genome.fa.s9276.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009276.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  285815

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 240 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135139--135267	19	7.3	19	73	17	116	45	27	17	9	1.78
135175--135267	33	2.8	32	90	4	141	46	26	18	8	1.78
135139--135267	52	2.5	52	74	12	138	45	27	17	9	1.78
135263--135435	19	9.6	19	78	12	168	10	19	23	46	1.81
135285--135341	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
135263--135435	33	4.8	38	82	5	168	10	19	23	46	1.81
137350--137385	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
137490--137587	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
137490--137606	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
137596--137817	19	12.7	19	77	18	250	15	20	18	45	1.85
137596--137817	52	4.2	52	83	12	294	15	20	18	45	1.85
137602--137789	71	2.7	69	84	9	156	14	21	17	46	1.83
137634--137850	71	3.1	70	90	3	307	14	20	18	46	1.84
137653--137831	33	5.2	33	85	10	243	13	20	18	46	1.83
140112--140148	12	3.1	12	100	0	74	0	27	0	72	0.84
140323--140369	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
141052--141281	20	11.5	20	85	1	237	19	18	24	36	1.94
141268--141350	21	4.0	21	75	6	78	25	15	24	34	1.95
141248--141346	42	2.4	43	77	11	100	21	17	23	38	1.93
143319--143370	27	1.9	27	84	7	70	57	0	3	38	1.17
152581--152720	74	1.9	74	89	0	217	35	24	23	17	1.95
152574--152874	72	4.1	72	78	3	237	31	22	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152672--152898	72	3.2	72	73	7	226	29	20	26	22	1.98
153422--153503	22	3.9	22	88	6	125	46	2	8	42	1.47
153422--153503	43	2.0	41	90	4	128	46	2	8	42	1.47
153476--153535	29	2.1	29	90	6	97	46	0	6	46	1.29
153552--153593	19	2.3	18	91	4	66	4	9	0	85	0.72
161415--161467	18	2.9	18	82	0	70	18	22	28	30	1.98
161862--161901	21	1.9	21	85	10	55	55	0	17	27	1.43
166740--166829	18	4.8	18	82	8	108	20	17	32	30	1.95
167224--167264	22	1.9	22	85	5	57	53	0	19	26	1.45
172098--172156	21	3.0	21	85	7	79	23	20	28	27	1.99
172548--172587	21	1.9	21	85	10	55	55	0	17	27	1.43
174072--174210	74	1.9	74	83	3	181	38	20	20	20	1.94
174164--174416	72	3.5	71	73	5	179	37	21	20	20	1.95
176849--176887	13	2.8	13	84	7	51	71	2	2	23	1.10
178785--178832	18	2.7	18	76	0	51	16	20	25	37	1.93
181338--181374	18	2.1	18	89	0	56	45	5	29	18	1.72
187925--187970	18	2.6	18	78	0	56	41	17	0	41	1.49
187986--188068	30	2.8	30	71	15	82	36	7	1	55	1.35
188029--188117	32	2.8	32	77	1	99	46	4	0	49	1.22
187986--188138	31	5.0	30	73	7	112	39	6	1	52	1.36
188163--188235	30	2.4	30	90	2	119	52	0	8	39	1.32
188163--188265	31	3.6	30	78	15	119	51	0	8	39	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188198--188257	24	2.5	23	84	10	75	53	0	8	38	1.31
188174--188282	54	2.0	56	85	3	150	51	0	8	40	1.32
188198--188282	29	3.3	24	73	17	71	55	0	7	37	1.27
188228--188439	30	7.2	29	73	9	103	51	1	9	36	1.45
188240--188383	60	2.4	59	80	6	157	52	1	9	36	1.42
189571--189622	20	2.6	20	90	0	77	26	26	19	26	1.99
190171--190215	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
190211--190395	19	10.1	19	76	14	165	11	21	22	44	1.85
190211--190395	33	5.1	38	78	12	165	11	21	22	44	1.85
190338--190395	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
192397--192518	42	2.9	41	81	2	127	22	36	18	22	1.95
192456--192518	21	3.0	21	70	9	65	22	36	20	20	1.95
193339--193396	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
193323--193401	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
