genome.fa.s9396.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009396.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113301_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  283260

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 198 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213795--213830	11	3.2	11	84	7	54	22	22	19	36	1.95
214023--214060	9	4.2	9	83	10	51	31	0	2	65	1.06
214143--214195	28	1.9	27	88	3	79	32	1	16	49	1.57
214142--214206	27	2.3	29	82	10	82	36	1	15	46	1.55
214322--214376	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
214404--214443	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
214639--214716	30	2.6	30	86	11	99	42	2	8	46	1.49
214690--214735	22	2.1	22	95	0	83	47	2	13	36	1.54
217053--217101	14	3.7	14	71	15	50	48	14	0	36	1.44
217052--217158	25	4.6	22	72	17	74	49	11	0	39	1.39
217069--217355	60	5.4	48	78	19	295	46	12	0	40	1.44
217072--217823	109	6.6	109	83	11	908	46	12	0	40	1.44
217230--217534	60	5.1	60	94	1	533	45	12	0	40	1.48
217396--217425	10	3.0	10	95	0	51	40	13	0	46	1.43
217406--217752	60	6.4	49	76	18	309	46	11	0	41	1.45
217453--217501	24	2.0	24	84	7	64	44	14	0	40	1.45
217518--217827	60	5.2	60	78	11	341	46	12	0	40	1.42
217468--217591	49	2.6	48	88	7	162	45	11	0	41	1.45
217121--217769	169	3.8	169	88	7	873	46	12	0	40	1.45
217654--217760	49	2.2	48	93	4	164	46	12	0	41	1.41
217072--217872	288	2.8	285	87	9	1110	46	12	0	40	1.46
220886--220939	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220882--220946	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
220916--220964	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
221655--221760	33	3.3	33	85	6	148	15	27	31	26	1.95
221621--221817	29	6.5	29	81	6	144	16	24	33	24	1.96
221626--221817	58	3.2	58	73	11	161	16	25	33	25	1.96
222363--222418	29	1.9	29	100	0	112	10	25	42	21	1.85
226679--226737	18	3.3	17	81	11	73	20	20	30	28	1.97
229277--229339	11	5.9	11	74	12	51	30	1	23	44	1.63
233890--234041	3	50.7	3	87	0	223	34	1	0	63	1.06
235351--235408	30	2.0	29	83	16	75	32	0	5	62	1.18
236190--236233	19	2.4	18	76	3	52	25	0	2	72	0.96
246845--246929	5	17.2	5	75	18	72	83	0	14	2	0.74
246849--246930	9	9.0	9	78	10	78	82	0	14	2	0.76
247873--247983	52	2.1	53	95	3	199	25	15	23	36	1.94
247925--248149	83	2.7	83	96	1	416	28	13	22	35	1.93
248008--249073	135	7.9	135	99	0	2105	26	13	23	35	1.93
248091--248201	52	2.1	53	93	3	190	25	14	23	36	1.93
247871--248284	218	1.9	218	97	1	785	27	14	23	35	1.93
248226--248336	52	2.1	53	95	3	199	25	15	23	36	1.94
247871--248419	218	2.5	214	85	8	580	27	14	23	35	1.93
248361--248471	52	2.1	53	95	3	199	25	15	23	36	1.94
248496--248606	52	2.1	53	95	3	199	25	15	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248631--248741	52	2.1	53	95	3	199	25	15	23	36	1.94
248766--248876	52	2.1	53	95	3	199	25	15	23	36	1.94
248901--249011	52	2.1	53	95	3	199	25	15	23	36	1.94
249667--250516	113	7.5	111	95	1	1207	37	13	20	28	1.90
250763--250898	3	45.7	3	88	1	202	35	1	0	63	1.04
252195--252252	30	2.0	29	83	16	75	32	0	5	62	1.18
253176--253230	24	2.3	24	93	0	92	29	16	34	20	1.94
257629--257663	17	2.1	17	100	0	70	48	17	0	34	1.47
261382--261433	12	4.6	12	81	11	56	71	0	9	19	1.13
261382--261433	22	2.3	22	83	3	68	71	0	9	19	1.13
261475--261517	18	2.4	18	88	7	61	74	0	2	23	0.93
263136--263187	21	2.5	21	76	17	54	32	11	17	38	1.85
262611--263171	224	2.5	224	87	1	791	24	14	22	37	1.92
263077--263342	123	2.2	123	85	5	351	27	12	21	39	1.89
270889--270972	5	16.4	5	71	18	57	73	1	7	17	1.12
270919--270979	20	3.2	18	82	15	70	75	0	3	21	0.94
270927--270996	12	5.5	12	80	16	79	72	0	5	21	1.05
270919--270996	25	3.0	25	92	7	122	73	0	5	21	1.03
270994--271023	13	2.3	13	94	0	51	46	0	10	43	1.37
271021--271062	17	2.4	18	92	4	68	71	0	7	21	1.09
271540--271702	85	1.9	85	82	7	206	55	6	2	36	1.38
275586--275611	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276553--276602	24	2.2	23	85	7	66	58	4	6	32	1.41
278451--278543	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
278451--278543	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
278470--278604	41	3.3	41	82	6	132	37	21	21	19	1.94
278532--278646	20	5.7	20	79	6	97	32	25	17	25	1.97
278833--278875	22	2.0	22	95	0	77	23	41	16	18	1.89
280506--280550	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
281029--281126	20	5.3	19	75	15	71	43	23	19	13	1.86
281142--281198	14	3.9	14	79	20	71	10	17	24	47	1.79
281137--281214	31	2.4	33	91	6	133	11	19	23	46	1.82
281158--281255	19	5.5	19	77	11	75	14	20	22	42	1.88
283023--283057	13	2.6	14	90	4	54	28	0	22	48	1.51

Tables:   1   2

The End!