genome.fa.s9205.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009205.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112791_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  274913

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238--2434	105	1.9	104	85	5	272	35	15	12	36	1.85
2335--2645	63	4.9	66	83	10	387	29	15	15	39	1.89
2514--2629	57	2.0	59	91	6	193	31	15	15	37	1.89
2535--2621	27	3.1	27	68	9	84	33	16	14	35	1.89
2343--2645	123	2.4	129	82	10	383	29	15	16	39	1.89
2657--3041	136	2.9	136	82	4	433	28	28	16	26	1.97
10670--10822	69	2.1	74	82	5	181	39	5	3	50	1.43
11614--11650	3	12.0	3	88	5	56	37	0	0	62	0.96
13072--13102	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
18403--18459	8	7.5	8	73	25	52	80	0	17	1	0.79
18408--18455	12	3.9	12	78	10	53	81	0	16	2	0.79
19648--19942	117	2.5	117	82	4	369	33	13	22	30	1.93
20298--20504	54	3.9	54	85	1	265	36	13	25	24	1.92
20298--20504	107	1.9	108	83	2	265	36	13	25	24	1.92
20856--20937	22	3.7	22	91	3	105	36	15	10	36	1.83
21729--21757	14	2.1	14	100	0	58	37	6	27	27	1.82
21621--22014	130	2.8	144	84	11	575	28	17	20	33	1.95
21743--22057	130	2.4	130	91	1	497	28	17	20	33	1.95
21848--22309	172	2.7	172	90	0	708	28	18	20	32	1.96
21972--22270	42	7.0	42	71	13	207	28	18	19	32	1.96
21892--22187	88	3.4	87	70	15	270	29	18	18	33	1.95
22165--22231	21	3.1	22	65	16	59	31	14	20	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22170--22238	22	3.2	22	66	15	63	27	18	20	33	1.96
21972--22270	84	3.5	83	71	15	241	28	18	19	32	1.96
22581--22626	3	15.0	3	90	4	74	36	0	0	63	0.95
22585--22637	25	2.2	25	90	6	83	43	0	0	56	0.99
22781--22812	16	2.0	16	100	0	64	18	25	25	31	1.98
24683--25007	45	7.5	45	76	9	271	31	21	9	37	1.85
24739--24971	124	1.9	124	85	1	324	33	19	9	37	1.83
24693--25007	169	1.9	168	92	0	531	32	21	9	36	1.86
24985--25028	21	2.1	21	100	0	88	27	31	9	31	1.88
25507--25563	22	2.7	21	82	12	71	22	28	19	29	1.98
25546--25750	95	2.2	94	78	7	218	25	21	17	35	1.95
28230--28291	19	3.4	18	79	18	67	80	3	14	1	0.91
31716--31754	20	1.9	20	84	5	51	17	12	2	66	1.35
41104--41181	6	13.0	6	98	0	111	33	10	0	56	1.33
51661--51735	30	2.5	30	91	2	114	25	14	10	49	1.76
51661--51747	30	2.9	30	87	3	104	25	14	10	49	1.75
53462--53498	14	2.6	15	87	8	51	51	2	0	45	1.15
54957--54990	17	2.0	17	94	0	59	44	5	2	47	1.42
58931--59357	54	7.9	54	86	3	529	36	18	17	27	1.93
58931--59373	162	2.7	162	88	2	595	35	18	17	27	1.94
71821--71955	61	2.2	61	97	0	252	15	22	22	39	1.92
79419--79502	31	2.7	31	78	10	100	9	27	30	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86490--86514	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
86488--86564	31	2.6	31	83	6	97	20	46	16	15	1.84
86522--86556	18	1.9	18	88	0	52	20	42	20	17	1.89
86504--86538	13	2.7	13	90	0	61	17	48	20	14	1.81
86559--86588	15	2.0	15	93	0	51	13	30	26	30	1.94
89072--89117	24	1.9	24	90	0	74	23	8	13	54	1.66
90042--90114	30	2.5	31	80	13	82	39	6	19	34	1.78
90046--90130	30	2.8	31	79	10	79	41	5	20	32	1.76
92209--92433	45	5.0	45	95	0	380	39	6	23	31	1.80
92245--92325	25	3.4	25	63	23	66	38	7	24	29	1.83
99131--99179	17	2.9	17	75	18	50	42	0	6	51	1.27
98910--99610	198	3.5	198	83	3	779	37	6	9	46	1.61
99299--99400	33	3.1	32	74	4	89	37	3	10	48	1.57
104445--104495	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
111366--111431	27	2.5	26	80	9	71	36	4	12	46	1.61
