genome.fa.s9281.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009281.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112968_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  390849

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17936--17992	18	3.0	18	80	14	78	28	12	10	49	1.73
17936--17992	21	3.0	20	82	12	75	28	12	10	49	1.73
18449--18509	21	2.9	21	92	4	97	39	36	9	14	1.80
25522--25554	16	2.1	16	100	0	66	36	18	18	27	1.94
28421--28478	19	2.8	20	85	12	73	22	31	24	22	1.99
28421--28479	23	2.8	20	87	10	75	22	32	23	22	1.98
36153--36187	18	1.9	18	94	0	61	22	25	25	25	2.00
38980--39113	67	2.0	67	98	0	259	32	12	11	42	1.80
43163--43187	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
64729--64765	12	3.4	11	89	10	58	0	10	5	83	0.79
70352--70386	12	3.0	11	88	12	52	85	11	0	2	0.69
72940--72982	10	4.3	10	84	0	59	60	2	0	37	1.10
81181--81251	27	2.6	25	75	14	70	43	1	2	52	1.24
99611--99644	16	2.1	17	94	5	61	20	29	11	38	1.88
104234--104373	72	1.9	72	89	0	217	25	20	19	35	1.96
107399--107441	22	2.0	22	100	0	86	37	9	13	39	1.78
108087--108176	44	2.0	46	86	6	130	22	22	23	32	1.98
108184--108286	45	2.3	45	87	0	143	27	20	19	33	1.97
108087--108484	121	3.3	121	90	2	604	26	20	20	32	1.97
108305--108407	45	2.3	45	88	5	147	29	22	18	30	1.97
108350--108566	76	2.9	76	88	4	282	26	19	19	33	1.96
108510--108659	45	3.4	45	88	0	221	24	22	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110304--110337	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
114329--114356	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
115647--115696	14	3.5	14	78	5	55	32	18	4	46	1.67
124240--124291	27	1.9	27	100	0	104	34	19	19	26	1.95
133606--133696	25	3.6	25	74	12	71	76	1	16	5	1.02
134210--134612	116	3.5	115	78	7	352	37	14	23	24	1.93
135323--135404	19	4.3	19	84	0	101	26	31	26	14	1.95
135349--135417	19	3.6	19	86	0	57	28	31	20	18	1.96
142217--142247	16	1.9	16	100	0	62	29	25	6	38	1.81
143585--143712	8	16.4	8	72	24	62	35	5	2	57	1.35
143593--143763	22	7.7	22	69	23	85	35	6	3	54	1.43
143602--143918	14	21.8	14	68	25	87	36	6	3	52	1.44
143575--143752	35	5.2	34	75	19	133	35	6	2	54	1.41
143585--143746	43	3.8	42	77	16	138	35	6	3	55	1.40
143698--143763	34	1.9	35	87	3	98	34	7	4	53	1.50
143769--143795	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
143808--143919	47	2.4	47	92	4	183	37	7	3	51	1.47
143615--143939	21	16.2	20	71	21	86	37	6	3	52	1.44
143602--143931	27	12.9	25	70	19	122	36	6	3	53	1.44
143886--144010	22	6.0	22	70	19	72	44	6	2	47	1.42
143934--144010	20	3.8	20	79	10	93	48	5	2	44	1.39
144379--144432	28	2.0	28	82	10	67	25	11	3	59	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145858--145899	18	2.3	18	91	0	66	52	7	11	28	1.64
146461--146529	29	2.4	29	76	13	70	24	14	2	57	1.51
150081--150195	30	3.8	30	77	11	110	35	8	0	54	1.37
150088--150211	59	2.1	58	79	11	137	36	8	0	54	1.38
150248--150317	28	2.4	30	83	9	90	37	4	1	57	1.27
150356--150432	29	2.5	31	77	8	86	49	1	7	41	1.40
150430--150488	30	1.9	31	89	3	93	55	1	6	35	1.36
154951--154975	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
155191--155239	19	2.4	21	86	10	75	46	0	0	53	1.00
155189--155238	16	3.1	16	77	13	57	44	0	0	56	0.99
155189--155242	6	9.3	6	82	11	51	44	0	0	55	0.99
155249--155424	31	5.8	31	93	3	286	48	31	11	7	1.67
155249--155424	61	2.9	61	94	0	298	48	31	11	7	1.67
156373--156432	26	2.4	24	71	15	59	50	0	3	46	1.18
