genome.fa.s9290.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009290.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  385540

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8620--8666	2	23.5	2	95	0	85	51	0	0	48	1.00
9324--9348	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9564--9596	12	2.7	13	90	9	52	36	0	3	60	1.12
10074--10099	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
16420--16487	27	2.6	27	95	4	122	41	16	11	30	1.84
20185--20237	27	2.0	27	100	0	106	41	16	15	26	1.88
22735--22760	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
23235--23290	28	2.0	29	89	3	87	39	5	14	41	1.68
23259--23362	35	2.9	35	89	4	154	41	4	12	41	1.64
23377--23421	23	2.0	24	86	8	67	44	4	8	42	1.56
23453--23597	7	21.0	7	81	13	117	34	2	1	62	1.16
23453--23597	15	10.5	14	80	13	117	34	2	1	62	1.16
23452--23609	9	18.0	9	74	20	51	34	1	1	62	1.15
23482--23558	4	18.2	4	73	21	52	31	2	0	66	1.05
23486--23546	25	2.4	25	81	5	70	32	3	0	63	1.10
23462--23617	39	4.0	38	75	18	135	32	2	1	63	1.16
23503--23587	3	26.7	3	80	19	93	34	0	0	65	0.93
24949--24984	16	2.4	14	90	9	54	13	8	2	75	1.15
24981--25006	10	2.6	10	100	0	52	23	7	0	69	1.14
28316--28352	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
28401--28425	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29688--30420	106	6.9	106	85	6	910	23	17	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29688--30420	211	3.4	212	87	3	967	23	17	23	35	1.95
29687--30420	323	2.3	316	85	5	994	23	17	23	35	1.95
30340--30487	67	2.3	64	83	6	174	25	16	25	33	1.96
37562--37661	38	2.6	38	79	16	109	57	6	6	31	1.47
42927--42967	21	2.0	21	90	0	64	24	21	26	26	2.00
45356--45389	16	2.1	16	88	0	50	50	23	8	17	1.74
49175--49336	73	2.2	73	92	2	263	33	27	14	24	1.94
49322--49351	15	2.0	15	100	0	60	33	33	6	26	1.83
49249--49420	88	2.0	88	90	2	274	34	27	12	25	1.92
49368--49559	36	5.3	35	63	19	106	33	25	13	28	1.93
49337--49619	73	3.9	73	89	0	440	32	26	14	25	1.95
49337--49619	146	1.9	146	93	0	485	32	26	14	25	1.95
50154--50407	35	7.3	34	75	15	184	43	4	11	40	1.62
50258--50360	37	2.8	35	80	10	98	44	6	10	37	1.66
50338--50364	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
50289--50410	37	3.3	36	81	11	131	45	5	7	40	1.56
50404--50536	30	4.5	28	73	20	105	35	2	1	60	1.18
53245--53269	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
54992--55090	42	2.4	42	77	11	105	32	16	20	31	1.94
55058--55152	41	2.3	41	88	0	154	23	16	24	35	1.95
58948--59026	39	2.0	39	100	0	158	27	15	32	24	1.95
63391--63481	21	4.3	21	85	0	101	39	23	37	0	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63415--63453	12	3.5	12	80	20	57	35	30	33	0	1.58
63383--63514	21	6.3	21	80	5	99	40	20	37	1	1.62
63917--64013	43	2.2	44	81	5	108	28	24	15	30	1.96
64113--64237	43	2.9	42	83	2	142	33	25	16	24	1.96
64247--64297	15	3.4	15	86	0	75	23	29	17	29	1.97
66522--66557	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
74489--74601	59	1.9	59	82	7	140	35	20	14	30	1.92
76529--76569	18	2.2	20	86	8	59	56	0	2	41	1.13
76979--77285	41	7.5	40	70	10	111	31	19	17	31	1.95
80598--80695	44	2.3	43	82	8	110	22	20	22	34	1.97
80683--80861	43	4.2	43	91	1	207	24	23	23	29	1.99
80634--80865	86	2.7	86	82	3	243	24	23	21	30	1.99
80721--80883	43	3.7	43	90	1	227	23	24	20	30	1.99
92588--92656	4	16.8	4	73	20	54	72	1	4	21	1.10
92750--92901	81	1.9	82	87	4	227	42	3	3	49	1.40
92909--92940	13	2.5	13	94	0	55	53	0	0	46	1.00
