genome.fa.s9291.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009291.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112993_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  337070

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171--201	15	2.1	15	93	0	53	54	19	6	19	1.65
6781--6819	21	1.9	20	94	5	69	33	10	17	38	1.84
7557--7637	42	1.9	43	82	2	101	53	7	16	23	1.68
10736--10779	21	2.1	21	83	8	54	18	22	18	40	1.91
11265--11313	26	1.9	25	84	12	64	61	0	0	38	0.96
11445--11491	19	2.5	19	83	13	53	57	6	2	34	1.36
11452--11491	17	2.3	16	87	12	53	60	5	0	35	1.19
18570--18631	21	2.9	21	80	7	70	25	32	27	14	1.95
20141--20177	18	2.1	18	89	0	56	43	29	24	2	1.68
20517--20568	17	3.4	17	65	29	53	17	0	28	53	1.44
20515--20582	28	2.4	28	100	0	136	19	0	29	51	1.47
21446--21480	10	3.5	10	84	0	52	62	25	2	8	1.38
21907--21978	29	2.6	28	85	10	94	23	29	1	45	1.61
22508--22553	21	2.3	21	85	7	60	43	13	4	39	1.63
29020--29067	19	2.5	19	89	0	78	31	4	27	37	1.76
29077--29104	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29567--29616	23	2.1	24	82	17	61	44	0	4	52	1.20
35236--35290	13	3.9	14	80	15	60	40	20	25	14	1.90
35222--35283	20	3.3	20	75	22	55	41	17	24	16	1.89
35843--35908	25	2.6	25	92	0	114	22	0	33	43	1.54
38459--38512	20	2.7	19	80	8	63	24	18	22	35	1.96
41501--41563	26	2.4	26	100	0	126	44	3	3	49	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43118--43158	19	2.1	20	90	4	66	41	19	21	17	1.90
43145--43187	18	2.4	18	88	0	59	32	20	25	20	1.97
43242--43288	20	2.3	20	85	0	58	29	19	17	34	1.94
43260--43298	20	2.0	20	84	0	51	30	23	17	28	1.97
58044--58090	20	2.4	20	96	3	87	17	14	0	68	1.22
75749--75784	15	2.5	15	90	4	56	83	2	13	0	0.76
82956--83367	49	8.4	49	87	2	558	31	22	13	32	1.92
82956--83367	99	4.2	98	87	2	576	31	22	13	32	1.92
87276--87332	22	2.8	20	76	10	60	26	31	14	28	1.94
93561--93859	79	3.8	79	91	0	474	29	23	10	35	1.89
93679--93811	34	3.6	34	68	20	95	28	22	10	38	1.87
94358--94409	19	2.5	21	84	9	72	25	25	17	32	1.97
94324--94485	75	2.2	75	82	8	197	27	19	17	34	1.95
97839--97883	14	3.1	14	80	3	54	51	0	4	44	1.21
98132--98191	19	3.2	19	97	0	111	55	21	5	18	1.62
98175--98254	37	2.2	37	83	0	106	47	28	5	18	1.70
99990--100063	35	2.1	36	82	2	87	35	17	18	28	1.94
101852--101957	17	6.1	17	74	16	92	37	14	9	38	1.78
102480--102523	21	2.0	22	83	12	56	34	22	9	34	1.86
105761--105786	11	2.4	11	100	0	52	53	15	11	19	1.71
114259--114309	12	4.1	12	74	18	50	13	9	9	66	1.44
126335--126470	17	7.9	17	80	10	134	36	12	8	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136797--136830	13	2.7	13	90	4	52	50	14	0	35	1.44
140054--140094	20	2.1	20	95	4	75	26	12	21	39	1.89
140113--140147	14	2.5	14	90	0	52	34	14	8	42	1.76
140938--140991	21	2.5	21	74	14	56	14	7	1	75	1.09
140940--140983	14	3.3	13	79	14	54	15	6	0	77	0.97
141310--141418	20	5.2	20	67	17	60	32	4	3	59	1.35
147946--147979	16	2.3	15	90	10	52	11	2	0	85	0.71
147947--147991	22	2.1	22	83	4	56	20	2	0	77	0.87
152055--152160	53	2.0	54	92	1	178	33	17	4	43	1.70
152310--152431	40	3.0	40	96	0	226	33	26	16	23	1.96
155014--155058	19	2.4	19	88	7	65	20	2	0	77	0.87
155104--155148	24	1.9	24	86	4	65	22	2	0	75	0.91
157943--158008	5	13.0	5	75	15	55	18	6	1	74	1.10
157950--158012	14	4.6	14	76	9	58	17	7	0	74	1.05
157979--158003	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
