genome.fa.s9287.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009287.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112980_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  362425

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1450--1497	1	48.0	1	91	0	78	95	0	4	0	0.25
1448--1492	23	2.0	23	100	0	90	93	0	6	0	0.35
1450--1518	26	2.7	26	88	0	93	89	0	10	0	0.47
1450--1518	28	2.4	29	90	2	104	89	0	10	0	0.47
2460--2921	52	9.0	52	94	2	774	25	13	23	37	1.92
2952--3092	50	2.8	50	100	0	282	24	14	21	39	1.91
3745--4390	118	5.6	117	93	2	1040	38	15	20	26	1.92
3745--4390	233	2.8	232	92	3	1077	38	15	20	26	1.92
4530--4603	3	24.0	3	86	5	103	36	0	1	62	1.04
5919--5965	20	2.3	21	78	10	62	25	2	8	63	1.34
7342--7416	32	2.3	32	82	8	82	45	2	0	52	1.15
8127--8165	21	1.9	20	89	5	60	17	25	17	38	1.92
8127--8172	21	2.2	21	84	3	58	21	23	17	36	1.94
8299--8361	20	3.1	20	88	2	90	50	0	4	44	1.23
8826--8865	20	2.0	20	95	0	71	35	7	22	35	1.82
14896--14946	19	2.7	19	82	8	61	37	0	1	60	1.08
17239--17295	29	2.0	29	89	6	89	29	14	17	38	1.89
32890--32958	33	2.1	33	97	0	129	44	18	13	23	1.84
35546--35606	27	2.1	28	91	8	97	42	22	9	24	1.84
39104--39178	27	2.8	27	87	0	105	32	32	9	26	1.88
45946--46001	29	1.9	29	88	0	85	33	30	17	17	1.94
49202--49252	18	2.7	20	77	19	56	41	1	1	54	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54419--54488	32	2.2	32	86	0	95	22	20	14	42	1.88
55087--55220	45	3.0	45	83	2	162	40	11	9	38	1.75
59588--59977	196	2.0	193	95	4	712	42	19	18	19	1.90
63678--63755	22	3.5	22	89	0	111	12	21	32	33	1.91
69005--69084	39	2.1	39	100	0	160	51	10	2	36	1.49
69602--69647	23	2.0	23	95	0	83	43	15	17	23	1.87
69608--69653	23	2.0	23	91	0	74	45	15	15	23	1.84
71058--71117	32	1.9	31	83	10	77	40	6	6	46	1.56
72115--72153	19	2.1	19	90	9	62	48	0	2	48	1.15
72396--72429	17	1.9	18	88	5	52	79	5	0	14	0.91
84623--84778	31	5.0	31	92	1	251	37	22	19	20	1.95
84954--84998	22	2.0	22	86	4	63	33	22	0	44	1.53
85595--85639	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
88835--88887	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
88877--88970	20	4.7	20	82	2	125	36	20	21	22	1.95
88877--88990	61	1.9	60	88	1	174	34	21	21	23	1.97
88877--88988	20	5.6	20	82	6	111	34	21	21	22	1.97
89158--89219	18	3.0	22	72	18	69	25	38	16	19	1.92
89544--89657	40	3.2	33	75	15	95	13	18	24	43	1.85
89587--89636	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
89544--89616	33	2.2	33	85	7	94	13	20	26	39	1.90
89604--89658	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89623--89666	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
91529--91632	20	5.5	20	79	15	105	40	21	19	19	1.92
91532--91653	34	3.4	34	80	14	129	41	20	20	17	1.90
91679--91765	20	4.3	20	95	0	129	22	19	21	35	1.96
91730--91835	34	3.1	34	75	2	115	13	17	21	47	1.82
92316--92414	21	4.7	21	73	3	83	22	35	19	23	1.96
92313--92423	42	2.6	42	73	5	107	20	36	18	24	1.94
93781--93816	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
93938--93972	14	2.5	14	95	0	61	40	22	25	11	1.88
94043--94131	20	4.4	20	85	2	126	17	21	24	35	1.95
94045--94131	40	2.2	40	91	4	140	18	20	24	36	1.95
96564--96617	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
97468--97546	20	4.0	20	88	3	81	22	18	20	37	1.94
97478--97569	20	4.6	20	80	4	71	21	18	19	40	1.92
97583--97626	21	2.1	21	86	0	61	38	15	27	18	1.91
98915--98974	32	1.9	31	93	6	104	31	3	18	46	1.65
99600--99630	13	2.3	14	94	5	55	58	0	0	41	0.98
