genome.fa.s9188.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009188.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112761_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  189620

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3082--3202	60	2.0	61	82	4	147	35	20	20	23	1.96
3209--3337	39	3.2	41	87	4	192	36	24	19	20	1.95
3167--3337	79	2.1	81	82	7	215	36	23	18	21	1.95
3209--3337	59	2.2	60	79	8	138	36	24	19	20	1.95
3209--3339	20	6.6	20	76	8	133	35	24	19	19	1.95
3208--3362	80	2.0	77	81	9	181	35	24	18	21	1.96
3450--3575	20	6.3	20	90	1	175	39	21	17	21	1.92
3540--3585	20	2.3	20	84	0	56	36	19	17	26	1.94
4420--4473	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
6891--6978	20	4.4	20	85	4	117	35	23	22	18	1.96
6970--7045	33	2.3	34	93	2	127	43	18	23	14	1.87
7132--7204	31	2.4	31	72	25	73	50	19	2	27	1.61
7195--7231	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
7271--7366	19	5.3	19	81	13	130	46	16	20	15	1.83
7249--7366	38	3.4	33	80	12	137	45	16	22	15	1.84
7386--7481	33	2.8	33	87	3	120	14	25	19	40	1.90
7582--7618	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
8899--9010	42	2.7	42	76	5	111	22	18	37	21	1.94
9490--9576	20	4.3	20	88	0	120	39	19	18	22	1.93
9611--9687	19	4.3	19	76	15	65	9	14	29	46	1.75
9627--9689	33	1.9	33	100	0	126	6	14	30	49	1.68
9611--9739	52	2.5	52	80	2	134	10	16	24	49	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9645--9671	14	1.9	14	100	0	54	7	14	29	48	1.71
9620--9689	19	3.9	19	80	17	96	5	14	30	50	1.66
9658--9739	19	4.6	19	72	14	75	9	18	20	51	1.74
9680--9753	33	2.2	33	97	0	139	10	20	17	51	1.75
9694--9767	14	4.9	14	73	16	58	10	21	18	48	1.78
9855--10233	94	4.1	94	94	1	629	47	18	12	21	1.81
11987--12070	19	4.7	19	78	14	106	45	21	21	11	1.84
12116--12225	41	2.7	41	94	4	188	13	18	19	49	1.80
12083--12228	20	7.6	19	75	15	124	12	18	19	50	1.78
12524--12575	27	2.0	26	88	7	79	21	11	34	32	1.89
12784--12997	20	10.6	20	79	6	234	19	19	24	36	1.94
12786--12997	41	5.2	41	91	1	338	19	18	24	37	1.94
13006--13058	20	2.7	20	93	0	88	13	16	24	45	1.83
13026--13180	42	3.8	42	70	16	103	19	18	23	38	1.93
13108--13161	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
22110--22289	92	1.9	93	95	1	326	35	10	7	47	1.66
23103--23177	36	2.1	36	85	5	98	49	1	4	45	1.29
29233--29674	194	2.3	193	82	3	530	38	12	11	38	1.79
29790--29835	20	2.3	20	100	0	92	52	10	4	32	1.56
30208--30252	18	2.4	19	92	3	74	66	4	2	26	1.22
49036--49069	11	2.9	12	86	8	52	76	0	11	11	1.02
49037--49087	17	3.0	17	86	13	70	76	0	13	9	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49035--49127	41	2.3	40	83	9	109	72	2	17	8	1.20
50065--50097	17	1.9	17	88	11	50	39	3	27	30	1.72
50406--50606	55	3.7	55	85	7	243	30	17	23	28	1.97
50406--50606	106	1.9	107	84	8	273	30	17	23	28	1.97
51225--51276	19	2.6	21	87	6	72	44	5	13	36	1.68
52082--52115	16	2.1	17	88	5	52	41	5	14	38	1.70
54692--54730	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
55069--55120	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
58023--58057	17	2.0	18	88	5	54	68	0	22	8	1.16
58249--58317	29	2.3	29	74	16	70	1	20	2	75	1.01
58267--58318	18	2.8	19	78	18	56	1	17	5	75	1.10
58343--58367	11	2.3	11	100	0	50	8	16	0	76	1.02
58975--59023	21	2.2	22	89	10	73	40	6	8	44	1.59
58986--59037	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
