genome.fa.s9233.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009233.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112852_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  663203

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--98	7	14.0	7	94	4	144	14	53	28	4	1.59
103--173	7	10.6	7	93	6	121	28	56	0	15	1.40
59--120	21	3.0	21	76	4	54	17	46	22	12	1.82
169--463	7	43.6	7	91	3	376	31	45	8	14	1.76
467--497	14	2.3	13	89	10	53	22	61	16	0	1.34
509--553	7	6.4	7	100	0	90	13	60	26	0	1.34
18620--18725	32	3.3	32	95	0	185	37	21	12	28	1.90
21213--21277	34	1.9	34	96	0	121	32	29	30	7	1.85
21365--21455	24	3.8	24	82	2	121	37	18	16	27	1.92
21365--21455	47	1.9	48	88	2	139	37	18	16	27	1.92
31837--31887	18	2.7	19	80	17	61	74	1	5	17	1.11
32070--32108	16	2.4	17	86	4	53	74	0	5	20	1.01
32101--32134	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
32254--32311	21	3.0	20	82	7	66	62	0	5	32	1.18
32275--32311	18	2.1	18	90	10	58	64	0	2	32	1.07
33621--33730	36	3.1	36	79	12	129	40	16	20	22	1.91
33631--33719	34	2.6	34	87	7	117	43	19	19	17	1.88
33757--34072	103	3.1	101	84	3	407	38	13	18	29	1.89
34046--34086	21	2.0	21	85	4	57	36	9	21	31	1.86
43958--44048	33	2.8	33	89	1	139	37	20	10	30	1.88
47718--47855	69	2.0	69	90	2	215	24	13	23	38	1.91
47927--47977	13	3.8	14	82	15	63	3	17	3	74	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47927--47979	28	2.0	26	89	10	81	3	16	3	75	1.10
51205--51243	16	2.4	17	86	4	53	74	0	5	20	1.01
51370--51412	2	22.0	2	88	4	61	51	2	2	44	1.27
51370--51435	14	4.5	15	85	7	75	57	1	1	39	1.17
51788--51847	21	2.8	21	92	2	93	6	21	13	58	1.58
53479--53527	17	2.9	17	78	0	62	36	6	12	44	1.67
53802--53858	25	2.3	25	93	3	98	31	22	10	35	1.88
56507--56549	15	2.9	15	89	0	59	0	58	0	41	0.98
57147--57177	16	1.9	16	100	0	62	32	12	12	41	1.81
68830--68878	22	2.1	24	85	7	66	53	4	2	40	1.32
68822--68879	24	2.4	24	77	5	64	51	3	1	43	1.28
76184--76268	39	2.3	35	78	13	98	49	4	11	34	1.60
78004--78050	18	2.7	18	80	9	53	6	10	4	78	1.06
82327--82364	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
82574--82614	18	2.3	18	87	4	57	24	2	0	73	0.96
93729--94566	105	8.0	105	90	2	1276	32	25	19	22	1.97
95975--95999	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55
96205--96246	2	21.0	2	85	0	57	52	0	0	47	1.00
96461--96502	9	5.1	8	81	13	50	23	2	0	73	0.94
96461--96500	18	2.3	18	87	8	57	25	2	0	72	0.97
108677--108705	12	2.5	12	94	5	51	20	34	0	44	1.52
108897--108936	20	2.0	21	90	5	64	40	22	5	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110274--110318	22	2.0	22	86	0	63	22	11	22	44	1.84
119997--120203	109	1.9	109	82	5	258	44	9	8	37	1.66
120309--120376	20	3.3	20	72	10	50	64	5	2	26	1.30
121610--121650	3	13.7	3	90	10	66	65	0	0	34	0.93
122198--122238	6	6.8	6	91	0	55	51	0	0	48	1.00
127696--127729	18	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
129216--129252	19	1.9	19	88	0	56	56	0	8	35	1.29
131218--131266	20	2.5	20	100	0	98	28	24	6	40	1.79
133574--133751	39	4.3	39	73	12	115	29	24	29	16	1.96
133605--133693	46	1.9	46	88	0	133	29	24	30	15	1.96
133574--133730	85	1.8	85	84	2	217	30	24	29	15	1.96
155769--155809	16	2.6	15	85	11	55	43	0	0	56	0.99
156205--156254	24	2.1	24	84	0	64	46	0	20	34	1.51
157137--157184	18	2.8	17	84	12	62	47	0	45	6	1.27
164466--164577	59	1.9	59	92	0	188	36	14	15	33	1.87
166085--166312	103	2.2	103	98	0	438	30	10	17	42	1.82
