genome.fa.s9189.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009189.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112762_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  966119

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5139--5181	18	2.4	18	92	0	68	16	20	27	34	1.94
5194--5224	13	2.4	13	94	0	53	16	48	19	16	1.81
13885--13942	21	2.8	20	72	15	55	12	29	39	18	1.87
16445--16477	13	2.5	13	90	0	57	48	30	0	21	1.50
18673--18756	21	3.9	21	72	14	64	14	25	36	23	1.92
24925--25008	32	2.6	32	88	0	123	40	5	7	46	1.56
27964--28004	16	2.5	17	80	11	50	58	0	2	39	1.11
33265--33295	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
36434--36729	156	1.9	156	90	2	479	50	6	15	27	1.68
36426--36791	156	2.4	157	84	2	470	48	6	17	28	1.71
36434--36791	155	2.3	156	84	2	443	49	6	17	27	1.70
52007--52054	21	2.3	21	96	0	87	43	14	16	25	1.86
58806--58899	30	3.1	30	85	0	143	43	13	0	42	1.44
80147--80207	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
81146--81180	17	2.1	18	89	10	56	48	5	0	45	1.26
86503--86555	21	2.5	21	78	6	63	20	24	18	35	1.95
86564--86637	20	3.7	20	75	10	87	32	20	22	24	1.98
86545--86636	41	2.3	40	90	1	139	34	19	22	22	1.96
86565--86698	41	3.3	41	81	6	139	26	20	20	31	1.98
86626--86698	21	3.5	21	81	3	85	21	21	19	36	1.95
86688--86799	20	5.6	20	90	4	156	39	19	21	19	1.93
86688--86799	41	2.8	41	87	6	174	39	19	21	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87343--87383	19	2.2	19	90	0	64	51	24	14	9	1.72
87388--87451	34	1.9	34	90	3	103	10	25	21	42	1.85
87388--87476	20	4.8	19	71	18	71	13	23	17	44	1.84
88342--88395	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
89097--89148	20	2.6	20	78	0	68	36	19	19	25	1.95
89359--89426	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
89343--89446	40	2.9	34	77	15	109	40	22	22	15	1.91
89458--89511	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
89440--89510	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
91539--91592	20	2.7	20	80	11	65	38	22	22	16	1.93
91632--91714	19	4.6	19	76	14	104	14	20	19	45	1.85
91687--91753	20	3.4	19	76	13	64	14	20	23	40	1.90
92235--92279	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
93593--93651	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
93906--93977	22	3.4	21	84	5	92	19	12	44	23	1.85
94145--94279	20	6.7	19	79	9	108	24	17	24	34	1.96
94145--94282	61	2.3	61	84	0	186	23	16	23	35	1.95
94145--94300	61	2.6	61	81	2	152	23	18	23	34	1.96
94350--94390	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
94675--94717	2	22.5	2	90	9	72	51	0	0	48	1.00
94672--94725	12	4.5	13	86	9	55	53	0	0	46	1.00
101933--101989	25	2.3	25	93	0	96	14	26	17	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104878--104947	29	2.4	29	80	4	70	41	7	11	40	1.69
107025--107062	13	3.0	12	92	7	58	15	47	26	10	1.78
107091--107236	30	5.0	29	88	4	204	41	6	17	34	1.76
107098--107231	59	2.3	59	89	3	207	44	5	15	34	1.71
110665--110754	38	2.4	39	90	7	141	12	11	36	40	1.78
110456--111001	255	2.2	245	86	7	739	22	11	28	37	1.89
110920--111007	38	2.3	38	90	1	133	14	10	36	38	1.80
111382--111413	15	2.1	16	94	5	57	34	0	0	65	0.93
111593--111638	18	2.7	18	90	6	69	32	32	2	32	1.70
115665--115705	19	2.2	19	100	0	82	29	26	12	31	1.92
119347--119407	31	2.0	31	90	0	95	42	21	14	21	1.88
119435--119583	11	12.6	11	70	10	64	31	21	18	28	1.97
119469--119539	37	1.9	36	85	2	97	36	18	19	25	1.94
