genome.fa.s9395.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009395.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113298_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  477283

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4765--4924	45	3.6	45	89	2	234	39	8	23	29	1.83
10764--10807	17	2.6	17	75	13	54	20	2	9	68	1.28
14831--14876	22	2.1	22	95	0	83	43	23	17	15	1.87
22700--23129	45	9.6	44	86	2	529	30	17	11	40	1.86
22700--23129	135	3.2	135	89	1	639	30	17	11	40	1.86
25077--25123	22	2.2	22	85	7	62	36	8	31	23	1.85
25545--26614	54	19.9	54	89	1	1538	31	12	17	38	1.86
32702--32935	55	4.3	56	86	4	282	33	19	11	35	1.88
32739--32938	110	1.8	109	93	2	348	34	19	12	33	1.89
32738--32938	55	3.7	54	91	2	314	34	19	12	33	1.90
44349--44388	19	2.1	19	100	0	80	37	27	0	35	1.57
45550--45803	55	4.7	55	91	0	404	33	18	13	33	1.91
61410--61466	22	2.6	22	81	8	64	29	15	17	36	1.91
63315--63370	20	2.8	20	75	17	55	32	0	3	64	1.11
63566--63593	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
63575--63619	23	1.9	24	82	13	58	46	0	8	44	1.34
65570--65595	6	4.3	6	100	0	52	34	0	50	15	1.45
65561--65613	15	3.7	15	78	14	58	39	1	45	13	1.54
65570--65604	18	1.9	18	88	0	52	34	2	45	17	1.63
65750--65803	25	2.3	21	70	24	54	16	5	11	66	1.40
66875--67556	83	8.2	83	78	1	612	28	19	16	35	1.93
69793--69848	21	2.5	22	80	11	62	23	21	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80852--81022	14	12.4	14	66	19	67	50	2	1	45	1.27
91916--91986	20	3.5	20	94	0	124	14	16	45	23	1.84
92268--92369	19	5.4	19	74	0	87	36	17	21	24	1.95
93497--93567	36	2.0	36	88	0	106	30	15	18	35	1.92
108685--108796	55	2.0	55	100	0	224	29	18	17	33	1.95
118234--118279	23	2.0	23	87	4	67	17	26	19	36	1.94
127065--127114	19	2.5	20	83	6	66	70	0	8	22	1.13
127162--127204	17	2.4	18	92	3	70	72	0	6	20	1.08
127824--127968	75	1.9	74	87	4	211	56	11	2	29	1.46
132265--132306	17	2.4	18	92	4	68	71	0	7	21	1.09
137383--137424	17	2.4	18	88	4	59	69	0	7	23	1.13
138046--138191	75	1.9	75	88	2	222	56	10	1	31	1.43
142570--142613	17	2.5	18	92	3	72	68	0	6	25	1.14
145435--145595	19	8.4	19	77	3	135	33	8	22	35	1.84
145425--145590	38	4.4	37	77	4	154	33	7	24	34	1.84
145425--145573	76	2.0	76	83	2	192	32	7	24	35	1.83
145435--145584	57	2.6	57	79	2	176	34	6	24	35	1.81
146046--146124	24	3.2	24	64	3	68	37	3	13	44	1.63
146626--146748	36	3.4	36	84	2	167	30	13	18	37	1.90
146986--147044	31	1.9	31	86	6	84	30	25	11	32	1.92
147046--147992	471	2.0	471	99	0	1867	34	14	17	34	1.90
148023--148095	36	2.1	35	84	2	92	28	16	19	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149213--149325	60	1.9	60	96	0	208	50	21	11	16	1.76
151739--151763	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
163341--163370	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
163347--163392	18	2.6	18	85	0	65	13	19	47	19	1.81
165967--166042	30	2.5	30	89	0	116	48	3	2	44	1.35
167691--167854	76	2.2	76	85	3	215	57	9	2	30	1.44
169654--169694	10	4.0	10	84	6	55	82	2	2	12	0.86
182365--182411	17	2.8	17	87	6	60	72	4	2	21	1.12
182991--183182	64	2.8	69	82	10	198	57	11	2	28	1.45
183046--183210	76	2.2	76	87	3	244	56	10	2	30	1.47
185965--186019	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
194561--194587	12	2.2	12	100	0	54	37	22	25	14	1.93
202849--202876	14	2.0	14	100	0	56	42	7	28	21	1.79
208266--208593	133	2.5	130	79	6	336	31	17	21	30	1.96
208970--209115	61	2.3	63	88	2	206	33	10	26	29	1.89
208970--209149	62	2.9	62	83	4	202	34	11	23	30	1.91
