genome.fa.s9140.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009140.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112647_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  511116

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1221--1251	6	5.2	6	100	0	62	32	35	16	16	1.91
2973--3101	49	2.8	47	81	8	147	30	21	6	41	1.80
4628--4691	29	2.2	30	80	5	76	34	23	4	37	1.76
14930--15051	44	2.7	44	84	3	154	36	21	12	29	1.90
16561--16592	13	2.3	15	89	10	50	65	0	0	34	0.93
22975--23347	42	9.1	40	83	8	248	22	20	24	32	1.97
22981--23487	82	6.2	82	88	5	640	22	19	23	34	1.97
23039--23487	124	3.6	123	87	4	611	22	19	23	34	1.97
23063--23487	166	2.6	166	92	1	696	22	19	23	34	1.96
23063--23484	42	10.2	42	88	3	592	22	19	23	34	1.96
24344--24483	42	3.4	41	90	3	219	33	20	22	23	1.97
24344--24508	21	8.0	21	76	14	137	33	21	22	23	1.97
24695--24761	9	6.4	11	71	25	56	49	1	2	46	1.26
24779--24823	16	2.6	18	74	19	51	48	4	6	40	1.49
24774--24818	18	2.5	18	79	13	56	46	2	8	42	1.47
25100--25147	20	2.5	19	83	6	60	50	2	8	39	1.44
25103--25156	23	2.4	23	84	9	67	51	3	5	38	1.43
25113--25162	23	2.1	24	96	3	93	48	4	6	42	1.46
25344--25417	37	2.1	36	84	5	96	41	8	10	39	1.70
25403--25521	20	5.9	20	78	13	104	43	5	5	44	1.52
25419--25491	2	35.0	2	81	8	83	46	4	4	45	1.41
25480--25523	18	2.3	20	81	11	58	38	6	6	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25560--25616	21	2.6	22	75	10	64	38	7	3	50	1.46
25563--25741	87	2.0	88	85	5	238	40	4	4	50	1.43
25658--25746	31	2.8	31	84	8	99	43	3	3	49	1.35
25590--25758	87	1.9	87	82	7	209	43	4	4	48	1.41
25768--25813	14	3.1	15	85	14	69	54	0	0	45	0.99
35602--35641	15	2.6	16	88	4	55	62	7	0	30	1.23
37278--37658	55	6.9	55	82	9	352	30	23	17	28	1.97
37278--37658	110	3.5	108	83	7	396	30	23	17	28	1.97
37371--37693	110	3.0	107	84	8	311	30	24	16	28	1.96
37967--38001	17	2.1	17	89	10	54	28	25	2	42	1.69
38986--39161	7	23.6	7	75	14	88	7	19	0	73	1.06
38985--39163	28	6.4	27	71	18	118	7	18	0	73	1.07
48779--48889	45	2.5	45	95	0	204	32	24	15	27	1.95
50390--50424	16	2.2	16	95	5	63	65	0	0	34	0.93
52686--52711	9	2.9	9	100	0	52	53	11	23	11	1.69
57888--58524	335	1.9	335	94	1	1116	36	12	13	36	1.83
61816--61872	9	6.6	9	75	18	50	31	7	0	61	1.23
61926--62004	40	2.0	41	85	7	108	31	8	3	55	1.48
67376--67485	47	2.4	46	86	4	143	40	9	20	30	1.83
75283--75317	11	3.4	11	84	15	56	85	8	5	0	0.73
75356--75406	7	7.0	7	78	12	50	78	0	19	1	0.85
76533--76791	106	2.4	106	90	0	401	32	23	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78683--78725	22	2.0	22	81	9	52	25	2	6	65	1.30
78905--78933	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
79168--79220	28	1.9	27	85	11	72	18	5	7	67	1.35
79219--79245	14	1.9	14	100	0	54	7	18	0	74	1.05
80678--80711	17	2.0	17	100	0	68	23	29	17	29	1.97
80995--81038	23	2.0	21	86	8	61	31	6	0	61	1.22
86833--86890	24	2.4	24	94	0	98	29	18	12	39	1.87
87120--87176	30	1.9	30	88	0	87	8	31	22	36	1.85
88877--88987	39	2.8	39	83	6	136	35	20	0	43	1.58
91884--91913	16	1.9	16	93	6	53	13	13	23	50	1.77
95933--95958	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
98597--98662	21	3.5	21	67	26	65	46	19	4	28	1.69
98553--98663	35	3.1	35	89	5	152	45	19	3	31	1.68
104412--104440	8	3.8	8	90	9	51	86	13	0	0	0.58
107753--107785	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
108016--108055	21	2.0	20	85	5	53	37	5	2	55	1.35
