genome.fa.s9185.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009185.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112758_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  682201

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4965--5008	20	2.2	20	87	0	61	36	15	13	34	1.87
6646--6688	14	3.2	14	77	12	54	46	2	0	51	1.13
7637--7712	29	2.6	29	93	0	125	13	34	30	22	1.92
9674--9734	27	2.3	27	91	0	95	13	9	19	57	1.63
9674--9744	27	2.6	27	82	8	83	14	11	18	56	1.67
11745--11786	17	2.7	15	76	23	50	61	4	4	28	1.36
13460--13528	4	17.2	4	96	0	129	49	24	1	24	1.59
13000--14057	526	2.0	528	98	1	2039	31	17	19	31	1.95
13981--14947	8	121.5	8	97	1	1649	39	24	10	25	1.87
15583--16431	4	213.8	4	98	1	1647	49	24	0	25	1.50
18530--18554	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
20878--20928	21	2.4	21	84	12	61	68	1	7	21	1.25
21071--21115	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
34988--35064	28	2.8	28	81	0	82	25	18	23	32	1.97
36635--36705	31	2.2	32	85	2	99	35	5	8	50	1.56
36636--36705	32	2.2	31	84	2	95	35	4	8	51	1.52
36636--36714	31	2.5	31	83	4	88	35	3	8	51	1.51
59599--59624	12	2.2	12	100	0	52	30	53	0	15	1.42
60880--60913	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
65357--65386	16	1.9	16	93	6	53	50	3	0	46	1.18
74570--74608	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
74507--74715	65	3.2	63	83	7	215	29	26	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74507--74736	64	3.6	64	80	6	216	28	26	17	26	1.98
75795--75822	14	2.0	14	100	0	56	21	14	28	35	1.92
80460--80515	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
83110--83148	19	2.1	19	90	0	60	20	35	15	28	1.93
83047--83256	65	3.3	63	78	8	190	30	25	17	27	1.97
84923--84998	29	2.6	30	77	10	77	46	6	11	35	1.67
93828--93854	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
96068--96108	19	2.2	19	86	8	57	78	2	14	4	1.03
104614--104654	19	2.2	19	86	8	57	78	2	14	4	1.03
104781--104827	2	23.5	2	83	16	62	51	2	2	44	1.25
104825--104849	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
104950--105007	2	29.5	2	77	22	61	51	1	3	43	1.28
104949--105008	19	3.1	19	88	11	79	53	1	3	41	1.27
104714--105072	180	2.0	178	94	4	634	59	3	6	30	1.40
107035--107064	15	2.0	15	93	0	51	70	0	3	26	1.03
107646--107693	23	2.1	23	84	0	60	22	12	8	56	1.63
107655--107708	23	2.3	23	87	0	72	14	12	7	64	1.47
109640--109714	33	2.3	32	83	2	96	52	1	4	42	1.28
110620--110662	15	2.9	15	82	0	59	65	13	2	18	1.38
125929--125977	23	2.2	22	81	3	53	30	22	22	24	1.99
127832--127872	21	2.0	21	85	9	57	14	31	31	21	1.94
128756--128815	22	2.7	22	87	5	77	28	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132257--132295	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
132717--132763	2	23.5	2	91	0	76	44	0	0	55	0.99
138884--138985	51	2.0	51	100	0	204	43	11	15	29	1.82
140893--140935	22	2.0	22	86	4	61	41	2	0	55	1.12
141129--141156	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
141330--141379	2	25.5	2	83	4	66	46	4	0	50	1.20
143636--143799	65	2.6	63	83	11	217	29	22	19	28	1.98
152322--152402	37	2.2	38	82	10	96	29	18	19	32	1.96
152383--152431	19	2.6	19	87	9	66	24	28	18	28	1.98
155086--155116	16	1.9	16	100	0	62	67	0	19	12	1.22
157958--158015	28	2.1	28	93	0	98	15	6	31	46	1.72
157958--158024	28	2.4	28	87	0	80	14	5	29	49	1.68
168280--168337	23	2.5	23	77	0	62	12	22	12	53	1.70
167321--168827	775	1.9	759	82	8	1840	22	15	14	47	1.82
