genome.fa.s9323.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009323.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113084_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  233993

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 191 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
351--443	3	31.7	3	91	8	156	67	0	0	32	0.91
4731--4951	105	2.1	105	94	2	381	43	10	9	36	1.71
5062--5102	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
5144--5184	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
6480--6516	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
6665--6695	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
11016--11054	15	2.7	15	84	4	53	69	0	2	28	1.02
16442--16505	3	22.0	3	81	12	62	65	1	4	28	1.21
16751--16991	40	5.7	41	74	11	195	22	19	32	24	1.97
16702--16997	46	6.9	43	72	15	211	23	20	31	25	1.98
16670--16997	128	2.6	128	91	2	516	24	20	31	24	1.98
17115--17189	36	2.1	36	82	9	91	45	12	17	25	1.82
17079--17196	63	1.9	62	86	8	168	43	11	16	27	1.84
17184--17263	36	2.3	35	82	10	92	38	15	16	30	1.89
17520--17737	121	1.8	120	85	4	305	41	13	14	31	1.84
17713--17802	27	3.3	27	87	0	135	45	15	11	27	1.80
18044--18163	36	3.4	35	80	6	127	35	11	20	31	1.89
18115--18354	105	2.3	102	83	8	288	37	11	20	29	1.88
18321--18455	36	3.8	36	78	9	143	36	12	19	31	1.89
18812--18853	12	3.7	11	81	12	50	21	0	28	50	1.49
18808--18841	4	9.0	4	87	12	54	23	0	26	50	1.50
22385--22444	30	2.0	31	93	3	104	61	10	13	15	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24111--24561	226	2.0	225	96	3	829	49	13	12	24	1.76
26307--26373	3	23.0	3	82	11	68	65	1	4	28	1.21
27129--27191	29	2.2	29	83	11	76	69	0	0	30	0.88
27114--27197	23	3.3	25	73	22	77	63	0	0	36	0.95
27133--27177	22	2.0	23	86	4	65	71	0	0	28	0.87
27127--27177	12	4.3	12	76	14	61	70	0	0	29	0.87
27600--27735	21	6.6	21	69	6	55	34	25	17	22	1.96
27743--28071	20	16.5	20	86	3	450	33	26	19	21	1.97
27705--28071	60	6.2	60	86	2	418	34	26	18	20	1.96
28967--28991	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
29791--30013	20	11.1	20	85	1	286	21	20	25	32	1.97
29981--30078	21	4.8	20	68	6	61	22	19	21	36	1.95
30069--30120	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
30259--30291	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
32591--32954	178	2.0	180	96	1	678	19	17	22	40	1.91
45292--45353	31	1.9	33	84	12	85	56	3	1	38	1.25
45292--45360	33	2.2	31	79	12	77	57	2	2	36	1.28
45388--45429	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
45556--45611	20	2.8	20	91	2	94	64	3	10	21	1.40
46812--46841	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
47002--47411	78	5.3	78	89	3	609	36	20	16	26	1.94
47002--47407	151	2.6	153	87	4	593	36	20	16	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47713--47770	28	2.1	28	96	0	107	31	17	20	31	1.96
48095--48149	22	2.5	22	100	0	110	38	14	12	34	1.84
51517--51546	13	2.3	13	100	0	60	36	0	30	33	1.58
53075--53438	178	2.0	180	97	1	687	19	17	22	40	1.92
56400--56437	20	1.9	20	88	0	58	47	18	2	31	1.62
58492--58532	21	2.0	21	85	4	57	36	0	2	60	1.10
64981--65398	208	2.0	209	98	1	806	36	20	15	27	1.93
65829--65891	32	1.9	34	84	12	87	55	3	3	38	1.32
66214--66263	17	2.8	17	77	22	57	66	4	10	20	1.38
67315--67350	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
67507--67915	77	5.4	77	88	3	603	36	20	16	26	1.94
68596--68650	22	2.5	22	100	0	110	38	14	12	34	1.84
73039--73067	10	3.0	10	95	5	51	0	10	0	89	0.48
