genome.fa.s9370.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009370.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113236_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  211821

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7825--7975	61	2.5	60	80	6	171	33	15	15	35	1.89
14984--15061	35	2.2	35	93	0	129	41	10	12	35	1.77
23388--23416	6	4.8	6	100	0	58	86	0	13	0	0.58
23714--23748	12	2.9	12	91	0	61	54	0	0	45	0.99
24574--24618	17	2.6	18	82	3	56	35	0	20	44	1.51
24693--24841	62	2.4	63	86	3	203	36	13	13	36	1.84
26218--26260	20	2.2	20	91	0	68	44	13	11	30	1.80
38233--38278	21	2.2	21	84	0	56	56	0	6	36	1.25
44006--44043	18	2.2	18	90	4	60	60	0	0	39	0.97
44859--45221	192	1.9	194	88	2	552	23	24	24	26	2.00
48994--49109	60	1.9	60	85	3	162	37	11	7	43	1.69
50154--50204	25	2.0	25	84	0	66	37	23	5	33	1.79
56234--57097	287	3.0	287	97	0	1640	38	14	9	37	1.79
57093--57137	18	2.9	15	79	20	56	51	4	0	44	1.21
57207--57383	60	3.0	60	85	0	201	33	20	4	41	1.73
57250--57347	31	3.2	30	71	11	92	32	22	4	40	1.73
57510--57652	60	2.4	61	82	8	177	37	3	26	32	1.74
57510--57677	60	2.8	59	80	13	150	36	4	26	32	1.76
61415--61875	223	2.1	223	92	1	764	45	13	14	26	1.83
61415--61875	111	4.1	112	91	1	748	45	13	14	26	1.83
61746--62173	182	2.4	182	89	1	635	44	11	15	28	1.81
62634--62679	23	2.0	23	82	0	56	36	15	8	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64297--64328	13	2.5	13	100	0	64	15	53	15	15	1.74
64384--64423	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
64426--64479	12	4.6	12	81	4	65	24	46	16	12	1.82
67139--67265	59	2.1	60	81	4	141	33	18	18	29	1.95
72909--72952	22	2.0	22	100	0	88	45	13	4	36	1.64
78759--78815	21	2.6	21	72	17	53	57	21	3	17	1.54
79625--79702	38	2.1	38	85	4	104	24	11	30	33	1.91
80389--80521	60	2.2	60	82	5	153	35	12	16	35	1.87
83359--83499	72	1.9	73	83	7	180	24	19	14	41	1.89
83811--83838	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
85230--85296	30	2.2	30	100	0	134	35	7	16	40	1.77
86421--86530	24	4.6	24	75	7	107	20	20	18	41	1.90
88530--88922	185	2.1	185	91	4	632	45	7	3	43	1.48
89659--89812	21	7.6	20	71	7	78	38	24	16	19	1.92
89784--89835	20	2.6	20	81	6	61	44	26	17	11	1.83
89822--90012	20	9.6	20	82	4	224	35	25	17	21	1.95
89784--90014	40	5.8	40	83	4	193	37	25	17	19	1.93
89822--90012	60	3.2	60	87	3	251	35	25	17	21	1.95
90705--90751	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
90926--90950	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
93233--93412	33	5.2	33	87	9	245	46	18	22	13	1.83
93247--93436	19	10.7	19	78	18	221	45	17	22	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93338--93392	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
93233--93436	105	1.9	105	95	2	365	45	18	22	14	1.85
93426--93543	54	2.2	52	95	4	218	13	24	17	44	1.85
93445--93543	19	5.4	19	84	12	136	14	23	17	45	1.84
93650--93686	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
95150--95190	21	2.0	21	85	0	55	24	14	34	26	1.94
95598--95770	19	9.6	19	77	12	150	45	23	19	10	1.82
95692--95748	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
95673--95765	33	2.8	33	93	0	159	46	21	20	11	1.82
95782--95808	14	1.9	14	100	0	54	7	14	29	48	1.71
95766--95889	33	3.7	33	85	1	158	9	16	27	46	1.78
95766--95824	19	3.4	19	75	22	74	6	13	30	49	1.68
95987--96301	93	3.4	93	99	0	614	45	19	13	22	1.85
97984--98048	21	3.1	21	80	4	87	49	15	24	10	1.76
98090--98146	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
