genome.fa.s9396.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009396.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113301_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  283260

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108--2160	26	2.0	26	85	7	72	49	0	1	49	1.12
2120--2169	22	2.3	22	82	3	66	52	0	0	48	1.00
2216--2257	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
2132--2351	121	1.8	118	86	3	316	44	7	8	39	1.63
2513--2580	15	4.6	15	70	14	52	66	1	5	26	1.23
3993--4078	3	29.0	3	76	6	86	63	0	2	33	1.07
4420--5086	113	5.9	113	92	1	1054	27	19	14	37	1.91
5493--5547	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
5914--6025	54	2.1	54	89	3	172	22	22	16	38	1.93
8087--8306	114	1.9	114	92	0	368	30	20	15	33	1.94
10614--10681	7	9.0	7	76	19	50	2	11	2	82	0.89
10613--10678	26	2.9	22	79	16	71	3	10	3	83	0.87
10683--10730	15	3.5	15	70	21	50	6	14	12	66	1.42
10669--10748	26	3.0	26	92	1	133	5	17	11	66	1.40
14013--14046	14	2.5	14	90	4	52	58	11	14	14	1.63
16041--16266	120	1.9	119	84	5	305	44	8	7	39	1.64
16443--16502	15	4.1	14	78	19	61	68	0	5	26	1.10
17912--17970	3	20.0	3	83	16	79	67	0	0	32	0.91
18207--18243	16	2.4	16	90	4	58	37	16	13	32	1.87
18783--19041	46	5.7	46	91	1	398	39	7	20	32	1.80
26749--26803	23	2.4	23	75	0	56	12	20	12	54	1.70
32039--32088	20	2.5	20	80	6	57	42	14	18	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34086--34127	15	2.6	16	77	7	50	33	2	0	64	1.07
35841--35961	39	3.1	39	74	7	120	28	22	26	22	1.99
36206--36248	21	2.0	20	82	8	50	44	9	4	41	1.57
37239--37363	61	2.1	59	83	7	155	30	24	5	40	1.78
37502--37674	60	2.9	60	81	1	195	45	4	19	30	1.69
38091--38120	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
42508--42533	12	2.2	12	100	0	52	23	7	7	61	1.49
43744--43778	6	5.8	6	87	12	54	17	17	17	48	1.81
46481--46511	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
47414--47719	128	2.4	128	87	1	416	35	15	27	21	1.93
48455--48610	36	4.3	36	86	3	197	38	24	18	18	1.93
48447--48625	72	2.5	71	83	7	218	39	23	18	18	1.93
48454--48643	36	5.3	35	80	4	182	37	23	18	20	1.94
49025--49906	51	16.7	51	76	13	422	31	17	26	24	1.97
49249--50547	53	24.2	53	85	7	1057	30	15	27	26	1.96
49272--50547	55	23.8	55	82	10	1165	30	15	27	26	1.96
49274--50547	108	11.9	108	84	9	1294	30	15	27	26	1.96
49013--50274	639	2.0	638	95	2	2284	30	16	26	25	1.96
54630--54677	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
55405--55441	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
55645--55709	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
56062--56115	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56077--56139	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
55647--56666	430	2.4	429	98	0	1990	38	13	8	40	1.74
56456--56494	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
56496--56568	23	3.2	23	84	7	94	39	20	5	34	1.76
59123--59786	182	3.7	183	95	2	1205	34	15	14	35	1.89
60088--60126	20	2.0	20	89	0	60	51	7	12	28	1.67
61250--61336	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
61250--61351	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
61258--61348	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83
62803--64218	198	7.1	198	97	1	2572	32	15	15	37	1.88
64300--64344	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
66131--66196	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
68295--68347	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
68492--68538	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
