genome.fa.s9221.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009221.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  265395

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6833--6884	24	2.2	24	82	0	59	46	7	21	25	1.77
10910--10951	16	2.6	17	81	11	52	50	2	2	45	1.27
14254--14286	17	1.9	17	88	11	50	0	3	30	66	1.06
20944--20974	16	2.0	16	93	6	55	38	22	19	19	1.93
24915--24946	6	5.3	6	92	0	55	0	18	50	31	1.48
25024--25093	19	3.5	19	70	11	68	41	21	18	18	1.91
25021--25134	41	2.8	41	91	4	185	40	22	19	17	1.91
25043--25114	22	3.4	22	73	11	87	38	25	18	18	1.92
37154--37218	33	1.9	33	81	9	78	46	3	4	46	1.39
39927--40046	42	2.9	42	97	0	222	15	20	19	45	1.86
40235--40295	22	2.8	23	82	7	65	47	0	0	52	1.00
40218--40302	23	3.2	26	72	23	70	51	0	0	48	1.00
40317--40411	42	2.3	42	88	0	136	47	16	17	17	1.83
41056--41137	39	2.1	40	95	2	148	32	3	14	48	1.61
41300--41419	42	2.9	42	96	0	222	15	20	19	45	1.86
41600--41701	30	3.4	29	74	12	73	50	0	0	47	1.14
41593--41665	8	9.1	8	77	12	53	49	0	0	50	1.00
41614--41759	52	2.7	53	79	15	151	47	0	1	50	1.14
41618--41694	31	2.5	31	83	12	95	49	1	0	49	1.09
41693--41778	24	3.3	27	80	16	92	43	1	2	53	1.21
41895--41944	20	2.5	20	93	0	91	36	14	10	40	1.79
41895--41953	20	3.0	20	87	0	64	35	15	8	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41927--42038	15	7.5	15	91	2	163	34	19	7	38	1.79
41927--42043	45	2.6	45	93	1	191	33	19	6	40	1.78
49677--49707	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
50686--50759	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
52674--52733	31	1.9	31	96	0	111	20	18	18	43	1.88
56224--56606	32	11.9	33	84	5	464	35	20	16	28	1.94
56214--56606	64	6.2	64	86	2	515	35	19	16	27	1.93
61182--61229	21	2.2	22	88	3	71	25	27	18	29	1.98
61868--62116	32	7.8	32	83	5	276	35	20	16	27	1.94
71359--71384	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
76387--76640	136	1.9	136	80	4	298	27	12	25	35	1.92
78195--78246	19	2.8	19	97	2	97	50	23	17	9	1.75
78194--78369	21	8.8	20	74	7	90	39	25	17	18	1.91
78336--78489	20	7.7	20	79	7	159	37	26	17	18	1.93
78336--78490	40	3.8	40	80	4	177	38	26	17	18	1.92
78870--78940	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
79020--79094	20	3.8	20	80	5	89	42	20	24	13	1.87
79078--79134	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
79032--79150	33	3.4	33	88	6	157	44	22	22	10	1.82
79032--79120	19	4.9	19	73	15	80	43	21	23	11	1.84
79146--79238	19	5.1	19	72	15	79	11	24	20	43	1.85
79175--79236	20	3.2	20	79	4	81	12	24	19	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80932--81491	93	6.1	93	98	1	1081	21	12	19	46	1.83
80932--81491	185	3.0	186	98	1	1081	21	12	19	46	1.83
81539--81666	19	7.3	19	73	17	116	46	28	17	7	1.76
81575--81666	33	2.8	32	90	6	141	45	28	18	7	1.76
81662--81730	19	3.6	19	86	5	86	11	17	26	44	1.82
83652--83687	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
83794--83924	19	7.4	19	79	17	165	45	17	22	13	1.84
83831--83885	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
83812--83904	33	2.8	33	100	0	186	46	18	22	12	1.83
83794--83943	53	2.8	54	87	6	193	44	18	24	13	1.85
83933--84278	19	19.7	19	76	18	331	14	20	18	46	1.84
83939--84278	53	6.5	51	75	16	281	14	20	18	46	1.83
83942--84311	158	2.4	156	94	1	659	14	20	18	46	1.84
83939--84292	33	10.2	33	70	19	231	14	20	18	46	1.83
86723--86769	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
