genome.fa.s9159.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009159.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112686_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  192739

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52--428	44	8.4	46	69	14	193	25	3	46	24	1.67
1--516	88	5.7	90	81	11	519	25	2	47	25	1.66
1--516	180	2.9	179	84	9	644	25	2	47	25	1.66
636--666	16	1.9	16	93	0	53	6	0	67	25	1.14
2484--2658	91	2.0	87	95	4	314	49	16	12	22	1.77
5459--5556	44	2.1	47	85	7	130	27	11	21	39	1.87
15218--15335	23	5.4	22	68	14	64	74	0	17	6	1.08
15265--15339	17	4.8	16	69	15	59	77	0	16	6	0.97
15306--15344	15	2.7	14	84	7	51	79	0	12	7	0.93
16678--17171	51	9.5	51	90	4	720	29	15	27	26	1.96
16678--17278	51	11.3	55	87	4	593	29	15	26	27	1.96
16717--17228	161	3.2	160	91	3	770	30	16	26	27	1.97
17639--17663	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
17554--17742	101	1.9	101	96	0	351	51	14	12	21	1.74
24400--24429	15	2.0	15	100	0	60	13	13	33	40	1.83
25243--25318	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
28661--28746	31	2.8	30	80	5	82	47	9	4	38	1.56
28920--28966	24	2.0	24	95	0	85	8	17	25	48	1.74
28926--28981	24	2.3	24	84	0	67	12	14	19	53	1.72
30063--30123	16	3.8	16	93	0	104	9	13	21	55	1.66
32155--32204	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
38880--38936	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43390--43451	28	2.2	28	82	8	72	32	14	24	29	1.94
44044--44100	15	3.9	15	75	13	64	49	5	17	28	1.68
44433--44477	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
44434--44502	23	3.0	23	82	6	68	46	0	2	50	1.16
44472--44542	19	3.6	19	70	10	54	47	1	1	49	1.18
44427--44506	35	2.4	34	73	23	80	43	0	2	53	1.14
44620--44698	8	10.5	8	70	21	55	49	0	0	50	1.00
44613--44672	30	1.9	32	90	6	97	51	0	0	48	1.00
44620--44698	22	3.5	23	73	10	74	49	0	0	50	1.00
46211--46253	2	22.5	2	90	9	72	51	0	0	48	1.00
61192--61225	17	1.9	18	94	5	61	55	0	2	41	1.15
61198--61257	25	2.5	23	79	15	68	60	3	0	36	1.14
71293--71408	20	5.6	22	72	11	84	37	27	13	21	1.91
71483--71543	20	3.0	20	85	0	86	26	13	18	42	1.86
71428--71611	96	1.9	97	87	1	271	27	13	20	39	1.89
71579--71619	20	2.0	20	95	0	73	24	17	17	41	1.89
71510--71697	78	2.4	76	89	1	277	29	14	18	37	1.91
71657--71717	20	3.0	20	92	0	95	27	14	16	40	1.88
71428--71829	174	2.3	174	88	2	592	29	13	19	38	1.90
71579--72085	97	5.2	97	80	7	510	29	14	19	36	1.91
71754--71791	20	1.9	20	88	0	58	26	15	18	39	1.91
71677--71829	77	2.0	77	92	2	254	30	14	18	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71812--71849	20	1.9	20	100	0	76	34	10	21	34	1.87
71638--72259	194	3.2	194	87	2	847	29	13	19	36	1.91
71813--71858	20	2.3	20	88	0	65	32	13	21	32	1.92
71428--71891	174	2.7	171	84	6	578	28	13	19	38	1.89
71851--71911	20	3.0	20	90	0	104	24	13	19	42	1.87
71948--71988	20	2.0	20	100	0	82	24	17	19	39	1.92
71760--71988	117	2.0	115	85	5	307	28	13	20	37	1.90
71871--72032	77	2.1	77	95	0	288	27	14	20	37	1.92
72004--72052	20	2.5	20	93	0	80	26	18	26	28	1.98
71890--72062	77	2.2	77	87	4	242	27	16	20	35	1.94
71638--72256	97	6.4	97	83	5	680	29	13	20	36	1.91
72104--72149	20	2.3	20	88	0	65	28	13	23	34	1.92
71871--72320	174	2.6	174	77	10	438	29	14	20	36	1.92
72200--72237	20	1.9	20	94	0	67	34	10	21	34	1.87
72201--72246	20	2.3	20	85	7	58	32	13	19	34	1.90
