genome.fa.s9177.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009177.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112742_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  392072

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3627--3652	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
5813--5854	22	2.0	22	86	13	61	47	0	4	47	1.23
5817--5881	32	2.0	32	85	5	87	52	3	1	43	1.26
10549--10596	21	2.3	21	78	7	53	29	14	35	20	1.93
16450--16508	31	1.9	31	89	3	93	42	10	16	30	1.82
26133--26257	66	1.9	66	93	0	214	30	22	22	24	1.99
35621--35672	7	7.1	7	77	16	52	57	7	0	34	1.27
35623--35692	30	2.4	30	90	7	108	55	8	1	34	1.39
35621--35692	15	4.9	15	72	14	60	55	8	1	34	1.39
36853--36889	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
38183--38241	19	3.0	20	70	7	59	32	0	3	64	1.10
57030--57081	24	2.3	23	84	15	65	53	11	1	32	1.48
57078--57115	19	2.0	19	89	0	58	36	5	15	42	1.70
57843--58008	32	5.3	31	80	7	156	51	20	3	25	1.62
58353--58423	30	2.4	30	92	0	115	16	23	14	45	1.84
64431--64473	21	2.0	22	90	4	70	58	0	2	39	1.11
79020--79211	95	2.0	97	88	2	289	28	2	23	44	1.67
80405--80513	24	4.6	24	76	12	100	11	13	17	56	1.66
80402--80514	47	2.4	46	82	7	120	11	13	16	58	1.63
82457--82506	20	2.5	20	83	6	66	26	20	18	36	1.95
84062--84118	24	2.4	24	81	0	69	33	21	22	22	1.97
84245--84288	23	1.9	23	90	0	70	27	25	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84955--84997	22	2.0	22	100	0	86	44	18	18	18	1.87
84997--85059	21	3.0	21	88	0	90	26	30	20	22	1.98
85081--85140	21	2.9	21	94	0	102	25	26	21	26	2.00
87492--87579	31	2.8	30	70	13	79	30	15	18	35	1.92
88393--88458	31	2.1	31	94	0	114	39	9	12	39	1.74
96553--96586	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
108797--108877	24	3.5	24	91	6	125	33	19	20	25	1.97
109653--109704	18	2.9	18	94	0	95	17	21	32	28	1.96
110768--110862	31	3.1	31	80	3	111	34	21	17	26	1.95
110996--111031	17	2.0	19	89	10	58	38	11	5	44	1.63
111611--111771	64	2.5	63	85	8	200	26	21	18	33	1.96
115242--115319	20	3.7	20	89	6	111	30	19	24	25	1.98
116043--116090	18	2.7	18	90	0	78	16	14	35	33	1.89
126791--126875	31	2.8	31	76	15	86	62	21	8	8	1.49
127533--127858	179	1.8	175	85	5	458	41	14	13	30	1.84
137954--138026	30	2.4	30	90	0	119	34	17	0	47	1.48
146183--146228	22	2.1	22	95	0	83	47	6	17	28	1.72
150308--150604	161	1.8	161	88	0	450	26	20	6	46	1.73
155313--155366	15	3.2	17	77	17	51	40	1	1	55	1.21
161521--161613	46	2.0	47	95	2	170	31	12	21	34	1.91
162942--163013	35	2.1	35	91	0	117	43	11	16	29	1.82
163478--163635	86	1.9	81	82	11	194	34	5	2	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163709--163792	38	2.2	38	85	6	107	26	3	2	67	1.19
163985--164046	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
164100--164137	13	2.8	13	92	4	58	21	5	0	73	1.02
168557--168589	16	2.1	16	88	5	50	78	6	12	3	1.04
169293--169381	37	2.4	37	86	7	117	12	12	33	41	1.80
170864--170935	37	1.9	37	82	0	90	26	22	12	38	1.89
171520--172273	106	7.3	106	83	7	881	34	23	18	23	1.96
173168--173207	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
173265--173299	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
173612--173688	41	1.9	39	84	5	100	16	27	5	50	1.66
175145--175170	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
176125--176167	21	2.0	21	100	0	86	27	4	62	4	1.35
178703--178744	21	2.0	22	86	13	61	16	7	4	71	1.26
178770--178839	23	3.0	23	97	0	131	24	12	8	54	1.66
