genome.fa.s9179.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009179.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112746_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  314897

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428--2479	26	2.1	25	92	7	88	30	9	17	42	1.81
4942--5020	6	13.2	6	97	0	140	31	49	16	2	1.59
5018--5066	5	9.8	5	93	0	62	16	36	40	6	1.73
10706--10838	6	22.2	6	98	0	212	29	49	16	4	1.65
10836--10894	5	11.8	5	94	0	64	16	35	40	6	1.76
13841--13897	25	2.2	26	81	9	64	66	1	8	22	1.29
17587--17638	21	2.5	21	87	3	70	38	17	25	19	1.93
17649--17701	20	2.7	20	90	0	88	26	28	20	24	1.99
17626--17721	20	4.7	21	78	7	65	35	23	17	22	1.95
17889--17932	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
18196--18254	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
19574--19619	18	2.6	18	78	0	56	28	39	15	17	1.90
20112--20156	20	2.3	20	80	3	56	40	20	22	17	1.92
20140--20235	19	5.6	19	62	25	61	47	20	17	13	1.81
20140--20230	32	2.8	33	84	3	139	49	20	16	13	1.79
20460--20497	20	1.9	20	88	0	58	42	28	15	13	1.85
20497--20561	19	3.7	19	72	19	68	49	15	21	13	1.79
20489--20575	33	2.6	33	87	0	120	48	19	19	12	1.80
20470--20595	33	3.8	34	81	4	116	46	23	18	12	1.83
20535--20610	18	4.3	19	76	21	76	47	25	15	11	1.80
20610--20737	33	3.8	33	83	1	148	14	21	17	46	1.84
21527--21580	24	2.2	24	86	0	72	22	16	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21755--21779	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
24070--24196	33	3.8	33	85	4	184	43	18	22	15	1.88
24070--24200	19	7.7	19	65	23	76	43	19	22	15	1.87
24071--24203	66	2.0	66	94	0	230	42	18	21	17	1.90
24211--24267	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
24196--24285	33	2.7	33	94	0	153	13	22	21	43	1.87
24225--24285	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
24392--24428	14	2.6	15	87	12	60	48	21	0	29	1.50
25823--25902	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
26124--26306	93	2.0	89	88	8	271	47	18	12	22	1.81
27991--28128	19	7.7	19	70	18	89	42	19	24	13	1.87
28016--28114	33	3.0	33	90	1	153	39	22	26	12	1.89
28086--28136	19	2.7	19	90	0	84	45	17	21	15	1.86
28709--28761	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
28770--28823	20	2.7	20	91	0	81	27	14	24	33	1.94
28710--28844	61	2.2	61	77	5	139	23	18	24	33	1.97
32591--32653	17	3.8	16	78	17	51	4	28	1	65	1.22
32596--32642	8	5.8	8	78	11	51	2	27	2	68	1.13
43939--43996	15	3.9	15	100	0	116	39	0	0	60	0.97
43939--43995	7	7.7	7	77	11	60	38	0	0	61	0.96
43939--44011	30	2.4	30	90	4	103	38	1	0	60	1.06
44078--44142	31	2.1	31	82	5	78	50	12	6	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48167--48211	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
48179--48493	149	2.1	149	94	1	551	34	21	17	27	1.95
48594--48621	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
53444--53634	31	6.2	31	96	0	337	34	16	11	37	1.85
54144--54320	64	2.8	64	81	5	196	25	19	23	31	1.98
54207--54368	64	2.5	64	84	6	195	25	22	20	31	1.98
56937--57189	31	8.2	31	96	0	461	33	16	12	38	1.85
57024--57107	15	5.5	15	64	25	50	32	15	13	39	1.86
57697--57873	64	2.8	63	84	3	203	24	19	23	32	1.97
57760--57921	64	2.5	64	82	6	177	25	21	20	32	1.98
58758--58845	33	2.6	33	83	7	106	63	13	2	20	1.40
59706--59750	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
60439--60481	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
63021--63062	17	2.4	19	80	15	54	64	2	0	33	1.07