174522--174586	24	2.6	24	81	16	71	38	4	0	56	1.20
174522--174605	25	3.3	25	83	12	93	39	3	1	55	1.25
174544--174622	27	2.8	27	75	12	79	37	2	1	58	1.20
175554--175606	4	13.2	4	87	0	61	15	0	33	50	1.44
175556--175602	12	3.9	12	94	0	76	12	0	36	51	1.40
175554--175608	16	3.4	16	84	0	74	14	0	34	50	1.43
181921--182031	2	55.5	2	100	0	222	50	0	49	0	1.00
184896--185927	514	2.0	515	99	0	2030	34	12	20	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187275--187735	149	3.1	149	97	1	849	27	16	21	34	1.94
187703--187747	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
188699--188726	12	2.3	12	100	0	56	7	7	14	71	1.29
205517--205554	17	2.2	18	85	4	51	44	5	13	36	1.66
206648--206705	24	2.4	24	94	0	98	34	32	20	12	1.90
210822--210864	4	10.8	4	100	0	86	74	0	0	25	0.82
212698--212917	64	3.5	64	86	3	257	33	20	18	28	1.96
213574--213636	31	2.0	31	87	6	92	19	19	22	39	1.92
214647--214675	15	1.9	15	100	0	58	62	3	6	27	1.37
216430--216479	25	2.0	26	84	7	68	68	2	4	26	1.18
222685--222738	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
222738--222776	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
229897--229922	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
229903--230103	108	1.8	109	86	5	289	46	18	11	23	1.82
230170--230286	5	23.6	5	98	1	227	41	0	0	58	0.98
231604--231638	14	2.5	14	95	0	61	48	5	5	40	1.51
231758--231834	26	3.4	24	72	19	60	46	3	0	49	1.20
231903--231959	18	3.0	20	63	21	50	57	0	0	42	0.98
231879--231933	26	2.0	28	82	6	69	58	1	3	36	1.26
231897--231967	37	1.9	36	91	8	117	52	1	0	46	1.09
231902--231975	37	2.1	36	87	5	105	52	2	0	44	1.15
233356--233383	13	2.2	13	100	0	56	64	14	7	14	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234626--234671	19	2.4	19	85	0	56	26	26	4	43	1.73
238138--238262	31	4.0	31	95	0	223	35	17	19	28	1.94
238711--238758	19	2.5	19	89	0	69	20	16	12	50	1.78
239386--239415	3	9.7	3	92	7	51	63	3	33	0	1.11
240202--240255	20	2.7	20	94	0	99	14	29	3	51	1.60
245805--245829	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
259834--259861	7	4.0	7	100	0	56	42	0	28	28	1.56
275304--275375	33	2.2	32	85	4	99	22	5	8	63	1.43
275338--275441	47	2.3	44	80	11	122	20	4	8	66	1.37
275473--275507	13	2.6	14	90	4	54	20	0	11	68	1.20
277585--277744	63	2.5	63	87	4	225	23	20	35	21	1.96
277582--277744	21	7.8	21	81	8	188	23	19	35	20	1.96
277971--278009	21	1.9	20	94	5	69	48	5	10	35	1.59
279122--279169	19	2.5	20	75	3	53	29	14	6	50	1.67
280314--280353	21	1.9	22	90	10	66	17	10	35	37	1.83
280519--280703	21	8.7	21	79	10	198	22	20	36	21	1.95
280519--280682	64	2.5	64	94	1	283	21	20	35	21	1.96
282690--282755	27	2.4	27	85	7	80	54	0	45	0	0.99
282708--282755	15	3.3	15	83	16	66	56	0	43	0	0.99
282714--282760	6	7.3	6	84	13	58	59	0	40	0	0.97
288820--288881	26	2.4	27	83	8	83	40	4	37	17	1.71
292818--292859	21	2.0	21	95	0	75	38	23	30	7	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298157--298201	20	2.2	20	96	0	81	44	20	11	24	1.83
298359--298404	23	2.0	23	86	0	65	28	36	13	21	1.91
298368--298427	22	2.7	22	81	2	57	26	35	15	23	1.94
302426--302522	42	2.3	42	82	7	117	30	34	16	18	1.93
303082--303131	21	2.5	19	80	6	55	22	38	20	20	1.94
304235--304326	35	2.6	35	98	1	175	35	17	10	35	1.85
305411--305448	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
305612--305715	20	5.2	19	79	10	93	31	14	21	32	1.93
305625--305709	20	4.2	20	81	3	98	29	16	23	30	1.96
305767--305833	20	3.3	20	89	0	107	20	17	23	37	1.94

Tables:   1   2   3