genome.fa.s9150.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112674_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  343037

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851--1129	37	8.0	36	78	13	280	41	3	9	44	1.56
893--950	12	5.0	12	73	14	50	44	1	8	44	1.44
869--1200	135	2.5	134	80	13	376	40	3	9	46	1.54
999--1131	38	3.5	38	84	6	171	41	5	8	45	1.57
1094--1201	32	3.4	31	75	13	87	37	5	7	49	1.54
1290--1327	7	5.6	7	82	17	53	23	2	0	73	0.95
1292--1329	20	1.9	20	100	0	76	21	2	0	76	0.91
2415--2464	10	4.9	10	85	4	55	30	2	0	68	1.01
2430--2464	15	2.2	16	95	5	63	37	0	0	62	0.95
3493--3526	18	1.9	18	88	5	52	5	11	5	76	1.14
13965--14017	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
14007--14109	41	2.5	40	87	1	134	37	19	19	23	1.94
14007--14116	20	5.4	20	81	2	139	37	20	20	22	1.95
14989--15042	24	2.2	24	93	0	90	22	16	20	40	1.91
15233--15268	14	2.5	14	90	4	54	58	22	13	5	1.56
17553--17607	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
17514--17607	20	4.7	20	71	13	68	35	23	20	21	1.96
17580--17701	33	3.7	33	94	0	208	45	17	23	13	1.83
17560--17671	19	6.4	19	70	20	91	43	18	23	14	1.86
17708--17768	19	3.5	19	74	21	78	14	22	18	44	1.86
17875--17911	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
19261--19327	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19779--19866	19	4.8	19	72	16	78	45	20	21	12	1.84
19863--19906	19	2.3	19	88	0	61	11	18	27	43	1.84
19872--19909	19	2.0	19	94	0	67	5	18	28	47	1.70
19922--19978	19	2.9	19	86	5	69	19	21	19	40	1.92
20048--20427	94	4.1	94	91	2	577	48	17	11	22	1.79
22131--22186	20	2.8	20	81	10	78	39	19	25	16	1.91
22122--22248	33	3.6	35	77	11	100	44	18	22	15	1.87
22184--22267	19	4.7	19	69	18	63	46	17	17	17	1.85
22151--22248	33	2.9	33	86	1	115	42	19	21	16	1.89
22290--22381	40	2.3	40	81	7	98	13	17	18	51	1.77
22294--22384	20	4.6	20	76	9	87	13	15	18	52	1.74
22935--23052	20	5.8	20	83	2	155	21	19	18	40	1.91
22935--23052	41	2.9	41	87	1	166	21	19	18	40	1.91
22935--23052	61	2.0	60	87	1	173	21	19	18	40	1.91
23300--23616	37	8.8	36	79	12	300	43	4	10	41	1.57
23300--23606	38	8.4	37	83	10	325	43	3	10	42	1.56
23585--23625	21	2.0	21	90	9	68	41	4	7	46	1.53
23511--23699	93	2.0	95	81	8	226	43	4	10	40	1.60
23607--23706	37	2.8	34	77	12	103	46	4	9	41	1.54
24898--24952	11	4.7	11	79	18	58	23	1	0	74	0.91
24897--24946	15	3.3	15	83	5	55	26	2	0	72	0.96
24881--24952	20	3.4	20	68	27	51	23	1	4	70	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25060--25086	12	2.2	12	100	0	54	29	7	0	62	1.22
26021--26102	31	2.6	31	92	1	137	37	14	13	34	1.85
27171--27260	26	3.5	26	75	10	87	44	5	18	31	1.73
28023--28052	15	1.9	16	93	6	53	60	6	20	13	1.55
29677--29706	13	2.2	14	94	5	53	40	0	13	46	1.43
30361--30401	12	3.4	12	96	0	73	0	39	31	29	1.57
39799--39846	24	2.0	24	87	0	69	22	10	25	41	1.85
40067--40115	22	2.3	22	89	3	73	48	14	4	32	1.62
40565--40610	15	3.1	15	87	0	56	0	26	8	65	1.21
40934--41048	20	5.7	19	76	11	104	35	21	17	25	1.95
40954--41044	41	2.2	41	88	0	137	37	20	16	25	1.93
42844--42879	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
42962--43000	20	2.0	20	94	0	69	46	30	10	12	1.75
43064--43113	20	2.5	20	96	3	93	16	24	28	32	1.96
43326--43376	20	2.5	20	96	0	93	19	29	19	31	1.97
