33	2.5	33	80	7	105	10	7	21	60	1.54
349726--349779	23	2.3	24	83	6	74	9	7	22	61	1.51
355993--356025	8	4.1	8	96	0	57	3	39	0	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
366466--366497	6	5.3	6	96	0	55	18	53	28	0	1.45
367171--368104	219	4.3	219	99	0	1822	26	14	15	43	1.85
370274--370316	15	2.9	15	82	0	50	44	0	44	11	1.40
383891--383921	11	2.8	11	95	0	53	25	0	0	74	0.82
393452--393478	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
408648--408701	22	2.5	22	84	6	65	40	3	1	53	1.29
408667--408710	22	2.0	22	81	0	52	54	0	2	43	1.12
408685--408723	18	2.2	18	85	0	51	58	0	0	41	0.98
409044--409091	22	2.1	24	84	7	64	45	18	6	29	1.74
409270--409326	30	1.9	30	96	0	105	61	8	0	29	1.26

Tables:   1   2