165698--165984	131	2.2	131	84	2	360	39	17	19	23	1.92
166144--166212	28	2.4	29	95	4	122	40	30	0	28	1.57
166139--166215	33	2.3	34	90	4	120	40	27	0	32	1.57
166144--166212	15	4.7	15	78	7	88	40	30	0	28	1.57
166134--166220	5	17.8	5	89	4	70	40	24	0	35	1.55
171802--171988	40	4.4	42	71	11	103	25	17	31	26	1.97
171646--171990	131	2.6	130	83	5	435	26	17	30	26	1.97
171624--171990	132	2.8	133	81	6	451	25	16	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172010--172191	36	5.4	36	66	22	117	41	10	19	28	1.85
172011--172204	65	3.0	65	89	2	273	42	10	19	27	1.84
179447--179493	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
189810--189903	7	13.1	7	71	15	59	75	0	17	7	1.02
189808--189903	14	6.8	14	74	15	83	75	0	17	7	1.03
193008--193180	65	2.6	66	86	4	226	29	17	12	40	1.86
194290--194323	3	11.0	3	93	6	59	35	0	0	64	0.94
199779--199817	14	3.1	13	89	10	55	64	0	12	23	1.28
200601--200767	83	2.0	83	94	0	289	28	19	22	29	1.98
201483--201532	19	2.6	19	81	15	66	0	24	4	72	1.02
201526--201589	28	2.4	25	76	16	65	10	12	12	64	1.51
219449--219489	21	1.9	22	85	5	57	60	7	17	14	1.55
225865--225949	4	21.8	4	79	13	72	80	0	18	1	0.79
227151--227750	136	4.4	134	85	3	729	31	18	19	30	1.96
228439--228480	14	2.7	15	78	14	50	71	4	21	2	1.16
230751--230973	34	5.9	34	71	22	151	35	12	23	28	1.91
230785--230928	45	3.4	45	70	23	150	33	11	25	29	1.91
230697--230962	79	3.4	79	93	0	451	34	11	24	29	1.91
230697--231005	158	1.9	159	89	3	480	35	11	23	29	1.90
232547--232620	34	2.2	34	100	0	148	40	9	18	31	1.83
232601--232742	45	3.4	41	75	20	136	32	11	26	29	1.91
232646--232710	34	1.9	34	93	0	112	35	7	26	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232567--232755	79	2.4	79	88	0	279	35	11	24	29	1.90
234269--234320	20	2.6	19	78	6	50	32	15	30	21	1.94
234345--234415	22	3.5	20	75	16	56	29	15	28	26	1.96
234956--235042	33	2.6	34	96	3	167	39	9	20	31	1.84
234881--235121	112	2.1	113	89	3	369	36	9	22	31	1.87
235023--235164	45	3.4	41	75	20	136	32	11	26	29	1.91
234990--235177	79	2.4	79	87	0	270	35	11	23	29	1.90
235068--235132	34	1.9	34	93	0	112	35	7	26	30	1.84
234829--235177	191	1.8	191	86	0	509	36	10	22	30	1.88
241275--241343	20	3.5	20	90	4	104	33	17	30	18	1.94
241368--241438	22	3.5	20	77	9	63	28	15	29	26	1.96
241901--242123	34	5.9	34	68	20	140	33	8	25	31	1.87
241846--242153	79	3.9	79	90	0	481	34	9	25	29	1.88
245321--245427	31	3.4	30	83	8	117	43	11	0	44	1.39
246964--247115	30	5.2	29	74	17	127	38	5	1	55	1.31
247079--247156	40	2.0	41	87	5	115	48	2	0	48	1.15
247123--247184	30	2.1	30	87	0	88	38	8	0	53	1.31
247393--247543	61	2.5	59	81	12	175	48	1	11	38	1.50
247390--247534	30	4.9	29	72	12	109	49	2	11	37	1.50
247577--247630	2	27.5	2	92	3	65	44	0	7	48	1.31
251495--251540	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
252717--252757	15	2.7	15	96	0	73	41	14	7	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253357--253395	7	5.9	7	85	11	55	38	2	0	58	1.12
253356--253395	13	3.1	13	96	0	71	37	2	0	60	1.11
254374--254437	21	3.0	21	77	13	67	15	6	1	76	1.06
254375--254493	8	14.5	8	72	17	59	22	4	1	71	1.12
254375--254440	30	2.2	29	84	10	89	16	4	1	77	1.01
254412--254463	25	2.0	25	85	10	70	21	5	0	73	1.04
254378--254471	9	10.2	9	70	18	61	20	5	1	73	1.09
254418--254501	36	2.4	34	77	16	82	23	2	1	72	1.03
254487--254519	16	1.9	17	88	11	50	18	3	0	78	0.87
254598--254622	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86

Tables:   1   2