genome.fa.s9150.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112674_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  343037

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 233 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124850--124910	28	2.2	28	88	5	88	37	31	4	26	1.77
126163--126391	58	4.1	55	75	14	204	34	10	17	37	1.83
126589--126734	59	2.5	60	87	1	213	29	27	17	26	1.97
126449--127252	288	2.8	286	85	3	1035	27	24	17	31	1.97
127632--127663	15	2.1	15	94	0	55	40	43	3	12	1.58
128856--128912	6	9.7	6	94	3	98	15	0	14	70	1.18
130925--130955	16	1.9	16	93	0	53	41	0	6	51	1.27
131068--131105	20	2.0	20	89	5	60	60	0	2	36	1.11
131068--131113	21	2.3	19	85	7	56	60	2	2	34	1.21
132713--132768	14	4.1	14	76	15	55	76	3	1	17	1.01
132726--132771	13	3.5	13	80	16	51	78	4	2	15	1.01
132713--132776	18	3.6	17	70	19	51	75	4	1	18	1.06
133639--133675	3	12.0	3	88	5	56	35	0	2	62	1.10
134848--134887	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
135038--135085	25	2.0	23	88	8	69	39	0	10	50	1.37
146700--146777	8	10.1	8	75	8	72	74	1	14	10	1.13
146731--146773	21	2.1	20	86	4	59	79	0	11	9	0.95
146717--146779	29	2.1	30	91	2	101	74	0	14	11	1.07
149385--149424	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
149513--149599	46	1.9	45	90	4	140	33	4	12	49	1.61
149936--150072	68	2.0	68	100	0	274	32	4	11	51	1.58
151539--152108	39	14.5	39	86	4	682	36	16	18	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152089--152355	76	3.5	76	85	6	344	41	11	16	30	1.84
152083--152408	152	2.1	148	83	9	392	41	11	16	30	1.85
153017--153070	28	1.9	28	88	0	81	25	5	29	38	1.79
153717--153863	7	20.4	7	76	13	115	0	19	0	79	0.82
153695--153887	37	5.2	36	71	17	128	1	19	1	78	0.90
153717--153909	56	3.5	52	75	15	158	2	18	1	78	0.91
155416--155705	149	1.9	149	85	0	400	22	27	17	33	1.96
157984--158043	22	2.7	22	78	14	70	60	11	6	21	1.54
159327--159373	23	2.0	24	84	12	62	31	0	21	46	1.51
161254--161287	18	1.9	17	94	5	59	11	26	29	32	1.92
161254--161286	9	3.7	9	84	15	50	9	27	30	33	1.88
161653--161815	87	1.9	87	93	2	283	40	12	14	32	1.83
161834--162326	198	2.5	197	81	5	557	31	15	14	39	1.87
165779--165814	17	2.1	17	100	0	72	30	11	8	50	1.67
168773--168808	17	2.1	17	100	0	72	30	11	8	50	1.67
169110--169148	18	2.2	18	100	0	78	5	38	0	56	1.22
169503--169532	15	2.0	15	93	0	51	16	50	13	20	1.78
169559--169592	9	3.8	9	92	0	59	0	52	8	38	1.33
169830--169885	24	2.4	24	77	14	64	51	8	0	39	1.33
171225--171258	17	2.0	17	100	0	68	29	17	17	35	1.93
171780--171826	20	2.3	20	78	7	60	14	21	14	48	1.80
171754--173126	182	7.6	182	93	1	2177	27	16	12	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175306--175413	54	2.0	54	96	0	198	42	14	17	25	1.87
176254--176297	20	2.1	21	83	4	54	43	9	11	36	1.72
176252--176299	21	2.3	22	78	10	55	43	8	10	37	1.69
179442--179477	15	2.3	15	90	4	54	61	5	5	27	1.41
181549--181603	3	19.3	3	78	17	64	61	1	0	36	1.06
181549--181603	17	3.2	17	82	14	69	61	1	0	36	1.06
181549--181603	14	4.1	14	84	13	71	61	1	0	36	1.06
195021--195065	23	1.9	23	86	4	63	42	15	4	37	1.67
195670--196064	215	1.8	215	86	0	574	35	16	17	30	1.92
195974--196111	46	3.1	46	76	12	119	34	16	15	33	1.90
196594--196640	11	4.6	10	84	12	60	2	12	0	85	0.70
