genome.fa.s9176.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009176.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112740_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  348284

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4801--4855	24	2.4	24	82	11	71	80	1	12	5	0.97
4835--4868	17	1.9	17	88	5	50	82	0	14	2	0.79
6086--6429	48	7.3	48	84	5	391	27	22	17	33	1.96
5998--6386	96	4.2	96	86	5	468	27	22	18	32	1.97
6278--6356	41	1.9	41	92	0	131	30	20	20	29	1.97
5998--6429	232	1.9	232	88	1	661	27	21	18	32	1.97
8177--8205	13	2.1	14	93	6	51	34	3	6	55	1.44
14227--14274	18	2.8	17	84	6	62	29	2	2	66	1.14
18998--19027	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
22087--22725	323	2.0	318	88	3	944	40	9	10	39	1.73
23365--23411	2	23.5	2	95	0	85	51	0	0	48	1.00
26530--26588	21	2.8	20	73	16	57	25	15	18	40	1.90
26647--26704	23	2.5	23	91	0	89	18	24	18	37	1.94
27530--27577	26	1.9	25	83	8	62	39	2	8	50	1.44
33679--33716	17	2.2	18	90	4	60	50	0	2	47	1.15
33697--33792	42	2.3	41	84	10	124	45	2	0	52	1.12
33797--33839	2	22.5	2	86	9	63	46	0	2	51	1.13
34599--34666	29	2.3	29	90	5	102	38	20	5	35	1.77
34620--34676	29	2.0	29	92	0	96	36	21	5	36	1.76
42122--42167	6	8.4	5	86	9	56	17	23	34	23	1.96
42122--42165	17	2.6	17	100	0	88	18	22	36	22	1.95
42121--42165	11	4.0	12	86	11	51	17	24	35	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50740--50834	39	2.4	39	96	0	172	21	32	17	28	1.96
53066--53098	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
54772--54822	24	2.1	25	81	3	59	29	11	9	49	1.72
55879--55912	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
56167--56243	31	2.5	31	93	0	136	44	11	14	29	1.80
59492--59528	16	2.3	16	95	0	65	27	54	5	13	1.61
59988--60133	21	7.1	21	67	7	102	18	19	23	38	1.93
59993--60130	20	6.8	20	69	4	87	18	19	23	38	1.93
59992--60157	41	4.0	41	90	3	255	19	20	22	37	1.94
60324--60405	21	4.0	21	75	3	94	31	26	14	26	1.95
60973--61002	16	1.9	16	93	6	53	60	6	6	26	1.47
72398--72438	3	13.7	3	89	0	55	41	0	0	58	0.98
72397--72438	12	3.5	12	90	0	66	42	0	0	57	0.99
85299--85388	24	3.7	23	77	14	74	75	1	8	14	1.09
85352--85391	14	2.7	14	92	7	62	82	0	2	15	0.77
85292--85384	8	10.4	8	70	21	60	76	1	8	13	1.07
86636--87158	36	13.5	40	75	16	357	46	5	3	44	1.43
86636--87157	38	13.6	35	71	22	190	46	5	3	45	1.43
86779--86875	28	3.5	28	76	19	98	48	6	3	42	1.44
86823--87158	36	9.2	37	79	8	370	45	5	3	45	1.42
86823--87158	72	4.6	73	87	6	475	45	5	3	45	1.42
90229--90342	60	1.9	60	90	0	183	35	13	3	47	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91650--91718	34	2.0	34	91	0	111	34	8	30	26	1.86
97440--97470	2	15.5	2	93	0	53	51	0	3	45	1.17
97700--97744	24	1.9	23	86	4	63	44	2	0	53	1.13
100154--100184	15	2.0	16	93	6	55	29	0	19	51	1.47
100654--100779	60	2.1	60	87	0	180	31	19	16	32	1.94
103051--103135	43	2.0	43	92	0	143	40	27	10	22	1.87
104724--104759	14	2.5	15	90	9	65	41	0	0	58	0.98
104728--104782	8	6.8	8	78	21	53	40	0	1	58	1.09
108612--108671	31	1.9	31	90	6	95	28	5	11	55	1.57
108614--108693	31	2.6	31	79	15	85	31	6	11	51	1.62
110802--110976	54	3.3	54	73	7	160	25	8	20	45	1.78
122238--122292	6	9.0	6	76	4	56	45	0	23	30	1.53
124815--124859	3	15.7	3	82	17	60	68	0	0	31	0.89
131414--131453	18	2.2	18	100	0	80	12	0	37	50	1.41
137833--137864	14	2.1	16	88	11	50	15	15	18	50	1.79
138115--138173	13	4.7	13	78	18	54	5	8	23	62	1.43
138129--138169	10	3.8	10	82	17	55	7	9	21	60	1.52
138129--138186	23	2.5	23	91	2	89	6	12	22	58	1.57
138193--138270	31	2.5	31	89	0	120	47	14	12	25	1.79