193408--193489	18	4.6	19	80	14	95	12	20	21	45	1.84
193408--193519	33	3.1	35	75	19	97	13	22	22	41	1.88
193474--193527	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
193408--193527	19	6.6	19	75	16	92	13	21	23	41	1.88
194000--194039	17	2.3	17	91	4	62	12	12	47	27	1.77
195354--195391	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
195655--195697	22	2.0	22	95	0	77	18	16	44	20	1.87
195904--195981	41	1.9	41	89	0	120	23	15	21	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195865--195978	20	5.7	20	77	6	88	25	16	23	34	1.95
195967--196040	21	3.6	21	79	3	96	16	25	18	39	1.91
195947--196059	41	2.8	41	90	2	156	19	23	20	37	1.95
195967--196059	20	4.6	20	77	4	87	17	24	19	38	1.92
196645--196694	18	2.7	20	76	17	54	64	0	12	24	1.27
204882--205188	153	2.0	152	95	4	557	56	8	11	24	1.61
206103--206208	36	2.9	36	84	0	149	16	23	24	35	1.94
209940--210013	17	4.0	18	72	17	71	37	12	12	37	1.80
209940--210035	39	2.4	41	89	3	151	37	13	12	36	1.83
209996--210081	24	3.5	23	77	17	84	37	16	16	30	1.91
210530--210814	82	3.4	82	76	14	207	50	3	7	38	1.48
210580--210814	82	2.9	82	77	10	241	52	3	6	37	1.46
211567--211606	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
218062--218089	12	2.3	12	100	0	56	42	0	42	14	1.45
219586--219674	40	2.2	39	77	13	92	48	3	0	48	1.18
219646--219692	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
219809--219877	19	3.6	18	71	21	52	49	1	1	47	1.19
219741--219878	54	2.5	54	78	15	140	50	0	1	47	1.15
219772--219857	27	3.1	27	71	18	70	47	0	2	50	1.14
219656--219868	103	2.1	101	77	16	219	48	1	1	48	1.19
219955--220022	34	2.0	35	82	8	86	50	2	0	47	1.16
220268--220297	14	2.1	14	93	0	51	36	20	6	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224764--224832	2	38.0	2	77	18	62	43	0	0	56	0.99
224762--224855	12	7.8	13	73	16	78	42	0	1	56	1.06
224794--224819	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
224772--224864	25	3.7	25	81	4	98	41	0	1	56	1.06
226913--227048	37	3.8	36	85	9	170	41	13	14	30	1.85
227580--227614	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
230833--230904	22	3.2	22	77	11	58	76	6	13	2	1.10
231492--231535	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
232485--232728	36	6.9	36	77	10	218	25	18	14	41	1.88
233401--234061	105	6.3	105	89	2	918	33	25	18	22	1.97
234609--234744	37	3.8	36	85	9	170	41	13	14	30	1.85
235239--235276	20	1.9	20	88	0	58	28	7	0	63	1.23
235268--235308	21	2.1	19	86	9	55	26	7	0	65	1.18
238792--238868	31	2.5	31	97	0	145	44	10	14	31	1.79
246611--246647	13	2.8	13	100	0	74	45	0	24	29	1.53
247934--248016	29	2.8	29	78	8	87	33	14	6	45	1.69
255956--255986	16	1.9	16	93	0	53	35	0	6	58	1.24
263556--263903	83	4.0	82	73	14	297	25	18	13	42	1.87
264442--264490	22	2.2	22	88	0	71	40	18	8	32	1.80
266042--266077	17	2.1	17	100	0	72	30	16	5	47	1.70
268953--269003	24	2.1	24	85	7	68	23	1	13	60	1.43
269480--269533	22	2.5	22	96	0	99	16	12	0	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269479--269531	11	4.8	11	78	0	61	16	11	0	71	1.13
269989--270019	16	1.9	16	100	0	62	77	0	3	19	0.90
270496--270545	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
273808--273882	26	3.2	25	71	22	81	70	0	17	12	1.16
273812--273891	26	3.1	27	75	12	78	67	0	18	13	1.23
274129--274164	18	2.0	18	100	0	72	50	27	0	22	1.50
278787--278826	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
279057--279095	19	2.1	19	85	0	51	20	33	15	30	1.94
279043--279202	63	2.5	63	82	4	178	31	23	16	29	1.96
284972--285027	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97

Tables:   1   2

The End!