196605--196640	11	3.2	11	96	4	63	0	11	0	88	0.50
196605--196640	12	3.1	12	92	4	56	0	11	0	88	0.50
196594--196632	9	4.0	9	84	15	51	2	10	0	87	0.65
199641--199674	15	2.3	15	89	0	50	5	55	20	17	1.62
205423--205467	20	2.3	20	88	7	67	60	6	8	24	1.51
209575--209629	21	2.6	21	88	0	83	47	14	16	21	1.82
217374--217411	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
223794--223839	6	8.0	6	81	18	62	17	34	30	17	1.93
223795--223838	23	1.9	23	100	0	88	15	36	29	18	1.92
224307--224361	25	2.2	26	83	9	69	43	5	3	47	1.44
224510--224556	21	2.2	21	92	0	76	29	38	2	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225980--226013	16	2.1	16	94	0	59	14	0	20	64	1.28
225982--226130	70	2.1	70	88	0	217	17	8	23	51	1.72
226289--226344	20	2.6	23	73	26	75	25	19	8	46	1.79
228864--228908	18	2.4	19	81	11	56	24	20	8	46	1.78
231159--231218	24	2.5	24	91	0	102	23	26	26	23	2.00
238811--238855	23	2.0	23	86	0	63	48	20	6	24	1.73
253640--253672	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
253692--253770	24	3.3	23	84	7	104	40	18	16	24	1.91
253727--253782	24	2.3	24	81	0	67	48	19	10	21	1.79
254473--254657	28	6.6	29	78	5	128	44	14	2	38	1.60
254607--254670	29	2.2	28	88	2	92	42	23	6	28	1.78
254686--254715	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
255361--255400	2	20.5	2	87	5	55	42	2	2	52	1.28
255436--255496	17	3.3	17	69	20	50	24	6	3	65	1.32
255499--255566	5	13.8	5	80	11	52	23	1	0	75	0.89
255531--255569	14	2.7	14	88	4	51	15	2	0	82	0.79
255760--255785	9	2.9	9	100	0	52	19	0	0	80	0.71
258885--258933	13	3.8	13	91	0	71	81	2	12	4	0.91
258898--258957	19	3.2	18	81	9	57	80	1	11	6	0.98
259018--259161	69	2.1	69	94	0	252	38	20	15	25	1.92
261012--261176	65	2.5	65	79	1	188	33	18	10	36	1.85
262017--262382	106	3.5	103	75	16	360	33	24	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263770--263813	2	22.0	2	90	0	70	45	2	2	50	1.27
263940--263978	16	2.4	17	86	4	53	20	5	0	74	1.01
264212--264269	25	2.3	25	80	14	66	15	5	6	72	1.24
270823--270923	24	4.2	24	89	0	130	43	19	10	25	1.84
271645--271815	29	6.0	29	78	8	116	43	18	3	34	1.67
273953--274118	85	2.0	85	86	2	235	31	17	21	30	1.96
274090--274132	13	3.3	13	83	0	59	37	13	20	27	1.91
279786--279855	34	2.0	35	88	2	106	30	20	8	41	1.82
281996--282060	26	2.6	25	80	14	71	10	7	12	69	1.37
284435--284495	26	2.4	26	94	2	106	49	9	13	27	1.73
284924--284967	6	7.3	6	100	0	88	50	15	0	34	1.45
285012--285094	29	2.7	31	88	7	125	42	0	21	36	1.53
286994--287047	23	2.4	22	85	11	74	22	11	25	40	1.87
299134--299160	13	2.1	13	100	0	54	14	33	22	29	1.94
299426--299466	22	1.9	22	85	5	57	2	31	0	65	1.05
300351--300399	24	2.0	24	84	7	64	36	2	6	55	1.37
304294--304523	43	5.3	42	72	12	112	28	18	20	32	1.96
304851--304959	21	5.2	21	82	2	94	1	40	17	40	1.60
314667--314825	41	3.9	41	87	3	234	29	20	15	35	1.93
314667--314824	82	2.0	80	93	2	271	29	20	14	35	1.92
314854--314986	41	3.2	43	77	11	152	21	24	21	33	1.97
314854--315052	42	4.8	42	75	9	165	24	22	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314861--315052	85	2.3	83	82	6	210	25	22	18	33	1.97
318147--318183	15	2.5	15	95	4	67	24	29	27	18	1.98
319112--319188	20	3.8	20	73	10	66	28	19	23	28	1.98

Tables:   1   2

The End!