108110--108139	15	2.0	15	93	0	51	66	0	3	30	1.07
108161--108208	25	1.9	25	83	8	62	45	0	2	52	1.12
109629--109715	3	28.3	3	83	4	111	58	1	0	40	1.05
111188--111775	290	2.0	290	99	0	1160	39	19	23	17	1.92
118689--118808	33	3.5	33	80	12	136	14	10	34	41	1.79
119370--119434	18	3.7	18	93	2	105	27	30	7	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120645--120707	30	2.1	30	93	0	108	26	25	19	28	1.98
124744--124775	16	2.0	16	93	0	55	34	25	6	34	1.81
125171--125233	30	2.1	30	93	0	108	26	25	19	28	1.98
145379--145593	117	1.8	117	84	2	297	30	10	11	47	1.72
150114--150164	3	17.0	3	80	8	59	60	3	1	33	1.26
150114--150174	9	7.2	8	78	10	52	60	3	1	34	1.23
150134--150175	19	2.1	21	91	8	70	59	2	0	38	1.10
150320--150782	241	1.9	247	86	4	670	25	22	16	35	1.95
151172--151296	36	3.3	37	67	5	99	38	13	20	28	1.90
151083--151321	73	3.2	73	87	4	345	41	12	18	27	1.87
151086--151354	73	3.6	73	84	5	254	42	12	18	26	1.86
151325--151486	66	2.5	66	82	6	204	37	13	20	28	1.91
151446--151656	36	6.0	36	82	6	272	37	14	21	26	1.91
151363--151631	102	2.6	103	89	2	418	36	14	20	28	1.92
151556--151677	21	6.4	21	64	21	79	39	13	22	23	1.91
151722--151761	21	1.9	21	100	0	80	42	12	15	30	1.83
151743--151831	39	2.3	38	88	5	110	39	13	17	29	1.88
151753--151831	39	2.0	39	95	0	140	36	13	18	30	1.90
151834--151975	76	1.9	76	88	2	214	40	16	14	28	1.87
152038--152255	36	5.9	37	77	4	174	38	9	18	33	1.84
153379--153432	9	5.8	9	81	14	65	1	11	1	85	0.76
153372--153413	15	2.8	15	85	7	59	0	14	2	83	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157269--157328	15	3.9	15	76	8	66	16	26	35	21	1.95
160454--160487	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
160832--160864	16	2.1	16	94	0	57	75	0	0	24	0.80
165146--165170	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
171698--171747	24	2.1	24	85	7	66	60	16	2	22	1.46
173222--173280	3	20.3	3	79	6	68	57	0	0	42	0.98
174669--174707	20	2.0	20	89	0	60	5	7	0	87	0.68
174669--174710	15	2.8	15	85	7	50	4	7	0	88	0.64
178898--178932	17	2.1	17	100	0	70	31	5	17	45	1.71
180556--180583	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
181969--182021	3	18.3	3	76	7	56	58	1	0	39	1.09
183508--183685	85	2.1	85	97	0	338	26	23	26	23	2.00
187524--187550	14	1.9	14	100	0	54	33	7	14	44	1.73
188592--188623	15	2.1	16	94	5	57	34	6	34	25	1.81
190639--190702	31	2.1	31	100	0	128	43	18	25	12	1.85
194678--194714	14	2.6	15	83	12	51	13	29	10	45	1.77
196983--197577	38	16.1	36	68	13	217	32	17	12	37	1.87
196946--197216	74	3.7	74	88	3	386	30	17	14	36	1.90
197126--197669	74	7.4	72	83	7	571	33	17	11	37	1.86
197093--197553	112	4.1	112	79	5	522	32	17	12	36	1.88
197199--197669	148	3.2	148	88	3	723	33	17	11	38	1.85
197199--197669	74	6.4	74	87	4	641	33	17	11	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197751--197952	59	3.4	58	85	1	233	28	23	17	30	1.97
198278--198338	21	2.9	21	82	0	59	44	40	8	6	1.60
203698--203745	22	2.2	22	85	14	64	60	2	0	37	1.09
206627--206725	44	2.3	43	81	13	105	44	2	2	51	1.24
206771--206809	21	2.0	21	85	10	55	61	0	2	35	1.10
209635--209709	21	3.5	21	83	1	78	22	0	30	46	1.52
209653--209925	7	37.4	7	66	12	70	20	1	30	47	1.58
209692--209812	8	15.9	8	67	19	55	16	0	30	52	1.44
209868--209980	21	5.3	21	85	8	131	21	0	28	50	1.49
209868--209998	29	4.3	29	72	19	90	22	0	29	48	1.56

Tables:   1   2   3