genome.fa.s9203.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009203.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112789_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  338692

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77--140	32	2.0	33	96	3	121	60	0	0	39	0.97
93--154	23	2.7	22	80	11	72	61	0	0	38	0.96
1520--2140	309	2.0	308	98	1	1201	29	18	13	37	1.90
16693--16809	36	3.2	36	92	0	198	35	7	36	19	1.81
21108--21168	21	2.9	21	85	0	77	26	14	22	36	1.93
22824--22880	21	2.5	22	84	15	80	43	5	0	50	1.24
22820--22883	25	2.7	24	86	13	89	42	4	0	53	1.22
22896--22936	17	2.3	18	88	12	59	41	2	2	53	1.27
27662--27710	24	2.0	24	100	0	98	12	22	8	57	1.61
27662--27720	24	2.5	24	91	0	82	11	20	10	57	1.63
30281--30309	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
48694--48752	18	3.3	17	82	15	66	47	1	3	47	1.29
48701--48758	19	3.2	17	77	22	57	46	1	1	50	1.22
66804--66883	22	3.6	22	86	0	106	32	16	12	38	1.86
67242--67908	113	5.9	112	90	1	881	36	14	19	29	1.91
67242--68027	226	3.5	225	84	4	936	37	14	18	29	1.91
67960--68022	17	3.2	20	67	17	51	42	11	20	25	1.85
68396--68440	3	16.3	3	78	17	53	31	0	0	68	0.89
68394--68448	24	2.3	23	81	6	74	32	0	0	67	0.91
68403--68446	11	4.1	10	80	13	52	31	0	0	68	0.90
68397--68452	27	2.1	27	86	6	78	35	0	0	64	0.94
68501--68534	14	2.4	14	95	5	59	38	38	17	5	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71508--71549	16	2.6	16	100	0	84	30	7	26	35	1.83
87364--87402	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
92429--92494	23	2.8	24	84	6	91	25	13	34	25	1.93
92524--92565	22	1.9	22	85	0	57	40	23	16	19	1.91
93472--93521	26	1.9	26	91	0	82	18	24	16	42	1.89
98537--98576	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
100037--100078	21	2.0	21	95	0	75	26	23	7	42	1.80
119658--119717	31	1.9	31	93	0	102	43	6	6	43	1.57
120270--120352	12	6.7	12	73	13	78	56	2	0	40	1.12
120216--120367	63	2.4	64	92	4	247	56	2	0	40	1.13
120912--120952	19	2.2	19	100	0	82	21	29	26	21	1.99
123126--123230	23	4.8	22	80	11	128	20	20	21	37	1.95
123117--123230	42	2.6	42	85	8	142	20	20	22	36	1.95
123323--123356	12	3.1	11	91	8	52	29	52	17	0	1.45
123960--124049	21	4.3	21	81	0	108	25	21	24	28	1.99
123960--124051	42	2.2	42	86	0	139	25	20	23	30	1.99
124088--124310	21	10.8	21	66	25	84	27	22	20	29	1.99
124012--124303	76	3.9	76	85	9	424	27	23	20	28	1.99
124033--124292	144	1.8	144	97	0	493	27	22	20	29	1.98
124160--124375	41	5.4	41	77	11	225	25	21	20	32	1.98
124258--124331	20	3.7	20	75	10	78	24	21	18	35	1.96
124318--124392	21	3.6	21	87	3	98	20	18	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132953--133001	16	2.9	16	84	6	53	38	0	2	59	1.09
132970--133005	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
133099--133199	4	24.5	4	72	18	50	19	6	1	71	1.19
133099--133187	9	9.3	9	69	20	56	19	7	2	70	1.22
137668--137720	15	3.5	15	80	10	54	79	3	15	1	0.96
137673--137720	16	3.1	16	84	3	53	81	2	14	2	0.88
138736--138771	18	2.0	18	88	0	54	16	5	33	44	1.71
139280--139342	32	2.0	32	90	0	99	41	15	11	31	1.83
139477--139548	37	1.9	37	82	0	90	27	20	11	40	1.87
140168--140593	106	4.0	106	92	0	690	34	24	19	22	1.97
142006--142064	16	3.6	16	77	8	57	30	3	1	64	1.20
142878--142933	20	2.8	20	94	0	94	32	35	14	17	1.90
142955--143041	45	1.9	45	92	2	147	27	25	18	28	1.98
142946--143072	51	2.6	48	82	10	179	30	24	17	27	1.97
158287--158435	29	5.1	29	95	0	253	45	19	3	31	1.67
158256--158498	87	2.8	86	77	5	254	47	17	4	30	1.69
