genome.fa.s9164.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009164.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112699_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  622707

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 309 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1615--1923	152	2.0	153	94	3	480	19	17	32	30	1.95
10555--10621	19	3.4	20	76	21	70	73	0	10	16	1.10
11614--11882	55	4.9	55	90	3	373	31	15	24	27	1.96
11623--11977	110	3.3	109	84	4	375	32	17	24	25	1.97
11623--11977	55	6.6	54	84	6	233	32	17	24	25	1.97
11795--11970	54	3.3	53	76	7	169	32	19	23	23	1.98
12376--12404	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22795--22846	23	2.3	23	86	6	70	40	1	0	57	1.10
22795--22852	23	2.5	24	80	8	57	44	1	0	53	1.10
23141--23233	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
23138--23233	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
23141--23233	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
23222--23315	20	4.7	20	77	2	80	35	24	17	23	1.95
23219--23296	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
23863--23907	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
23903--24087	19	10.1	19	77	14	174	12	22	22	43	1.86
23903--23992	39	2.3	38	94	1	153	12	20	22	45	1.83
23975--24062	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
24030--24087	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
26082--26202	42	2.9	42	79	4	111	23	34	18	23	1.96
26142--26202	21	3.0	20	71	7	59	22	37	19	19	1.94
27558--27593	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27772--27889	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
27776--27869	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
30156--30180	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
30371--30422	24	2.2	24	82	0	59	36	21	15	26	1.93
31496--31543	19	2.5	19	100	0	96	47	16	20	14	1.82
31671--31707	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
32479--32545	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
34209--34249	21	2.0	21	85	0	55	17	24	29	29	1.97
37307--37374	21	3.0	24	80	12	79	26	29	25	19	1.98
37315--37381	21	3.0	22	89	8	100	25	28	26	19	1.99
39019--39063	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
42114--42180	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
43822--43862	21	2.0	21	85	0	55	17	24	29	29	1.97
44793--44843	20	2.5	20	90	0	75	35	23	21	19	1.96
44868--44949	17	4.8	18	81	14	102	14	20	18	46	1.84
46928--47001	39	1.9	38	88	2	112	37	22	24	14	1.92
46909--47012	19	5.4	19	83	4	111	40	24	21	14	1.90
47059--47115	14	3.9	14	79	20	71	8	17	26	47	1.77
47042--47131	31	2.8	33	91	6	157	11	18	23	46	1.81
47116--47169	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
47104--47169	19	3.4	19	81	4	78	15	22	24	37	1.92
47631--47675	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49168--49210	21	2.0	21	95	0	77	18	16	44	20	1.87
49396--49489	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
49376--49490	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
49479--49554	21	3.7	21	78	3	91	17	25	18	39	1.91
49418--49552	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
49498--49564	20	3.3	20	79	4	89	17	23	17	40	1.91
49479--49574	41	2.3	41	96	0	174	19	23	16	39	1.92
50642--50714	33	2.2	32	83	7	94	23	34	21	20	1.97
51639--51681	19	2.2	20	87	4	61	44	0	0	55	0.99
51594--51666	23	2.9	25	72	12	69	52	1	0	46	1.09
51897--51956	22	2.7	23	75	7	63	56	0	0	43	0.99
51992--52041	18	2.9	17	80	11	57	50	0	2	48	1.12
