genome.fa.s9317.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009317.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113073_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  334282

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005--1443	50	8.6	51	85	9	576	28	15	27	28	1.97
1005--1443	99	4.3	100	87	7	577	28	15	27	28	1.97
1307--1557	55	4.7	55	75	15	179	29	15	23	32	1.95
1002--1513	149	3.3	152	84	8	582	28	15	26	28	1.96
6805--6830	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
15598--15720	31	4.0	31	95	2	212	38	22	19	19	1.94
16395--16439	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
20227--20380	31	5.0	31	96	1	274	38	22	19	19	1.94
21051--21090	20	2.0	20	85	0	53	17	22	30	30	1.97
26729--26863	63	2.1	62	89	1	198	36	5	8	49	1.57
27188--27267	29	2.8	28	74	14	81	60	3	0	36	1.15
28064--28111	24	2.0	23	84	4	60	37	8	0	54	1.31
30078--30122	17	2.6	17	80	10	56	51	20	2	26	1.59
30089--30224	66	2.1	66	86	10	190	52	15	1	30	1.52
31732--31763	12	2.7	12	95	0	55	50	9	3	37	1.51
31969--32020	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
39677--39736	20	3.0	20	97	0	111	45	13	5	36	1.65
39698--39841	52	2.8	51	93	3	243	47	13	5	32	1.66
39749--39788	20	2.0	21	90	5	64	45	15	5	35	1.68
39802--39840	20	2.0	20	89	0	60	41	15	5	38	1.69
44335--44374	20	2.0	20	95	0	71	45	12	5	37	1.64
44441--44479	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44333--44480	53	2.8	52	93	3	262	47	13	4	33	1.64
51330--51550	114	1.9	113	88	4	329	20	25	19	33	1.96
56433--56469	20	2.0	20	89	10	60	56	0	0	43	0.99
58468--58551	23	3.7	23	71	18	59	52	4	2	40	1.35
58491--58596	2	54.5	2	69	25	68	51	4	1	41	1.33
58504--58596	11	8.5	11	75	17	70	51	5	2	40	1.37
58491--58596	5	18.2	6	71	23	68	51	4	1	41	1.33
58463--58614	54	2.9	53	77	19	160	53	4	1	39	1.33
58460--58614	42	3.8	42	79	12	137	54	4	1	39	1.32
58463--58597	28	5.2	26	74	24	108	53	5	1	40	1.32
59646--59723	32	2.4	32	100	0	156	38	2	10	48	1.51
59668--59721	18	3.2	18	65	20	53	38	3	9	48	1.53
63488--63513	12	2.2	12	100	0	52	50	7	15	26	1.71
63695--63746	26	2.0	25	82	14	61	34	1	5	57	1.33
69101--69145	23	2.0	23	90	0	72	37	20	20	22	1.94
69466--69508	19	2.3	18	84	4	59	16	4	4	74	1.16
73130--73170	17	2.3	18	87	4	57	65	7	7	19	1.41
73796--73835	21	2.0	21	95	5	73	20	15	15	50	1.79
77394--77872	237	2.0	237	85	0	645	39	16	24	19	1.92
80120--80205	32	2.7	33	91	5	133	54	11	15	18	1.70
85375--85416	15	2.9	15	78	3	50	52	2	35	9	1.47
86721--86745	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91571--91609	18	2.2	18	100	0	78	33	46	5	15	1.68
91938--92064	68	1.9	67	93	1	218	29	13	9	48	1.74
91953--92056	31	3.2	31	65	19	84	26	12	10	50	1.73
92149--92213	34	1.9	34	93	0	112	23	4	15	56	1.57
97808--97854	20	2.3	20	78	10	51	63	2	2	31	1.18
97991--98033	18	2.4	18	84	7	52	48	0	4	46	1.22
97989--98024	18	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
98037--98090	16	3.5	16	78	16	51	62	1	3	31	1.23
98098--98161	27	2.3	27	81	7	76	64	4	6	25	1.37
99861--99903	18	2.4	18	84	7	52	48	0	4	46	1.22
99859--99894	18	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
99969--100032	27	2.3	27	81	7	76	64	6	4	25	1.37
101197--101275	3	25.7	3	82	10	97	64	0	0	35	0.94
101212--101275	19	3.2	20	91	8	105	67	0	0	32	0.91
101417--101687	124	2.3	120	81	10	306	23	19	15	41	1.89
101727--102267	113	5.0	106	91	6	756	28	20	13	36	1.91