68660--68705	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
72935--72977	16	2.7	16	96	0	77	18	13	30	37	1.90
74754--74801	24	2.0	23	92	4	78	45	8	22	22	1.79
75430--75556	51	2.5	51	82	6	168	16	34	30	18	1.93
75728--75756	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
75831--76051	110	2.0	111	92	0	372	36	8	9	45	1.67
77562--77596	18	1.9	18	94	0	61	28	28	17	25	1.97
77937--77974	3	12.7	3	94	0	67	34	28	34	2	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81730--81827	51	2.0	49	93	4	169	28	22	23	25	1.99
81732--81852	49	2.4	51	87	2	165	28	23	22	25	1.99
81866--81987	50	2.5	48	82	6	136	21	30	32	15	1.94
84048--84087	14	2.9	14	88	7	55	40	27	7	25	1.82
86535--86578	21	2.0	21	83	12	54	47	27	0	25	1.52
90556--90601	24	1.9	24	82	8	58	52	2	2	43	1.25
94640--95069	36	11.9	35	75	15	274	46	3	6	43	1.47
95099--95137	13	3.2	12	89	10	53	23	2	0	74	0.94
96351--96389	18	2.2	18	90	0	60	10	2	7	79	1.02
96406--96450	13	3.7	13	77	14	51	37	0	0	62	0.96
96386--96444	8	7.4	8	75	19	52	35	1	0	62	1.05
103236--103266	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
103517--103542	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
103754--103881	63	2.0	64	93	1	222	35	8	12	42	1.73
105298--105367	33	2.2	32	89	5	106	54	11	2	31	1.51
114498--114524	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
114580--114619	14	2.9	14	84	0	53	37	25	10	27	1.88
123751--123792	18	2.3	18	87	0	66	30	30	26	11	1.92
127006--127035	13	2.3	13	100	0	60	20	40	23	16	1.91
127245--127327	36	2.3	36	87	2	112	49	14	15	20	1.79
128260--129623	4	342.8	4	98	1	2679	24	0	25	50	1.50
129976--130004	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138013--138039	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
141101--141137	19	1.9	19	88	0	56	45	5	10	37	1.62
146137--146178	21	2.0	21	85	0	57	28	26	16	28	1.97
146925--146985	23	2.7	23	92	0	104	18	22	27	31	1.97
147206--147251	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
152522--152546	13	1.9	13	100	0	50	8	40	0	52	1.31
154029--154056	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
155319--155379	23	2.7	23	81	0	77	26	27	24	21	1.99
162232--162313	23	3.6	23	94	0	146	26	24	26	21	2.00
164915--164957	15	2.9	15	100	0	86	18	25	27	27	1.98
172385--172423	20	1.9	21	94	5	71	28	10	30	30	1.90
178473--178532	30	2.0	31	83	3	77	36	3	15	45	1.62
181623--181678	29	1.9	29	85	0	76	48	5	8	37	1.58
182488--182514	13	2.1	13	100	0	54	22	7	40	29	1.81
183337--183681	123	2.7	126	79	12	332	30	20	16	32	1.95
188851--188929	30	2.7	30	90	5	117	34	3	13	48	1.61
189350--189420	26	2.6	27	78	14	83	32	0	1	66	1.01
193606--193635	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
196468--196507	20	2.0	20	90	4	64	37	0	0	62	0.95
196527--196564	16	2.4	17	86	8	53	36	2	0	60	1.11
198573--198614	21	2.0	21	85	0	57	42	4	21	30	1.73
198845--198929	30	2.8	31	87	1	118	47	5	2	44	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199287--199321	17	2.1	17	94	5	63	51	28	0	20	1.47
199591--199664	17	4.6	16	78	15	73	47	0	0	52	1.00
204174--204221	22	2.2	21	82	10	53	60	12	0	27	1.32
204600--204630	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
211588--211640	21	2.5	21	84	0	70	22	22	18	35	1.95
211649--211716	20	3.4	20	80	10	77	30	25	17	26	1.97
212557--212616	24	2.5	24	88	0	84	26	15	18	40	1.90
212838--212910	20	3.7	20	96	0	137	15	19	26	39	1.90
213275--213349	29	2.5	30	86	4	125	20	37	29	13	1.90
213649--213732	29	2.9	28	92	3	132	23	29	30	15	1.95

Tables:   1   2