genome.fa.s9162.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112697_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  148633

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288--444	45	3.5	45	77	3	129	22	19	29	28	1.98
1530--1708	45	4.0	45	92	0	277	19	22	13	44	1.85
1602--1676	26	3.2	26	66	25	74	18	24	13	44	1.85
2125--2307	95	1.9	94	85	5	253	26	23	12	37	1.90
4844--4878	18	1.9	18	88	0	52	17	31	31	20	1.95
5947--5972	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6784--6902	39	3.1	39	76	12	120	36	15	0	48	1.45
7056--7087	2	17.0	2	87	12	50	53	0	0	46	1.00
12558--12610	21	2.5	21	81	6	72	20	24	18	35	1.95
12600--12664	21	3.1	21	91	2	96	38	15	23	23	1.92
12661--12770	20	5.4	20	82	6	96	32	25	17	24	1.96
12658--12795	41	3.4	41	80	2	143	36	22	15	24	1.93
12964--13007	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
13270--13318	20	2.5	20	79	0	53	18	18	24	38	1.93
13286--13328	20	2.2	20	86	0	59	11	18	18	51	1.76
13465--13519	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
14649--14696	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
15242--15284	20	2.2	19	91	4	68	37	13	23	25	1.92
15270--15352	19	4.6	19	78	14	95	46	19	19	14	1.83
15390--15444	20	2.8	20	91	2	85	16	27	23	32	1.96
15819--15886	21	3.3	20	74	8	66	25	39	16	19	1.91
15809--15898	40	2.2	42	86	4	130	22	40	15	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17307--17345	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
17473--17524	20	2.6	20	93	0	86	15	23	25	36	1.93
17747--17823	20	3.8	20	87	0	100	25	16	28	28	1.97
17756--17864	20	5.4	20	78	6	103	23	16	27	32	1.96
17854--17947	21	4.5	21	94	1	154	22	23	15	38	1.93
17854--17962	42	2.6	42	86	1	112	24	22	17	35	1.95
17958--18090	20	6.7	20	92	0	158	26	27	17	29	1.97
19060--19096	12	3.1	12	100	0	74	72	0	27	0	0.84
21407--21533	33	3.8	33	91	2	193	47	18	22	11	1.81
21439--21537	19	5.7	18	67	24	70	46	19	23	11	1.81
21533--21614	19	4.3	18	89	6	110	13	15	24	46	1.82
21538--21614	38	2.0	39	90	7	122	11	15	23	49	1.77
21753--21789	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
23140--23206	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
23480--23664	91	2.0	90	89	8	284	47	17	12	22	1.82
25351--25535	14	10.7	19	67	23	122	45	18	22	12	1.83
25351--25535	33	5.4	33	88	5	262	45	18	22	12	1.83
26131--26242	20	5.6	20	89	4	109	21	20	20	37	1.94
26123--26380	41	6.3	41	73	11	163	28	18	20	33	1.96
26123--26380	61	4.2	60	70	12	184	28	18	20	33	1.96
26239--26294	20	2.7	21	77	5	60	42	14	21	21	1.88
26238--26304	21	3.2	21	78	4	73	38	14	22	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26314--26365	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
26355--26407	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
27597--27631	16	2.1	17	89	5	54	60	0	0	40	0.97
29323--29361	19	2.1	19	100	0	78	30	20	0	48	1.50
34975--35003	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
35664--35694	16	1.9	16	93	0	53	35	9	22	32	1.87
39542--39611	37	1.9	37	85	2	97	47	15	2	34	1.61
39541--39631	36	2.5	37	78	5	89	46	16	2	35	1.59
43007--43035	13	2.2	13	100	0	58	17	24	17	41	1.90
44052--44169	35	3.3	36	81	5	132	48	9	1	40	1.45
44132--44173	20	2.1	20	82	8	50	52	4	0	42	1.22
44073--44188	35	3.3	35	80	6	128	49	8	1	40	1.44
45535--45571	19	1.9	19	100	0	74	29	10	5	54	1.57
46777--46837	21	2.9	21	70	20	54	42	3	0	54	1.17
