genome.fa.s9273.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009273.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112949_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  227370

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11378--11405	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
12432--12467	16	2.2	16	95	0	63	22	13	0	63	1.29
13703--13729	6	4.5	6	100	0	54	14	18	14	51	1.76
20854--20878	6	4.2	6	100	0	50	16	16	52	16	1.76
21783--21824	22	2.0	21	86	13	59	16	23	19	40	1.91
23426--23460	16	2.2	16	89	0	52	54	20	0	25	1.45
24708--24794	38	2.4	37	84	5	122	50	2	0	47	1.13
44200--44248	21	2.5	20	76	6	55	46	0	2	51	1.12
44349--44487	77	1.9	74	86	8	203	35	18	25	20	1.96
62085--62113	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
62436--62507	27	2.5	27	82	11	81	45	6	5	41	1.54
63428--63490	20	3.0	20	73	15	56	39	1	1	57	1.18
66220--66263	22	2.0	23	86	4	63	50	2	4	43	1.35
76247--76311	30	2.2	30	85	0	85	18	24	33	23	1.96
82574--82607	16	2.1	16	94	0	59	38	23	5	32	1.79
90861--90913	18	3.1	18	76	15	58	35	0	1	62	1.06
91786--91818	17	2.0	16	94	5	57	63	18	12	6	1.48
93676--93801	2	64.5	2	70	24	74	51	6	1	40	1.37
93676--93799	12	10.8	11	75	18	94	51	6	1	40	1.37
93675--93801	9	13.1	9	71	22	66	51	6	1	40	1.36
93675--93769	5	18.2	5	74	21	72	51	5	2	41	1.36
93725--93805	7	12.3	7	74	21	52	51	7	0	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94135--94321	93	2.0	93	98	0	365	47	11	7	33	1.67
104354--104408	4	13.8	4	78	0	56	38	27	9	25	1.86
104351--104408	12	4.8	12	82	0	71	37	25	10	25	1.88
104358--104400	8	5.4	8	100	0	86	37	25	11	25	1.90
128025--128067	3	14.3	3	95	0	77	62	0	2	34	1.08
128389--129054	113	5.9	113	96	0	1208	30	19	13	37	1.90
129674--129854	83	2.2	83	92	3	301	35	20	14	28	1.93
130623--130662	16	2.5	16	88	8	55	52	7	7	32	1.58
130978--131046	15	4.5	15	78	20	72	2	18	0	78	0.88
130983--131053	16	4.4	16	76	15	67	2	18	0	78	0.86
130978--131056	31	2.6	29	79	16	88	2	20	0	77	0.89
131014--131056	14	3.2	13	87	9	59	0	20	0	79	0.74
130979--131057	33	2.4	33	83	12	101	2	20	0	77	0.89
138315--138347	14	2.3	15	94	5	59	51	3	0	45	1.16
141640--141676	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
141667--141717	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
143910--143979	3	23.3	3	94	0	122	62	0	2	34	1.10
144979--145021	19	2.5	17	82	17	54	58	2	4	34	1.32
145308--145393	24	3.5	24	80	12	77	34	15	17	32	1.91
145299--145373	24	2.9	25	76	17	73	29	16	18	36	1.92
145332--145393	27	2.4	26	81	7	65	35	16	17	30	1.92
145907--145959	22	2.4	22	93	0	88	20	30	9	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151822--151864	21	2.0	23	86	9	63	53	0	0	46	1.00
153697--153755	29	2.0	29	96	0	109	35	18	3	42	1.67
154289--154388	43	2.4	42	81	8	105	32	18	24	26	1.97
160805--160838	3	11.0	3	93	6	59	64	0	35	0	0.94
166050--166088	19	2.0	20	85	5	53	35	7	0	56	1.28
172031--172057	14	1.9	14	100	0	54	37	18	14	29	1.91
173083--173121	4	9.8	4	94	0	51	25	7	23	43	1.80
180383--180429	26	1.9	26	83	12	64	48	12	4	34	1.61
180318--180815	268	1.8	271	88	2	759	36	15	17	29	1.91
186838--186913	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
187533--187561	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
187582--187633	26	2.0	26	92	0	86	57	9	13	19	1.63
190569--190602	4	8.5	4	93	0	59	47	23	2	26	1.66
196794--196831	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
197097--197155	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
200685--200712	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
200977--201035	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
204565--204609	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
210287--210331	21	2.1	21	100	0	90	22	24	20	33	1.97
210294--210339	21	2.2	21	88	0	65	26	23	21	28	1.99
210327--210600	20	13.6	20	72	6	131	37	23	18	20	1.94
210388--210598	40	5.2	41	86	2	275	36	23	18	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210346--210600	121	2.1	121	84	5	338	36	24	18	20	1.94
210346--210600	61	4.2	59	74	7	201	36	24	18	20	1.94
211137--211215	20	3.9	21	86	5	94	51	17	18	11	1.75
211197--211261	14	4.3	14	73	17	58	46	21	23	9	1.80
211192--211272	33	2.5	33	93	0	135	46	22	20	9	1.80
211273--211347	33	2.2	33	90	2	114	10	18	22	48	1.79
211324--211361	14	2.7	14	91	0	67	7	23	23	44	1.79
211436--211490	25	2.2	26	81	15	71	18	9	18	54	1.69
213059--213626	94	6.1	94	96	0	1023	20	13	19	46	1.83
213723--213770	19	2.5	19	100	0	96	45	22	20	10	1.81
213832--213883	19	2.6	21	78	6	63	13	17	21	48	1.81
214336--214402	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
214284--214402	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
215879--215977	19	5.8	17	70	26	59	47	20	20	12	1.81
215879--215970	33	2.8	33	93	3	150	46	20	19	13	1.83
215911--215987	19	4.3	19	78	18	85	46	22	16	14	1.83
215983--216048	19	3.7	19	71	19	70	10	22	19	46	1.80
216008--216061	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
215987--216061	33	2.3	33	97	0	141	10	24	20	45	1.82
216000--216081	33	2.5	33	87	2	110	13	21	20	43	1.86
216054--216127	20	3.7	20	69	16	62	24	14	25	35	1.94
218592--218645	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218592--218659	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
219977--220049	20	3.6	20	79	3	83	16	15	24	43	1.86
219995--220085	21	4.4	21	78	9	98	18	16	26	38	1.92
219973--220085	41	2.8	41	84	1	156	18	16	24	39	1.91
220094--220144	20	2.5	20	90	6	77	13	19	25	41	1.88
220116--220173	29	2.0	29	100	0	116	13	20	27	37	1.91
220148--220240	21	4.5	21	72	11	75	21	19	20	38	1.93
220225--220277	20	2.7	19	74	8	61	16	18	32	32	1.94

Tables:   1

The End!