44122--44175	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
46667--46793	33	3.8	33	86	4	193	42	20	22	14	1.88
46668--46800	66	2.0	66	95	0	239	41	20	22	15	1.90
46810--46864	14	3.6	14	73	21	56	9	23	21	45	1.80
46822--46882	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
46793--46882	33	2.7	33	92	0	153	14	22	20	43	1.87
46989--47025	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48383--48588	42	4.9	41	72	9	155	23	17	36	22	1.95
48383--48449	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
48482--48588	21	5.1	21	66	8	65	24	16	37	21	1.94
48413--48588	84	2.1	84	97	0	334	23	17	37	21	1.94
48805--48991	91	2.0	90	91	6	304	47	19	12	21	1.82
49158--49288	63	2.1	63	100	0	262	23	37	18	20	1.94
50741--50885	19	8.1	19	74	16	130	45	19	23	11	1.83
50765--50830	33	2.0	33	90	0	105	42	21	24	12	1.86
50749--50885	52	2.6	52	90	1	202	44	20	23	11	1.84
50881--50925	19	2.4	19	84	0	63	6	15	26	51	1.68
51478--51530	20	2.7	20	90	0	79	28	20	26	24	1.99
51539--51592	20	2.7	20	94	0	90	25	16	24	33	1.96
51483--51613	61	2.1	61	79	5	140	22	19	24	33	1.97
51848--51891	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
55942--56058	49	2.5	46	80	8	119	49	3	7	39	1.48
56934--56994	29	2.1	29	100	0	122	34	13	13	39	1.83
58275--58302	12	2.3	12	100	0	56	42	32	17	7	1.77
78978--79436	37	12.5	36	72	17	294	43	3	10	42	1.57
79160--79401	74	3.3	75	85	11	329	43	3	9	42	1.54
79454--79515	29	2.1	29	82	11	74	30	0	1	67	1.00
80754--80786	16	2.0	17	94	5	59	18	6	0	75	1.00
88879--89267	37	10.6	37	70	18	183	44	4	8	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88856--89047	35	5.3	33	70	19	100	45	3	10	40	1.56
89002--89094	45	2.1	45	86	9	129	48	2	7	41	1.43
88889--89178	156	1.9	154	80	11	342	45	3	9	41	1.55
89142--89209	26	2.6	26	100	0	136	44	4	8	42	1.55
89026--89286	137	1.9	143	84	8	358	43	3	7	44	1.51
89168--89286	37	3.2	37	83	9	127	40	3	7	48	1.48
89314--89379	5	13.4	5	78	12	66	34	0	1	63	1.04
89314--89383	19	3.6	19	79	9	63	32	0	1	65	1.01
89317--89382	24	2.8	25	84	11	86	31	0	1	66	1.01
90456--90487	15	2.1	16	94	5	57	18	6	0	75	1.01
90481--91083	303	2.0	305	96	2	1112	33	13	13	38	1.84
92241--92278	12	3.3	12	85	7	53	31	0	0	68	0.90
92243--92295	22	2.9	17	79	20	54	30	1	1	66	1.13
93546--93578	16	2.0	17	94	5	59	18	6	0	75	1.00
103694--103779	26	3.6	25	72	23	87	32	30	17	19	1.95
103718--103753	18	2.0	18	94	0	63	30	30	22	16	1.96
103694--103780	44	2.0	44	93	0	147	32	29	17	20	1.95
104682--104737	21	2.6	22	80	5	71	19	23	21	35	1.96
107543--107572	6	5.2	6	96	4	53	53	13	0	33	1.40
107904--107970	18	3.8	18	76	9	66	32	31	16	19	1.94
107891--107961	36	2.0	36	86	5	99	30	28	19	21	1.97
108043--108082	21	1.9	21	84	0	53	37	15	17	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108442--108491	21	2.4	20	83	12	57	42	16	6	36	1.72
110670--110695	12	2.2	12	100	0	52	38	15	34	11	1.83
111864--112001	60	2.3	58	78	9	143	34	18	13	34	1.90
112153--112265	60	1.9	60	88	3	174	38	15	12	32	1.85
119749--119791	17	2.7	15	82	13	50	67	4	0	27	1.10
121719--121786	32	2.1	32	100	0	136	41	33	0	25	1.56
121805--121873	12	5.8	12	74	6	50	53	18	8	18	1.70
121803--121873	24	3.0	24	81	8	90	53	18	8	19	1.69
123863--123897	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
124167--124228	26	2.4	26	77	20	67	77	6	14	1	1.04

Tables:   1   2