98074--98154	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
98131--98207	21	3.7	21	82	6	102	14	22	16	46	1.83
98287--98357	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
98736--98907	20	8.6	20	89	2	247	19	19	27	33	1.96
99288--99358	31	2.2	32	87	5	108	28	23	14	33	1.94
102991--103018	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
108698--108724	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109160--109215	28	2.0	28	100	0	112	21	32	25	21	1.98
119758--119985	111	2.1	110	85	9	304	28	17	28	24	1.98
120966--121007	18	2.3	18	79	0	57	52	2	0	45	1.13
120956--121072	42	2.8	42	86	11	143	53	1	0	44	1.10
120987--121061	14	5.3	14	67	13	55	52	1	0	46	1.09
120985--121074	23	4.0	22	72	18	80	54	1	0	44	1.07
122353--122386	15	2.2	16	89	5	52	5	55	2	35	1.39
122358--122427	21	3.3	21	76	6	61	2	52	2	41	1.31
125076--125265	95	2.0	94	95	1	344	37	22	11	28	1.88
125928--126263	84	4.0	84	99	0	645	22	25	16	35	1.95
131786--131843	28	2.1	28	83	6	73	60	8	1	29	1.36
131839--131919	25	3.5	25	68	20	77	69	4	3	22	1.24
131843--131961	42	2.8	43	96	2	213	68	5	4	21	1.26
132335--132402	21	3.2	21	79	8	84	19	13	33	33	1.90
136605--136670	21	3.1	21	79	10	73	50	0	1	48	1.10
136635--136696	23	2.8	23	78	9	58	56	0	0	43	0.99
139616--139687	15	4.9	15	82	3	101	41	6	19	31	1.78
139616--139687	30	2.4	30	97	2	137	41	6	19	31	1.78
139670--139739	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
139907--140049	28	5.1	28	76	11	91	50	1	1	46	1.18
139958--140067	28	3.9	28	76	15	84	49	0	0	49	1.13
140011--140067	29	1.9	30	86	10	82	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140265--140384	42	2.9	42	94	0	204	44	17	20	18	1.87
140758--140790	16	2.0	17	88	5	50	63	3	0	33	1.10
141242--141325	42	2.0	42	100	0	168	30	11	26	30	1.92
142315--142915	176	3.4	174	80	9	723	35	12	16	34	1.88
148874--149002	60	2.2	60	82	2	152	37	13	13	35	1.83
149397--149441	23	2.0	22	86	8	63	62	2	0	35	1.08
149447--149481	17	2.0	18	88	5	54	60	11	0	28	1.32
151375--151712	168	2.0	168	90	0	523	27	11	20	40	1.87
152588--152694	43	2.5	44	84	6	148	18	17	16	46	1.84
154464--154503	21	1.9	21	89	0	62	47	20	0	32	1.50
163633--163722	31	2.9	31	86	1	119	44	12	13	30	1.80
167874--168036	49	3.3	49	93	1	274	40	22	9	27	1.84
168705--168734	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
169055--169092	14	2.7	15	88	12	62	47	0	0	52	1.00
170848--171669	414	2.0	414	100	0	1644	38	14	11	35	1.82
171646--171695	21	2.4	21	83	6	57	34	26	12	28	1.92
178502--178544	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
187427--187460	2	17.5	2	87	6	52	55	0	0	44	0.99
190872--191220	20	17.5	20	84	4	418	34	26	18	20	1.95
191894--191939	24	2.0	23	87	12	67	26	15	21	36	1.93
192114--192138	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
194444--194769	19	18.4	19	80	15	405	47	17	20	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194444--194769	33	9.2	34	82	13	321	47	17	20	14	1.82
194472--194791	161	2.0	157	93	3	552	46	16	21	14	1.83
194472--194791	52	6.0	52	93	4	550	46	16	21	14	1.83
194798--194899	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
195006--195042	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
195023--195093	37	1.9	37	97	0	133	52	16	1	29	1.53
195023--195102	37	2.2	37	90	0	124	53	17	1	27	1.51
196905--197039	19	7.6	19	76	16	137	45	24	19	10	1.81
196961--197017	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
196942--197034	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79

Tables:   1   2