211914--211955	18	2.3	18	88	8	59	0	16	2	80	0.81
224177--224229	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
232415--232459	13	3.5	13	87	0	72	15	44	22	17	1.86
233755--233789	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
237579--237621	13	3.3	13	86	0	68	16	44	20	18	1.87
237557--237602	18	2.6	18	100	0	92	17	52	17	13	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237560--237615	18	3.4	17	74	23	57	16	48	19	16	1.82
238918--238952	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
242694--242778	23	3.8	23	75	6	84	27	32	22	17	1.96
244329--244392	18	3.5	18	93	6	103	43	23	32	0	1.54
248752--248841	7	12.9	7	72	15	62	40	1	4	54	1.28
248752--248843	11	8.4	11	67	20	50	40	1	4	54	1.27
249775--249858	32	2.6	31	75	5	87	55	19	8	16	1.65
252525--252577	21	2.5	21	78	0	52	37	1	9	50	1.46
258023--258060	11	3.5	11	89	3	60	78	0	0	21	0.74
258270--258294	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
260158--260221	33	1.9	33	84	6	85	54	3	3	39	1.32
261125--261157	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
261124--261163	15	2.5	16	84	12	55	52	0	0	47	1.00
262977--263166	93	2.0	94	90	2	301	46	21	15	16	1.84
266136--266629	60	8.2	60	91	0	783	27	22	13	36	1.92
266517--266606	27	3.1	27	63	25	67	25	24	17	32	1.97
273623--273875	60	4.2	60	86	0	317	28	22	15	34	1.94
279305--279379	31	2.4	31	81	2	96	29	32	24	14	1.95
282691--282853	60	2.7	60	88	1	238	28	25	11	33	1.91
283372--283417	18	2.6	18	82	0	56	30	26	15	28	1.96
284684--284719	17	2.0	19	89	10	58	27	11	0	61	1.30
299811--299878	16	4.2	16	72	23	63	66	4	7	22	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299810--299878	17	4.2	17	71	14	65	66	4	7	21	1.34
299754--299876	57	2.2	56	78	8	124	60	4	8	26	1.44
323538--323579	13	3.2	13	89	0	66	21	28	0	50	1.49
325936--325980	19	2.3	20	92	3	74	48	4	11	35	1.59
331877--331933	24	2.6	21	81	13	62	26	21	15	36	1.93
333117--333168	20	2.6	20	100	0	104	25	15	23	36	1.93
340228--340288	23	2.8	22	83	11	65	21	34	26	18	1.96
340250--340315	21	3.1	20	82	10	69	22	36	25	15	1.93
342248--342292	17	2.6	17	85	3	54	20	2	24	53	1.57
356057--356190	57	2.4	56	87	5	191	36	11	17	34	1.86
356352--357169	81	10.1	81	86	2	1088	37	11	20	30	1.88
359619--359643	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
361902--362055	57	2.8	56	85	8	206	35	11	18	35	1.86
366002--366048	15	3.1	15	93	0	76	61	12	14	10	1.56
366009--366064	15	3.7	15	90	2	76	62	8	19	8	1.51
375066--375111	21	2.2	21	84	0	56	76	2	13	8	1.11
375419--375504	37	2.3	38	80	15	99	58	3	3	34	1.32
375536--375606	21	3.3	21	76	9	72	61	4	1	32	1.23
375523--375575	28	1.9	27	85	11	72	58	3	3	33	1.34
375559--375589	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
375554--375594	18	2.3	18	87	8	57	63	4	0	31	1.15
375536--375606	22	3.3	22	78	9	67	61	4	1	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
376993--377822	105	8.0	106	86	4	1007	22	18	24	34	1.96
376993--377770	209	3.7	210	86	2	1028	22	18	24	33	1.97
377071--377769	314	2.2	316	88	2	1014	22	18	25	33	1.96
389317--389350	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
389471--389501	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
389468--389506	18	2.2	18	86	9	53	64	5	0	30	1.15
389431--389518	21	3.9	22	76	15	81	62	3	2	31	1.24
395123--395151	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
395171--395405	85	2.8	84	81	8	253	31	15	21	31	1.94
395222--395421	85	2.4	85	83	11	266	34	15	20	30	1.93

Tables:   1   2