181238--181264	13	2.1	13	100	0	54	29	18	7	44	1.77
186306--186471	32	5.2	32	97	0	314	50	18	21	10	1.76
194970--195017	19	2.5	19	93	3	78	33	10	2	54	1.46
200073--200133	23	2.7	23	87	2	88	24	24	27	22	2.00
201760--201916	64	2.5	64	80	4	174	31	17	17	33	1.94
206656--206744	20	4.3	20	91	1	115	44	17	19	17	1.86
206675--206743	21	3.3	21	95	2	122	47	18	15	17	1.82
209955--210057	52	2.0	52	96	0	188	22	23	12	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214545--214647	52	2.0	52	96	0	188	22	23	12	41	1.88
215899--215941	21	2.0	22	86	4	61	34	16	34	13	1.88
229973--230032	28	2.1	29	81	3	68	28	5	23	43	1.74
230073--230140	20	3.2	21	71	12	59	66	1	1	30	1.10
230700--230928	104	2.2	104	90	0	350	51	2	12	34	1.53
231016--231073	24	2.5	23	86	10	82	36	0	3	60	1.14
231016--231073	22	2.4	24	83	13	75	36	0	3	60	1.14
231093--231146	27	2.0	28	92	3	92	51	18	5	24	1.67
246752--246862	20	5.5	20	72	10	100	30	24	19	25	1.98
246811--246885	21	3.6	21	78	10	100	34	26	17	21	1.95
246752--246886	41	3.3	41	88	3	184	31	23	18	25	1.97
247025--247080	22	2.5	22	91	0	85	21	42	16	19	1.89
247456--247546	20	4.7	18	73	15	65	20	14	21	42	1.88
249419--249467	20	2.5	20	93	0	80	38	26	20	14	1.91
249596--249663	20	3.5	19	88	6	100	17	22	25	35	1.95
249650--249692	19	2.2	20	91	4	70	13	13	23	48	1.79
250171--250267	21	4.6	21	73	8	90	21	36	18	23	1.95
250196--250289	42	2.2	42	84	0	116	23	38	17	21	1.93
251831--251884	20	2.7	20	85	5	74	42	27	18	11	1.84
251927--252111	20	9.9	20	75	13	178	25	17	22	34	1.96
251887--252111	34	6.1	39	73	17	151	24	18	21	35	1.96
251967--252111	54	2.7	54	92	0	236	23	16	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252082--252364	140	2.0	140	98	0	548	43	15	13	27	1.84
252422--252456	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
254045--254119	39	1.9	39	100	0	150	30	24	10	34	1.89
254747--254793	24	2.0	24	91	0	76	36	21	19	23	1.95
255448--255498	22	2.3	22	96	0	93	27	9	35	27	1.88
255644--255782	20	6.9	20	75	11	95	24	19	24	31	1.98
255635--255782	40	3.7	41	83	7	162	23	19	25	31	1.98
270387--270447	31	1.9	32	90	9	99	29	4	16	49	1.66
274877--274905	12	2.5	12	94	5	51	24	0	31	44	1.54
277982--278453	239	2.0	232	97	2	881	27	15	22	35	1.94
281326--281384	26	2.2	27	78	6	66	44	0	3	52	1.17
282376--282487	36	3.2	36	71	21	130	54	5	5	34	1.46
282397--282497	31	3.1	31	68	22	89	53	3	4	37	1.41
282379--282513	67	2.0	65	95	2	243	54	5	5	34	1.45
282476--282500	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
282396--282503	36	3.1	36	67	20	104	52	3	4	38	1.40
285667--285720	26	2.1	26	100	0	108	27	18	11	42	1.84
290480--290504	13	1.9	13	100	0	50	16	16	28	40	1.89
299244--299341	49	2.0	49	100	0	196	44	14	24	16	1.84
307134--307177	17	2.6	17	77	0	52	59	0	38	2	1.10
315548--315660	58	1.9	58	94	0	199	33	17	19	29	1.95
325166--325228	33	1.9	33	96	0	117	28	17	22	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332249--332460	75	2.8	75	84	2	255	25	31	22	20	1.98
338275--338314	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
340891--341074	74	2.5	74	87	1	251	25	29	23	22	1.99
350223--350266	18	2.4	18	100	0	88	13	22	6	56	1.61
356884--356931	20	2.3	21	82	3	62	27	25	20	27	1.99
358700--358778	31	2.5	31	77	6	88	21	12	30	35	1.91
359182--359225	22	2.1	21	87	8	63	56	0	9	34	1.31
359900--360014	32	3.6	30	74	14	88	20	34	22	21	1.97
361163--361204	22	1.9	22	85	0	57	50	2	11	35	1.52
362544--362591	23	2.1	23	92	0	78	39	8	18	33	1.81

Tables:   1   2