genome.fa.s9145.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009145.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112657_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  440284

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1259--1290	16	2.0	16	93	0	55	53	6	15	25	1.65
1496--1529	18	1.9	18	94	5	61	14	23	32	29	1.94
3524--3620	40	2.4	40	81	6	106	31	27	13	26	1.94
3500--3609	40	2.7	42	75	10	111	29	23	14	32	1.94
9730--9763	15	2.3	15	89	0	50	70	0	5	23	1.09
10180--10226	7	6.4	7	85	9	67	61	0	0	38	0.96
11515--11562	25	1.9	25	82	0	60	18	16	25	39	1.91
12966--13033	3	22.7	3	78	0	73	57	32	5	4	1.43
13055--13115	24	2.5	24	97	0	113	62	26	8	3	1.39
13083--13117	18	1.9	18	94	0	61	60	25	11	2	1.45
13139--13187	25	2.0	25	91	0	80	53	6	0	40	1.26
15081--15124	20	2.3	19	85	11	63	20	25	9	45	1.80
15087--15124	20	1.9	20	94	0	67	21	23	10	44	1.83
21205--21252	23	2.0	24	92	4	80	20	25	22	31	1.98
25075--25120	20	2.3	20	100	0	92	32	15	6	45	1.71
25222--25255	13	2.6	13	90	0	59	47	0	26	26	1.53
25734--25767	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
29958--30033	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
30454--30483	15	2.0	15	100	0	60	13	26	46	13	1.80
34956--35031	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
44047--44134	40	2.2	39	83	2	104	37	12	1	48	1.48
48060--48121	3	20.7	3	100	0	124	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48566--48668	42	2.5	42	85	1	127	34	24	21	19	1.96
48311--49523	260	4.7	260	92	0	1899	35	17	15	31	1.91
48311--49523	519	2.3	519	92	1	1980	35	17	15	31	1.91
58787--58932	64	2.2	67	83	8	176	24	15	26	32	1.95
58893--58932	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
82317--82377	30	2.0	30	93	0	104	34	26	16	22	1.95
86295--86327	14	2.4	14	100	0	66	27	21	9	42	1.83
98768--98813	3	15.0	3	95	4	83	67	0	0	32	0.91
98812--98874	3	21.3	3	96	3	119	34	0	0	65	0.93
101252--101305	22	2.5	22	87	3	83	14	48	5	31	1.67
103359--103616	141	1.8	140	90	2	419	22	20	18	37	1.94
104117--104176	26	2.3	26	88	0	84	33	20	10	36	1.86
107191--107225	18	1.9	18	88	0	52	14	8	14	62	1.53
118043--118084	23	2.0	21	81	13	50	21	19	7	52	1.69
122569--122644	23	3.3	23	73	10	75	42	7	21	28	1.81
122604--122663	23	2.7	21	75	14	57	35	8	25	31	1.85
123782--123963	90	2.0	90	91	2	294	46	4	10	37	1.61
125669--125697	14	2.1	14	100	0	58	37	6	20	34	1.80
136056--136096	20	2.0	20	90	0	64	17	4	21	56	1.60
136097--136200	45	2.3	44	90	3	163	36	6	25	31	1.82
136568--136601	12	2.8	12	100	0	68	17	8	32	41	1.80
136562--136610	12	4.1	12	89	0	62	22	12	28	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139075--139148	21	3.4	21	71	14	69	22	17	28	31	1.97
143222--143290	23	3.1	23	79	8	88	20	18	24	36	1.95
146240--146303	6	10.8	6	84	3	58	75	0	1	23	0.90
146243--146282	3	13.3	3	84	10	55	70	0	0	30	0.88
147391--147437	20	2.2	20	85	11	58	63	2	0	34	1.06
147386--147439	23	2.3	23	78	9	56	62	1	1	33	1.16
147472--147561	38	2.4	36	78	10	92	42	14	2	41	1.58
147560--147584	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
147567--147754	37	5.1	36	77	11	159	46	7	3	42	1.51
147722--147778	24	2.4	25	82	14	75	47	10	0	42	1.38
148205--150252	84	24.6	82	79	4	1360	24	19	23	32	1.97
148472--150220	168	10.5	168	84	1	1977	24	19	24	32	1.98
148472--150254	251	7.1	251	85	1	1982	24	19	24	32	1.97
151374--151633	95	2.7	95	85	4	317	31	18	16	34	1.93
155671--155742	32	2.3	31	80	7	83	76	1	8	13	1.08
156932--157021	38	2.4	36	78	10	92	42	15	2	40	1.59