111766--111823	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
112625--113106	179	2.7	173	77	8	472	38	10	9	40	1.74
120299--120337	20	2.0	20	89	0	60	48	20	15	15	1.81
120809--120879	24	3.1	24	67	29	73	30	21	11	36	1.88
120742--120918	44	4.0	45	88	4	252	31	20	8	38	1.83
120750--120941	89	2.2	90	86	8	279	31	21	8	38	1.83
130037--130117	23	3.8	22	80	9	87	23	32	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130037--130098	23	2.7	23	90	2	90	22	32	24	20	1.98
130082--130121	19	2.2	19	86	4	55	20	32	32	15	1.93
132543--133471	463	2.0	463	92	1	1560	29	16	16	37	1.91
134036--134206	90	1.9	89	92	3	290	38	11	6	44	1.66
138342--138597	138	1.9	138	87	4	383	28	12	17	41	1.85
141601--141656	22	2.5	22	80	8	60	41	17	21	19	1.91
142150--142321	47	3.8	45	84	6	229	33	22	6	37	1.81
142426--142507	40	2.0	40	92	0	137	32	25	17	24	1.96
147151--147240	43	2.1	43	82	14	105	71	5	8	14	1.30
155788--155843	2	27.5	2	89	3	85	50	3	0	46	1.19
156060--156123	29	2.3	26	81	7	65	53	7	6	32	1.55
178441--178581	76	1.9	76	89	5	223	26	2	12	59	1.44
179202--179244	17	2.4	18	84	3	61	25	6	0	67	1.15
189794--189864	17	4.1	17	73	7	54	40	11	11	36	1.77
189838--189884	20	2.5	18	87	12	76	42	14	6	36	1.72
189845--189884	20	2.0	20	100	0	80	40	15	5	40	1.68
193844--193886	17	2.5	17	84	0	59	41	4	11	41	1.62
193896--193936	20	2.0	20	100	0	82	41	14	9	34	1.79
199910--199952	20	2.3	19	84	8	52	37	6	30	25	1.82
201882--201967	32	2.7	32	81	3	102	47	6	2	43	1.43
208997--209037	21	2.0	20	86	9	57	34	2	7	56	1.40
209665--209696	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210081--210117	19	1.9	19	94	0	65	29	18	18	32	1.96
210184--210254	36	2.0	36	94	0	124	21	23	22	32	1.98
215135--215208	3	24.7	3	91	5	123	66	1	0	32	1.00
215542--215597	17	3.2	17	69	18	51	19	21	8	50	1.75
215525--216086	113	5.0	112	83	5	692	30	18	13	37	1.90
215525--216083	229	2.5	225	92	2	930	29	18	13	37	1.90
216812--217203	83	4.7	84	92	2	614	36	21	13	28	1.91
218342--218422	8	9.7	9	82	15	95	0	16	0	83	0.64
218359--218420	1	62.0	1	73	0	52	0	12	0	87	0.55
218341--218423	17	5.2	16	83	12	100	0	16	0	83	0.65
218341--218423	31	2.6	31	85	12	114	0	16	0	83	0.65
218341--218419	7	11.0	7	77	11	72	0	16	0	83	0.65
231063--231114	3	17.7	3	92	4	88	65	1	0	32	1.04
233657--233693	18	2.0	20	89	10	60	27	0	5	67	1.12
234736--234767	15	2.1	15	94	0	55	53	12	6	28	1.62
239305--239380	22	3.6	22	92	5	122	34	15	19	30	1.93
242649--243125	111	4.3	112	93	2	759	35	12	18	33	1.89
242649--243125	56	8.6	56	89	2	732	35	12	18	33	1.89
249680--249719	7	5.7	7	82	11	55	15	17	10	57	1.64
252292--252321	15	2.0	15	100	0	60	80	0	20	0	0.72
254575--254986	92	4.6	92	88	6	646	26	12	24	36	1.91
254575--254986	175	2.3	179	91	4	654	26	12	24	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254819--255016	92	2.1	92	87	2	290	29	13	22	34	1.92
257506--257560	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
257962--258864	113	8.0	113	87	5	1161	37	14	19	28	1.91
257998--258866	227	3.8	228	89	3	1208	37	14	19	28	1.91
257998--258866	340	2.6	337	91	2	1346	37	14	19	28	1.91
262560--262677	56	2.1	56	98	1	227	25	20	24	29	1.99
264316--264367	19	2.7	19	87	3	68	34	17	30	17	1.93
264779--265143	56	6.6	56	87	3	517	36	12	17	33	1.87
264762--265128	109	3.3	108	86	7	483	36	12	18	32	1.89
264779--265143	165	2.2	165	87	2	511	36	12	17	33	1.87

Tables:   1   2