110823--110916	49	1.9	49	97	0	179	35	8	15	40	1.78
119381--119630	20	12.5	20	81	6	229	37	24	17	20	1.93
120313--120359	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
120533--120557	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
122892--122989	19	5.4	19	83	13	134	15	22	16	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122873--122989	53	2.2	52	96	1	216	14	23	17	44	1.85
123048--123214	19	9.6	19	75	19	168	43	17	23	14	1.87
123048--123208	33	4.7	32	73	18	137	44	18	22	14	1.85
123048--123214	52	3.2	52	96	1	300	43	17	23	14	1.87
123221--123320	19	5.5	19	84	12	147	15	23	17	45	1.85
123204--123320	53	2.2	53	95	1	209	14	24	17	43	1.86
123426--123462	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
125388--125452	18	3.4	19	83	10	80	44	27	16	10	1.81
125388--125521	19	7.6	19	75	18	119	45	23	19	11	1.82
125443--125499	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
125388--125516	33	3.8	33	87	5	168	46	24	18	10	1.81
125517--125645	19	7.3	19	75	17	125	9	16	27	46	1.77
125517--125611	33	2.9	33	93	0	154	8	16	27	47	1.76
125689--126069	93	4.1	93	98	0	735	45	18	12	22	1.83
127765--127878	33	3.5	33	91	1	185	44	21	23	10	1.83
127772--127883	14	6.8	18	71	23	77	42	22	24	10	1.85
127895--127951	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
127879--127959	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
127936--127991	21	2.7	21	97	0	103	10	23	16	50	1.76
128071--128141	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
128323--128377	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
128523--128716	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128523--128716	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
128703--128785	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
128683--128781	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
129957--129989	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
130047--130106	15	4.1	14	78	19	61	68	0	5	26	1.10
131454--131522	3	23.0	3	77	5	59	57	1	0	40	1.07
131481--131522	15	2.8	15	89	10	68	57	0	0	42	0.99
131669--131926	76	3.4	76	97	0	480	34	22	19	22	1.96
134804--135143	114	3.0	114	95	0	599	31	20	15	32	1.94
137269--137319	7	7.4	7	80	10	61	0	15	1	82	0.76
137269--137345	13	6.0	13	76	18	72	1	12	3	81	0.88
137270--137345	19	4.0	19	77	11	75	1	13	3	81	0.89
137267--137342	27	2.8	26	80	18	84	1	11	3	82	0.86
142298--142341	22	1.9	24	86	9	65	65	0	6	27	1.17
143158--143190	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
143251--143310	15	4.1	14	78	19	61	68	0	5	26	1.10
144651--144727	3	26.0	3	85	7	104	62	0	0	37	0.96
144638--144727	21	4.1	22	78	18	84	60	0	0	40	0.97
144651--144723	26	2.8	26	89	2	110	61	0	0	38	0.96
162010--162127	54	2.2	54	96	0	218	29	11	14	44	1.79
166746--166772	12	2.2	12	100	0	54	22	14	29	33	1.94
179276--179574	59	5.1	59	92	0	454	37	12	22	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182244--182285	19	2.3	18	87	4	57	71	2	0	26	0.98
182761--182885	64	1.9	65	85	4	173	29	22	19	28	1.98
195267--195301	17	2.1	17	94	0	61	40	0	20	40	1.52
195272--195306	8	4.2	8	85	7	52	28	0	25	45	1.54
195700--195857	65	2.5	63	84	8	203	31	22	16	29	1.96
196142--196185	21	2.1	21	86	0	61	18	27	15	38	1.91
196187--196277	20	4.5	20	81	2	110	40	19	18	20	1.91
196473--196534	18	3.0	22	70	18	60	25	37	16	20	1.93
196863--196930	21	3.5	20	78	9	68	16	19	25	39	1.91
198776--198874	20	5.2	20	81	14	111	41	21	19	18	1.91

Tables:   1   2