177259--177396	29	4.7	28	74	11	100	42	8	9	39	1.68
177948--178081	59	2.3	56	81	6	144	49	13	14	23	1.78
182236--182409	86	2.0	86	94	0	303	37	17	17	27	1.92
192615--192641	12	2.2	12	100	0	54	29	0	14	55	1.40
192614--192675	24	2.5	24	82	7	63	32	0	6	61	1.21
208568--208616	26	2.0	25	88	8	73	32	6	14	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217023--217154	59	2.2	60	84	9	164	34	16	16	31	1.92
217383--217515	60	2.2	60	81	10	157	32	12	16	38	1.87
217382--217704	176	1.8	176	88	0	493	34	12	15	37	1.85
221326--221384	31	1.9	31	86	6	84	25	8	15	50	1.71
224539--224595	13	4.5	13	70	16	57	22	17	7	52	1.68
224505--224615	37	3.0	37	90	1	168	19	15	12	52	1.74
224759--224820	23	2.7	23	90	5	90	14	4	12	67	1.38
224781--224832	23	2.3	23	89	0	77	17	3	13	65	1.41
225563--225635	38	1.9	38	85	0	101	39	12	19	28	1.88
228688--228755	30	2.2	31	94	2	120	38	20	17	23	1.93
228768--228810	18	2.4	18	96	0	77	37	20	4	37	1.74
240234--240268	18	1.9	18	88	0	52	45	11	5	37	1.64
254002--254101	40	2.5	40	79	6	130	51	13	13	23	1.75
255315--255349	7	5.0	7	100	0	70	42	14	42	0	1.45
255665--255699	11	3.0	12	91	8	63	17	17	17	48	1.81
259271--259310	19	2.1	19	100	0	80	25	27	5	42	1.75
260888--260918	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
261065--261097	16	2.1	16	94	0	57	42	21	12	24	1.86
263040--263065	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
267017--267054	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
269867--269891	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
271720--271801	29	2.8	30	80	5	89	21	19	14	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274749--274872	42	3.0	41	82	5	151	20	23	15	40	1.91
275505--275573	32	2.2	32	84	5	95	50	20	20	8	1.74
282661--282763	34	3.0	34	100	0	206	23	11	23	41	1.87
283028--283082	23	2.3	23	84	9	67	50	1	0	47	1.11
284360--284387	8	3.5	8	100	0	56	25	0	14	60	1.34
284500--284865	158	2.3	157	84	4	479	30	17	6	45	1.75
284486--284865	157	2.4	157	84	5	394	30	17	6	45	1.73
285031--285096	20	3.4	21	75	10	61	43	0	4	51	1.22
292411--292459	24	2.0	24	92	0	80	32	14	18	34	1.91
295223--295255	16	2.1	16	88	11	50	33	3	0	63	1.10
296601--296649	24	2.0	24	100	0	98	36	30	16	16	1.91
297759--297987	116	2.0	114	89	3	352	39	17	12	30	1.86
299767--299985	90	2.4	89	90	3	330	42	16	14	26	1.86
317642--317804	64	2.5	64	83	9	181	33	20	20	25	1.97
319016--319054	16	2.4	16	100	0	78	35	15	15	33	1.89
319172--319311	22	6.4	22	91	0	217	16	25	29	29	1.97
322454--322548	32	3.0	32	84	0	100	37	11	18	31	1.87
322499--322613	32	3.6	31	78	12	110	35	14	19	30	1.92
327023--327259	117	2.0	117	100	0	474	15	25	30	28	1.96
329325--329468	60	2.4	59	73	13	139	32	23	7	36	1.83
329567--329668	31	3.4	31	70	10	102	35	3	25	35	1.75
329541--329698	60	2.6	60	84	5	212	37	5	22	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330790--330878	33	2.7	33	98	0	169	39	21	12	26	1.89
332711--332745	4	8.8	4	100	0	70	25	0	22	51	1.48
333323--333390	4	17.2	4	78	3	75	26	4	22	47	1.70
333642--333712	31	2.3	31	87	0	97	38	18	11	32	1.86
334596--335089	247	2.0	247	98	0	963	36	11	17	35	1.85
336027--336102	25	3.0	25	73	7	82	39	36	1	22	1.63
336027--336148	50	2.4	51	84	1	147	35	34	1	28	1.67
336361--336457	50	1.9	50	89	4	151	23	36	18	21	1.95
336866--336927	29	2.2	29	88	8	92	32	9	20	37	1.86
337518--337546	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3