63006--63083	24	3.3	23	70	24	56	66	1	0	32	1.00
77086--77136	18	2.8	18	93	0	84	11	43	11	33	1.78
82884--82913	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
91909--92013	47	2.2	47	98	0	201	37	21	12	28	1.90
93406--93547	36	4.0	36	81	8	164	17	21	20	40	1.92
93406--93547	72	2.0	71	87	6	207	17	21	20	40	1.92
94408--94452	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
95759--95854	32	3.0	32	79	14	126	29	17	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95846--95908	29	2.1	29	88	2	90	19	22	30	28	1.98
97651--97702	27	1.9	27	100	0	104	44	15	9	30	1.78
103873--103968	31	3.1	31	80	1	111	45	7	10	36	1.66
104074--104099	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
110276--110319	22	1.9	24	86	9	65	38	4	2	54	1.33
117923--118366	222	2.0	222	99	0	879	27	20	18	33	1.96
119476--119543	33	2.2	32	81	7	77	42	0	1	55	1.08
119504--119567	30	2.2	28	83	5	74	40	0	0	59	0.97
119663--119718	24	2.4	25	82	8	64	35	0	1	62	1.06
120132--120301	86	2.0	86	97	0	322	30	25	14	30	1.95
120972--121070	21	4.7	21	81	5	119	22	21	34	22	1.97
120952--121070	42	2.8	42	81	5	132	21	21	36	21	1.96
121608--121733	45	2.6	48	85	11	177	27	5	45	21	1.74
123267--123322	20	2.8	20	83	2	78	48	21	19	10	1.79
123319--123369	20	2.5	20	87	9	77	9	17	25	47	1.78
123689--123747	22	2.7	22	78	5	57	23	16	38	20	1.92
123895--123965	20	3.5	20	94	0	115	18	11	25	45	1.82
141225--141271	24	2.0	24	91	0	76	25	12	6	55	1.61
141478--141554	41	1.9	40	86	2	109	35	20	16	27	1.95
141682--141721	17	2.3	17	86	4	53	32	25	22	20	1.98
146886--147100	32	6.3	32	73	20	138	45	4	6	44	1.47
146948--147100	33	4.7	32	75	15	111	45	3	5	45	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147164--147199	14	2.4	16	90	9	58	33	2	2	61	1.25
148219--148280	26	2.4	26	97	0	115	25	30	24	19	1.98
148719--148753	14	2.5	14	86	13	54	17	2	5	74	1.14
152222--153524	106	12.3	106	95	0	2252	33	25	18	22	1.96
154231--154502	35	7.8	33	73	19	157	45	4	7	43	1.51
154535--154593	18	3.3	17	77	15	57	23	5	1	69	1.18
154565--154603	18	2.2	18	90	9	62	20	10	0	69	1.17
154564--154599	9	3.8	10	85	14	58	19	8	0	72	1.10
156932--156976	21	2.1	22	91	4	74	44	11	8	35	1.71
160090--160213	66	1.9	66	91	3	205	26	12	33	27	1.93
160949--161212	42	6.1	42	71	11	201	30	21	18	28	1.97
160984--161318	135	2.5	135	90	0	517	29	20	18	31	1.97
161144--161208	22	3.0	22	68	8	71	30	27	15	26	1.96
161435--161536	42	2.5	41	76	6	116	32	22	18	26	1.97
161269--161988	216	3.2	216	78	8	823	32	19	15	32	1.93
161639--161689	20	2.5	20	93	0	84	31	13	31	23	1.93
161897--161988	42	2.2	41	84	5	123	35	20	16	27	1.94
171245--171296	28	2.0	25	81	11	59	53	0	3	42	1.19
171255--171309	23	2.3	26	78	12	64	52	0	5	41	1.24
171359--171403	22	2.0	22	86	8	63	57	0	0	42	0.98
172987--173032	3	15.7	3	86	13	69	67	0	0	32	0.91
173163--173446	124	2.3	121	85	7	362	22	19	15	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173392--173553	36	4.5	36	96	0	288	20	20	10	48	1.79
173608--173699	36	2.6	36	87	5	143	20	20	8	50	1.75
173461--173951	143	3.4	145	89	3	688	27	17	13	41	1.87
173751--173808	17	3.4	17	73	17	57	18	20	8	51	1.72
173751--173838	34	2.5	36	90	3	135	22	18	10	48	1.77
173783--174516	113	6.5	113	95	1	1289	29	19	13	37	1.90
175243--175473	116	2.0	114	88	3	338	28	21	16	34	1.94
176729--176792	7	8.9	7	81	13	76	1	14	0	84	0.70
176746--176792	15	3.1	16	81	6	53	2	10	0	87	0.63
187990--188037	23	2.0	24	84	4	62	50	0	4	45	1.21

Tables:   1   2