genome.fa.s9331.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009331.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113098_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  375911

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4937--5002	12	5.6	12	74	15	66	50	15	16	18	1.79
4931--5039	24	4.5	24	78	6	114	48	14	17	19	1.81
9653--9724	24	3.0	24	87	0	108	50	18	13	18	1.79
9655--9724	12	5.8	12	73	6	61	50	18	14	17	1.79
9656--9761	48	2.2	48	83	6	126	50	15	14	20	1.78
9656--9759	24	4.3	25	76	11	83	50	15	13	21	1.78
35667--35692	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
37404--37444	2	20.5	2	84	0	55	46	2	4	46	1.37
46140--46347	82	2.5	83	87	4	287	20	23	23	32	1.98
48364--48455	48	1.9	48	88	4	141	31	18	22	27	1.97
48408--49431	85	12.1	85	87	0	1371	35	20	18	26	1.95
51353--51377	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
59388--59487	32	3.1	32	81	4	121	29	26	28	17	1.97
59402--59489	32	2.8	32	87	3	124	29	28	27	14	1.95
61622--61667	24	1.9	24	86	8	67	19	15	0	65	1.28
62329--62395	30	2.3	28	82	14	82	43	11	17	26	1.84
62477--62546	32	2.2	32	89	2	106	44	14	14	27	1.83
64615--64645	16	1.9	16	93	0	53	9	12	3	74	1.19
65163--65208	12	3.8	12	88	0	65	19	13	0	67	1.23
68641--68673	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
69831--69869	18	2.1	19	85	4	53	66	7	0	25	1.18
70039--70085	19	2.5	19	82	0	58	63	4	0	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72146--72205	29	2.1	29	80	0	66	26	0	31	41	1.56
72359--72445	31	2.9	30	87	3	120	63	6	6	22	1.44
73248--73318	32	2.4	32	86	11	98	53	0	0	46	1.00
73231--73318	38	2.3	38	81	9	117	53	0	0	46	1.00
73316--73346	12	2.6	12	94	0	53	19	45	22	12	1.84
75926--76467	274	2.0	274	98	0	1057	41	20	12	25	1.87
77002--77056	22	2.4	23	74	17	60	67	5	0	27	1.12
87156--87205	26	2.0	26	84	4	66	46	10	24	20	1.81
89904--89937	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
90953--91036	3	28.0	3	90	9	136	67	0	0	32	0.91
91231--91801	113	5.0	118	84	7	312	27	19	15	38	1.91
91372--91898	113	4.7	114	92	1	859	27	19	15	37	1.92
91372--91896	225	2.3	225	91	1	856	27	19	15	37	1.92
91912--92066	76	2.0	76	94	0	274	34	21	20	23	1.97
92261--92550	37	7.9	37	75	2	199	38	12	19	29	1.89
92315--92552	73	3.2	72	87	3	341	37	13	19	29	1.90
92834--92910	22	3.5	22	94	0	136	41	14	10	33	1.80
94195--94369	76	2.3	75	79	1	188	30	22	17	30	1.96
97858--97886	15	1.9	15	100	0	58	3	0	6	89	0.57
97881--97919	20	2.0	20	100	0	78	0	23	0	76	0.78
98215--98242	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
99818--99873	27	2.1	27	93	0	94	62	3	14	19	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99893--99948	20	2.8	20	73	10	51	58	7	12	21	1.57
103694--103745	3	17.0	3	88	4	77	67	0	0	32	0.91
103686--103745	12	4.9	12	83	4	75	68	0	0	31	0.90
103909--104089	75	2.4	75	81	1	211	32	6	12	49	1.66
116717--116765	24	2.0	24	84	0	62	46	14	14	24	1.81
120733--120917	39	4.7	41	75	14	147	46	5	6	41	1.52
120764--120830	28	2.3	30	92	5	111	46	2	7	43	1.47
120699--120860	69	2.3	69	84	8	202	46	5	4	42	1.48
120802--120906	50	2.1	51	91	7	171	47	4	5	41	1.48
120851--120944	40	2.3	40	87	10	131	46	4	7	41	1.51
121006--121064	31	1.9	31	82	6	75	25	0	0	74	0.82
134321--134354	2	17.5	2	90	6	52	55	0	0	44	0.99
134400--134445	2	23.5	2	91	4	76	50	0	2	47	1.13
134430--134483	28	2.0	28	85	7	76	48	3	5	42	1.44
134321--134509	91	2.1	93	85	6	251	47	4	4	43	1.44