92940--93034	33	3.0	30	77	15	111	47	7	2	43	1.43
92959--93108	71	2.1	73	79	13	168	48	6	2	42	1.43
92845--93107	135	1.9	138	82	8	333	47	5	2	44	1.39
94055--94095	15	2.5	17	92	7	68	53	12	2	31	1.51
102380--102420	16	2.5	17	88	4	57	14	26	26	31	1.95
114792--114838	22	2.4	18	75	24	51	59	2	0	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115039--115069	16	2.0	16	93	6	55	48	6	19	25	1.72
115079--115135	29	2.0	29	89	0	87	36	1	24	36	1.66
117091--117157	24	2.8	24	81	2	82	29	22	25	22	1.99
118828--118904	21	3.8	21	86	6	115	25	31	20	22	1.98
118807--118904	39	2.5	41	83	9	116	26	30	18	24	1.98
120409--120457	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
120469--120629	64	2.5	64	82	6	191	26	15	24	32	1.95
120527--120577	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
120591--120630	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
123182--123261	24	3.5	23	77	14	94	27	23	26	22	2.00
123159--123275	44	2.7	42	74	13	119	24	21	27	26	1.99
129089--129245	64	2.4	64	81	5	190	26	15	25	32	1.96
129143--129193	19	2.7	19	79	8	61	25	17	35	21	1.95
129207--129246	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
130603--130634	17	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
132270--132316	21	2.2	21	80	0	58	21	27	14	36	1.93
132312--132417	20	5.3	20	95	0	194	37	20	19	21	1.94
135762--135850	20	4.4	21	85	5	123	37	25	20	16	1.93
135855--135999	19	7.8	19	87	9	219	46	17	20	15	1.83
135822--135999	57	3.3	52	84	10	223	44	18	21	14	1.85
138220--138308	20	4.4	20	94	0	142	37	23	20	19	1.94
138335--138493	40	4.3	37	78	16	111	20	20	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138352--138495	20	7.5	20	85	9	201	20	20	20	38	1.93
138390--138492	54	1.9	54	95	0	188	19	21	19	39	1.92
140368--140437	20	3.5	20	88	0	95	48	21	15	14	1.80
140409--140482	33	2.2	34	88	7	107	41	25	20	12	1.87
140795--140856	18	3.0	22	68	18	60	20	16	37	25	1.93
141059--141206	20	7.3	20	89	1	224	22	20	20	36	1.95
141203--141243	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
141661--141707	24	1.9	24	91	4	76	31	2	2	63	1.18
141661--141713	24	2.2	25	86	3	72	33	1	1	62	1.17
161435--161508	21	3.5	21	92	0	121	28	25	24	21	1.99
162261--162285	6	4.2	6	100	0	50	32	0	32	36	1.58
177300--177325	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
178116--178234	60	2.0	61	85	5	161	41	10	11	36	1.75
183156--183203	21	2.3	21	96	0	87	29	31	18	20	1.97
183156--183250	21	4.6	20	77	13	86	34	24	17	23	1.96
183176--183271	41	2.3	41	89	3	149	37	19	17	25	1.94
183197--183269	20	3.6	20	77	17	87	39	17	17	24	1.91
183259--183353	21	4.6	21	71	17	72	23	21	25	30	1.99
183234--183353	62	1.9	62	85	9	165	26	20	24	29	1.99
183301--183381	41	2.0	40	83	11	101	23	22	19	34	1.96
183319--183387	21	3.3	22	73	15	65	24	23	20	31	1.98
183476--183526	5	9.6	5	97	2	75	25	54	19	0	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184171--184368	21	9.5	21	84	6	233	22	21	24	30	1.99
184164--184368	104	2.0	104	95	0	365	22	21	24	30	1.99
184396--184446	19	2.7	19	96	0	93	23	21	25	29	1.99
185358--185430	31	2.4	31	77	9	85	49	12	16	21	1.78
198363--198610	44	6.1	43	72	23	216	41	7	22	29	1.80
198436--198610	45	4.2	44	74	22	180	41	6	21	30	1.78
198363--198593	77	3.0	76	92	1	381	40	7	22	29	1.82
201580--201607	13	2.2	13	100	0	56	14	32	21	32	1.93
206589--206683	3	32.0	3	78	14	99	62	0	1	36	1.03
206929--206986	16	3.4	16	73	17	62	18	22	8	50	1.74

Tables:   1   2