135943--136082	64	2.3	60	91	5	226	50	5	13	31	1.63
135884--136118	60	3.9	58	80	9	168	48	5	15	31	1.66
135943--136120	60	2.9	60	85	9	184	51	4	12	31	1.59
137965--138011	18	2.7	17	83	3	58	34	8	27	29	1.87
139992--140034	14	3.1	14	93	0	68	67	23	4	4	1.28
140505--140558	22	2.4	22	81	3	63	50	5	7	37	1.54
141084--141127	18	2.4	19	88	3	63	52	2	2	43	1.26
141750--142013	140	1.9	139	84	5	352	47	14	10	27	1.77
148290--148383	32	3.0	32	80	1	91	31	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148652--148760	53	2.1	53	96	0	200	24	36	19	19	1.94
148660--148743	26	3.2	26	65	15	73	23	36	17	21	1.94
155531--155557	14	1.9	14	100	0	54	18	22	14	44	1.86
156274--156335	20	3.1	19	75	20	63	25	37	24	12	1.91
156275--156335	21	3.0	20	74	11	61	26	36	24	13	1.92
156382--156413	3	11.3	3	87	12	50	0	34	0	65	0.93
156382--156416	11	3.3	11	96	4	63	0	34	0	65	0.93
159236--159323	37	2.3	36	84	11	115	57	0	1	40	1.06
159208--159315	36	3.1	33	80	20	105	54	0	0	43	1.12
159330--159387	25	2.3	26	78	3	64	51	3	3	41	1.35
159483--159553	13	5.6	13	73	17	60	54	0	0	45	0.99
163380--163463	33	2.5	33	92	1	132	23	40	30	4	1.75
165580--165647	23	3.0	23	84	0	100	36	26	19	17	1.94
165877--165936	31	2.0	31	93	3	104	36	25	0	38	1.56
168026--168180	81	1.9	80	81	1	184	32	26	27	14	1.94
182082--182201	63	1.9	63	84	0	159	39	14	24	22	1.91
182082--182229	63	2.3	63	77	2	145	40	13	21	24	1.89
182161--182330	63	2.7	62	79	7	180	45	12	22	19	1.84
203343--203414	19	3.7	20	69	14	51	41	0	6	51	1.29
207100--207177	3	25.7	3	84	5	95	58	0	0	41	0.98
207289--207378	3	30.0	3	86	4	128	61	0	0	38	0.96
206988--207371	189	2.0	194	96	2	715	39	6	13	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207529--207800	124	2.2	120	85	5	352	24	18	16	41	1.90
207816--208337	116	4.5	115	89	2	685	30	18	13	37	1.89
209595--209652	18	3.3	17	79	15	64	3	10	1	84	0.81
209597--209654	11	5.1	11	82	4	62	3	12	1	82	0.86
217320--217464	69	2.0	72	94	5	260	19	24	15	41	1.89
221974--222088	12	9.6	12	90	7	180	58	0	0	40	1.04
225732--225780	20	2.4	21	93	6	91	22	12	8	57	1.61
228782--228833	28	1.9	27	85	14	72	65	11	0	23	1.25
230915--230960	20	2.2	21	88	3	67	28	2	2	67	1.14
230936--230969	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
244097--244149	21	2.5	21	82	11	72	9	32	0	58	1.30
244799--244852	26	2.0	26	86	10	74	27	27	9	35	1.87
259329--259378	25	2.0	25	100	0	100	44	20	20	16	1.87
261868--261895	13	2.2	13	100	0	56	39	25	7	28	1.82
266730--266805	21	3.6	21	83	0	89	32	14	7	44	1.74
272058--272093	8	4.5	8	100	0	72	38	22	0	38	1.54
276803--276856	23	2.3	23	78	9	56	40	5	5	48	1.50
290784--291547	389	2.0	377	93	6	1319	36	17	14	31	1.90
292261--292490	121	1.9	120	82	3	291	44	9	11	34	1.73
296395--296570	75	2.4	75	82	3	205	34	23	17	25	1.96
304979--307649	729	3.6	730	88	4	3624	33	20	17	29	1.95
307985--308428	173	2.6	174	86	1	604	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314228--314261	15	2.3	15	94	0	59	38	0	0	61	0.96
315201--315242	22	1.9	22	85	9	59	50	4	0	45	1.23
317957--318131	89	2.0	89	94	2	307	32	12	20	34	1.90
324671--324702	16	2.0	16	100	0	64	56	0	31	12	1.37
331028--331058	14	2.3	14	94	5	55	35	3	25	35	1.72
338925--339021	27	3.6	27	94	1	169	23	25	26	23	2.00
339348--339426	35	2.3	32	78	14	95	54	5	5	35	1.44
340674--341516	423	2.0	422	96	1	1564	31	18	16	34	1.92
341712--341854	72	2.0	72	100	0	286	23	16	27	32	1.96
344364--344407	16	2.6	17	75	7	54	43	0	2	54	1.12

Tables:   1   2   3   4