72145--72320	77	2.3	77	71	11	169	30	14	18	36	1.91
73814--73848	7	5.0	7	100	0	70	42	28	0	28	1.56
80033--80075	14	3.2	14	90	9	72	34	0	0	65	0.93
80950--81036	36	2.4	36	94	0	156	32	9	19	39	1.83
82747--82780	17	2.0	17	100	0	68	47	5	17	29	1.71
83269--83559	143	2.0	145	96	2	536	35	18	18	27	1.94
87002--87073	36	2.0	36	91	5	119	33	15	20	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89109--89154	21	2.2	21	92	0	74	39	15	17	28	1.90
89539--89650	29	3.9	29	93	0	197	26	6	23	43	1.77
90350--90423	24	3.4	22	75	10	71	25	13	20	40	1.89
96393--96420	12	2.3	12	100	0	56	17	42	25	14	1.87
96386--96427	17	2.4	17	88	8	57	16	40	23	19	1.91
96428--96540	29	3.9	29	91	1	181	25	6	23	44	1.77
96428--96553	29	4.3	29	86	5	164	26	5	24	43	1.76
97254--97332	24	3.3	24	78	1	88	24	15	18	41	1.89
97821--97859	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
98903--98961	31	1.9	31	89	0	91	38	6	11	42	1.68
98986--99028	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
98988--99036	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
98976--99110	58	2.4	56	88	4	193	54	11	0	34	1.37
99008--99119	32	3.7	32	72	23	114	53	13	0	33	1.40
100094--100120	11	2.5	11	100	0	54	0	22	0	77	0.76
103796--103835	8	5.1	8	81	6	55	35	0	27	37	1.57
103795--103835	15	2.7	15	80	3	55	34	0	26	39	1.57
103908--104907	127	7.9	127	92	2	1658	23	24	20	32	1.98
103906--104907	253	4.0	256	92	3	1688	23	24	20	32	1.98
105307--105406	33	3.0	34	83	2	139	39	3	4	54	1.35
105858--105951	21	4.5	21	88	7	138	21	27	32	18	1.96
107745--107787	17	2.4	18	80	3	52	55	2	0	41	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107760--107829	33	2.1	33	82	10	81	65	5	0	28	1.15
107792--107834	18	2.4	18	84	7	52	69	6	0	23	1.12
108339--108372	15	2.3	15	90	5	52	35	0	2	61	1.11
109387--110498	228	4.9	228	85	1	1145	20	24	24	30	1.99
109387--110498	456	2.4	456	83	0	1346	20	24	24	30	1.99
114108--114217	54	2.0	54	85	3	150	20	15	30	33	1.93
114066--114234	27	6.3	26	75	6	133	20	18	27	33	1.96
116838--116880	14	3.1	14	80	12	52	58	0	2	39	1.11
117955--117993	18	2.2	18	86	9	53	12	12	5	69	1.35
130057--130225	59	2.9	59	84	5	216	36	17	13	32	1.89
131067--131107	9	4.8	9	79	11	50	36	7	0	56	1.27
134242--134271	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
134675--134722	24	2.0	24	83	0	60	14	14	22	47	1.81
134685--134770	24	3.6	24	82	3	111	13	13	17	54	1.71
135361--135416	16	3.5	16	92	0	94	10	12	19	57	1.64
135487--135529	16	2.7	16	75	13	52	9	11	20	58	1.61
135487--135529	10	4.1	10	77	11	50	9	11	20	58	1.61
138811--138849	19	2.1	19	95	0	69	46	17	0	35	1.49
176874--177085	104	2.0	107	96	3	394	41	24	11	22	1.86
179030--179076	18	2.7	18	90	3	69	27	23	6	42	1.78
183693--183852	14	10.7	15	69	16	75	25	5	0	68	1.14
183691--183852	29	5.4	29	67	15	89	25	4	0	69	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183777--183853	23	3.2	23	85	12	86	22	5	0	72	1.04
183785--183849	31	2.0	33	85	11	91	18	6	0	75	1.00
183782--183846	17	4.1	16	74	20	64	20	4	0	75	0.98
183932--183989	23	2.6	22	77	20	66	22	3	1	72	1.09
184099--184195	9	10.3	9	75	9	61	18	6	2	73	1.14
184077--184184	4	24.8	4	73	20	51	19	7	1	71	1.19
184093--184146	28	1.9	28	85	7	74	20	9	0	70	1.14
184084--184156	37	2.0	37	81	10	87	19	10	1	68	1.27
184081--184144	9	6.9	9	74	13	58	21	10	0	67	1.21
184081--184144	19	3.4	18	75	12	58	21	10	0	67	1.21

Tables:   1   2