134550--134607	20	2.9	18	76	18	62	24	1	0	74	0.92
134550--134607	14	4.5	13	77	12	57	24	1	0	74	0.92
134566--134604	21	1.9	20	85	15	53	25	2	0	71	0.98
140039--140113	3	25.0	3	100	0	150	33	0	0	66	0.92
140129--140204	30	2.5	30	87	4	109	39	32	10	17	1.83
145614--145668	22	2.6	21	83	11	60	45	23	0	30	1.53
147399--147560	81	2.0	79	96	2	297	40	9	16	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151574--151640	33	2.0	33	94	0	116	25	25	17	31	1.97
151502--151718	111	2.0	111	93	0	371	23	23	16	37	1.94
151607--152123	78	6.6	78	84	1	651	21	21	18	38	1.93
153504--153551	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
162766--162806	21	2.0	21	90	0	64	17	24	19	39	1.92
165140--165194	23	2.3	24	75	6	58	25	25	5	43	1.76
165403--165447	23	2.0	23	91	4	74	6	6	44	42	1.57
165410--165447	12	3.2	12	77	7	51	7	5	44	42	1.56
165704--166659	257	3.7	258	87	2	1282	35	16	14	33	1.89
175848--175918	24	2.9	24	77	8	72	23	22	9	43	1.83
176258--176321	3	21.0	3	93	6	103	64	0	0	35	0.94
177407--177431	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
178279--178316	17	2.2	17	90	0	58	47	5	0	47	1.24
178285--178320	17	2.1	17	100	0	72	41	11	0	47	1.39
180354--180771	191	2.2	191	83	3	527	39	12	10	37	1.78
188420--188444	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
196061--196106	2	23.5	2	91	4	76	52	0	2	45	1.13
198878--199174	132	2.2	134	78	8	329	33	18	16	31	1.93
199517--199542	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
199608--199691	41	2.1	39	84	8	107	19	20	13	47	1.82
199686--199771	6	13.7	6	75	19	61	4	15	1	79	0.96
199686--199770	15	5.5	15	75	12	57	4	15	1	78	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199715--199771	21	2.8	21	84	10	73	1	17	1	78	0.91
200448--200541	7	12.6	7	72	16	57	4	17	1	77	0.98
200478--200541	22	3.0	21	76	17	60	4	20	0	75	0.99
200461--200544	8	10.8	8	77	10	57	3	19	0	77	0.91
208755--208790	16	2.2	16	95	0	63	27	22	19	30	1.98
208856--208902	19	2.5	19	96	0	85	31	21	10	36	1.88
211220--211256	11	3.5	11	86	13	51	75	5	8	10	1.17
214937--214978	15	2.6	16	85	11	59	30	16	26	26	1.97
217506--217608	50	2.2	46	80	16	115	53	9	2	33	1.49
228922--228980	17	3.8	16	80	17	70	79	1	10	8	1.00
228948--228981	14	2.4	14	90	5	50	82	0	11	5	0.83
230215--230346	46	2.8	48	88	4	205	28	20	18	32	1.96
230082--230304	112	2.0	112	90	1	349	27	22	17	32	1.96
230263--230670	113	3.7	113	91	2	648	28	22	17	31	1.97
234674--234716	14	3.0	14	83	12	52	30	2	0	67	1.03
235505--235603	6	16.5	6	100	0	198	67	0	0	32	0.91
236150--236200	27	1.9	26	84	4	66	60	3	1	33	1.26
238987--239017	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
239014--239066	5	9.8	5	76	15	52	7	22	50	18	1.72
239019--239067	17	2.9	17	100	0	98	10	22	48	18	1.77
239007--239049	22	2.0	22	100	0	86	9	23	48	18	1.76
239065--239104	19	2.1	19	90	0	62	25	35	22	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239092--239162	29	2.4	31	88	9	112	29	25	26	18	1.98
239063--239161	9	10.3	9	75	10	72	28	28	27	16	1.97
246349--246391	22	2.0	22	100	0	86	9	23	48	18	1.76
246390--246467	19	4.1	19	93	0	120	26	32	23	17	1.97
246390--246496	10	11.1	10	69	16	75	27	29	25	17	1.98
246390--246515	38	3.3	38	78	11	132	28	28	25	17	1.97
250307--250336	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
251718--251809	43	2.1	43	100	0	184	32	16	8	42	1.79
254824--254865	22	2.0	22	85	4	59	52	0	0	47	1.00
257260--257306	21	2.2	21	92	0	76	34	36	14	14	1.88

Tables:   1   2