47321--47391	21	3.3	21	70	14	72	33	1	2	61	1.19
47359--47414	15	3.4	17	73	16	55	33	1	0	64	1.04
47360--47398	20	2.0	20	85	10	53	35	0	0	64	0.94
47357--47416	24	2.6	24	79	10	63	36	1	0	61	1.06
47765--47952	15	12.0	15	78	12	182	47	0	2	50	1.15
47765--48006	30	7.5	30	75	18	202	45	0	4	50	1.21
47764--47884	59	2.1	59	93	0	206	50	0	0	49	1.00
47856--48302	32	12.4	37	68	22	163	37	0	10	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47906--48111	32	7.4	32	68	29	175	38	0	9	52	1.34
47824--48006	69	2.7	67	80	9	208	44	0	5	50	1.25
47906--48411	54	9.4	54	78	10	536	35	0	11	52	1.40
48037--48235	22	8.0	22	69	24	103	35	0	12	51	1.44
48042--48411	80	4.6	76	83	11	394	34	0	12	52	1.42
47955--48411	188	2.4	183	88	6	700	35	0	12	52	1.41
48359--48401	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
48426--48484	31	1.9	31	96	0	109	40	8	6	44	1.61
50463--50516	27	2.0	27	82	7	65	35	5	1	57	1.33
56063--56215	31	5.1	28	75	11	94	45	12	16	25	1.83
56079--56172	30	3.1	31	80	8	106	46	11	15	25	1.80
56189--56266	29	2.7	30	76	9	81	47	7	20	24	1.76
57231--57312	29	2.8	29	88	1	110	32	13	9	43	1.77
58589--58618	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
61987--62068	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
77735--77808	23	3.3	22	85	7	96	29	24	18	27	1.98
77746--77808	23	2.7	23	90	0	99	28	23	22	25	1.99
78620--78671	20	2.6	20	75	6	52	26	25	13	34	1.93
80769--81040	136	2.0	136	97	0	517	32	21	7	38	1.81
83498--83535	14	2.9	14	80	11	53	47	13	0	39	1.42
83703--83785	23	3.7	23	80	6	91	30	25	21	22	1.99
84627--84676	20	2.5	21	81	12	61	26	24	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88893--88947	3	17.7	3	82	14	67	32	3	0	63	1.12
88893--88947	10	5.8	10	81	10	71	32	3	0	63	1.12
90824--90852	15	1.9	15	100	0	58	37	6	0	55	1.27
100993--101100	6	18.3	6	72	19	52	77	0	15	6	0.96
100984--101114	16	8.3	15	73	15	79	77	0	14	7	0.97
100987--101112	23	5.2	23	71	23	73	78	0	13	7	0.95
100995--101063	35	2.0	36	85	5	97	75	0	17	7	1.02
101037--101081	8	5.5	8	89	5	72	77	0	13	8	0.98
101002--101114	8	11.8	9	78	14	61	77	0	14	7	0.97
100984--101103	21	5.6	19	69	27	64	78	0	15	6	0.95
102348--102789	134	3.3	132	83	5	507	34	20	16	28	1.94
106706--106786	39	2.1	39	90	0	126	49	16	6	28	1.69
106942--106994	19	2.7	19	83	11	56	33	13	7	45	1.71
114988--115039	19	2.7	20	70	8	54	46	3	1	48	1.31
116869--116949	42	1.9	42	87	0	117	35	8	8	46	1.65
118781--118854	38	2.0	37	94	2	130	40	10	10	37	1.75
121391--121441	25	2.1	24	82	13	61	47	5	1	45	1.38
124073--124134	28	2.2	29	82	8	83	50	1	3	45	1.27
124312--124358	16	2.8	18	87	12	66	59	4	4	31	1.36
124312--124365	18	3.1	18	83	2	74	59	5	3	31	1.38
124756--124793	17	2.2	18	86	9	53	71	0	0	28	0.87
125965--126132	54	3.3	47	84	12	174	41	0	7	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125949--126052	15	6.5	15	79	16	111	44	0	2	52	1.15
126055--126097	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
126032--126183	32	5.4	31	70	28	133	35	0	10	53	1.35
125949--126106	69	2.3	67	88	6	221	41	0	5	52	1.25
126032--126200	54	3.1	54	92	1	277	35	0	10	53	1.36
125997--126397	134	3.1	134	86	6	533	35	0	11	52	1.40
126210--126317	32	3.7	32	72	23	128	36	0	12	50	1.46
126211--126334	54	2.3	54	94	0	221	35	0	12	51	1.45
126421--126480	31	1.9	31	82	0	75	46	8	5	40	1.56
130359--130420	3	19.3	3	84	15	72	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2