76018--76104	43	2.0	44	88	2	131	33	22	11	32	1.90
78700--78739	18	2.0	21	86	13	59	67	0	2	30	1.04
78761--78785	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
78868--78929	31	1.9	33	84	12	85	54	3	1	40	1.26
78868--78936	33	2.2	31	79	12	77	56	2	2	37	1.29
80059--80102	22	2.0	22	86	0	61	22	18	34	25	1.96
80385--80446	3	21.0	3	90	9	101	64	0	0	35	0.94
83359--83488	46	2.8	46	96	0	233	23	18	16	41	1.89
84231--84517	21	13.8	20	78	10	165	22	19	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84250--84517	63	4.3	62	75	11	201	22	19	20	37	1.94
84225--84510	105	2.7	104	84	6	398	22	19	21	37	1.94
84231--84464	84	2.8	84	91	2	355	22	18	20	38	1.94
84250--84517	42	6.4	42	77	10	296	22	19	20	37	1.94
84250--84517	84	3.2	83	88	4	335	22	19	20	37	1.94
85115--85157	6	7.7	6	94	5	65	0	16	53	30	1.43
85250--85386	42	3.3	42	95	0	238	36	24	17	21	1.94
85261--85494	42	5.4	42	81	13	212	33	23	20	23	1.97
85250--85494	84	2.9	83	83	11	250	33	22	20	23	1.97
85275--85494	21	10.2	21	72	16	155	32	23	20	23	1.98
85345--85527	90	2.0	92	88	4	273	30	20	21	27	1.98
85567--85595	14	2.1	14	100	0	58	20	20	31	27	1.98
86085--86120	18	2.0	18	94	0	63	22	36	11	30	1.89
86628--86679	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
97778--97844	16	4.2	16	84	3	100	43	1	2	52	1.25
104048--104083	18	2.1	17	89	5	54	75	0	0	25	0.81
108135--108206	36	2.0	35	83	2	90	45	9	16	27	1.79
114886--115170	149	1.9	149	86	1	401	33	18	27	20	1.96
115991--116089	49	2.0	49	98	0	189	43	17	14	25	1.86
117416--117471	12	4.8	12	76	8	53	39	14	23	23	1.91
117416--117490	34	2.2	34	95	0	132	38	16	24	21	1.92
118091--118151	22	2.8	22	89	0	86	26	26	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123421--123530	22	5.0	22	93	0	184	47	15	17	20	1.83
123434--123493	10	5.6	10	74	14	57	48	13	18	20	1.81
123466--123527	12	5.5	12	66	14	51	46	19	16	17	1.84
123564--123602	21	1.9	21	94	5	71	23	30	20	25	1.98
124105--124156	17	3.1	17	83	10	70	65	0	28	5	1.16
124113--124152	14	2.9	14	88	0	62	67	0	27	5	1.11
131576--131619	21	2.1	21	91	4	72	38	4	0	56	1.20
132069--132112	23	1.9	23	85	0	61	40	9	11	38	1.73
132277--133171	199	4.5	198	81	5	1037	31	15	13	39	1.87
132244--133171	395	2.3	395	87	3	1339	31	15	14	39	1.87
133415--133470	21	2.7	21	94	0	94	42	23	0	33	1.54
134754--134837	12	6.7	12	76	10	69	79	1	5	13	0.96
134792--134874	15	5.5	15	73	18	66	73	1	1	24	0.97
134953--134994	21	2.0	22	81	13	52	66	2	9	21	1.32
136124--136292	87	1.9	87	91	0	275	34	13	17	33	1.89
136599--136873	106	2.6	106	85	2	381	21	18	23	36	1.95
138426--138563	69	2.0	69	84	2	179	26	13	23	36	1.91
138651--138680	15	1.9	16	93	6	53	3	20	3	73	1.12
138643--138694	25	2.2	24	83	13	63	1	15	3	78	0.98
138644--138689	17	2.7	18	74	19	53	2	17	2	78	0.96
141729--141846	9	13.0	9	71	12	64	78	0	4	16	0.95
141730--141850	21	5.9	20	68	17	79	79	0	4	15	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141728--141821	39	2.3	41	82	10	113	77	1	6	14	1.02
141731--141814	31	2.8	30	77	13	91	80	1	5	11	0.93
141733--141846	43	2.5	44	78	16	117	78	0	4	15	0.95
141793--141865	34	2.1	34	89	5	110	71	0	2	26	1.00
142892--143049	84	1.9	85	85	1	219	24	18	24	32	1.97
143057--143146	39	2.5	36	80	10	94	27	8	24	38	1.85
143132--143328	36	5.6	36	78	12	196	38	13	19	28	1.90
143132--143315	101	1.8	101	88	5	255	38	12	20	28	1.89
143366--143605	102	2.4	102	87	1	338	36	12	19	32	1.89
143514--143692	87	2.1	87	93	0	304	34	12	20	32	1.89

Tables:   1   2