52976--53002	6	4.5	6	100	0	54	37	0	0	62	0.95
56429--56556	66	1.9	66	95	0	229	26	22	12	38	1.90
59586--59621	17	2.1	17	94	0	63	16	5	33	44	1.71
61219--61254	17	2.1	17	89	0	54	47	0	2	50	1.15
61581--61649	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
65614--65673	29	2.1	27	82	11	68	35	1	10	53	1.44
65802--65846	17	2.5	19	72	17	51	53	6	0	40	1.27
66373--66416	6	7.3	6	100	0	88	15	0	52	31	1.44
72739--72838	30	3.3	31	72	10	89	38	13	9	40	1.75
72756--72836	30	2.7	31	78	5	94	40	13	6	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74709--74765	28	2.0	29	82	6	71	22	5	35	36	1.77
77913--77955	20	2.2	20	87	4	61	30	25	4	39	1.76
79068--79207	63	2.2	64	80	1	156	32	20	17	28	1.96
79470--79526	25	2.3	25	84	6	71	35	10	10	43	1.74
79569--79628	31	2.0	30	87	9	86	38	1	23	36	1.65
79860--79909	23	2.2	23	88	0	73	18	26	26	30	1.98
79860--79918	23	2.6	23	83	0	55	18	23	25	32	1.97
86383--86439	25	2.3	25	84	6	71	35	8	10	45	1.70
86482--86540	31	2.0	29	86	6	82	38	1	22	37	1.64
86761--86820	23	2.6	23	91	0	102	16	26	26	30	1.97
89193--89279	30	3.0	30	91	3	133	22	10	34	32	1.88
99617--99651	17	2.1	17	89	5	54	22	0	25	51	1.48
101098--101154	30	1.9	30	85	0	78	35	3	57	3	1.33
101163--101219	16	3.9	15	84	13	75	42	0	0	57	0.98
101164--101215	15	3.6	15	89	5	81	40	0	0	59	0.97
101858--101901	19	2.3	19	81	11	54	65	2	0	31	1.05
102722--102788	22	3.0	22	95	0	116	22	41	13	22	1.88
103068--103109	20	2.1	20	86	0	57	14	19	21	45	1.85
104760--104809	21	2.4	21	89	0	82	18	14	32	36	1.90
105215--105311	21	4.7	20	71	15	63	23	36	21	18	1.95
105272--105327	21	2.7	21	80	5	69	21	39	25	14	1.91
107148--107312	39	4.2	39	97	0	303	16	15	20	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107621--107657	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
108044--108093	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
108246--108298	20	2.7	19	77	8	61	16	16	24	41	1.89
108324--108365	17	2.5	17	96	0	75	52	16	9	21	1.72
110880--110933	24	2.2	24	90	0	81	40	16	16	25	1.89
111864--111909	20	2.3	20	92	0	74	21	15	23	39	1.92
111936--111986	20	2.5	20	78	6	59	25	11	33	29	1.91
113418--113465	20	2.4	20	100	0	96	60	4	10	25	1.47
117601--117651	3	16.7	3	80	15	52	60	0	0	39	0.97
117589--117637	22	2.2	22	88	0	71	53	0	0	46	1.00
121416--121454	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
130528--130575	23	2.1	23	96	0	87	10	20	18	50	1.76
141082--141156	25	3.0	25	74	14	73	52	2	0	45	1.15
147481--147571	2	45.5	2	97	0	173	1	50	0	48	1.08
150314--150358	18	2.6	18	82	3	56	60	0	0	40	0.97
150355--150399	24	1.9	24	90	4	74	46	6	2	44	1.42
157005--157045	21	1.9	22	90	5	66	19	0	12	68	1.21
160259--160312	14	3.9	13	76	11	54	62	1	1	33	1.16
161606--161656	3	17.0	3	86	11	61	72	0	0	27	0.85
161610--161660	25	2.0	25	92	7	86	76	0	0	23	0.79
161819--162147	117	2.8	118	90	3	531	28	17	13	40	1.88
162215--162662	123	3.7	122	90	2	650	25	19	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163052--163114	22	2.9	22	90	0	90	36	14	12	36	1.84
164055--164092	18	2.1	18	95	0	67	55	5	5	34	1.45
175204--175276	31	2.4	31	79	4	78	64	1	4	30	1.20
176500--176586	3	29.3	3	90	9	135	67	0	0	32	0.91
177817--177887	3	24.0	3	83	13	94	35	0	0	64	0.94
177994--178063	23	3.0	22	89	8	104	40	18	15	25	1.90
177998--178063	24	2.8	23	90	6	98	37	19	15	27	1.92
179783--179839	28	2.0	28	86	3	78	36	7	8	47	1.62
194307--194340	14	2.7	12	83	16	50	52	0	0	47	1.00
194307--194341	13	2.7	13	87	12	54	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3