101499--102240	326	2.2	324	86	10	995	27	20	14	37	1.91
102675--102729	22	2.5	22	82	5	67	34	16	12	36	1.87
103083--103237	54	2.9	54	79	6	176	24	22	14	38	1.92
103299--103446	74	2.0	74	98	0	287	37	13	25	24	1.92
105421--105638	114	1.9	114	91	1	357	30	20	16	33	1.94
107870--107933	17	3.9	16	78	9	67	4	10	0	84	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107903--107941	18	2.1	19	90	4	62	0	17	0	82	0.68
111066--111118	14	3.7	14	84	2	61	52	7	15	24	1.68
113360--113400	20	2.0	20	85	4	55	63	0	2	34	1.08
113366--113415	24	2.2	23	82	7	57	60	0	2	38	1.09
113261--113478	116	1.9	113	81	6	260	45	7	8	37	1.64
113537--113579	18	2.4	18	84	7	52	48	0	4	46	1.22
113535--113570	18	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
113645--113708	27	2.3	27	81	7	76	64	4	6	25	1.37
114934--115026	3	30.7	3	85	10	127	64	0	0	35	0.94
114953--115026	34	2.2	34	84	15	57	67	0	0	32	0.91
116286--116315	13	2.3	13	94	0	51	66	0	3	30	1.07
117385--117456	20	3.6	20	78	0	90	23	15	18	43	1.88
117380--117475	40	2.4	40	91	0	156	22	16	18	41	1.90
117384--117472	20	4.4	20	73	8	83	22	16	20	40	1.91
131078--131171	8	12.0	8	89	4	147	50	13	1	35	1.49
132045--132074	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
132074--132130	2	28.5	2	100	0	114	50	0	49	0	1.00
132444--132539	41	2.4	40	75	6	104	52	4	0	43	1.20
135034--135136	32	3.2	32	81	4	109	45	15	7	31	1.74
142253--142277	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
142739--142769	15	2.1	15	94	5	55	51	0	0	48	1.00
143331--143360	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145159--145185	10	2.7	10	100	0	54	29	33	29	7	1.85
145907--145960	20	2.7	21	82	8	76	29	33	12	24	1.92
146042--146100	20	3.0	20	94	0	109	35	27	20	16	1.94
146005--146101	40	2.4	41	81	11	112	38	25	17	18	1.93
146212--146258	22	2.1	22	96	0	85	21	44	14	19	1.86
157138--157330	94	2.0	96	95	4	354	41	12	13	32	1.82
157713--157759	25	1.9	24	86	4	67	57	0	4	38	1.18
158095--158167	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
158157--158250	20	4.7	20	84	2	125	39	18	21	21	1.93
158019--158228	41	5.1	41	70	11	144	31	18	20	29	1.96
158157--158251	41	2.3	41	87	1	129	38	17	21	22	1.93
158735--158795	14	4.0	14	73	19	50	44	21	22	11	1.84
158714--158806	33	2.8	33	86	1	123	43	23	21	11	1.86
158838--158894	20	2.9	20	77	12	55	14	22	17	45	1.84
160104--160465	174	2.1	171	94	5	629	25	38	12	22	1.90
160732--161071	94	3.7	94	94	2	564	22	13	18	46	1.83
161157--161182	12	2.2	12	100	0	52	0	7	19	73	1.07
161184--161240	19	2.9	19	81	5	69	12	19	21	47	1.81
162963--162996	14	2.4	14	95	0	59	35	0	20	44	1.52
163147--163258	19	6.4	18	70	20	78	12	24	19	43	1.85
163145--163238	33	2.8	33	96	0	170	11	24	19	44	1.84
163211--163265	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165560--165584	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
165770--165816	24	2.0	24	91	0	76	34	17	19	29	1.94
165774--165825	24	2.2	24	82	0	59	36	19	17	26	1.94
166542--166668	20	6.3	20	84	5	139	23	19	25	30	1.98
166694--166745	21	2.5	22	75	6	54	36	21	25	17	1.94
174425--174455	5	6.2	5	92	0	53	58	22	0	19	1.40
176209--176281	36	2.0	36	84	10	96	49	4	0	46	1.21
176847--176914	35	1.9	36	88	8	104	47	4	0	48	1.22
192778--192810	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
194009--194238	59	3.8	59	86	4	289	24	28	14	32	1.94

Tables:   1   2