157020--157044	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
157053--157100	25	2.0	24	87	4	69	43	4	4	47	1.41
157177--157233	24	2.4	25	82	14	75	47	10	0	42	1.38
157246--157285	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
162796--163138	184	1.9	180	86	7	485	47	6	6	39	1.55
164460--164563	3	34.0	3	73	3	73	57	0	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164460--164514	16	3.7	16	76	16	64	52	1	0	45	1.11
164483--164563	33	2.4	33	83	2	99	60	1	1	37	1.13
164694--165808	123	9.1	122	88	2	1425	26	19	16	38	1.92
164694--165811	369	3.0	368	88	2	1595	26	19	16	38	1.92
167769--167807	19	2.1	19	90	9	62	2	17	0	79	0.84
167782--167820	15	2.8	14	88	7	53	0	20	0	79	0.73
167777--167823	24	2.0	24	87	8	69	2	19	0	78	0.85
167782--167823	8	5.2	8	77	11	50	0	19	0	80	0.70
168692--168726	18	1.9	18	94	0	61	28	17	28	25	1.97
170288--170317	14	2.1	14	93	0	51	56	10	16	16	1.66
170292--170359	20	3.5	20	70	9	68	57	10	14	17	1.65
171822--171892	36	2.0	36	100	0	142	28	36	1	33	1.66
177775--177957	91	2.0	91	98	0	357	28	15	11	44	1.81
182628--182786	64	2.5	64	83	4	178	32	22	13	31	1.92
188538--188658	44	2.8	43	88	3	179	28	22	19	29	1.98
188626--188679	20	2.7	20	91	0	90	29	20	20	29	1.98
188542--188679	44	3.2	42	85	8	131	29	21	18	30	1.97
193362--193395	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
194035--194093	22	2.7	22	94	0	100	30	23	27	18	1.98
194431--194530	3	33.0	3	74	9	69	59	2	2	37	1.21
194431--194483	16	3.4	16	84	2	63	54	1	0	43	1.11
194463--194538	29	2.6	30	83	4	102	64	1	2	31	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197349--197394	23	2.0	23	95	0	83	45	8	6	39	1.61
199273--199299	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
201710--201761	17	3.1	17	77	5	61	44	11	9	34	1.73
201934--201986	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
202182--202236	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
202222--202320	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
202315--202354	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
204658--204703	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
204657--204696	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
204934--204989	28	2.0	29	89	3	87	23	5	17	53	1.64
205792--205890	32	3.1	32	92	0	153	36	22	12	29	1.90
209899--209952	26	2.1	26	100	0	108	40	25	18	14	1.89
220330--220364	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
225086--225112	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
234269--234318	23	2.3	23	86	6	68	68	12	2	18	1.30
235748--235777	10	3.0	10	100	0	60	40	0	0	60	0.97
235741--235790	20	2.4	21	75	18	52	48	0	0	52	1.00
240386--240462	32	2.6	30	80	11	79	28	20	3	46	1.68
240395--240462	27	2.5	28	86	11	88	29	20	4	45	1.70
243993--244019	13	2.1	13	100	0	54	92	7	0	0	0.38
251613--251664	25	2.1	25	82	13	63	71	5	17	5	1.26
255083--255235	76	2.0	76	98	0	297	39	22	16	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257674--257757	6	13.0	6	73	20	64	76	0	22	1	0.86
257668--257754	27	3.2	27	79	6	95	74	0	24	1	0.88
257674--257757	21	3.9	20	74	13	69	76	0	22	1	0.86
261822--261998	53	3.3	53	84	0	219	24	26	20	28	1.99
261846--261999	53	2.9	54	88	3	224	20	27	23	28	1.99
262502--262626	42	3.0	42	93	0	214	31	24	19	24	1.98
262526--262626	22	4.8	20	65	21	64	31	24	19	23	1.98
262360--262585	122	1.9	120	85	3	310	30	22	19	27	1.98
262515--262619	20	5.0	22	66	20	80	31	25	18	24	1.97
262377--262708	164	2.0	163	91	0	529	30	22	18	28	1.98

Tables:   1   2