60193--60391	55	3.7	55	83	8	234	26	17	23	33	1.96
60193--60417	55	4.2	55	82	7	216	25	17	21	35	1.95
60594--60646	28	1.9	27	85	11	72	33	0	9	56	1.32
66568--66604	19	1.9	19	89	10	58	16	27	35	21	1.94
73724--73753	13	2.3	13	94	0	51	20	43	23	13	1.86
78121--78152	13	2.3	15	89	10	50	15	9	0	75	1.05
82998--83023	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
83116--83192	24	3.6	22	75	20	67	31	15	27	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89579--89613	18	1.9	18	94	0	61	25	28	5	40	1.78
93304--93343	6	6.8	6	83	16	57	87	12	0	0	0.54
93301--93343	23	1.9	23	95	4	79	88	11	0	0	0.52
93383--93426	20	2.1	21	87	4	63	72	2	15	9	1.19
93417--93458	8	5.4	8	82	5	50	83	0	16	0	0.65
93422--93458	12	3.4	11	92	7	58	83	0	16	0	0.64
94594--94799	110	1.9	110	93	2	360	35	22	18	22	1.96
96957--96997	21	2.0	21	85	0	55	9	9	2	78	1.06
104216--104269	27	2.1	26	86	6	74	29	5	18	46	1.72
104646--104670	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
104619--104656	19	1.9	19	89	5	58	36	0	0	63	0.95
108166--108226	3	20.7	3	77	15	56	60	1	0	37	1.07
108166--108226	12	5.5	11	81	13	72	60	1	0	37	1.07
108160--108227	24	2.8	24	86	10	86	57	1	0	41	1.08
108397--109263	136	6.4	136	93	0	1387	25	22	17	33	1.96
109634--109785	37	4.0	36	72	15	108	38	15	19	26	1.91
109728--109914	64	2.9	64	89	6	281	41	13	18	26	1.88
109882--110134	39	6.6	36	79	10	94	38	13	18	28	1.90
109893--110119	39	5.9	39	84	4	219	37	14	19	29	1.91
109911--110069	80	2.0	80	84	0	210	38	13	20	27	1.89
110022--110367	40	8.7	40	93	1	484	41	12	16	30	1.85
111790--111826	13	2.7	14	87	8	58	5	10	2	81	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111790--111860	14	5.5	13	73	11	65	8	12	2	76	1.12
112051--112106	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
113071--113144	6	11.5	6	79	12	60	51	12	18	17	1.76
113076--113145	27	2.6	27	93	0	113	51	12	18	17	1.76
113078--113144	21	3.3	20	75	17	68	49	13	19	17	1.80
113076--113145	13	5.2	13	73	19	63	51	12	18	17	1.76
115262--115300	18	2.2	19	86	9	55	61	5	5	28	1.39
117310--117370	3	20.7	3	77	15	65	62	1	0	36	1.05
117310--117370	12	5.5	11	79	16	72	62	1	0	36	1.05
117304--117370	24	3.0	23	85	12	86	59	1	0	38	1.06
118013--118052	19	2.1	20	90	9	66	40	17	7	35	1.78
119387--119480	45	2.2	44	88	5	138	55	12	9	22	1.66
122677--122735	31	1.9	31	86	6	84	22	8	22	47	1.77
122898--122953	28	2.0	28	85	0	76	30	25	16	28	1.96
127276--127317	6	7.0	6	81	8	50	19	0	2	78	0.86
127284--127322	11	3.5	11	82	6	51	20	0	2	76	0.90
127269--127321	17	2.8	19	75	16	56	22	0	1	75	0.90
128169--128233	34	1.9	33	90	3	103	24	29	16	29	1.97
128681--128746	20	3.4	19	85	2	69	33	19	10	36	1.86
128701--128750	20	2.5	20	90	3	75	38	20	6	36	1.77
131003--131062	3	20.0	3	93	6	104	33	0	0	66	0.92
132243--132305	27	2.3	28	83	2	83	25	1	3	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132266--132322	3	19.7	3	81	13	66	29	0	1	68	1.00
134562--134608	19	2.5	19	82	6	60	23	0	2	74	0.93
134834--135205	37	10.3	37	79	10	346	44	2	6	47	1.41
135207--135249	17	2.5	17	81	11	52	25	2	0	72	0.97
135207--135248	14	2.8	15	78	10	50	26	2	0	71	0.98
137752--137786	18	1.9	18	100	0	70	25	17	28	28	1.97
138439--138797	172	2.1	173	90	1	569	37	18	5	39	1.72
139002--139062	30	2.0	30	100	0	122	19	39	9	31	1.84
139235--139276	22	1.9	22	100	0	84	26	38	26	9	1.87
139293--139346	22	2.5	22	87	0	90	16	35	18	29	1.93

Tables:   1   2