138387--138415	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
140045--140101	21	2.7	21	73	13	53	50	3	0	45	1.18
140105--140192	5	18.0	5	68	21	53	43	0	1	55	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140117--140180	21	2.9	22	71	15	60	42	0	1	56	1.09
140142--140176	11	3.3	11	88	8	54	48	0	0	51	1.00
140117--140224	55	2.0	55	83	3	137	48	0	0	50	1.07
140137--140186	21	2.4	22	80	10	59	44	0	0	56	0.99
140647--140698	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
140688--140786	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
140753--140946	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
140753--140946	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
141327--141397	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
141518--141572	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
141518--141588	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
141584--141703	16	7.1	18	68	24	66	10	24	20	45	1.82
141606--141695	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
141589--141703	33	3.5	33	92	0	203	9	23	20	46	1.80
143402--143783	185	2.1	186	98	0	748	22	12	18	46	1.83
143402--143781	93	4.1	93	98	0	744	22	12	18	46	1.83
143825--143953	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
143861--143953	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
143825--143953	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
143970--144026	14	3.7	14	77	20	60	8	21	24	45	1.80
143954--144045	33	2.8	33	96	1	168	9	20	22	46	1.80
143949--144082	19	7.6	19	77	16	128	10	19	24	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145900--145972	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
145895--145959	19	3.4	19	64	8	51	24	1	15	58	1.46
145954--145989	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
146096--146197	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
146226--146551	19	18.4	19	80	15	405	14	20	17	47	1.82
146204--146523	52	6.0	52	94	4	550	14	21	16	46	1.83
146226--146551	71	4.6	72	82	13	389	14	20	17	47	1.82
146204--146523	161	2.0	157	93	3	552	14	21	16	46	1.83
146245--146551	33	8.8	33	80	12	280	14	20	17	47	1.82
149052--149098	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
149772--150140	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
150757--150816	23	2.8	20	69	13	57	15	18	18	48	1.81
152681--152743	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
152812--152843	16	2.0	16	93	0	55	15	18	21	43	1.87
152994--153129	60	2.3	60	76	5	148	35	6	22	35	1.81
155773--155803	16	1.9	16	100	0	62	19	9	19	51	1.74
157602--157648	16	2.9	16	81	12	53	65	0	2	31	1.04
159898--159970	33	2.2	33	100	0	146	16	23	21	38	1.93
164380--164790	120	3.5	119	78	11	470	45	9	15	29	1.77
165533--165628	30	3.3	29	81	7	97	45	2	3	48	1.29
168316--168371	14	4.1	14	76	21	57	14	14	16	55	1.70
168317--168372	24	2.2	26	87	9	89	16	12	16	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180332--180363	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
180161--180692	173	3.1	174	94	1	926	41	4	6	46	1.50
180726--180777	25	2.1	26	89	7	81	48	1	5	44	1.38
184024--184065	21	2.0	21	86	9	59	30	4	0	64	1.14
184906--185016	30	3.7	30	79	4	100	45	11	11	31	1.77
184919--184998	29	2.7	29	84	3	97	45	11	12	31	1.77
185160--185273	48	2.4	48	93	0	201	22	2	31	42	1.67
187453--187491	20	2.0	20	100	0	78	35	0	28	35	1.58
187259--188500	212	5.9	213	91	7	1939	26	10	23	39	1.87
187664--187703	20	2.0	20	100	0	80	35	0	30	35	1.58

Tables:   1   2