160442--160486	19	2.4	19	88	7	65	20	2	0	77	0.87
160533--160577	24	1.9	24	86	4	65	22	2	0	75	0.91
161650--161675	11	2.4	11	100	0	52	0	15	0	84	0.62
170710--170761	17	3.3	16	84	7	54	48	0	1	50	1.12
174371--174401	15	2.1	15	93	0	53	45	16	12	25	1.83
179818--179885	34	2.0	34	97	0	127	45	8	22	23	1.80
182492--182572	11	6.9	11	74	13	63	35	25	14	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182529--182555	14	1.9	14	100	0	54	44	22	11	22	1.84
182518--182567	25	2.0	25	88	0	73	38	24	14	24	1.92
182492--182570	36	2.2	35	84	10	99	35	26	13	24	1.93
183960--184026	28	2.4	28	78	12	73	44	32	1	20	1.61
183958--184032	7	10.6	7	72	2	51	46	30	1	21	1.59
183977--184026	14	3.6	14	86	0	64	44	32	2	22	1.64
183987--184032	21	2.2	21	88	0	65	50	28	0	21	1.49
184165--184194	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
185978--186062	42	2.0	42	100	0	170	40	14	17	28	1.88
186787--186830	22	2.0	23	82	13	56	68	0	9	22	1.18
186841--186944	2	53.5	2	75	17	78	53	0	4	40	1.28
200638--200692	9	6.3	9	74	14	53	72	1	5	20	1.13
200624--200708	18	4.5	17	72	18	62	71	1	10	16	1.19
200777--200821	18	2.5	19	82	17	60	77	0	11	11	0.99
200838--200881	22	2.0	23	82	13	56	68	0	9	22	1.18
200890--200975	39	2.2	39	81	8	104	55	1	5	37	1.31
204416--204453	20	1.9	20	94	0	67	7	26	21	44	1.79
208293--208325	17	1.9	17	88	11	50	18	36	27	18	1.94
218217--218272	21	2.7	21	94	0	94	21	19	35	23	1.96
218495--218534	21	1.9	21	89	0	62	52	7	10	30	1.62
221737--221815	21	3.8	21	91	0	122	18	21	37	21	1.94
222691--222775	15	5.7	15	85	0	98	32	3	21	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224663--224720	24	2.5	24	82	2	73	27	22	18	31	1.97
230307--230386	24	3.3	24	92	3	135	8	12	22	56	1.63
231339--231423	15	5.7	15	77	0	80	32	5	20	41	1.76
231533--231576	23	1.9	23	90	0	70	18	18	22	40	1.91
231526--231591	23	2.9	22	79	4	69	19	19	22	37	1.94
231593--231649	24	2.4	23	80	8	69	22	22	22	31	1.98
234095--234226	36	3.7	36	83	4	169	31	15	8	45	1.75
234893--235040	75	1.9	76	83	5	192	37	15	16	30	1.90
238176--238227	25	2.1	25	88	0	77	25	25	25	25	2.00
242216--242263	20	2.4	20	100	0	96	47	10	6	35	1.63
244705--244761	20	2.9	19	73	21	55	47	7	3	42	1.47
246454--246563	17	6.2	17	86	5	94	40	10	11	37	1.77
246506--246564	20	3.0	21	92	7	90	40	15	8	35	1.77
246481--246562	38	2.2	36	87	10	114	41	13	8	36	1.75
246481--246562	18	4.5	18	88	10	114	41	13	8	36	1.75
248073--248143	30	2.4	29	88	6	106	47	5	2	43	1.41
248459--248493	11	3.0	12	87	8	54	54	0	0	45	0.99
248479--248516	20	1.9	20	89	10	60	50	2	0	47	1.15
252122--252164	21	2.0	21	86	0	59	13	20	37	27	1.91
252579--252641	21	3.0	21	76	4	65	30	34	19	15	1.93
253468--253519	21	2.5	21	84	6	70	48	19	0	32	1.49
253468--253549	42	2.0	42	85	4	112	46	21	1	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253489--253598	28	4.0	26	70	17	80	42	26	3	27	1.72
253481--253597	42	2.8	42	76	3	103	44	25	3	26	1.70
254837--254873	12	3.0	12	92	4	56	54	0	45	0	1.00
254841--254876	15	2.4	15	95	0	63	58	0	41	0	0.98
254842--254876	12	2.9	12	95	0	61	57	0	42	0	0.99
255001--255068	11	6.2	11	74	6	66	32	17	25	25	1.97
255727--255827	27	3.8	27	77	12	86	53	0	3	41	1.26
255807--255864	25	2.3	27	82	8	68	50	0	1	48	1.11
257253--257291	7	5.6	7	100	0	78	28	28	12	30	1.93
261388--261437	21	2.4	21	79	0	55	24	24	18	34	1.96

Tables:   1   2