158419--158563	58	2.5	58	93	4	256	45	15	7	31	1.74
158591--158619	13	2.3	13	94	5	51	17	24	41	17	1.90
159388--159447	31	1.9	31	83	6	77	21	18	23	36	1.95
160450--160476	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
160448--160493	17	2.6	17	80	16	58	67	0	0	32	0.91
161408--161491	41	2.0	41	95	0	150	23	22	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162816--162874	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
164519--164563	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
168762--168809	25	2.0	24	91	4	78	31	8	8	52	1.61
173447--173497	20	2.5	20	81	6	68	50	9	17	21	1.74
177410--177444	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
182000--182028	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
198374--198398	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
198922--198985	28	2.4	28	86	5	87	35	0	3	60	1.12
207131--207155	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
212296--212347	20	2.6	20	87	6	70	42	23	19	15	1.89
212334--212814	20	23.5	20	75	11	327	38	24	17	20	1.93
212334--212814	41	11.8	41	82	5	532	38	24	17	20	1.93
212379--212814	163	2.7	164	87	3	589	38	24	17	19	1.93
213476--213509	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
216161--216431	33	8.2	33	95	0	470	44	19	23	12	1.85
216568--216604	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
216571--216747	83	2.1	84	96	2	331	42	18	2	36	1.65
218038--218160	42	2.9	41	79	7	113	22	17	36	22	1.95
218524--218570	19	2.3	20	82	10	60	48	21	21	8	1.76
218534--218586	19	2.8	19	88	0	79	50	22	16	9	1.74
218582--218697	19	6.6	19	70	19	90	12	20	21	45	1.83
218587--218679	33	2.8	33	95	0	168	10	21	20	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218808--218999	94	2.1	92	93	2	321	46	16	13	23	1.82
220659--220715	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
220651--220732	33	2.5	33	100	0	164	47	19	23	9	1.79
220673--220737	19	3.7	19	74	19	77	44	21	23	10	1.83
220733--220785	19	2.8	19	94	0	88	9	18	22	49	1.76
221311--221409	42	2.4	42	80	9	114	21	16	25	37	1.93
221313--221448	20	6.7	20	70	16	82	18	16	25	39	1.91
222515--222559	23	2.0	23	95	0	81	15	13	15	55	1.69
228786--228812	9	3.0	9	100	0	54	44	33	11	11	1.75
231570--231618	25	2.0	25	100	0	98	55	20	4	20	1.60
234414--234504	3	27.3	3	78	14	74	59	0	39	1	1.05
234414--234504	7	13.7	6	82	11	74	59	0	39	1	1.05
234415--234504	17	5.4	17	82	10	96	60	0	38	1	1.04
238883--238922	21	1.9	21	85	10	55	27	7	12	52	1.66
243515--243698	60	3.1	60	79	6	196	32	25	3	38	1.74
243532--243698	59	2.8	60	81	5	178	31	23	4	40	1.74
244496--244561	31	2.1	31	86	10	91	37	6	15	40	1.72
248855--248929	32	2.4	33	80	8	93	45	9	0	45	1.35
250908--250939	3	10.7	3	93	0	55	31	0	3	65	1.08
251723--251816	3	30.7	3	84	4	125	36	1	1	61	1.10
253458--253493	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
254054--254105	20	2.6	21	76	11	56	26	5	0	67	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258163--258211	14	3.6	14	78	10	50	85	6	8	0	0.73
260230--260509	93	3.0	93	90	1	420	29	13	20	36	1.91
260416--260728	114	2.7	114	89	1	441	32	13	20	33	1.91
262794--262903	54	2.1	52	89	3	166	40	17	20	21	1.92
263271--263325	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
264009--264197	76	2.5	76	94	0	324	24	19	20	34	1.96
264139--264252	45	2.5	45	89	2	183	22	21	21	34	1.97
264063--264439	121	3.1	121	98	0	711	23	20	21	35	1.96
264260--264373	45	2.5	45	91	2	192	22	20	21	35	1.96
264009--265158	197	5.8	195	82	7	1432	22	20	21	35	1.96

Tables:   1   2