87452--87741	20	14.5	20	88	1	321	20	17	25	37	1.94
87689--87784	20	4.7	19	78	11	84	15	18	23	41	1.89
87708--87784	21	3.8	20	79	5	82	16	19	22	41	1.90
87689--87785	42	2.4	39	86	6	122	15	18	24	41	1.89
88606--88630	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
90668--90706	20	2.0	20	84	0	51	5	17	5	71	1.23
102035--102156	61	2.0	61	93	0	208	31	18	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108998--109154	64	2.5	64	79	8	176	34	21	17	26	1.96
116905--116971	5	13.4	5	93	0	98	13	4	20	61	1.50
119109--119145	14	2.6	15	83	12	51	43	13	2	40	1.58
119276--119345	19	3.7	19	71	5	61	38	18	20	22	1.93
141131--141155	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
141191--141230	17	2.3	18	91	4	64	55	2	0	42	1.13
147707--147825	5	24.0	5	98	1	231	39	0	0	60	0.97
148112--148250	59	2.4	57	77	12	147	30	17	13	37	1.89
149136--149177	21	2.0	21	90	4	68	23	28	26	21	1.99
151214--151305	42	2.2	42	90	0	139	15	16	20	47	1.82
151508--151698	58	3.2	57	71	20	133	46	0	1	52	1.07
151570--151623	23	2.3	23	84	6	65	53	0	1	44	1.11
151525--151650	58	2.3	54	77	18	134	47	0	0	51	1.06
151655--151725	19	3.7	18	72	10	52	49	1	1	47	1.18
151720--151764	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
152124--152159	15	2.4	15	90	0	54	36	13	5	44	1.68
152132--152166	15	2.3	15	100	0	70	25	14	5	54	1.62
157508--157535	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
160243--160292	2	25.0	2	95	0	91	50	0	2	48	1.12
160322--160759	230	1.9	230	93	1	763	38	16	15	29	1.89
165918--165960	19	2.2	20	87	4	61	41	0	23	34	1.55
166516--166612	16	6.1	16	75	11	56	35	16	17	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166572--166612	15	2.6	16	92	7	75	39	14	17	29	1.89
167198--167280	16	5.2	16	74	11	53	36	16	18	28	1.93
167398--167518	60	2.0	60	100	0	242	32	28	8	31	1.86
168976--169111	60	2.4	55	82	11	166	58	5	8	27	1.50
180781--180820	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
180803--180852	23	2.3	22	82	6	57	54	2	2	42	1.23
186282--186312	16	1.9	16	100	0	62	19	25	12	41	1.87
186283--186329	16	2.9	16	87	6	51	23	21	12	42	1.87
186538--186567	9	3.3	9	100	0	60	63	0	0	36	0.95
186611--186660	23	2.1	24	92	3	84	46	0	4	50	1.20
186828--186868	7	5.9	7	85	0	55	21	0	34	43	1.53
186828--186868	14	2.9	14	88	0	64	21	0	34	43	1.53
186829--186868	21	1.9	21	94	0	71	22	0	32	45	1.53
186828--186895	28	2.4	28	82	0	82	25	1	29	44	1.63
186828--186895	14	4.9	14	73	7	57	25	1	29	44	1.63
186979--187012	2	17.0	2	88	11	52	47	2	0	50	1.16
187512--187551	2	19.0	2	85	10	53	45	2	2	50	1.28
186744--187969	539	2.2	539	91	3	1919	35	9	12	42	1.75
187921--187990	7	10.1	7	75	3	52	20	1	34	44	1.60
187945--187990	21	2.2	21	84	7	58	19	2	32	45	1.62
188373--188446	21	3.5	21	90	0	112	16	0	35	48	1.46
188377--188446	7	10.0	7	73	11	54	15	0	35	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188427--188529	48	2.1	50	80	5	120	33	6	11	48	1.66
188528--188585	2	29.0	2	93	6	100	48	1	0	50	1.11
190663--190744	23	3.5	23	84	1	110	20	28	25	25	1.99
191999--192050	2	27.0	2	88	7	72	46	0	1	51	1.12
192074--192100	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
192074--192116	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
192491--192538	2	24.0	2	87	8	71	45	0	2	52	1.12
192683--192718	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
192682--192755	14	5.0	15	82	9	55	50	1	0	48	1.09
192753--192777	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51

Tables:   1   2